# TARGET T0578 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0578.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.067 0.132 0.069 0.031 0.124 0.028 0.046 0.337 0.072 0.058 0.036 2 N 0.057 0.089 0.051 0.019 0.082 0.018 0.016 0.537 0.082 0.031 0.019 3 A 0.023 0.014 0.009 0.003 0.023 0.004 0.004 0.768 0.118 0.021 0.013 4 M 0.011 0.021 0.009 0.006 0.016 0.005 0.005 0.790 0.103 0.025 0.008 5 K 0.019 0.044 0.016 0.004 0.028 0.002 0.007 0.760 0.092 0.021 0.008 6 K 0.009 0.031 0.010 0.005 0.018 0.009 0.023 0.763 0.091 0.038 0.004 7 A 0.007 0.125 0.042 0.033 0.030 0.038 0.054 0.562 0.084 0.019 0.006 8 T 0.026 0.022 0.013 0.005 0.020 0.003 0.007 0.511 0.088 0.224 0.081 9 M 0.004 0.004 0.003 0.001 0.005 0.001 0.002 0.791 0.163 0.022 0.004 10 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.903 0.085 0.002 0.001 11 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.932 0.045 0.002 0.001 12 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.935 0.043 0.009 0.001 13 L 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.917 0.058 0.010 0.002 14 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.894 0.084 0.007 0.001 15 E 0.002 0.006 0.005 0.001 0.005 0.003 0.020 0.895 0.053 0.007 0.002 16 Q 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.003 0.020 0.804 0.120 0.040 0.002 17 L 0.013 0.024 0.004 0.001 0.016 0.003 0.020 0.637 0.219 0.052 0.012 18 E 0.006 0.016 0.006 0.007 0.011 0.009 0.031 0.604 0.252 0.053 0.006 19 K 0.010 0.059 0.031 0.024 0.027 0.030 0.164 0.401 0.156 0.089 0.009 20 H 0.070 0.113 0.035 0.011 0.108 0.010 0.021 0.097 0.127 0.291 0.117 21 L 0.149 0.040 0.012 0.012 0.100 0.030 0.070 0.124 0.188 0.181 0.092 22 G 0.103 0.248 0.092 0.021 0.303 0.008 0.007 0.043 0.053 0.083 0.037 23 D 0.109 0.055 0.027 0.035 0.130 0.058 0.173 0.141 0.125 0.093 0.053 24 Y 0.168 0.170 0.096 0.038 0.280 0.008 0.006 0.028 0.048 0.087 0.072 25 E 0.200 0.104 0.032 0.020 0.395 0.026 0.051 0.046 0.038 0.032 0.056 26 V 0.292 0.075 0.014 0.011 0.400 0.009 0.010 0.029 0.031 0.067 0.063 27 G 0.234 0.085 0.016 0.011 0.481 0.011 0.020 0.041 0.020 0.026 0.054 28 L 0.217 0.116 0.015 0.017 0.399 0.029 0.018 0.030 0.019 0.055 0.087 29 D 0.312 0.037 0.008 0.002 0.480 0.001 0.003 0.021 0.015 0.025 0.097 30 W 0.068 0.050 0.013 0.008 0.091 0.012 0.025 0.270 0.319 0.117 0.028 31 D 0.181 0.079 0.019 0.010 0.260 0.011 0.025 0.102 0.071 0.166 0.074 32 R 0.084 0.116 0.042 0.016 0.102 0.019 0.036 0.240 0.219 0.088 0.038 33 K 0.015 0.026 0.030 0.017 0.024 0.059 0.243 0.323 0.200 0.054 0.009 34 N 0.070 0.268 0.071 0.016 0.199 0.016 0.029 0.100 0.108 0.102 0.022 35 H 0.173 0.083 0.030 0.010 0.244 0.008 0.019 0.026 0.030 0.244 0.134 36 T 0.197 0.162 0.021 0.007 0.553 0.005 0.005 0.005 0.003 0.015 0.026 37 I 0.190 0.080 0.003 0.001 0.717 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 38 E 0.240 0.044 0.002 0.001 0.701 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 39 V 0.290 0.031 0.001 0.001 0.665 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 40 I 0.376 0.019 0.001 0.001 0.561 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 