# TARGET T0578 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0578.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.82799 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.003 0.111 0.001 0.018 0.790 0.001 0.001 0.001 0.037 0.030 0.003 0.004 2 N 0.001 0.002 0.042 0.001 0.012 0.897 0.001 0.001 0.001 0.014 0.023 0.003 0.004 3 A 0.001 0.002 0.016 0.001 0.008 0.945 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.001 0.003 4 M 0.002 0.002 0.016 0.001 0.015 0.934 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 0.001 0.002 5 K 0.002 0.001 0.021 0.001 0.015 0.923 0.001 0.001 0.001 0.007 0.025 0.002 0.002 6 K 0.001 0.001 0.023 0.001 0.012 0.929 0.001 0.001 0.001 0.006 0.025 0.001 0.002 7 A 0.001 0.001 0.019 0.001 0.012 0.798 0.001 0.001 0.001 0.013 0.155 0.001 0.001 8 T 0.001 0.004 0.053 0.001 0.010 0.434 0.001 0.001 0.001 0.023 0.474 0.001 0.001 9 M 0.001 0.003 0.070 0.001 0.018 0.784 0.001 0.001 0.001 0.014 0.108 0.001 0.001 10 L 0.001 0.001 0.022 0.001 0.009 0.937 0.001 0.001 0.001 0.010 0.019 0.001 0.001 11 T 0.001 0.001 0.009 0.001 0.005 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 12 Y 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 16 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.935 0.001 0.001 0.001 0.003 0.046 0.001 0.001 19 K 0.001 0.001 0.005 0.001 0.012 0.803 0.001 0.001 0.001 0.007 0.172 0.001 0.001 20 H 0.001 0.003 0.065 0.001 0.025 0.520 0.001 0.001 0.001 0.042 0.344 0.001 0.001 21 L 0.001 0.017 0.454 0.001 0.015 0.114 0.001 0.001 0.002 0.245 0.147 0.001 0.003 22 G 0.001 0.010 0.479 0.006 0.020 0.020 0.001 0.001 0.002 0.277 0.174 0.008 0.003 23 D 0.001 0.013 0.287 0.008 0.057 0.023 0.001 0.001 0.007 0.252 0.329 0.002 0.020 24 Y 0.004 0.033 0.350 0.007 0.045 0.028 0.002 0.001 0.030 0.260 0.144 0.075 0.020 25 E 0.016 0.035 0.460 0.025 0.025 0.013 0.007 0.003 0.042 0.087 0.043 0.015 0.230 26 V 0.065 0.033 0.257 0.028 0.016 0.015 0.026 0.012 0.093 0.078 0.040 0.268 0.070 27 G 0.164 0.021 0.185 0.006 0.010 0.011 0.024 0.010 0.045 0.043 0.041 0.116 0.324 28 L 0.188 0.031 0.219 0.018 0.013 0.016 0.025 0.007 0.026 0.094 0.060 0.106 0.198 29 D 0.106 0.014 0.277 0.009 0.011 0.012 0.007 0.002 0.009 0.056 0.046 0.305 0.145 30 W 0.058 0.021 0.188 0.022 0.040 0.019 0.004 0.001 0.004 0.150 0.225 0.027 0.242 31 D 0.043 0.014 0.282 0.010 0.063 0.026 0.003 0.001 0.003 0.131 0.226 0.087 0.112 32 R 0.022 0.013 0.085 0.013 0.137 0.039 0.001 0.001 0.001 0.115 0.471 0.037 0.066 33 K 0.015 0.011 0.111 0.008 0.104 0.031 0.001 0.001 0.001 0.130 0.468 0.055 0.064 34 N 0.008 0.006 0.077 0.050 0.037 0.008 0.001 0.001 0.001 0.153 0.572 0.027 0.061 35 H 0.058 0.007 0.196 0.025 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.133 0.276 0.156 0.133 36 T 0.200 0.013 0.052 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.015 0.008 0.090 0.607 37 I 0.513 0.001 0.011 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.288 0.168 38 E 0.794 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.132 39 V 0.783 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.139 0.067 40 I 0.871 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.081 