# TARGET T0578 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0578.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.82799 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.187 0.098 0.075 0.134 0.127 0.123 0.107 0.059 0.048 0.027 0.017 2 N 0.394 0.163 0.130 0.151 0.070 0.041 0.027 0.011 0.007 0.004 0.002 3 A 0.067 0.109 0.087 0.185 0.150 0.116 0.136 0.069 0.048 0.021 0.011 4 M 0.057 0.014 0.024 0.027 0.031 0.052 0.141 0.163 0.192 0.166 0.131 5 K 0.016 0.043 0.265 0.214 0.187 0.140 0.095 0.023 0.010 0.005 0.002 6 K 0.013 0.047 0.326 0.176 0.107 0.099 0.120 0.052 0.034 0.018 0.009 7 A 0.044 0.039 0.101 0.166 0.174 0.172 0.164 0.074 0.041 0.019 0.006 8 T 0.164 0.179 0.266 0.168 0.097 0.064 0.041 0.012 0.005 0.002 0.001 9 M 0.002 0.014 0.056 0.044 0.042 0.063 0.157 0.153 0.197 0.167 0.105 10 L 0.004 0.010 0.055 0.044 0.086 0.148 0.328 0.147 0.100 0.053 0.026 11 T 0.110 0.115 0.563 0.154 0.038 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 12 Y 0.005 0.017 0.112 0.106 0.149 0.203 0.250 0.092 0.041 0.019 0.007 13 L 0.001 0.002 0.032 0.010 0.010 0.017 0.078 0.119 0.220 0.270 0.242 14 E 0.003 0.013 0.151 0.165 0.214 0.206 0.191 0.038 0.014 0.004 0.001 15 E 0.028 0.030 0.799 0.104 0.027 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 16 Q 0.010 0.013 0.077 0.076 0.122 0.216 0.313 0.095 0.044 0.023 0.012 17 L 0.001 0.001 0.018 0.005 0.007 0.019 0.144 0.180 0.251 0.222 0.153 18 E 0.003 0.013 0.366 0.211 0.218 0.108 0.058 0.015 0.005 0.002 0.001 19 K 0.048 0.061 0.802 0.065 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 H 0.023 0.034 0.075 0.078 0.111 0.185 0.296 0.101 0.059 0.027 0.012 21 L 0.023 0.025 0.033 0.031 0.038 0.069 0.186 0.153 0.171 0.147 0.123 22 G 0.243 0.218 0.255 0.125 0.072 0.039 0.027 0.009 0.006 0.004 0.003 23 D 0.314 0.207 0.213 0.148 0.067 0.029 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 24 Y 0.028 0.023 0.014 0.046 0.077 0.120 0.219 0.166 0.146 0.099 0.062 25 E 0.072 0.129 0.100 0.220 0.159 0.124 0.089 0.043 0.031 0.018 0.015 26 V 0.015 0.013 0.014 0.037 0.051 0.084 0.187 0.187 0.189 0.149 0.074 27 G 0.072 0.096 0.070 0.179 0.151 0.137 0.133 0.074 0.047 0.026 0.015 28 L 0.008 0.006 0.005 0.014 0.016 0.027 0.088 0.136 0.221 0.254 0.224 29 D 0.058 0.124 0.072 0.259 0.187 0.115 0.090 0.041 0.028 0.016 0.011 30 W 0.028 0.034 0.021 0.049 0.056 0.072 0.159 0.155 0.179 0.141 0.105 31 D 0.081 0.105 0.051 0.172 0.144 0.126 0.132 0.073 0.053 0.035 0.028 32 R 0.067 0.086 0.062 0.150 0.163 0.151 0.166 0.069 0.048 0.025 0.012 33 K 0.348 0.130 0.096 0.205 0.105 0.053 0.036 0.014 0.008 0.004 0.002 34 N 0.100 0.143 0.087 0.220 0.188 0.125 0.087 0.029 0.014 0.005 0.002 35 H 0.008 0.017 0.016 0.064 0.090 0.147 0.270 0.185 0.116 0.062 0.025 36 T 0.020 0.040 0.048 0.120 0.168 0.200 0.198 0.088 0.060 0.038 0.021 37 I 0.006 0.005 0.012 0.016 0.014 0.020 0.116 0.169 0.237 0.248 0.155 38 E 0.005 0.021 0.040 0.156 0.199 0.201 0.177 0.091 0.063 0.032 0.014 39 V 0.006 0.008 0.022 0.014 0.009 0.013 0.089 0.151 0.243 0.273 0.172 40 I 0.002 0.008 0.045 0.150 0.196 