41 V 0.195 0.045 0.001 0.001 0.743 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 42 R 0.423 0.016 0.002 0.001 0.514 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.041 43 L 0.351 0.089 0.013 0.005 0.497 0.004 0.003 0.004 0.001 0.002 0.032 44 Y 0.283 0.106 0.023 0.003 0.444 0.005 0.007 0.008 0.003 0.019 0.098 45 A 0.265 0.167 0.038 0.003 0.434 0.004 0.006 0.027 0.007 0.009 0.038 46 E 0.052 0.055 0.017 0.042 0.098 0.221 0.191 0.158 0.064 0.077 0.023 47 N 0.113 0.180 0.290 0.131 0.125 0.036 0.021 0.037 0.021 0.021 0.024 48 N 0.019 0.011 0.007 0.018 0.015 0.027 0.029 0.346 0.404 0.108 0.017 49 E 0.015 0.254 0.162 0.078 0.057 0.032 0.084 0.142 0.077 0.087 0.010 50 Q 0.182 0.070 0.035 0.029 0.172 0.016 0.007 0.020 0.024 0.195 0.249 51 V 0.157 0.254 0.016 0.004 0.513 0.008 0.006 0.012 0.006 0.007 0.017 52 A 0.364 0.071 0.009 0.001 0.508 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.035 53 I 0.245 0.237 0.033 0.001 0.450 0.003 0.003 0.007 0.001 0.002 0.019 54 D 0.094 0.294 0.012 0.007 0.489 0.019 0.009 0.017 0.004 0.018 0.036 55 D 0.023 0.115 0.794 0.037 0.018 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 56 V 0.001 0.002 0.016 0.015 0.001 0.027 0.042 0.506 0.380 0.006 0.001 57 D 0.001 0.736 0.219 0.015 0.017 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 58 G 0.014 0.024 0.012 0.013 0.019 0.005 0.003 0.011 0.014 0.557 0.328 59 T 0.090 0.362 0.053 0.003 0.358 0.013 0.022 0.041 0.012 0.023 0.022 60 L 0.324 0.181 0.023 0.006 0.318 0.014 0.016 0.012 0.009 0.020 0.076 61 S 0.053 0.258 0.376 0.106 0.135 0.016 0.012 0.014 0.008 0.009 0.013 62 E 0.066 0.031 0.024 0.041 0.047 0.044 0.069 0.225 0.302 0.109 0.042 63 E 0.019 0.237 0.211 0.089 0.086 0.022 0.056 0.120 0.100 0.045 0.014 64 E 0.063 0.159 0.086 0.028 0.131 0.028 0.070 0.145 0.097 0.159 0.034 65 F 0.195 0.216 0.037 0.004 0.408 0.005 0.016 0.041 0.031 0.023 0.024 66 I 0.334 0.096 0.008 0.003 0.431 0.004 0.006 0.014 0.012 0.015 0.077 67 E 0.158 0.208 0.062 0.015 0.472 0.009 0.011 0.011 0.006 0.016 0.032 68 F 0.334 0.163 0.043 0.012 0.340 0.005 0.005 0.014 0.010 0.015 0.058 69 E 0.094 0.066 0.030 0.081 0.106 0.273 0.155 0.071 0.050 0.035 0.039 70 D 0.186 0.137 0.048 0.034 0.326 0.017 0.021 0.039 0.037 0.074 0.081 71 G 0.152 0.182 0.041 0.008 0.534 0.002 0.004 0.009 0.012 0.024 0.031 72 L 0.176 0.124 0.014 0.001 0.662 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.014 73 L 0.285 0.045 0.005 0.003 0.498 0.005 0.008 0.006 0.006 0.038 0.099 74 F 0.237 0.136 0.036 0.008 0.479 0.004 0.016 0.019 0.009 0.021 0.035 75 Y 0.052 0.343 0.063 0.026 0.217 0.054 0.046 0.023 0.020 0.105 0.051 76 N 0.235 0.027 0.005 0.001 0.706 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.018 77 P 0.003 0.006 0.005 0.003 0.007 0.005 0.013 0.307 0.574 0.073 0.004 78 Q 0.006 0.028 0.011 0.005 0.015 0.020 0.275 0.402 0.154 0.081 0.004 79 K 0.073 0.072 0.010 0.006 0.082 0.024 0.047 0.264 0.255 0.131 0.036 80 S 0.065 0.094 0.056 0.019 0.123 0.021 0.051 0.185 0.168 0.129 0.088 81 V 0.113 0.045 0.019 0.009 0.113 0.021 0.052 0.208 0.137 