# TARGET T0578 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0578.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.82799 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.014 0.053 0.019 0.005 0.034 0.004 0.007 0.722 0.112 0.025 0.006 2 N 0.005 0.006 0.003 0.001 0.008 0.002 0.007 0.881 0.070 0.014 0.003 3 A 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.006 0.920 0.044 0.015 0.001 4 M 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.914 0.061 0.011 0.001 5 K 0.001 0.008 0.005 0.001 0.002 0.002 0.010 0.874 0.087 0.009 0.001 6 K 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.025 0.875 0.075 0.012 0.001 7 A 0.003 0.212 0.063 0.007 0.031 0.020 0.045 0.563 0.046 0.009 0.002 8 T 0.011 0.012 0.007 0.006 0.006 0.004 0.019 0.519 0.090 0.282 0.044 9 M 0.006 0.006 0.003 0.002 0.004 0.002 0.004 0.861 0.072 0.036 0.004 10 L 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.917 0.067 0.004 0.001 11 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.966 0.025 0.001 0.001 12 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.968 0.022 0.003 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.927 0.058 0.011 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.039 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.959 0.028 0.002 0.001 16 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.914 0.045 0.028 0.001 17 L 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.871 0.101 0.014 0.001 18 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.013 0.820 0.146 0.007 0.001 19 K 0.002 0.009 0.007 0.002 0.004 0.003 0.089 0.792 0.081 0.011 0.001 20 H 0.015 0.012 0.011 0.006 0.017 0.034 0.274 0.413 0.101 0.104 0.013 21 L 0.147 0.259 0.058 0.022 0.222 0.009 0.019 0.052 0.030 0.106 0.076 22 G 0.020 0.037 0.042 0.144 0.026 0.143 0.072 0.126 0.122 0.231 0.037 23 D 0.121 0.072 0.038 0.021 0.173 0.022 0.058 0.048 0.083 0.274 0.089 24 Y 0.114 0.191 0.066 0.020 0.276 0.007 0.008 0.052 0.084 0.118 0.064 25 E 0.270 0.076 0.010 0.005 0.377 0.012 0.061 0.060 0.033 0.031 0.065 26 V 0.169 0.206 0.025 0.007 0.466 0.010 0.009 0.017 0.024 0.032 0.036 27 G 0.291 0.086 0.015 0.001 0.513 0.001 0.004 0.009 0.007 0.025 0.048 28 L 0.235 0.164 0.033 0.007 0.435 0.008 0.009 0.015 0.009 0.027 0.059 29 D 0.373 0.068 0.016 0.001 0.477 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.055 30 W 0.084 0.173 0.046 0.008 0.178 0.016 0.017 0.133 0.202 0.101 0.041 31 D 0.202 0.140 0.068 0.010 0.330 0.007 0.025 0.057 0.040 0.060 0.063 32 R 0.051 0.056 0.043 0.022 0.041 0.014 0.026 0.248 0.344 0.126 0.029 33 K 0.005 0.030 0.025 0.024 0.013 0.060 0.294 0.351 0.166 0.029 0.004 34 N 0.065 0.269 0.051 0.021 0.149 0.016 0.045 0.065 0.078 0.175 0.067 35 H 0.183 0.134 0.036 0.006 0.252 0.007 0.011 0.025 0.041 0.185 0.120 36 T 0.286 0.096 0.009 0.002 0.560 0.003 0.008 0.005 0.003 0.004 0.022 37 I 0.211 0.092 0.006 0.002 0.677 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 38 E 0.265 0.042 0.002 0.002 0.670 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.012 39 V 0.294 0.042 0.001 0.001 0.646 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 