41 V 0.863 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.042 42 R 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.049 43 L 0.892 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.028 44 Y 0.857 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.083 45 A 0.698 0.002 0.015 0.002 0.001 0.001 0.028 0.001 0.002 0.004 0.010 0.091 0.148 46 E 0.383 0.010 0.057 0.031 0.004 0.001 0.023 0.001 0.002 0.039 0.090 0.186 0.175 47 N 0.044 0.008 0.155 0.010 0.010 0.001 0.004 0.001 0.002 0.166 0.361 0.086 0.152 48 N 0.008 0.004 0.135 0.015 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.284 0.462 0.029 0.038 49 E 0.029 0.007 0.128 0.017 0.030 0.003 0.002 0.001 0.001 0.285 0.340 0.101 0.058 50 Q 0.113 0.014 0.167 0.015 0.018 0.002 0.006 0.001 0.002 0.074 0.046 0.098 0.445 51 V 0.302 0.005 0.141 0.015 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 0.013 0.002 0.225 0.278 52 A 0.351 0.007 0.041 0.004 0.001 0.001 0.029 0.001 0.005 0.004 0.001 0.273 0.283 53 I 0.337 0.005 0.023 0.007 0.001 0.001 0.038 0.001 0.005 0.003 0.001 0.119 0.460 54 D 0.245 0.009 0.049 0.070 0.002 0.003 0.026 0.001 0.008 0.012 0.005 0.416 0.156 55 D 0.049 0.007 0.241 0.018 0.009 0.005 0.007 0.001 0.013 0.060 0.041 0.067 0.483 56 V 0.013 0.004 0.111 0.016 0.030 0.014 0.002 0.001 0.006 0.135 0.540 0.086 0.044 57 D 0.003 0.004 0.079 0.010 0.020 0.011 0.001 0.001 0.005 0.145 0.694 0.009 0.018 58 G 0.003 0.008 0.265 0.003 0.011 0.005 0.001 0.001 0.006 0.504 0.146 0.035 0.013 59 T 0.005 0.040 0.636 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.014 0.068 0.011 0.034 0.183 60 L 0.009 0.372 0.325 0.005 0.001 0.002 0.007 0.001 0.008 0.038 0.005 0.047 0.180 61 S 0.003 0.039 0.776 0.016 0.004 0.006 0.001 0.001 0.005 0.040 0.012 0.047 0.050 62 E 0.003 0.003 0.077 0.006 0.231 0.273 0.001 0.001 0.001 0.106 0.275 0.007 0.019 63 E 0.007 0.002 0.068 0.013 0.303 0.246 0.002 0.001 0.002 0.066 0.267 0.011 0.013 64 E 0.008 0.006 0.194 0.013 0.260 0.226 0.003 0.001 0.008 0.091 0.136 0.027 0.027 65 F 0.046 0.034 0.215 0.022 0.074 0.167 0.012 0.002 0.026 0.048 0.053 0.018 0.284 66 I 0.089 0.023 0.157 0.020 0.013 0.063 0.016 0.003 0.030 0.038 0.011 0.471 0.067 67 E 0.083 0.023 0.160 0.016 0.008 0.069 0.021 0.007 0.049 0.020 0.017 0.054 0.473 68 F 0.104 0.009 0.191 0.040 0.027 0.122 0.019 0.004 0.018 0.037 0.049 0.178 0.201 69 E 0.079 0.008 0.128 0.111 0.043 0.109 0.017 0.004 0.031 0.092 0.155 0.090 0.133 70 D 0.096 0.003 0.105 0.122 0.043 0.050 0.016 0.004 0.034 0.141 0.113 0.137 0.136 71 G 0.298 0.005 0.137 0.036 0.013 0.013 0.029 0.003 0.023 0.043 0.019 0.095 0.286 72 L 0.517 0.005 0.030 0.008 0.003 0.007 0.066 0.014 0.037 0.007 0.003 0.148 0.153 73 L 0.704 0.001 0.008 0.009 0.001 0.005 0.076 0.012 0.014 0.003 0.005 0.055 0.107 74 F 0.729 0.001 0.014 0.001 0.001 0.002 0.062 0.008 0.008 0.004 0.003 0.082 0.085 75 Y 0.577 0.019 0.029 0.003 0.001 0.002 0.039 0.004 0.009 0.016 0.003 0.126 0.173 76 N 0.017 0.008 0.654 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.077 0.006 0.071 0.154 77 P 0.001 0.001 0.031 0.002 0.044 0.050 0.001 0.001 0.001 0.048 0.816 0.002 0.006 78 Q 0.004 0.003 0.029 