0.219 0.064 82 V 0.085 0.308 0.117 0.043 0.172 0.017 0.019 0.055 0.031 0.113 0.040 83 D 0.077 0.414 0.187 0.034 0.154 0.006 0.011 0.052 0.022 0.021 0.021 84 D 0.013 0.010 0.010 0.011 0.014 0.011 0.021 0.466 0.392 0.042 0.010 85 E 0.004 0.032 0.016 0.024 0.012 0.035 0.117 0.527 0.212 0.021 0.002 86 E 0.029 0.024 0.008 0.010 0.040 0.015 0.062 0.173 0.140 0.444 0.055 87 Y 0.136 0.236 0.060 0.011 0.333 0.007 0.012 0.061 0.041 0.061 0.042 88 L 0.193 0.114 0.013 0.004 0.531 0.005 0.007 0.026 0.023 0.020 0.064 89 V 0.239 0.080 0.009 0.002 0.571 0.002 0.005 0.021 0.010 0.020 0.043 90 T 0.273 0.078 0.014 0.005 0.435 0.006 0.025 0.043 0.022 0.051 0.050 91 I 0.082 0.315 0.088 0.017 0.442 0.005 0.005 0.011 0.006 0.012 0.017 92 P 0.203 0.183 0.054 0.004 0.434 0.003 0.008 0.030 0.012 0.021 0.049 93 Y 0.070 0.145 0.067 0.027 0.127 0.041 0.059 0.095 0.076 0.230 0.064 94 E 0.083 0.210 0.131 0.057 0.289 0.021 0.042 0.077 0.039 0.027 0.026 95 G 0.017 0.068 0.072 0.062 0.032 0.037 0.055 0.250 0.217 0.164 0.026 96 K 0.019 0.087 0.057 0.026 0.052 0.068 0.189 0.272 0.117 0.104 0.009 97 K 0.041 0.198 0.062 0.024 0.100 0.078 0.116 0.221 0.078 0.060 0.022 98 G 0.035 0.019 0.042 0.066 0.019 0.019 0.013 0.065 0.053 0.437 0.231 99 L 0.033 0.425 0.093 0.002 0.130 0.002 0.010 0.173 0.065 0.053 0.014 100 R 0.036 0.328 0.162 0.006 0.063 0.001 0.002 0.306 0.058 0.023 0.015 101 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.877 0.116 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.045 0.001 0.001 103 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.935 0.059 0.005 0.001 104 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.039 0.001 0.001 105 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.957 0.040 0.001 0.001 106 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.971 0.025 0.001 0.001 107 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.055 0.001 0.001 108 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.947 0.050 0.001 0.001 109 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.970 0.025 0.001 0.001 110 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.959 0.033 0.004 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.901 0.093 0.004 0.001 112 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.946 0.050 0.001 0.001 113 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.959 0.030 0.002 0.001 114 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.914 0.053 0.012 0.001 115 L 0.005 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.800 0.148 0.020 0.007 116 D 0.001 0.010 0.002 0.002 0.003 0.008 0.046 0.789 0.114 0.024 0.001 117 E 0.003 0.365 0.291 0.042 0.028 0.038 0.084 0.097 0.019 0.028 0.004 118 G 0.096 0.044 0.025 0.007 0.028 0.003 0.006 0.055 0.024 0.316 0.396 119 Q 0.026 0.069 0.016 0.008 0.042 0.023 0.031 0.424 0.228 0.101 0.031 120 S 0.020 0.100 0.025 0.012 0.077 0.010 0.017 0.530 0.149 0.048 0.015 121 D 0.005 0.020 0.009 0.004 0.011 0.004 0.034 0.699 0.168 0.044 0.004 122 L 0.003 0.004 0.002 0.001 0.005 0.003 0.014 0.785 0.154 0.027 0.002 123 L 0.006 0.004 0.002 0.002 