# TARGET T0578 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0578.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.98121 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.765 0.036 0.077 0.071 0.014 0.009 0.013 0.006 0.003 0.004 0.001 2 N 0.758 0.014 0.036 0.100 0.007 0.012 0.052 0.012 0.006 0.003 0.001 3 A 0.929 0.010 0.013 0.039 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 M 0.929 0.011 0.016 0.033 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 5 K 0.966 0.005 0.010 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 K 0.929 0.006 0.006 0.053 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 A 0.848 0.022 0.035 0.069 0.005 0.008 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 8 T 0.774 0.025 0.038 0.087 0.013 0.020 0.020 0.007 0.014 0.002 0.001 9 M 0.965 0.002 0.002 0.024 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 T 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 Y 0.987 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.972 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 Q 0.977 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.942 0.004 0.010 0.036 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 18 E 0.962 0.003 0.008 0.020 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 19 K 0.899 0.011 0.013 0.067 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 H 0.402 0.033 0.051 0.442 0.007 0.022 0.015 0.003 0.025 0.001 0.001 21 L 0.276 0.090 0.148 0.320 0.013 0.042 0.053 0.005 0.051 0.001 0.001 22 G 0.114 0.036 0.113 0.032 0.126 0.005 0.021 0.094 0.003 0.457 0.001 23 D 0.175 0.061 0.164 0.469 0.035 0.040 0.029 0.007 0.012 0.003 0.005 24 Y 0.058 0.300 0.218 0.075 0.230 0.020 0.039 0.023 0.026 0.011 0.001 25 E 0.064 0.395 0.395 0.024 0.032 0.063 0.005 0.001 0.018 0.001 0.002 26 V 0.034 0.780 0.068 0.023 0.059 0.012 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 27 G 0.021 0.498 0.218 0.010 0.179 0.026 0.009 0.002 0.031 0.003 0.002 28 L 0.030 0.721 0.149 0.012 0.047 0.021 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 29 D 0.019 0.257 0.204 0.022 0.038 0.268 0.023 0.001 0.165 0.002 0.001 30 W 0.345 0.191 0.134 0.195 0.049 0.036 0.013 0.003 0.029 0.004 0.002 31 D 0.154 0.085 0.325 0.120 0.040 0.153 0.054 0.007 0.054 0.006 0.003 32 R 0.504 0.072 0.078 0.222 0.018 0.020 0.054 0.009 0.019 0.002 0.002 33 K 0.554 0.091 0.194 0.091 0.008 0.022 0.017 0.004 0.012 0.005 0.001 34 N 0.157 0.090 0.094 0.389 0.027 0.023 0.169 0.024 0.024 0.003 0.001 35 H 0.032 0.133 0.161 0.136 0.103 0.034 0.348 0.025 0.023 0.007 0.001 36 T 0.010 0.590 0.232 0.012 0.143 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 37 I 0.001 0.869 0.081 0.002 0.032 0.005 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 38 E 0.001 0.613 0.360 0.001 0.008 0.013 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 39 V 0.001 0.876 0.083 0.001 0.016 0.013 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 40 I 0.001 0.862 0.113 0.001 0.010 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 41 V 0.001 0.780 0.183 0.001 0.010 0.014 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 42 R 0.001 0.661 0.276 0.001 0.003 0.035 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 43 L 0.005 0.752 0.171 0.001 0.009 0.037 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 44 Y 0.016 0.569 0.276 0.006 0.011 0.094 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 45 A 0.017 0.582 0.205 0.011 0.117 0.039 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 46 E 0.184 0.360 0.202 0.154 0.036 0.038 0.004 0.001 0.020 0.002 0.001 47 N 0.016 0.154 0.360 0.057 0.146 0.104 0.054 0.003 0.094 0.011 0.001 48 N 0.452 0.022 0.041 0.196 0.019 0.010 0.156 0.086 0.006 0.009 0.001 49 E 0.377 0.085 0.120 0.313 0.038 0.008 0.027 0.017 0.007 0.008 0.001 50 Q 0.141 0.231 0.299 0.158 0.066 0.029 0.040 0.009 0.022 0.002 0.002 51 V 0.037 0.574 0.270 0.028 0.037 0.024 0.005 0.001 0.025 0.001 0.001 52 A 0.013 0.444 0.474 