# TARGET T0578 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0578.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.82799 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.009 0.003 0.012 0.799 0.055 0.122 2 N 0.006 0.002 0.010 0.917 0.031 0.035 3 A 0.002 0.001 0.011 0.962 0.016 0.008 4 M 0.001 0.001 0.010 0.971 0.013 0.004 5 K 0.001 0.001 0.008 0.979 0.008 0.004 6 K 0.001 0.001 0.008 0.968 0.011 0.011 7 A 0.001 0.001 0.004 0.963 0.013 0.019 8 T 0.002 0.001 0.005 0.892 0.018 0.082 9 M 0.001 0.001 0.004 0.984 0.004 0.007 10 L 0.001 0.001 0.005 0.986 0.004 0.004 11 T 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.002 12 Y 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 13 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.003 14 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 15 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 16 Q 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 17 L 0.001 0.001 0.004 0.980 0.007 0.009 18 E 0.001 0.001 0.017 0.935 0.025 0.020 19 K 0.001 0.001 0.025 0.867 0.056 0.049 20 H 0.005 0.005 0.018 0.684 0.124 0.163 21 L 0.008 0.006 0.028 0.369 0.273 0.317 22 G 0.021 0.004 0.040 0.086 0.459 0.389 23 D 0.039 0.003 0.099 0.039 0.494 0.327 24 Y 0.225 0.010 0.097 0.025 0.359 0.283 25 E 0.507 0.013 0.051 0.022 0.163 0.244 26 V 0.810 0.013 0.019 0.013 0.051 0.094 27 G 0.851 0.012 0.008 0.007 0.035 0.086 28 L 0.734 0.029 0.008 0.010 0.055 0.164 29 D 0.392 0.019 0.009 0.013 0.332 0.235 30 W 0.069 0.005 0.126 0.034 0.585 0.180 31 D 0.053 0.007 0.084 0.015 0.686 0.156 32 R 0.027 0.010 0.217 0.022 0.703 0.022 33 K 0.069 0.015 0.114 0.017 0.646 0.139 34 N 0.066 0.011 0.095 0.020 0.682 0.127 35 H 0.328 0.013 0.024 0.005 0.419 0.211 36 T 0.846 0.008 0.002 0.001 0.032 0.111 37 I 0.971 0.002 0.001 0.001 0.007 0.019 38 E 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 39 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 40 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 41 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 42 R 0.991 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 43 L 0.987 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 44 Y 0.977 0.001 0.001 0.004 0.006 0.013 45 A 0.960 0.001 0.001 0.004 0.019 0.015 46 E 0.833 0.005 0.001 0.004 0.098 0.059 47 N 0.319 0.010 0.008 0.004 0.535 0.124 48 N 0.074 0.005 0.044 0.003 0.839 0.037 49 E 0.090 0.003 0.052 0.004 0.758 0.093 50 Q 0.359 0.009 0.024 0.003 0.489 0.115 51 V 0.801 0.010 0.002 0.001 0.073 0.114 52 A 0.899 0.012 0.001 0.002 0.019 0.068 53 I 0.914 0.008 0.003 0.004 0.022 0.049 54 D 0.865 0.005 0.004 0.006 0.036 0.084 55 D 0.541 0.013 0.013 0.006 0.359 0.068 56 V 0.124 0.012 0.022 0.006 0.736 0.100 57 D 0.027 0.004 0.034 0.006 0.856 0.073 58 G 0.053 0.007 0.013 0.002 0.792 0.133 59 T 0.183 0.036 0.013 0.008 0.265 0.494 60 L 0.252 0.213 0.010 0.005 0.117 0.403 61 S 0.155 0.035 0.011 0.007 0.294 0.498 62 E 0.033 0.004 0.324 0.160 0.319 0.161 63 E 0.042 0.001 0.417 0.198 0.286 0.056 64 E 0.074 0.004 0.339 0.219 0.308 0.057 65 F 0.396 0.015 0.099 0.148 0.172 0.170 66 I 0.716 0.044 0.021 0.050 0.063 0.105 67 E 0.802 0.013 0.021 0.038 0.056 0.069 68 F 0.616 0.008 0.102 0.072 0.119 0.082 69 E 0.544 0.005 0.064 0.040 0.223 0.124 70 D 0.432 0.003 0.041 0.018 0.348 0.159 71 G 0.667 0.006 0.014 0.016 0.132 0.165 72 L 0.895 0.006 0.006 0.015 0.034 0.044 73 L 0.969 0.003 0.003 0.005 0.007 0.013 74 F 0.975 0.001 0.001 0.003 0.007 0.013 75 Y 0.919 0.008 0.001 0.002 0.016 0.054 76 N 0.323 0.017 0.002 0.002 0.622 0.033 77 P 0.011 0.002 0.027 0.003 0.944 0.014 78 Q 0.003 0.001 0.040 0.004 0.941 0.012 79 K 0.021 0.013 0.038 0.003 0.913 0.012 80 S 0.098 0.032 0.011 0.008 