# TARGET T0578 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0578.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.82799 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.819 0.032 0.057 0.061 0.009 0.008 0.006 0.003 0.003 0.002 0.001 2 N 0.897 0.010 0.022 0.043 0.003 0.004 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 3 A 0.940 0.008 0.012 0.032 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 M 0.931 0.010 0.016 0.033 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 5 K 0.969 0.004 0.010 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 K 0.934 0.006 0.005 0.050 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 A 0.850 0.020 0.033 0.073 0.005 0.007 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 8 T 0.768 0.024 0.036 0.090 0.013 0.021 0.022 0.007 0.017 0.002 0.001 9 M 0.963 0.001 0.002 0.026 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 T 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 Y 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.970 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 Q 0.985 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.964 0.002 0.005 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.977 0.002 0.004 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 19 K 0.942 0.006 0.008 0.040 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 H 0.439 0.016 0.024 0.484 0.003 0.013 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 21 L 0.223 0.086 0.201 0.255 0.014 0.041 0.076 0.006 0.096 0.002 0.001 22 G 0.122 0.011 0.067 0.022 0.059 0.002 0.015 0.127 0.001 0.575 0.001 23 D 0.178 0.059 0.126 0.523 0.036 0.027 0.025 0.009 0.012 0.002 0.002 24 Y 0.059 0.250 0.273 0.084 0.196 0.023 0.047 0.029 0.026 0.013 0.001 25 E 0.072 0.393 0.368 0.026 0.036 0.074 0.007 0.001 0.020 0.001 0.002 26 V 0.033 0.782 0.067 0.025 0.058 0.012 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 27 G 0.022 0.485 0.232 0.011 0.175 0.028 0.009 0.002 0.030 0.003 0.002 28 L 0.029 0.730 0.142 0.011 0.048 0.020 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 29 D 0.019 0.258 0.198 0.022 0.037 0.270 0.024 0.001 0.167 0.002 0.001 30 W 0.336 0.197 0.136 0.196 0.050 0.035 0.012 0.003 0.029 0.004 0.002 31 D 0.146 0.086 0.332 0.118 0.040 0.157 0.052 0.006 0.055 0.006 0.003 32 R 0.504 0.071 0.078 0.223 0.017 0.020 0.054 0.009 0.019 0.002 0.002 33 K 0.555 0.091 0.194 0.092 0.008 0.021 0.016 0.004 0.012 0.005 0.001 34 N 0.154 0.088 0.093 0.392 0.026 0.023 0.172 0.025 0.024 0.003 0.001 35 H 0.031 0.135 0.169 0.134 0.103 0.034 0.340 0.025 0.023 0.007 0.001 36 T 0.010 0.597 0.232 0.012 0.137 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 37 I 0.001 0.869 0.082 0.002 0.031 0.005 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 38 E 0.001 0.603 0.370 0.001 0.008 0.014 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 39 V 0.001 0.876 0.082 0.001 0.016 0.013 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 40 I 0.001 0.863 0.111 0.001 0.010 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 41 V 0.001 0.784 0.180 0.001 0.010 0.014 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 42 R 0.001 0.666 0.271 0.001 0.003 0.035 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 43 L 0.005 0.751 0.172 0.001 0.010 0.036 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 44 Y 0.016 0.581 0.269 0.006 0.013 0.088 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 45 A 0.020 0.583 0.206 0.012 0.110 0.041 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 46 E 0.189 0.363 0.196 0.147 0.036 0.040 0.004 0.001 0.022 0.002 0.001 47 N 0.021 0.163 0.342 0.071 0.136 0.102 0.060 0.003 0.091 0.010 0.001 48 N 0.411 0.031 0.051 0.210 0.025 0.012 0.159 0.081 0.008 0.010 0.001 49 E 0.346 0.103 0.138 0.283 0.052 0.009 0.031 0.020 0.007 0.011 0.001 50 Q 0.129 0.245 0.293 0.151 0.074 0.029 0.042 0.010 0.022 0.002 0.002 51 V 0.031 0.584 0.270 0.024 0.038 0.023 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 