# TARGET T0578 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0578.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 0.003 0.978 2 N 0.064 0.035 0.014 0.348 0.008 0.046 0.484 3 A 0.084 0.013 0.022 0.447 0.109 0.044 0.282 4 M 0.143 0.017 0.072 0.396 0.066 0.073 0.233 5 K 0.085 0.006 0.116 0.400 0.095 0.057 0.239 6 K 0.099 0.011 0.087 0.367 0.085 0.072 0.279 7 A 0.011 0.002 0.074 0.555 0.077 0.232 0.049 8 T 0.014 0.010 0.027 0.422 0.070 0.347 0.111 9 M 0.002 0.004 0.026 0.838 0.024 0.025 0.081 10 L 0.001 0.001 0.010 0.950 0.005 0.011 0.021 11 T 0.001 0.001 0.008 0.948 0.005 0.025 0.012 12 Y 0.001 0.001 0.004 0.963 0.004 0.021 0.006 13 L 0.001 0.001 0.002 0.963 0.005 0.020 0.009 14 E 0.001 0.001 0.004 0.952 0.006 0.031 0.007 15 E 0.001 0.001 0.003 0.959 0.009 0.019 0.009 16 Q 0.001 0.001 0.008 0.951 0.006 0.021 0.013 17 L 0.003 0.003 0.016 0.890 0.013 0.055 0.020 18 E 0.003 0.002 0.031 0.816 0.013 0.109 0.026 19 K 0.003 0.002 0.043 0.635 0.045 0.228 0.044 20 H 0.005 0.004 0.024 0.248 0.097 0.536 0.086 21 L 0.009 0.010 0.015 0.061 0.205 0.315 0.385 22 G 0.034 0.029 0.010 0.030 0.264 0.060 0.573 23 D 0.084 0.014 0.021 0.017 0.252 0.114 0.497 24 Y 0.203 0.022 0.041 0.020 0.269 0.105 0.340 25 E 0.475 0.008 0.022 0.012 0.138 0.034 0.311 26 V 0.887 0.018 0.005 0.004 0.012 0.006 0.069 27 G 0.923 0.007 0.003 0.004 0.006 0.004 0.053 28 L 0.902 0.009 0.004 0.005 0.014 0.005 0.061 29 D 0.748 0.006 0.004 0.008 0.033 0.010 0.191 30 W 0.295 0.007 0.015 0.010 0.190 0.091 0.392 31 D 0.143 0.009 0.022 0.008 0.168 0.131 0.519 32 R 0.087 0.011 0.106 0.012 0.198 0.439 0.147 33 K 0.059 0.003 0.087 0.006 0.285 0.443 0.116 34 N 0.125 0.009 0.036 0.002 0.417 0.169 0.242 35 H 0.241 0.010 0.006 0.001 0.203 0.044 0.495 36 T 0.829 0.006 0.001 0.001 0.035 0.005 0.123 37 I 0.950 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.040 38 E 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 39 V 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 40 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.011 41 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 42 R 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 43 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 44 Y 0.983 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 45 A 0.884 0.003 0.001 0.001 0.012 0.001 0.099 46 E 0.516 0.019 0.001 0.001 0.256 0.013 0.194 47 N 0.164 0.027 0.001 0.001 0.129 0.008 0.670 48 N 0.009 0.003 0.141 0.006 0.105 0.710 0.028 49 E 0.012 0.003 0.128 0.005 0.071 0.755 0.026 50 Q 0.114 0.006 0.159 0.003 0.212 0.365 0.142 51 V 0.438 0.008 0.010 0.003 0.152 0.053 0.336 52 A 0.852 0.046 0.001 0.001 0.014 0.004 0.082 53 I 0.899 0.009 0.001 0.001 0.010 0.002 0.078 54 D 0.893 0.040 0.002 