0.004 0.014 0.040 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 53 I 0.019 0.770 0.115 0.011 0.047 0.017 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 54 D 0.022 0.486 0.346 0.013 0.060 0.048 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 55 D 0.061 0.213 0.402 0.033 0.125 0.093 0.011 0.002 0.056 0.003 0.001 56 V 0.885 0.024 0.017 0.057 0.003 0.005 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 57 D 0.246 0.012 0.060 0.634 0.002 0.007 0.030 0.001 0.007 0.001 0.001 58 G 0.024 0.003 0.032 0.032 0.033 0.001 0.148 0.683 0.001 0.043 0.001 59 T 0.110 0.313 0.434 0.064 0.032 0.028 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 60 L 0.037 0.360 0.488 0.039 0.021 0.040 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 61 S 0.010 0.336 0.255 0.017 0.350 0.012 0.001 0.001 0.011 0.007 0.001 62 E 0.657 0.081 0.082 0.072 0.057 0.014 0.011 0.011 0.008 0.005 0.001 63 E 0.622 0.096 0.097 0.125 0.026 0.006 0.011 0.003 0.010 0.003 0.001 64 E 0.537 0.050 0.177 0.164 0.026 0.014 0.017 0.004 0.008 0.002 0.001 65 F 0.321 0.273 0.202 0.121 0.040 0.021 0.007 0.001 0.012 0.001 0.002 66 I 0.058 0.644 0.173 0.024 0.039 0.029 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 67 E 0.024 0.490 0.399 0.008 0.026 0.035 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 68 F 0.178 0.368 0.149 0.070 0.116 0.052 0.017 0.006 0.041 0.003 0.001 69 E 0.293 0.391 0.158 0.045 0.059 0.020 0.005 0.001 0.023 0.003 0.001 70 D 0.217 0.060 0.088 0.513 0.043 0.022 0.038 0.004 0.012 0.001 0.002 71 G 0.021 0.193 0.143 0.022 0.517 0.004 0.025 0.028 0.007 0.040 0.001 72 L 0.007 0.845 0.087 0.001 0.036 0.006 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 73 L 0.013 0.711 0.188 0.002 0.005 0.056 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 74 F 0.008 0.785 0.086 0.006 0.040 0.040 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 75 Y 0.016 0.709 0.095 0.017 0.078 0.044 0.005 0.001 0.034 0.001 0.001 76 N 0.002 0.090 0.358 0.001 0.047 0.200 0.009 0.001 0.289 0.001 0.002 77 P 0.946 0.001 0.011 0.033 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 78 Q 0.629 0.033 0.061 0.228 0.009 0.013 0.012 0.004 0.010 0.001 0.001 79 K 0.349 0.115 0.172 0.276 0.013 0.020 0.019 0.003 0.031 0.001 0.002 80 S 0.278 0.138 0.239 0.108 0.088 0.034 0.061 0.021 0.016 0.014 0.001 81 V 0.132 0.422 0.174 0.154 0.066 0.024 0.006 0.003 0.016 0.002 0.001 82 V 0.060 0.470 0.267 0.061 0.077 0.033 0.006 0.001 0.023 0.002 0.001 83 D 0.011 0.135 0.601 0.007 0.041 0.124 0.006 0.001 0.071 0.003 0.001 84 D 0.908 0.005 0.010 0.046 0.003 0.008 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 85 E 0.855 0.006 0.014 0.116 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 86 E 0.444 0.036 0.041 0.416 0.011 0.008 0.031 0.004 0.009 0.001 0.001 87 Y 0.214 0.244 0.249 0.127 0.062 0.025 0.052 0.005 0.019 0.002 0.001 88 L 0.104 0.505 0.280 0.025 0.051 0.020 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 89 V 0.028 0.801 0.057 0.014 0.081 0.008 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 90 T 0.019 0.692 0.207 0.008 0.031 0.021 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 91 I 0.005 0.613 0.161 0.001 0.018 0.030 0.004 0.001 0.168 0.001 0.001 92 P 0.030 0.018 0.890 0.002 0.001 0.050 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 93 Y 0.191 0.322 0.203 0.097 0.067 0.048 0.019 0.009 0.038 0.004 0.001 94 E 0.160 0.129 0.340 0.123 0.036 0.024 0.118 0.008 0.041 0.020 0.001 95 G 0.094 0.011 0.128 0.034 0.094 0.004 0.053 0.354 0.001 0.226 0.001 96 K 0.390 0.151 0.227 0.127 0.027 0.036 0.017 0.006 0.012 0.005 0.002 97 K 0.185 0.115 0.422 0.188 0.015 0.018 0.034 0.005 0.015 0.003 0.001 98 G 0.088 0.004 0.038 0.013 0.044 0.002 0.045 0.383 0.001 0.382 0.001 99 L 0.656 0.070 0.201 0.039 0.013 0.013 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 100 R 0.734 0.049 0.136 0.027 0.007 0.031 0.002 0.001 0.009 0.004 0.001 101 K 0.990 