40 I 0.328 0.024 0.001 0.001 0.621 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 41 V 0.244 0.042 0.001 0.001 0.697 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 42 R 0.374 0.023 0.001 0.001 0.549 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.044 43 L 0.333 0.085 0.008 0.003 0.528 0.006 0.004 0.002 0.001 0.003 0.028 44 Y 0.415 0.043 0.004 0.001 0.404 0.001 0.002 0.002 0.002 0.016 0.109 45 A 0.265 0.199 0.045 0.014 0.336 0.013 0.008 0.017 0.015 0.032 0.057 46 E 0.042 0.090 0.034 0.063 0.082 0.203 0.226 0.119 0.060 0.059 0.022 47 N 0.233 0.125 0.085 0.028 0.263 0.010 0.020 0.022 0.032 0.089 0.094 48 N 0.068 0.078 0.040 0.034 0.110 0.023 0.023 0.148 0.241 0.172 0.063 49 E 0.030 0.095 0.024 0.023 0.077 0.029 0.102 0.225 0.233 0.143 0.019 50 Q 0.192 0.130 0.035 0.010 0.300 0.009 0.040 0.045 0.061 0.115 0.062 51 V 0.172 0.210 0.042 0.004 0.517 0.002 0.004 0.011 0.007 0.008 0.023 52 A 0.257 0.150 0.019 0.001 0.514 0.001 0.003 0.010 0.003 0.006 0.036 53 I 0.173 0.272 0.028 0.001 0.450 0.004 0.005 0.008 0.003 0.013 0.042 54 D 0.169 0.101 0.029 0.002 0.614 0.001 0.002 0.002 0.002 0.023 0.055 55 D 0.121 0.131 0.438 0.010 0.137 0.002 0.006 0.074 0.043 0.014 0.024 56 V 0.003 0.011 0.015 0.013 0.004 0.042 0.202 0.573 0.119 0.016 0.002 57 D 0.001 0.771 0.153 0.029 0.024 0.002 0.008 0.003 0.002 0.006 0.001 58 G 0.024 0.019 0.042 0.039 0.015 0.010 0.001 0.003 0.009 0.375 0.461 59 T 0.053 0.462 0.143 0.002 0.248 0.002 0.011 0.031 0.020 0.015 0.013 60 L 0.221 0.256 0.064 0.007 0.309 0.004 0.007 0.015 0.013 0.030 0.074 61 S 0.040 0.420 0.277 0.047 0.120 0.013 0.018 0.026 0.016 0.015 0.009 62 E 0.019 0.040 0.038 0.007 0.024 0.007 0.008 0.278 0.422 0.140 0.017 63 E 0.038 0.117 0.043 0.010 0.078 0.010 0.025 0.447 0.178 0.036 0.018 64 E 0.054 0.038 0.011 0.010 0.080 0.012 0.028 0.368 0.145 0.219 0.034 65 F 0.116 0.125 0.022 0.005 0.281 0.006 0.023 0.256 0.088 0.059 0.017 66 I 0.180 0.160 0.020 0.005 0.356 0.009 0.010 0.125 0.046 0.042 0.047 67 E 0.235 0.110 0.019 0.002 0.453 0.002 0.015 0.053 0.025 0.041 0.045 68 F 0.274 0.098 0.036 0.007 0.280 0.007 0.013 0.057 0.049 0.091 0.086 69 E 0.076 0.150 0.105 0.103 0.180 0.098 0.130 0.082 0.033 0.026 0.018 70 D 0.071 0.022 0.012 0.088 0.062 0.147 0.272 0.124 0.051 0.101 0.049 71 G 0.116 0.215 0.076 0.040 0.488 0.019 0.005 0.006 0.005 0.012 0.017 72 L 0.223 0.040 0.001 0.001 0.716 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 73 L 0.215 0.048 0.003 0.001 0.689 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.036 74 F 0.321 0.059 0.005 0.001 0.507 0.001 0.002 0.003 0.002 0.026 0.074 75 Y 0.095 0.243 0.140 0.044 0.264 0.037 0.047 0.014 0.010 0.060 0.046 76 N 0.246 0.118 0.039 0.002 0.544 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.042 77 P 0.012 0.016 0.005 0.001 0.018 0.003 0.006 0.197 0.669 0.065 0.008 78 Q 0.013 0.048 0.024 0.008 0.033 0.019 0.148 0.313 0.264 0.120 0.010 79 K 0.138 0.102 0.024 0.007 0.162 0.006 0.032 0.111 0.130 0.220 0.069 80 S 0.109 0.163 0.067 0.009 0.225 0.013 0.038 0.132 0.109 0.078 0.058 81 V 0.137 0.157 0.042 0.004 0.240 