0.010 0.003 0.022 0.681 0.227 0.034 0.009 124 D 0.005 0.005 0.002 0.001 0.010 0.007 0.076 0.673 0.207 0.012 0.003 125 F 0.009 0.009 0.002 0.002 0.013 0.007 0.085 0.589 0.171 0.107 0.005 126 L 0.044 0.142 0.025 0.006 0.129 0.013 0.074 0.211 0.127 0.205 0.024 127 S 0.094 0.140 0.058 0.030 0.114 0.015 0.021 0.050 0.050 0.344 0.085 128 D 0.087 0.320 0.154 0.013 0.298 0.004 0.006 0.036 0.031 0.026 0.025 129 E 0.007 0.009 0.005 0.007 0.011 0.013 0.058 0.383 0.435 0.062 0.010 130 T 0.024 0.087 0.026 0.007 0.063 0.008 0.048 0.262 0.290 0.166 0.019 131 A 0.131 0.079 0.009 0.002 0.159 0.006 0.019 0.115 0.164 0.232 0.085 132 E 0.093 0.136 0.044 0.018 0.231 0.049 0.102 0.158 0.078 0.069 0.021 133 V 0.414 0.037 0.004 0.003 0.326 0.003 0.010 0.028 0.019 0.031 0.125 134 F 0.099 0.248 0.030 0.017 0.536 0.009 0.005 0.011 0.009 0.018 0.018 135 E 0.287 0.060 0.006 0.001 0.599 0.002 0.004 0.009 0.004 0.004 0.026 136 L 0.283 0.072 0.007 0.005 0.483 0.007 0.007 0.014 0.011 0.026 0.086 137 H 0.328 0.065 0.010 0.002 0.459 0.001 0.005 0.013 0.008 0.023 0.086 138 W 0.045 0.292 0.126 0.018 0.226 0.023 0.025 0.088 0.053 0.072 0.033 139 E 0.150 0.319 0.113 0.007 0.330 0.001 0.001 0.022 0.009 0.010 0.037 140 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.636 0.345 0.010 0.001 141 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.902 0.078 0.004 0.001 142 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.877 0.082 0.031 0.001 143 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.924 0.064 0.007 0.001 144 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.915 0.066 0.004 0.001 145 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.909 0.051 0.010 0.001 146 M 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.879 0.080 0.017 0.002 147 I 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.010 0.850 0.108 0.017 0.002 148 K 0.003 0.013 0.006 0.005 0.007 0.015 0.035 0.837 0.070 0.007 0.002 149 K 0.023 0.018 0.016 0.006 0.022 0.005 0.018 0.617 0.082 0.170 0.023 150 V 0.024 0.102 0.032 0.005 0.053 0.007 0.014 0.551 0.143 0.056 0.014 151 A 0.022 0.089 0.022 0.007 0.039 0.007 0.019 0.584 0.173 0.028 0.010 152 E 0.009 0.035 0.022 0.015 0.025 0.020 0.096 0.568 0.155 0.051 0.005 153 T 0.034 0.069 0.035 0.023 0.054 0.029 0.056 0.242 0.139 0.266 0.052 154 E 0.092 0.115 0.033 0.018 0.160 0.017 0.032 0.192 0.134 0.149 0.060 155 K 0.084 0.054 0.019 0.018 0.113 0.034 0.052 0.166 0.157 0.230 0.073 156 E 0.084 0.296 0.112 0.012 0.321 0.003 0.007 0.042 0.047 0.048 0.026 157 Q 0.141 0.131 0.062 0.017 0.205 0.018 0.062 0.144 0.120 0.058 0.042 158 W 0.094 0.269 0.152 0.025 0.231 0.009 0.023 0.042 0.046 0.069 0.039 159 I 0.090 0.303 0.165 0.030 0.227 0.015 0.030 0.042 0.039 0.033 0.027 160 A 0.118 0.180 0.131 0.033 0.219 0.030 0.048 0.057 0.065 0.068 0.050 161 Y 0.125 0.221 0.122 0.035 0.259 0.020 0.024 0.041 0.052 0.047 0.052 162 P 0.112 0.225 0.092 0.015 0.271 0.009 0.019 0.069 0.073 0.068 0.048 163 S 0.071 0.104 0.060 0.034 0.141 0.048 0.099 0.156 0.143 0.104 0.041 164 Y 0.128 0.136 0.080 0.037 0.198 0.026 0.036 0.079 0.068 0.136 0.076