52 A 0.012 0.454 0.464 0.003 0.014 0.040 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 53 I 0.018 0.775 0.110 0.011 0.048 0.017 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 54 D 0.020 0.487 0.348 0.012 0.062 0.048 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 55 D 0.062 0.211 0.405 0.033 0.123 0.094 0.010 0.001 0.056 0.003 0.001 56 V 0.889 0.023 0.016 0.055 0.003 0.005 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 57 D 0.256 0.012 0.058 0.630 0.002 0.006 0.027 0.001 0.007 0.001 0.001 58 G 0.026 0.003 0.033 0.033 0.032 0.001 0.147 0.678 0.001 0.044 0.001 59 T 0.123 0.302 0.432 0.067 0.031 0.028 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 60 L 0.043 0.343 0.493 0.043 0.020 0.042 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 61 S 0.012 0.332 0.258 0.021 0.344 0.012 0.001 0.001 0.011 0.008 0.001 62 E 0.627 0.085 0.089 0.082 0.061 0.016 0.013 0.013 0.009 0.005 0.001 63 E 0.576 0.109 0.113 0.133 0.032 0.007 0.013 0.003 0.011 0.003 0.001 64 E 0.496 0.056 0.188 0.177 0.029 0.016 0.020 0.005 0.009 0.002 0.001 65 F 0.272 0.312 0.214 0.112 0.045 0.021 0.007 0.001 0.012 0.001 0.002 66 I 0.044 0.669 0.168 0.020 0.035 0.029 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 67 E 0.019 0.476 0.417 0.006 0.025 0.038 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 68 F 0.187 0.362 0.139 0.074 0.114 0.055 0.017 0.006 0.042 0.003 0.001 69 E 0.304 0.378 0.161 0.047 0.058 0.021 0.005 0.001 0.022 0.003 0.001 70 D 0.225 0.058 0.086 0.515 0.040 0.021 0.038 0.004 0.012 0.001 0.002 71 G 0.023 0.190 0.141 0.023 0.514 0.004 0.028 0.030 0.007 0.040 0.001 72 L 0.007 0.845 0.086 0.001 0.036 0.006 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 73 L 0.014 0.711 0.188 0.002 0.005 0.055 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 74 F 0.008 0.782 0.087 0.006 0.040 0.040 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 75 Y 0.018 0.706 0.094 0.018 0.079 0.044 0.005 0.001 0.035 0.001 0.001 76 N 0.003 0.091 0.361 0.001 0.049 0.198 0.010 0.001 0.283 0.001 0.003 77 P 0.945 0.001 0.011 0.033 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 78 Q 0.614 0.038 0.064 0.233 0.009 0.013 0.013 0.004 0.011 0.001 0.001 79 K 0.341 0.131 0.188 0.247 0.013 0.023 0.018 0.002 0.034 0.001 0.002 80 S 0.293 0.150 0.234 0.109 0.085 0.032 0.052 0.017 0.016 0.012 0.001 81 V 0.140 0.428 0.181 0.137 0.062 0.024 0.005 0.003 0.017 0.002 0.001 82 V 0.077 0.456 0.273 0.061 0.065 0.034 0.006 0.001 0.025 0.002 0.001 83 D 0.031 0.146 0.552 0.017 0.041 0.125 0.012 0.001 0.070 0.005 0.001 84 D 0.841 0.014 0.022 0.067 0.008 0.013 0.021 0.006 0.006 0.002 0.001 85 E 0.802 0.015 0.027 0.136 0.004 0.003 0.006 0.003 0.002 0.002 0.001 86 E 0.365 0.059 0.062 0.422 0.016 0.012 0.045 0.005 0.014 0.001 0.001 87 Y 0.156 0.309 0.256 0.104 0.075 0.027 0.044 0.005 0.021 0.002 0.001 88 L 0.073 0.550 0.273 0.020 0.050 0.020 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 89 V 0.021 0.812 0.055 0.012 0.081 0.008 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 90 T 0.016 0.701 0.203 0.007 0.033 0.020 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 91 I 0.005 0.617 0.159 0.001 0.018 0.029 0.004 0.001 0.167 0.001 0.001 92 P 0.028 0.019 0.893 0.002 0.001 0.049 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 93 Y 0.183 0.331 0.205 0.094 0.068 0.048 0.019 0.009 0.037 0.004 0.001 94 E 0.154 0.135 0.350 0.119 0.037 0.024 0.112 0.008 0.041 0.020 0.001 95 G 0.094 0.011 0.132 0.034 0.093 0.004 0.052 0.351 0.001 0.228 0.001 96 K 0.407 0.143 0.222 0.125 0.027 0.034 0.017 0.007 0.011 0.006 0.001 97 K 0.201 0.112 0.407 0.190 0.015 0.018 0.035 0.005 0.015 0.003 0.001 98 G 0.102 0.004 0.039 0.013 0.044 0.002 0.044 0.375 0.001 0.375 0.001 99 L 0.714 0.055 0.162 0.039 0.010 0.012 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 100 R 0.788 0.039 0.102 0.028 0.006 0.024 0.002 0.001 0.007 0.003 0.001 101 K 0.987 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.988 