0.009 0.030 0.125 0.114 0.086 0.055 82 V 0.128 0.236 0.086 0.019 0.226 0.025 0.028 0.064 0.058 0.071 0.058 83 D 0.212 0.178 0.121 0.018 0.285 0.005 0.011 0.032 0.022 0.039 0.077 84 D 0.042 0.063 0.025 0.005 0.046 0.004 0.009 0.208 0.466 0.104 0.029 85 E 0.008 0.033 0.007 0.004 0.016 0.012 0.064 0.443 0.381 0.027 0.005 86 E 0.021 0.016 0.003 0.002 0.025 0.003 0.022 0.143 0.243 0.496 0.028 87 Y 0.105 0.251 0.037 0.002 0.351 0.002 0.013 0.085 0.067 0.073 0.015 88 L 0.409 0.063 0.006 0.001 0.440 0.001 0.002 0.010 0.006 0.009 0.053 89 V 0.110 0.211 0.041 0.006 0.593 0.004 0.006 0.009 0.003 0.004 0.013 90 T 0.312 0.103 0.018 0.002 0.451 0.001 0.004 0.009 0.004 0.014 0.081 91 I 0.098 0.356 0.164 0.010 0.318 0.004 0.008 0.016 0.004 0.005 0.016 92 P 0.171 0.206 0.054 0.008 0.328 0.015 0.032 0.062 0.022 0.041 0.060 93 Y 0.123 0.144 0.105 0.046 0.206 0.056 0.045 0.049 0.050 0.097 0.078 94 E 0.080 0.100 0.068 0.144 0.116 0.089 0.128 0.100 0.047 0.070 0.059 95 G 0.027 0.042 0.090 0.143 0.030 0.051 0.019 0.069 0.109 0.368 0.051 96 K 0.034 0.141 0.073 0.038 0.109 0.040 0.072 0.266 0.130 0.083 0.014 97 K 0.021 0.130 0.116 0.079 0.047 0.069 0.146 0.239 0.070 0.057 0.026 98 G 0.013 0.042 0.086 0.232 0.016 0.103 0.028 0.144 0.044 0.236 0.055 99 L 0.092 0.216 0.051 0.008 0.153 0.008 0.012 0.222 0.079 0.109 0.051 100 R 0.035 0.248 0.091 0.006 0.093 0.005 0.007 0.407 0.060 0.033 0.015 101 K 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.820 0.151 0.009 0.001 102 A 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.003 0.010 0.922 0.051 0.005 0.001 103 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.037 0.010 0.001 104 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.067 0.003 0.001 105 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.024 0.001 0.001 106 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.029 0.001 0.001 107 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.050 0.001 0.001 108 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.031 0.001 0.001 109 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.013 0.001 0.001 110 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.018 0.002 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.043 0.001 0.001 112 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.032 0.001 0.001 113 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.981 0.015 0.001 0.001 114 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.945 0.045 0.005 0.001 115 L 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.819 0.142 0.015 0.001 116 D 0.001 0.013 0.010 0.004 0.003 0.011 0.117 0.688 0.105 0.045 0.003 117 E 0.002 0.496 0.280 0.022 0.037 0.021 0.062 0.047 0.015 0.015 0.003 118 G 0.042 0.012 0.012 0.012 0.010 0.004 0.007 0.021 0.024 0.512 0.345 119 Q 0.052 0.093 0.018 0.013 0.094 0.022 0.035 0.207 0.222 0.196 0.049 120 S 0.016 0.094 0.031 0.010 0.049 0.014 0.018 0.423 0.275 0.054 0.017 121 D 0.016 0.029 0.011 0.006 0.030 0.003 0.022 0.523 0.237 0.113 0.010 122 L 0.009 0.033 0.007 0.001 0.016 0.002 0.010 0.617 0.184 0.118 0.004 123 L 0.003 0.006 0.002 0.001 0.011 0.001 0.004 