0.193 0.164 0.110 0.072 0.040 0.019 41 V 0.003 0.006 0.051 0.013 0.009 0.013 0.088 0.140 0.253 0.271 0.153 42 R 0.003 0.010 0.072 0.244 0.269 0.183 0.123 0.054 0.027 0.010 0.004 43 L 0.004 0.009 0.067 0.016 0.013 0.022 0.105 0.134 0.249 0.237 0.144 44 Y 0.005 0.015 0.054 0.195 0.254 0.179 0.171 0.073 0.037 0.013 0.003 45 A 0.004 0.010 0.024 0.013 0.013 0.026 0.125 0.150 0.253 0.225 0.158 46 E 0.029 0.061 0.125 0.243 0.240 0.141 0.095 0.038 0.019 0.007 0.003 47 N 0.092 0.195 0.093 0.137 0.108 0.109 0.130 0.065 0.040 0.020 0.009 48 N 0.337 0.205 0.126 0.153 0.094 0.040 0.025 0.010 0.006 0.003 0.001 49 E 0.543 0.137 0.067 0.108 0.059 0.036 0.031 0.011 0.005 0.002 0.001 50 Q 0.227 0.162 0.090 0.183 0.126 0.081 0.069 0.030 0.018 0.009 0.005 51 V 0.024 0.021 0.022 0.044 0.062 0.123 0.209 0.168 0.155 0.112 0.060 52 A 0.082 0.165 0.141 0.230 0.157 0.095 0.070 0.028 0.016 0.009 0.005 53 I 0.021 0.023 0.040 0.046 0.063 0.085 0.163 0.156 0.175 0.146 0.082 54 D 0.144 0.195 0.111 0.249 0.166 0.071 0.039 0.013 0.007 0.004 0.003 55 D 0.010 0.018 0.016 0.048 0.070 0.089 0.191 0.167 0.165 0.126 0.099 56 V 0.319 0.175 0.108 0.155 0.109 0.065 0.041 0.014 0.008 0.004 0.002 57 D 0.408 0.263 0.099 0.133 0.056 0.021 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 58 G 0.222 0.069 0.030 0.077 0.072 0.082 0.130 0.094 0.094 0.084 0.046 59 T 0.180 0.273 0.114 0.216 0.108 0.054 0.034 0.010 0.006 0.003 0.002 60 L 0.011 0.025 0.021 0.054 0.088 0.141 0.245 0.158 0.131 0.078 0.050 61 S 0.128 0.306 0.076 0.157 0.119 0.082 0.061 0.031 0.019 0.012 0.008 62 E 0.428 0.201 0.062 0.154 0.093 0.037 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 63 E 0.573 0.143 0.054 0.105 0.062 0.031 0.020 0.006 0.004 0.002 0.001 64 E 0.174 0.169 0.087 0.276 0.130 0.080 0.057 0.016 0.007 0.003 0.001 65 F 0.007 0.015 0.018 0.083 0.107 0.171 0.243 0.151 0.109 0.067 0.029 66 I 0.005 0.005 0.017 0.016 0.021 0.052 0.152 0.167 0.220 0.191 0.154 67 E 0.007 0.041 0.140 0.323 0.212 0.139 0.087 0.029 0.014 0.006 0.003 68 F 0.003 0.006 0.012 0.019 0.024 0.041 0.150 0.168 0.209 0.224 0.144 69 E 0.020 0.032 0.050 0.195 0.219 0.162 0.153 0.079 0.053 0.024 0.014 70 D 0.027 0.046 0.065 0.125 0.132 0.139 0.238 0.119 0.069 0.031 0.009 71 G 0.004 0.017 0.032 0.110 0.137 0.185 0.225 0.133 0.083 0.050 0.024 72 L 0.001 0.002 0.003 0.006 0.006 0.013 0.069 0.150 0.240 0.298 0.213 73 L 0.001 0.001 0.002 0.009 0.020 0.039 0.146 0.232 0.253 0.190 0.109 74 F 0.001 0.002 0.007 0.011 0.012 0.023 0.082 0.147 0.255 0.267 0.193 75 Y 0.001 0.002 0.003 0.019 0.034 0.055 0.153 0.210 0.259 0.180 0.085 76 N 0.005 0.023 0.012 0.089 0.132 0.147 0.253 0.179 0.109 0.038 0.012 77 P 0.238 0.133 0.070 0.202 0.146 0.091 0.069 0.029 0.015 0.006 0.002 78 Q 0.370 0.187 0.067 0.193 0.097 0.044 0.027 0.008 0.004 0.001 0.001 79 K 0.078 0.070 0.021 0.101 0.113 0.109 0.163 0.132 0.112 0.066 0.033 80 S 0.200 0.163 0.050 0.123 0.100 0.104 0.106 0.062 0.047 0.030 0.014 81 V 0.128 0.168 0.070 0.200 0.146 0.112 0.099 0.040 0.023 0.010 0.004 82 V 0.020 0.016 0.010 0.024 0.040 0.077 0.175 0.179 