0.001 0.017 0.004 0.045 55 D 0.312 0.012 0.006 0.001 0.017 0.013 0.640 56 V 0.042 0.002 0.012 0.001 0.092 0.797 0.055 57 D 0.038 0.010 0.010 0.001 0.157 0.741 0.043 58 G 0.107 0.008 0.003 0.001 0.611 0.042 0.229 59 T 0.254 0.167 0.001 0.001 0.054 0.005 0.518 60 L 0.312 0.350 0.001 0.001 0.022 0.006 0.310 61 S 0.140 0.021 0.003 0.001 0.132 0.041 0.663 62 E 0.032 0.008 0.024 0.008 0.574 0.211 0.142 63 E 0.029 0.013 0.032 0.025 0.512 0.114 0.275 64 E 0.091 0.010 0.037 0.029 0.238 0.069 0.526 65 F 0.619 0.036 0.015 0.011 0.073 0.033 0.214 66 I 0.829 0.024 0.002 0.003 0.015 0.003 0.123 67 E 0.849 0.018 0.002 0.002 0.011 0.002 0.114 68 F 0.776 0.014 0.024 0.016 0.038 0.010 0.121 69 E 0.716 0.005 0.037 0.010 0.074 0.017 0.142 70 D 0.758 0.003 0.030 0.006 0.074 0.012 0.116 71 G 0.925 0.003 0.006 0.003 0.012 0.006 0.046 72 L 0.972 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.017 73 L 0.971 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.015 74 F 0.868 0.004 0.001 0.002 0.017 0.005 0.104 75 Y 0.681 0.032 0.001 0.002 0.070 0.007 0.207 76 N 0.229 0.014 0.002 0.002 0.086 0.008 0.658 77 P 0.013 0.003 0.151 0.030 0.118 0.619 0.066 78 Q 0.005 0.003 0.214 0.041 0.080 0.620 0.037 79 K 0.015 0.007 0.381 0.064 0.126 0.189 0.219 80 S 0.067 0.010 0.159 0.069 0.149 0.159 0.388 81 V 0.203 0.018 0.079 0.047 0.121 0.185 0.347 82 V 0.173 0.060 0.021 0.036 0.192 0.046 0.472 83 D 0.134 0.033 0.007 0.022 0.081 0.013 0.710 84 D 0.014 0.002 0.524 0.292 0.018 0.105 0.046 85 E 0.001 0.001 0.511 0.102 0.014 0.368 0.003 86 E 0.003 0.001 0.504 0.034 0.014 0.438 0.006 87 Y 0.281 0.011 0.072 0.066 0.066 0.079 0.426 88 L 0.780 0.007 0.007 0.011 0.042 0.023 0.130 89 V 0.941 0.007 0.003 0.005 0.010 0.004 0.030 90 T 0.937 0.004 0.003 0.006 0.006 0.004 0.039 91 I 0.890 0.014 0.002 0.004 0.017 0.003 0.070 92 P 0.544 0.007 0.006 0.006 0.053 0.020 0.366 93 Y 0.125 0.013 0.030 0.016 0.187 0.175 0.454 94 E 0.046 0.019 0.044 0.023 0.373 0.226 0.270 95 G 0.016 0.011 0.066 0.024 0.354 0.258 0.272 96 K 0.009 0.013 0.105 0.037 0.263 0.267 0.306 97 K 0.010 0.014 0.085 0.056 0.240 0.416 0.179 98 G 0.016 0.014 0.064 0.093 0.188 0.415 0.210 99 L 0.014 0.019 0.059 0.290 0.122 0.063 0.433 100 R 0.009 0.009 0.019 0.602 0.056 0.028 0.278 101 K 0.001 0.001 0.008 0.957 0.008 0.015 0.010 102 A 0.001 0.001 0.003 0.972 0.005 0.014 0.006 103 V 0.001 0.001 0.001 0.983 0.002 0.010 0.003 104 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 0.001 105 D 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 106 G 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 107 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 108 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 109 H 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 