0.686 0.269 0.015 0.003 124 D 0.002 0.004 0.002 0.001 0.005 0.002 0.013 0.853 0.111 0.006 0.001 125 F 0.003 0.006 0.003 0.001 0.006 0.001 0.017 0.595 0.152 0.213 0.003 126 L 0.026 0.048 0.010 0.001 0.050 0.003 0.017 0.541 0.131 0.153 0.018 127 S 0.032 0.135 0.073 0.011 0.110 0.020 0.050 0.142 0.083 0.313 0.030 128 D 0.057 0.094 0.135 0.010 0.148 0.004 0.021 0.232 0.176 0.090 0.034 129 E 0.006 0.013 0.008 0.002 0.008 0.004 0.036 0.626 0.257 0.037 0.004 130 T 0.012 0.219 0.049 0.010 0.067 0.006 0.063 0.212 0.162 0.189 0.010 131 A 0.098 0.061 0.022 0.010 0.094 0.011 0.020 0.143 0.131 0.281 0.129 132 E 0.113 0.168 0.030 0.011 0.259 0.020 0.049 0.116 0.080 0.110 0.044 133 V 0.274 0.100 0.014 0.012 0.444 0.017 0.038 0.023 0.015 0.027 0.036 134 F 0.134 0.222 0.012 0.003 0.609 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.011 135 E 0.172 0.116 0.008 0.001 0.647 0.001 0.003 0.010 0.005 0.011 0.027 136 L 0.289 0.115 0.009 0.001 0.489 0.002 0.003 0.004 0.002 0.011 0.074 137 H 0.248 0.097 0.016 0.001 0.494 0.001 0.003 0.002 0.002 0.038 0.099 138 W 0.066 0.406 0.225 0.009 0.226 0.007 0.010 0.006 0.006 0.021 0.020 139 E 0.087 0.407 0.139 0.001 0.352 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 140 P 0.002 0.014 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.574 0.392 0.008 0.001 141 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.889 0.107 0.002 0.001 142 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.034 0.017 0.001 143 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.037 0.017 0.001 144 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.040 0.001 0.001 145 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.974 0.021 0.002 0.001 146 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.963 0.029 0.005 0.001 147 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.918 0.068 0.008 0.001 148 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.024 0.884 0.075 0.006 0.001 149 K 0.003 0.006 0.005 0.001 0.005 0.003 0.030 0.770 0.091 0.082 0.003 150 V 0.029 0.037 0.012 0.002 0.036 0.002 0.013 0.694 0.109 0.053 0.013 151 A 0.022 0.081 0.019 0.006 0.045 0.007 0.020 0.615 0.141 0.037 0.008 152 E 0.032 0.030 0.010 0.004 0.048 0.010 0.057 0.654 0.110 0.031 0.013 153 T 0.021 0.085 0.076 0.017 0.053 0.018 0.044 0.468 0.115 0.085 0.017 154 E 0.068 0.097 0.053 0.011 0.080 0.008 0.026 0.422 0.113 0.094 0.028 155 K 0.017 0.062 0.016 0.007 0.031 0.009 0.028 0.463 0.256 0.098 0.012 156 E 0.042 0.053 0.013 0.005 0.062 0.009 0.035 0.290 0.266 0.183 0.040 157 Q 0.054 0.185 0.053 0.009 0.205 0.012 0.048 0.250 0.102 0.063 0.017 158 W 0.187 0.148 0.027 0.004 0.346 0.005 0.021 0.092 0.047 0.075 0.046 159 I 0.121 0.297 0.094 0.006 0.394 0.004 0.009 0.031 0.010 0.012 0.020 160 A 0.142 0.200 0.099 0.012 0.277 0.010 0.033 0.048 0.029 0.069 0.082 161 Y 0.054 0.436 0.240 0.006 0.217 0.002 0.004 0.015 0.007 0.006 0.015 162 P 0.044 0.385 0.113 0.005 0.189 0.007 0.022 0.116 0.089 0.018 0.013 163 S 0.074 0.111 0.043 0.009 0.120 0.022 0.110 0.192 0.167 0.109 0.042 164 Y 0.111 0.170 0.078 0.017 0.191 0.013 0.031 0.104 0.091 0.126 0.069