# TARGET T0581 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0581.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.21195 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.194 0.205 0.172 0.154 0.121 0.107 0.047 2 S 0.076 0.086 0.106 0.150 0.203 0.260 0.119 3 R 0.077 0.103 0.148 0.193 0.207 0.189 0.082 4 F 0.062 0.065 0.092 0.141 0.208 0.282 0.150 5 M 0.066 0.051 0.063 0.117 0.185 0.290 0.228 6 A 0.131 0.099 0.084 0.091 0.115 0.213 0.266 7 L 0.119 0.085 0.109 0.149 0.140 0.173 0.224 8 A 0.101 0.069 0.091 0.119 0.146 0.209 0.264 9 L 0.115 0.086 0.080 0.115 0.129 0.217 0.258 10 C 0.158 0.103 0.091 0.134 0.150 0.185 0.179 11 F 0.090 0.089 0.096 0.122 0.143 0.235 0.225 12 V 0.075 0.080 0.112 0.181 0.186 0.221 0.145 13 L 0.081 0.078 0.081 0.117 0.168 0.280 0.195 14 P 0.118 0.139 0.143 0.204 0.168 0.147 0.082 15 T 0.208 0.154 0.176 0.185 0.123 0.109 0.046 16 A 0.211 0.140 0.125 0.150 0.132 0.165 0.076 17 A 0.373 0.150 0.110 0.134 0.118 0.095 0.021 18 H 0.357 0.252 0.153 0.126 0.068 0.038 0.006 19 A 0.445 0.215 0.128 0.119 0.062 0.028 0.004 20 A 0.331 0.206 0.167 0.136 0.095 0.055 0.009 21 S 0.604 0.203 0.101 0.060 0.025 0.007 0.001 22 L 0.676 0.206 0.080 0.029 0.008 0.001 0.001 23 K 0.706 0.206 0.060 0.021 0.006 0.001 0.001 24 D 0.650 0.214 0.091 0.033 0.010 0.002 0.001 25 F 0.722 0.160 0.062 0.035 0.017 0.004 0.001 26 E 0.702 0.213 0.061 0.019 0.004 0.001 0.001 27 L 0.410 0.136 0.144 0.194 0.100 0.016 0.001 28 S 0.620 0.207 0.115 0.046 0.010 0.001 0.001 29 K 0.690 0.250 0.044 0.012 0.003 0.001 0.001 30 M 0.449 0.185 0.187 0.124 0.047 0.008 0.001 31 L 0.300 0.107 0.129 0.220 0.191 0.050 0.002 32 E 0.460 0.365 0.130 0.039 0.006 0.001 0.001 33 K 0.527 0.307 0.117 0.040 0.008 0.001 0.001 34 V 0.327 0.115 0.125 0.198 0.183 0.050 0.002 35 A 0.308 0.199 0.199 0.213 0.073 0.009 0.001 36 K 0.602 0.319 0.062 0.013 0.003 0.001 0.001 37 E 0.711 0.171 0.077 0.034 0.006 0.001 0.001 38 S 0.701 0.172 0.070 0.041 0.013 0.003 0.001 39 S 0.817 0.135 0.032 0.012 0.003 0.001 0.001 40 V 0.795 0.132 0.045 0.020 0.007 0.002 0.001 41 G 0.763 0.153 0.051 0.023 0.008 0.002 0.001 42 T 0.562 0.249 0.112 0.056 0.016 0.005 0.001 43 P 0.532 0.194 0.117 0.085 0.051 0.017 0.002 44 R 0.490 0.231 0.133 0.094 0.040 0.010 0.001 45 A 0.516 0.270 0.119 0.063 0.023 0.008 0.001 46 I 0.412 0.136 0.145 0.165 0.105 0.033 0.004 47 N 0.469 0.254 0.134 0.076 0.039 0.023 0.005 48 E 0.269 0.193 0.181 0.186 0.115 0.048 0.007 49 D 0.350 0.282 0.182 0.106 0.052 0.022 0.005 50 I 0.202 0.154 0.162 0.193 0.164 0.105 0.020 51 L 0.169 0.133 0.149 0.211 0.195 0.124 0.019 52 D 0.319 0.278 0.187 0.117 0.064 0.029 0.005 53 Q 0.444 0.215 0.142 0.110 0.060 0.024 0.004 54 G 0.355 0.210 0.153 0.138 0.091 0.046 0.007 55 Y 0.226 0.185 0.161 0.193 0.147 0.077 0.011 56 T 0.215 0.219 0.196 0.191 0.121 0.053 0.006 57 V 0.179 0.177 0.184 0.207 0.172 0.072 0.009 58 E 0.317 0.294 0.196 0.130 0.047 0.014 0.002 59 G 0.318 0.242 0.186 0.145 0.079 0.026 0.004 60 N 0.341 0.325 0.189 0.103 0.035 0.007 0.001 61 Q 0.181 0.321 0.281 0.157 0.049 0.009 0.001 62 L 0.036 0.052 0.103 0.223 0.317 0.246 0.024 63 I 0.053 0.081 0.113 0.229 0.301 0.204 0.018 64 N 0.099 0.249 0.276 0.223 0.105 0.044 0.004 65 H 0.085 0.114 0.154 0.219 0.230 0.173 0.024 66 L 0.052 0.060 0.078 0.144 0.251 0.342 0.074 67 S 0.153 0.177 0.178 