0.284 0.567 81 V 0.230 0.121 0.015 0.020 0.185 0.429 82 V 0.221 0.059 0.011 0.015 0.225 0.468 83 D 0.168 0.018 0.014 0.012 0.218 0.571 84 D 0.027 0.002 0.582 0.121 0.197 0.072 85 E 0.045 0.003 0.445 0.105 0.326 0.075 86 E 0.079 0.003 0.360 0.084 0.391 0.082 87 Y 0.366 0.019 0.082 0.114 0.209 0.210 88 L 0.721 0.014 0.035 0.080 0.074 0.076 89 V 0.865 0.006 0.016 0.040 0.024 0.049 90 T 0.798 0.010 0.011 0.057 0.024 0.101 91 I 0.494 0.017 0.012 0.033 0.079 0.365 92 P 0.317 0.012 0.013 0.015 0.216 0.427 93 Y 0.212 0.025 0.044 0.026 0.454 0.239 94 E 0.071 0.015 0.037 0.047 0.669 0.161 95 G 0.021 0.010 0.105 0.115 0.597 0.152 96 K 0.033 0.019 0.076 0.194 0.456 0.221 97 K 0.026 0.009 0.048 0.440 0.279 0.198 98 G 0.020 0.008 0.043 0.579 0.181 0.169 99 L 0.028 0.010 0.034 0.698 0.112 0.118 100 R 0.027 0.008 0.025 0.801 0.048 0.090 101 K 0.002 0.001 0.012 0.967 0.009 0.009 102 A 0.001 0.001 0.012 0.975 0.005 0.006 103 V 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 104 L 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 105 D 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 106 G 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 107 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 108 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 109 H 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 110 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 112 K 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 113 V 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 114 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 115 L 0.001 0.001 0.003 0.994 0.003 0.001 116 D 0.001 0.001 0.005 0.985 0.008 0.002 117 E 0.001 0.001 0.006 0.938 0.022 0.034 118 G 0.001 0.001 0.004 0.049 0.055 0.890 119 Q 0.003 0.005 0.077 0.278 0.134 0.502 120 S 0.020 0.022 0.115 0.414 0.146 0.282 121 D 0.004 0.003 0.173 0.681 0.079 0.059 122 L 0.001 0.001 0.080 0.900 0.013 0.006 123 L 0.001 0.001 0.109 0.858 0.025 0.007 124 D 0.002 0.001 0.114 0.817 0.049 0.017 125 F 0.004 0.002 0.099 0.737 0.108 0.050 126 L 0.011 0.016 0.066 0.561 0.247 0.098 127 S 0.009 0.008 0.047 0.389 0.341 0.207 128 D 0.006 0.005 0.017 0.022 0.814 0.137 129 E 0.002 0.001 0.103 0.011 0.827 0.056 130 T 0.015 0.004 0.095 0.005 0.804 0.077 131 A 0.094 0.008 0.082 0.004 0.719 0.093 132 E 0.428 0.006 0.018 0.004 0.227 0.316 133 V 0.906 0.011 0.003 0.002 0.022 0.056 134 F 0.942 0.004 0.001 0.002 0.013 0.038 135 E 0.936 0.002 0.001 0.002 0.015 0.044 136 L 0.882 0.006 0.002 0.003 0.030 0.077 137 H 0.534 0.008 0.004 0.003 0.147 0.304 138 W 0.278 0.021 0.002 0.003 0.182 0.515 139 E 0.033 0.004 0.001 0.003 0.131 0.829 140 P 0.002 0.001 0.036 0.902 0.034 0.025 141 A 0.001 0.001 0.039 0.944 0.013 0.002 142 D 0.003 0.001 0.043 0.925 0.024 0.004 143 F 0.004 0.001 0.003 0.973 0.008 0.011 144 E 0.003 0.001 0.001 0.991 0.002 0.002 145 A 0.002 0.001 0.001 0.993 0.002 0.002 146 M 0.003 0.001 0.001 0.986 0.004 0.005 147 I 0.003 0.001 0.002 0.989 0.003 0.003 148 K 0.003 0.001 0.004 0.983 0.005 0.005 149 K 0.003 0.001 0.007 0.951 0.012 0.027 150 V 0.009 0.002 0.017 0.800 0.046 0.125 151 A 0.030 0.004 0.036 0.694 0.092 0.144 152 E 0.030 0.005 0.048 0.670 0.110 0.137 153 T 0.031 0.010 0.040 0.452 0.206 0.260 154 E 0.017 0.006 0.076 0.237 0.378 0.285 155 K 0.016 0.005 0.173 0.205 0.373 0.228 156 E 0.046 0.009 0.203 0.168 0.366 0.208 157 Q 0.131 0.015 0.149 0.096 0.329 0.280 158 W 0.329 0.035 0.058 0.053 0.170 0.355 159 I 0.415 0.053 0.027 0.041 0.145 0.319 160 A 0.331 0.036 0.022 0.027 0.190 0.394 161 Y 0.125 0.013 0.011 0.008 0.226 0.618 162 P 0.085 0.012 0.017 0.009 0.244 0.633 163 S 0.073 0.026 0.020 0.013 0.221 0.647 164 Y 0.059 0.021 0.026 0.018 0.213 0.662