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 V 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 H 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 Y 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 V 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 L 0.981 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 D 0.953 0.001 0.005 0.035 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 117 E 0.388 0.005 0.019 0.579 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 118 G 0.096 0.004 0.059 0.042 0.051 0.012 0.096 0.466 0.013 0.162 0.001 119 Q 0.762 0.013 0.059 0.046 0.004 0.093 0.006 0.001 0.014 0.002 0.001 120 S 0.934 0.003 0.009 0.048 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 D 0.970 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 L 0.980 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 L 0.991 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 D 0.986 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 F 0.899 0.002 0.003 0.094 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 L 0.574 0.024 0.066 0.315 0.002 0.009 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 127 S 0.430 0.055 0.190 0.181 0.020 0.037 0.047 0.015 0.013 0.013 0.001 128 D 0.245 0.102 0.225 0.172 0.052 0.076 0.055 0.007 0.059 0.006 0.001 129 E 0.685 0.023 0.077 0.152 0.013 0.015 0.016 0.008 0.006 0.005 0.001 130 T 0.427 0.071 0.083 0.347 0.027 0.015 0.012 0.006 0.009 0.002 0.001 131 A 0.287 0.131 0.207 0.212 0.054 0.029 0.041 0.015 0.020 0.004 0.001 132 E 0.105 0.453 0.222 0.081 0.077 0.029 0.015 0.002 0.015 0.001 0.001 133 V 0.029 0.760 0.106 0.029 0.044 0.014 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 134 F 0.005 0.739 0.136 0.005 0.072 0.016 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 135 E 0.009 0.666 0.171 0.002 0.017 0.056 0.003 0.001 0.076 0.001 0.001 136 L 0.039 0.579 0.233 0.021 0.024 0.081 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 137 H 0.012 0.617 0.130 0.021 0.083 0.066 0.011 0.001 0.058 0.001 0.001 138 W 0.053 0.400 0.264 0.099 0.137 0.029 0.004 0.001 0.010 0.002 0.001 139 E 0.001 0.187 0.544 0.001 0.082 0.070 0.001 0.001 0.112 0.002 0.001 140 P 0.979 0.001 0.006 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 A 0.974 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 D 0.844 0.001 0.007 0.137 0.001 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 143 F 0.970 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 144 E 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 A 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 M 0.984 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 I 0.984 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 K 0.986 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 K 0.868 0.002 0.007 0.115 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 150 V 0.764 0.027 0.090 0.093 0.002 0.010 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 151 A 0.729 0.028 0.122 0.063 0.006 0.021 0.014 0.004 0.006 0.005 0.001 152 E 0.775 0.027 0.084 0.083 0.009 0.009 0.004 0.002 0.003 0.003 0.001 153 T 0.716 0.028 0.068 0.139 0.015 0.010 0.009 0.006 0.006 0.002 0.001 154 E 0.662 0.036 0.101 0.127 0.018 0.016 0.019 0.005 0.011 0.004 0.001 155 K 0.630 0.053 0.108 0.147 0.012 0.016 0.017 0.007 0.007 0.002 0.001 156 E 0.455 0.160 0.216 0.060 0.037 0.020 0.025 0.005 0.018 0.003 0.001 157 Q 0.430 0.121 0.334 0.062 0.015 0.020 0.005 0.002 0.007 0.001 0.002 158 W 0.257 0.286 0.256 0.067 0.046 0.028 0.017 0.003 0.038 0.002 0.001 159 I 0.210 0.194 0.513 0.012 0.011 0.033 0.004 0.001 0.021 0.001 0.002 160 A 0.379 0.070 0.407 0.073 0.003 0.055 0.002 0.001 0.007 0.001 0.004 161 Y 0.060 0.226 0.301 0.013 0.042 0.025 0.027 0.001 0.301 0.003 0.001 162 P 0.355 0.011 0.561 0.014 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.043 163 S 0.293 0.147 0.223 0.210 0.040 0.044 0.012 0.010 0.018 0.004 0.001 164 Y 0.129 0.238 0.266 0.160 0.082 0.034 0.030 0.014 0.032 0.012 0.001