0.190 0.153 0.115 83 D 0.158 0.364 0.093 0.190 0.094 0.043 0.028 0.012 0.008 0.005 0.004 84 D 0.316 0.169 0.062 0.162 0.117 0.081 0.056 0.019 0.010 0.005 0.002 85 E 0.543 0.157 0.068 0.116 0.063 0.026 0.015 0.006 0.004 0.002 0.001 86 E 0.047 0.136 0.110 0.300 0.191 0.105 0.074 0.024 0.009 0.003 0.001 87 Y 0.001 0.004 0.004 0.026 0.074 0.155 0.272 0.208 0.139 0.078 0.040 88 L 0.001 0.001 0.002 0.006 0.011 0.028 0.096 0.161 0.226 0.248 0.221 89 V 0.001 0.002 0.004 0.026 0.045 0.083 0.238 0.216 0.192 0.130 0.063 90 T 0.001 0.002 0.002 0.008 0.009 0.017 0.071 0.143 0.240 0.278 0.230 91 I 0.001 0.002 0.002 0.011 0.018 0.035 0.110 0.181 0.247 0.232 0.161 92 P 0.018 0.053 0.030 0.143 0.152 0.141 0.186 0.128 0.085 0.043 0.019 93 Y 0.015 0.019 0.013 0.061 0.096 0.108 0.195 0.177 0.163 0.103 0.050 94 E 0.269 0.208 0.078 0.198 0.112 0.058 0.042 0.019 0.010 0.004 0.002 95 G 0.342 0.180 0.041 0.145 0.106 0.071 0.056 0.026 0.018 0.010 0.004 96 K 0.103 0.093 0.034 0.102 0.099 0.117 0.141 0.113 0.093 0.065 0.039 97 K 0.258 0.278 0.068 0.157 0.099 0.061 0.043 0.017 0.011 0.006 0.003 98 G 0.211 0.099 0.049 0.125 0.116 0.103 0.119 0.073 0.053 0.033 0.020 99 L 0.034 0.027 0.014 0.039 0.052 0.067 0.141 0.142 0.180 0.170 0.135 100 R 0.041 0.141 0.147 0.263 0.164 0.101 0.078 0.032 0.020 0.009 0.005 101 K 0.108 0.097 0.153 0.244 0.171 0.112 0.065 0.023 0.015 0.007 0.003 102 A 0.289 0.087 0.140 0.122 0.094 0.088 0.093 0.040 0.024 0.013 0.009 103 V 0.004 0.021 0.035 0.074 0.077 0.117 0.248 0.156 0.140 0.085 0.043 104 L 0.002 0.004 0.017 0.019 0.035 0.070 0.207 0.198 0.199 0.150 0.101 105 D 0.072 0.074 0.371 0.262 0.132 0.059 0.020 0.005 0.003 0.001 0.001 106 G 0.002 0.013 0.050 0.078 0.133 0.192 0.301 0.126 0.064 0.029 0.012 107 F 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.005 0.028 0.070 0.202 0.307 0.378 108 I 0.001 0.002 0.013 0.018 0.041 0.107 0.318 0.183 0.155 0.104 0.059 109 H 0.009 0.029 0.574 0.220 0.096 0.039 0.020 0.007 0.004 0.002 0.001 110 Y 0.001 0.001 0.005 0.009 0.020 0.066 0.286 0.214 0.182 0.137 0.078 111 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.038 0.101 0.226 0.307 0.314 112 K 0.009 0.022 0.214 0.231 0.226 0.163 0.100 0.021 0.009 0.003 0.001 113 V 0.007 0.026 0.258 0.189 0.189 0.171 0.118 0.028 0.010 0.004 0.001 114 V 0.001 0.003 0.007 0.010 0.014 0.028 0.136 0.171 0.235 0.229 0.167 115 L 0.002 0.002 0.004 0.012 0.025 0.067 0.252 0.213 0.194 0.137 0.094 116 D 0.068 0.109 0.604 0.146 0.048 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 117 E 0.165 0.186 0.119 0.191 0.134 0.106 0.075 0.016 0.005 0.002 0.001 118 G 0.151 0.081 0.038 0.048 0.037 0.050 0.118 0.120 0.138 0.129 0.089 119 Q 0.019 0.044 0.071 0.143 0.189 0.229 0.207 0.055 0.026 0.011 0.006 120 S 0.129 0.136 0.421 0.175 0.074 0.034 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 121 D 0.020 0.039 0.046 0.196 0.201 0.215 0.183 0.064 0.023 0.010 0.004 122 L 0.004 0.004 0.013 0.013 0.018 0.030 0.116 0.155 0.236 0.241 0.170 123 L 0.002 0.005 0.039 0.053 0.096 0.174 0.284 0.148 0.114 0.057 0.028 124 D 0.004 