110 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 112 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 113 V 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.001 114 V 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.011 0.001 115 L 0.001 0.001 0.002 0.964 0.003 0.027 0.004 116 D 0.001 0.001 0.005 0.839 0.007 0.137 0.011 117 E 0.001 0.001 0.008 0.371 0.032 0.561 0.026 118 G 0.001 0.006 0.013 0.133 0.104 0.579 0.163 119 Q 0.001 0.006 0.104 0.394 0.117 0.111 0.267 120 S 0.003 0.005 0.214 0.544 0.069 0.054 0.111 121 D 0.003 0.006 0.156 0.626 0.038 0.106 0.065 122 L 0.002 0.002 0.038 0.867 0.027 0.037 0.027 123 L 0.001 0.001 0.047 0.905 0.008 0.024 0.014 124 D 0.001 0.001 0.057 0.865 0.007 0.058 0.011 125 F 0.001 0.002 0.067 0.827 0.004 0.091 0.006 126 L 0.005 0.012 0.034 0.615 0.085 0.211 0.037 127 S 0.009 0.010 0.017 0.200 0.117 0.508 0.138 128 D 0.005 0.007 0.007 0.018 0.228 0.078 0.658 129 E 0.010 0.012 0.079 0.031 0.216 0.212 0.440 130 T 0.023 0.008 0.101 0.021 0.239 0.361 0.248 131 A 0.045 0.007 0.198 0.021 0.279 0.239 0.211 132 E 0.229 0.014 0.079 0.013 0.264 0.064 0.336 133 V 0.637 0.020 0.019 0.006 0.058 0.013 0.248 134 F 0.886 0.005 0.004 0.003 0.012 0.004 0.085 135 E 0.962 0.003 0.001 0.001 0.006 0.002 0.025 136 L 0.960 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.032 137 H 0.909 0.002 0.001 0.001 0.010 0.002 0.075 138 W 0.673 0.027 0.001 0.001 0.046 0.003 0.249 139 E 0.119 0.006 0.001 0.002 0.060 0.003 0.809 140 P 0.003 0.001 0.053 0.791 0.054 0.067 0.031 141 A 0.001 0.001 0.027 0.902 0.028 0.033 0.009 142 D 0.001 0.001 0.034 0.919 0.009 0.027 0.012 143 F 0.001 0.001 0.005 0.961 0.006 0.015 0.011 144 E 0.002 0.001 0.003 0.947 0.010 0.030 0.008 145 A 0.003 0.001 0.005 0.927 0.008 0.046 0.011 146 M 0.002 0.001 0.007 0.911 0.015 0.038 0.026 147 I 0.006 0.005 0.019 0.882 0.017 0.040 0.031 148 K 0.006 0.001 0.031 0.760 0.018 0.151 0.033 149 K 0.004 0.003 0.025 0.624 0.027 0.268 0.049 150 V 0.007 0.006 0.024 0.533 0.110 0.077 0.243 151 A 0.012 0.005 0.065 0.631 0.053 0.077 0.157 152 E 0.011 0.005 0.110 0.571 0.053 0.140 0.111 153 T 0.008 0.003 0.138 0.502 0.059 0.200 0.090 154 E 0.018 0.006 0.091 0.371 0.120 0.254 0.141 155 K 0.026 0.010 0.075 0.182 0.146 0.232 0.329 156 E 0.073 0.021 0.067 0.111 0.162 0.100 0.467 157 Q 0.076 0.029 0.051 0.077 0.135 0.097 0.535 158 W 0.053 0.041 0.039 0.043 0.162 0.051 0.612 159 I 0.026 0.013 0.016 0.018 0.123 0.046 0.758 160 A 0.016 0.010 0.018 0.016 0.168 0.102 0.669 161 Y 0.015 0.019 0.018 0.026 0.268 0.067 0.587 162 P 0.016 0.012 0.021 0.033 0.149 0.135 0.634 163 S 0.007 0.007 0.007 0.013 0.005 0.053 0.908 164 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999