0.003 0.061 0.040 0.001 0.001 0.001 0.055 0.790 0.007 0.007 79 K 0.006 0.016 0.193 0.005 0.154 0.057 0.001 0.001 0.002 0.319 0.212 0.016 0.019 80 S 0.008 0.035 0.507 0.002 0.047 0.053 0.002 0.001 0.006 0.161 0.082 0.026 0.071 81 V 0.015 0.188 0.368 0.008 0.023 0.036 0.006 0.001 0.008 0.069 0.038 0.035 0.203 82 V 0.006 0.117 0.620 0.011 0.015 0.022 0.002 0.001 0.004 0.055 0.031 0.044 0.072 83 D 0.002 0.013 0.765 0.004 0.014 0.020 0.001 0.001 0.001 0.084 0.041 0.016 0.040 84 D 0.001 0.006 0.214 0.005 0.173 0.161 0.001 0.001 0.001 0.100 0.312 0.008 0.017 85 E 0.001 0.002 0.099 0.005 0.337 0.138 0.001 0.001 0.001 0.117 0.287 0.007 0.006 86 E 0.009 0.008 0.159 0.015 0.318 0.103 0.002 0.001 0.006 0.123 0.194 0.027 0.035 87 Y 0.084 0.029 0.149 0.010 0.122 0.105 0.015 0.005 0.027 0.071 0.054 0.049 0.281 88 L 0.252 0.015 0.101 0.062 0.032 0.084 0.038 0.024 0.058 0.035 0.026 0.133 0.141 89 V 0.388 0.007 0.053 0.014 0.017 0.059 0.053 0.033 0.041 0.025 0.030 0.190 0.091 90 T 0.410 0.009 0.059 0.004 0.006 0.037 0.076 0.027 0.030 0.016 0.013 0.033 0.279 91 I 0.069 0.012 0.211 0.006 0.002 0.019 0.017 0.008 0.045 0.060 0.012 0.503 0.035 92 P 0.014 0.013 0.539 0.007 0.006 0.020 0.005 0.005 0.029 0.083 0.076 0.008 0.195 93 Y 0.008 0.024 0.473 0.010 0.023 0.023 0.002 0.001 0.010 0.212 0.154 0.036 0.024 94 E 0.002 0.018 0.289 0.004 0.062 0.048 0.001 0.001 0.004 0.204 0.347 0.007 0.014 95 G 0.001 0.009 0.313 0.001 0.069 0.082 0.001 0.001 0.002 0.224 0.291 0.003 0.006 96 K 0.001 0.008 0.215 0.001 0.084 0.284 0.001 0.001 0.001 0.167 0.230 0.004 0.004 97 K 0.002 0.012 0.078 0.001 0.048 0.353 0.001 0.001 0.002 0.132 0.359 0.004 0.008 98 G 0.004 0.016 0.086 0.001 0.040 0.553 0.001 0.001 0.002 0.054 0.230 0.005 0.009 99 L 0.008 0.020 0.195 0.001 0.023 0.615 0.001 0.001 0.003 0.048 0.056 0.009 0.019 100 R 0.002 0.003 0.081 0.001 0.009 0.860 0.001 0.001 0.002 0.017 0.015 0.004 0.006 101 K 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 103 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 104 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 110 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 111 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 115 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 116 D 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.960 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.001 0.001 117 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.567 0.001 0.001 0.001 0.014 0.409 0.001 0.001 118 G 0.001 0.002 0.096 0.001 0.007 0.253 0.001 0.001 0.001 0.055 0.587 0.001 0.001 119 Q 0.001 0.007 0.279 0.001 0.030 0.576 0.001 0.001 0.003 0.043 0.059 0.001 0.002 120 S 0.001 0.005 0.079 0.001 0.093 0.669 0.001 0.001 0.003 0.046 0.099 0.003 0.003 121 D 0.001 0.005 0.064 0.001 0.115 0.660 0.001 0.001 0.004 0.032 0.114 0.001 0.004 122 L 0.001 0.004 0.030 0.001 0.103 0.779 0.001 0.001 0.002 0.007 0.072 0.001 0.001 123 L 0.001 0.002 0.009 0.001 0.229 0.684 0.001 0.001 0.001 0.008 0.066 0.001 0.001 124 D 0.001 0.001 0.007 0.001 0.134 0.764 0.001 0.001 0.001 0.008 0.085 0.001 0.001 125 F 0.001 0.001 0.007 0.001 0.138 0.760 0.001 0.001 0.001 