0.032 0.306 0.310 0.174 0.091 0.052 0.019 0.008 0.004 0.001 125 F 0.001 0.004 0.012 0.016 0.035 0.068 0.234 0.211 0.191 0.149 0.079 126 L 0.002 0.004 0.015 0.023 0.042 0.057 0.187 0.178 0.228 0.168 0.096 127 S 0.052 0.136 0.187 0.211 0.180 0.104 0.089 0.024 0.011 0.004 0.002 128 D 0.082 0.183 0.168 0.245 0.140 0.094 0.061 0.018 0.006 0.002 0.001 129 E 0.526 0.242 0.069 0.063 0.042 0.025 0.020 0.007 0.003 0.002 0.001 130 T 0.414 0.345 0.068 0.105 0.036 0.017 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 131 A 0.453 0.155 0.070 0.122 0.101 0.055 0.030 0.008 0.004 0.001 0.001 132 E 0.365 0.139 0.097 0.152 0.081 0.072 0.062 0.019 0.009 0.003 0.002 133 V 0.015 0.044 0.094 0.260 0.215 0.176 0.120 0.045 0.020 0.009 0.003 134 F 0.007 0.004 0.012 0.014 0.026 0.070 0.201 0.222 0.205 0.153 0.086 135 E 0.013 0.051 0.190 0.341 0.229 0.102 0.050 0.015 0.007 0.003 0.001 136 L 0.002 0.003 0.016 0.012 0.019 0.038 0.154 0.167 0.214 0.242 0.134 137 H 0.035 0.085 0.165 0.322 0.208 0.092 0.065 0.017 0.008 0.003 0.001 138 W 0.001 0.003 0.003 0.005 0.014 0.032 0.168 0.215 0.236 0.205 0.118 139 E 0.026 0.687 0.135 0.117 0.026 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 140 P 0.083 0.074 0.054 0.184 0.281 0.192 0.105 0.019 0.007 0.002 0.001 141 A 0.973 0.021 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 D 0.008 0.046 0.067 0.280 0.224 0.214 0.127 0.023 0.008 0.002 0.001 143 F 0.002 0.003 0.009 0.006 0.011 0.034 0.148 0.209 0.254 0.202 0.122 144 E 0.021 0.035 0.576 0.230 0.085 0.039 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 145 A 0.016 0.032 0.848 0.081 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 M 0.001 0.001 0.009 0.010 0.020 0.100 0.379 0.202 0.146 0.088 0.042 147 I 0.002 0.003 0.039 0.026 0.046 0.118 0.373 0.210 0.119 0.051 0.013 148 K 0.005 0.019 0.844 0.079 0.033 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 149 K 0.022 0.051 0.486 0.198 0.130 0.071 0.031 0.007 0.003 0.001 0.001 150 V 0.014 0.024 0.057 0.025 0.037 0.069 0.236 0.171 0.172 0.133 0.060 151 A 0.093 0.120 0.386 0.189 0.105 0.056 0.036 0.009 0.004 0.001 0.001 152 E 0.065 0.084 0.570 0.112 0.069 0.040 0.038 0.012 0.006 0.003 0.001 153 T 0.173 0.188 0.272 0.145 0.087 0.055 0.048 0.016 0.009 0.004 0.002 154 E 0.326 0.186 0.143 0.082 0.060 0.057 0.069 0.030 0.025 0.013 0.007 155 K 0.215 0.133 0.174 0.190 0.118 0.081 0.055 0.018 0.010 0.004 0.001 156 E 0.400 0.131 0.291 0.111 0.039 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 157 Q 0.050 0.077 0.192 0.203 0.150 0.135 0.127 0.041 0.017 0.005 0.002 158 W 0.011 0.033 0.076 0.106 0.143 0.194 0.220 0.114 0.063 0.029 0.010 159 I 0.007 0.027 0.085 0.070 0.094 0.114 0.204 0.157 0.129 0.077 0.037 160 A 0.187 0.187 0.201 0.194 0.117 0.054 0.036 0.013 0.007 0.003 0.001 161 Y 0.016 0.021 0.012 0.043 0.064 0.090 0.206 0.194 0.184 0.118 0.053 162 P 0.109 0.100 0.035 0.130 0.127 0.126 0.134 0.094 0.076 0.045 0.023 163 S 0.246 0.167 0.064 0.149 0.126 0.088 0.077 0.039 0.027 0.012 0.005 164 Y 0.085 0.054 0.024 0.080 0.088 0.106 0.168 0.149 0.123 0.083 0.039