0.211 0.168 0.097 0.017 68 V 0.150 0.175 0.210 0.245 0.158 0.055 0.008 69 R 0.177 0.229 0.239 0.188 0.116 0.045 0.005 70 A 0.473 0.312 0.140 0.054 0.016 0.004 0.001 71 S 0.625 0.269 0.076 0.022 0.006 0.001 0.001 72 H 0.260 0.190 0.200 0.216 0.109 0.024 0.001 73 A 0.284 0.142 0.160 0.243 0.141 0.028 0.001 74 E 0.500 0.361 0.109 0.026 0.004 0.001 0.001 75 R 0.348 0.373 0.189 0.074 0.014 0.002 0.001 76 M 0.151 0.145 0.204 0.262 0.190 0.046 0.002 77 R 0.489 0.258 0.149 0.074 0.025 0.004 0.001 78 S 0.731 0.203 0.045 0.015 0.005 0.001 0.001 79 N 0.387 0.337 0.173 0.077 0.022 0.004 0.001 80 P 0.254 0.212 0.217 0.222 0.082 0.013 0.001 81 D 0.566 0.325 0.084 0.020 0.004 0.001 0.001 82 S 0.160 0.280 0.296 0.187 0.065 0.011 0.001 83 V 0.052 0.042 0.073 0.248 0.372 0.196 0.018 84 R 0.065 0.176 0.251 0.287 0.160 0.052 0.008 85 S 0.081 0.226 0.234 0.224 0.143 0.078 0.014 86 Q 0.020 0.060 0.119 0.223 0.285 0.232 0.060 87 L 0.016 0.026 0.058 0.130 0.242 0.358 0.170 88 G 0.109 0.150 0.151 0.176 0.174 0.183 0.057 89 D 0.106 0.209 0.242 0.229 0.132 0.066 0.016 90 S 0.049 0.075 0.117 0.213 0.267 0.238 0.042 91 V 0.100 0.104 0.115 0.172 0.232 0.230 0.047 92 C 0.114 0.143 0.159 0.217 0.213 0.132 0.022 93 S 0.216 0.325 0.243 0.144 0.054 0.016 0.003 94 N 0.115 0.161 0.221 0.256 0.176 0.063 0.008 95 T 0.436 0.360 0.140 0.046 0.014 0.004 0.001 96 G 0.174 0.275 0.260 0.178 0.081 0.027 0.005 97 Y 0.033 0.043 0.080 0.203 0.347 0.256 0.038 98 R 0.028 0.089 0.165 0.300 0.262 0.134 0.023 99 Q 0.082 0.299 0.300 0.208 0.077 0.030 0.005 100 L 0.037 0.049 0.105 0.246 0.334 0.201 0.028 101 L 0.078 0.112 0.139 0.189 0.219 0.219 0.044 102 A 0.146 0.135 0.156 0.211 0.194 0.135 0.022 103 R 0.137 0.254 0.281 0.203 0.088 0.032 0.005 104 G 0.165 0.171 0.164 0.185 0.172 0.115 0.027 105 A 0.184 0.143 0.132 0.173 0.184 0.145 0.039 106 I 0.146 0.234 0.208 0.173 0.122 0.090 0.028 107 L 0.167 0.117 0.143 0.217 0.195 0.128 0.033 108 T 0.168 0.235 0.223 0.202 0.113 0.052 0.006 109 Y 0.334 0.142 0.119 0.143 0.157 0.089 0.016 110 S 0.334 0.288 0.203 0.129 0.035 0.010 0.002 111 F 0.422 0.173 0.125 0.129 0.099 0.048 0.005 112 T 0.417 0.233 0.161 0.112 0.053 0.021 0.004 113 E 0.448 0.320 0.145 0.063 0.018 0.005 0.001 114 Y 0.476 0.213 0.143 0.103 0.051 0.012 0.002 115 K 0.591 0.238 0.100 0.050 0.017 0.004 0.001 116 T 0.442 0.269 0.143 0.086 0.042 0.015 0.002 117 N 0.359 0.200 0.179 0.159 0.082 0.019 0.002 118 Q 0.454 0.291 0.151 0.071 0.024 0.007 0.001 119 P 0.425 0.276 0.143 0.099 0.040 0.015 0.002 120 V 0.205 0.170 0.171 0.199 0.162 0.080 0.012 121 A 0.259 0.170 0.165 0.197 0.143 0.059 0.008 122 T 0.331 0.321 0.202 0.103 0.033 0.009 0.001 123 E 0.530 0.316 0.109 0.034 0.008 0.002 0.001 124 R 0.298 0.296 0.203 0.134 0.053 0.015 0.001 125 F 0.122 0.120 0.190 0.282 0.226 0.058 0.002 126 D 0.448 0.361 0.141 0.041 0.008 0.001 0.001 127 A 0.401 0.343 0.168 0.069 0.016 0.003 0.001 128 G 0.211 0.154 0.193 0.235 0.162 0.043 0.002 129 S 0.420 0.330 0.160 0.067 0.019 0.005 0.001 130 C 0.157 0.159 0.209 0.267 0.170 0.036 0.002 131 R 0.353 0.381 0.185 0.063 0.015 0.003 0.001 132 I 0.245 0.207 0.220 0.216 0.095 0.016 0.001 133 Q 0.747 0.191 0.046 0.013 0.003 0.001 0.001 134 G 0.728 0.199 0.055 0.015 0.003 0.001 0.001 135 K 0.557 0.242 0.128 0.059 0.013 0.002 0.001 136 K 0.636 0.236 0.083 0.033 0.009 0.002 0.001