0.009 0.082 0.001 0.001 126 L 0.001 0.016 0.114 0.001 0.039 0.565 0.001 0.001 0.004 0.109 0.145 0.003 0.004 127 S 0.001 0.023 0.185 0.005 0.054 0.175 0.001 0.001 0.002 0.145 0.401 0.004 0.005 128 D 0.001 0.004 0.442 0.003 0.031 0.039 0.001 0.001 0.001 0.334 0.141 0.001 0.004 129 E 0.001 0.006 0.250 0.003 0.140 0.042 0.001 0.001 0.001 0.231 0.325 0.001 0.002 130 T 0.001 0.010 0.345 0.005 0.115 0.039 0.001 0.001 0.001 0.166 0.306 0.003 0.010 131 A 0.001 0.011 0.377 0.006 0.122 0.044 0.001 0.001 0.005 0.291 0.111 0.010 0.023 132 E 0.014 0.019 0.372 0.015 0.044 0.054 0.006 0.001 0.043 0.180 0.089 0.098 0.067 133 V 0.056 0.024 0.170 0.020 0.017 0.027 0.020 0.003 0.054 0.054 0.024 0.038 0.494 134 F 0.233 0.007 0.125 0.041 0.003 0.008 0.038 0.003 0.030 0.016 0.008 0.399 0.088 135 E 0.369 0.008 0.060 0.002 0.002 0.007 0.069 0.005 0.036 0.010 0.006 0.129 0.297 136 L 0.345 0.004 0.070 0.012 0.004 0.008 0.060 0.004 0.036 0.022 0.010 0.099 0.326 137 H 0.100 0.008 0.219 0.019 0.005 0.004 0.026 0.001 0.049 0.075 0.027 0.329 0.138 138 W 0.015 0.033 0.398 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.023 0.277 0.019 0.069 0.159 139 E 0.001 0.010 0.843 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.100 0.002 0.004 0.037 140 P 0.001 0.001 0.007 0.001 0.034 0.912 0.001 0.001 0.001 0.005 0.041 0.001 0.001 141 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 142 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 143 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 144 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 146 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 147 I 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 148 K 0.001 0.001 0.009 0.001 0.005 0.960 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.001 0.001 149 K 0.001 0.001 0.019 0.001 0.006 0.914 0.001 0.001 0.001 0.010 0.047 0.001 0.002 150 V 0.001 0.002 0.073 0.001 0.011 0.849 0.001 0.001 0.001 0.030 0.032 0.001 0.002 151 A 0.001 0.005 0.133 0.001 0.030 0.726 0.001 0.001 0.001 0.032 0.065 0.003 0.005 152 E 0.001 0.005 0.097 0.001 0.034 0.675 0.001 0.001 0.001 0.027 0.146 0.004 0.008 153 T 0.001 0.006 0.223 0.001 0.030 0.468 0.001 0.001 0.001 0.054 0.209 0.002 0.005 154 E 0.001 0.006 0.357 0.001 0.045 0.339 0.001 0.001 0.001 0.067 0.177 0.004 0.004 155 K 0.001 0.004 0.159 0.001 0.085 0.302 0.001 0.001 0.001 0.116 0.326 0.003 0.003 156 E 0.001 0.005 0.112 0.001 0.133 0.268 0.001 0.001 0.002 0.142 0.319 0.008 0.008 157 Q 0.007 0.027 0.171 0.003 0.117 0.271 0.002 0.003 0.012 0.159 0.156 0.021 0.052 158 W 0.025 0.070 0.253 0.012 0.066 0.188 0.008 0.009 0.032 0.108 0.085 0.044 0.101 159 I 0.018 0.041 0.402 0.019 0.031 0.068 0.005 0.006 0.026 0.148 0.074 0.115 0.048 160 A 0.012 0.041 0.483 0.015 0.034 0.042 0.004 0.004 0.015 0.121 0.130 0.018 0.083 161 Y 0.004 0.026 0.529 0.009 0.022 0.017 0.001 0.001 0.010 0.240 0.065 0.056 0.019 162 P 0.002 0.012 0.582 0.006 0.036 0.016 0.001 0.001 0.006 0.131 0.171 0.008 0.029 163 S 0.005 0.029 0.478 0.003 0.050 0.020 0.001 0.001 0.006 0.170 0.190 0.019 0.028 164 Y 0.003 0.027 0.614 0.004 0.038 0.018 0.001 0.001 0.005 0.172 0.060 0.027 0.030