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 V 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 H 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 Y 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 V 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 L 0.981 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 D 0.955 0.001 0.004 0.034 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 117 E 0.391 0.005 0.018 0.577 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 118 G 0.096 0.003 0.057 0.042 0.049 0.011 0.096 0.471 0.013 0.162 0.001 119 Q 0.760 0.013 0.061 0.047 0.004 0.092 0.006 0.001 0.014 0.002 0.001 120 S 0.933 0.003 0.009 0.049 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 D 0.969 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 L 0.980 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 L 0.991 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 D 0.986 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 F 0.900 0.002 0.003 0.093 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 L 0.575 0.024 0.065 0.316 0.002 0.009 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 127 S 0.447 0.053 0.190 0.174 0.019 0.034 0.045 0.014 0.012 0.013 0.001 128 D 0.244 0.097 0.222 0.175 0.052 0.078 0.057 0.008 0.060 0.006 0.001 129 E 0.709 0.022 0.073 0.140 0.011 0.014 0.014 0.007 0.005 0.004 0.001 130 T 0.438 0.069 0.084 0.339 0.026 0.016 0.012 0.006 0.009 0.002 0.001 131 A 0.304 0.124 0.200 0.210 0.053 0.028 0.042 0.015 0.019 0.005 0.001 132 E 0.122 0.424 0.224 0.090 0.076 0.029 0.016 0.003 0.014 0.001 0.001 133 V 0.033 0.750 0.108 0.032 0.046 0.015 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 134 F 0.006 0.736 0.134 0.006 0.075 0.016 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 135 E 0.009 0.668 0.167 0.002 0.018 0.056 0.003 0.001 0.076 0.001 0.001 136 L 0.040 0.579 0.231 0.021 0.024 0.082 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 137 H 0.012 0.616 0.130 0.021 0.083 0.066 0.011 0.001 0.059 0.001 0.001 138 W 0.052 0.402 0.264 0.098 0.136 0.030 0.004 0.001 0.010 0.002 0.001 139 E 0.001 0.182 0.548 0.001 0.082 0.070 0.001 0.001 0.112 0.002 0.001 140 P 0.980 0.001 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 A 0.976 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 D 0.857 0.001 0.006 0.126 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 143 F 0.974 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 144 E 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 A 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 M 0.984 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 I 0.985 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 K 0.985 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 K 0.878 0.003 0.009 0.104 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 150 V 0.781 0.024 0.067 0.109 0.002 0.006 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 151 A 0.728 0.034 0.120 0.065 0.007 0.020 0.011 0.004 0.007 0.003 0.001 152 E 0.644 0.054 0.140 0.124 0.011 0.012 0.003 0.002 0.006 0.003 0.001 153 T 0.546 0.049 0.157 0.174 0.022 0.019 0.011 0.007 0.012 0.004 0.001 154 E 0.455 0.061 0.208 0.116 0.035 0.027 0.043 0.011 0.029 0.015 0.001 155 K 0.665 0.025 0.094 0.129 0.011 0.014 0.034 0.016 0.004 0.006 0.001 156 E 0.485 0.109 0.133 0.164 0.024 0.018 0.042 0.013 0.010 0.002 0.001 157 Q 0.213 0.319 0.233 0.139 0.042 0.021 0.012 0.002 0.017 0.001 0.001 158 W 0.108 0.422 0.304 0.047 0.036 0.039 0.013 0.001 0.028 0.001 0.001 159 I 0.035 0.579 0.261 0.004 0.026 0.025 0.003 0.001 0.066 0.001 0.001 160 A 0.109 0.045 0.752 0.015 0.001 0.064 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 161 Y 0.026 0.303 0.236 0.006 0.057 0.023 0.023 0.001 0.323 0.002 0.001 162 P 0.201 0.017 0.714 0.008 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 163 S 0.208 0.251 0.257 0.153 0.049 0.042 0.008 0.007 0.021 0.003 0.001 164 Y 0.103 0.293 0.266 0.122 0.092 0.040 0.027 0.010 0.034 0.013 0.001