# TARGET T0578 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0578.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.003 0.001 0.001 0.189 0.084 0.722 2 N 0.010 0.006 0.011 0.733 0.087 0.153 3 A 0.008 0.003 0.018 0.819 0.085 0.067 4 M 0.005 0.001 0.040 0.857 0.068 0.029 5 K 0.005 0.001 0.042 0.821 0.084 0.047 6 K 0.004 0.002 0.017 0.765 0.100 0.113 7 A 0.002 0.002 0.010 0.682 0.076 0.228 8 T 0.002 0.004 0.006 0.193 0.108 0.686 9 M 0.004 0.004 0.034 0.614 0.122 0.221 10 L 0.003 0.002 0.027 0.870 0.051 0.047 11 T 0.001 0.001 0.017 0.931 0.028 0.023 12 Y 0.001 0.001 0.011 0.967 0.010 0.010 13 L 0.001 0.001 0.004 0.981 0.006 0.009 14 E 0.001 0.001 0.003 0.989 0.003 0.003 15 E 0.001 0.001 0.004 0.984 0.006 0.005 16 Q 0.001 0.001 0.006 0.971 0.012 0.008 17 L 0.003 0.002 0.012 0.948 0.024 0.012 18 E 0.006 0.001 0.018 0.833 0.095 0.046 19 K 0.009 0.001 0.030 0.706 0.155 0.099 20 H 0.019 0.006 0.033 0.367 0.289 0.286 21 L 0.049 0.010 0.032 0.195 0.312 0.402 22 G 0.087 0.037 0.019 0.067 0.265 0.523 23 D 0.079 0.010 0.013 0.032 0.220 0.646 24 Y 0.122 0.004 0.010 0.027 0.183 0.653 25 E 0.386 0.029 0.014 0.027 0.170 0.375 26 V 0.581 0.016 0.010 0.034 0.115 0.245 27 G 0.758 0.013 0.014 0.025 0.061 0.129 28 L 0.624 0.016 0.020 0.024 0.106 0.210 29 D 0.470 0.012 0.025 0.033 0.254 0.206 30 W 0.298 0.032 0.048 0.048 0.347 0.226 31 D 0.286 0.087 0.051 0.049 0.417 0.110 32 R 0.058 0.011 0.049 0.053 0.810 0.019 33 K 0.014 0.002 0.055 0.081 0.821 0.026 34 N 0.044 0.007 0.023 0.021 0.874 0.031 35 H 0.241 0.025 0.007 0.005 0.566 0.156 36 T 0.636 0.016 0.001 0.001 0.061 0.285 37 I 0.937 0.006 0.001 0.001 0.008 0.049 38 E 0.959 0.002 0.001 0.001 0.003 0.035 39 V 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 40 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 41 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 42 R 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 43 L 0.975 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 44 Y 0.967 0.002 0.001 0.001 0.009 0.019 45 A 0.953 0.003 0.003 0.002 0.018 0.022 46 E 0.927 0.006 0.002 0.001 0.028 0.035 47 N 0.592 0.033 0.004 0.006 0.319 0.045 48 N 0.080 0.001 0.018 0.013 0.863 0.025 49 E 0.049 0.002 0.015 0.009 0.902 0.024 50 Q 0.357 0.010 0.014 0.008 0.567 0.044 51 V 0.836 0.007 0.001 0.003 0.039 0.114 52 A 0.945 0.008 0.001 0.002 0.008 0.036 53 I 0.958 0.005 0.002 0.002 0.010 0.025 54 D 0.934 0.004 0.003 0.003 0.020 0.036 55 D 0.791 0.010 0.007 0.007 0.125 0.059 56 V 0.426 0.010 0.014 0.016 0.438 0.097 57 D 0.275 0.009 0.009 0.008 0.571 0.129 58 G 0.293 0.024 0.005 0.005 0.497 0.176 59 T 0.409 0.072 0.003 0.006 0.169 0.341 60 L 0.385 0.071 0.011 0.013 0.149 0.372 61 S 0.202 0.027 0.020 0.011 0.387 0.352 62 E 0.071 0.013 0.080 0.011 0.695 0.131 63 E 0.022 0.004 0.072 0.011 0.782 0.110 64 E 0.067 0.012 0.061 0.010 0.630 0.219 65 F 0.341 0.025 0.014 0.010 0.222 0.388 66 I 0.625 0.042 0.004 0.006 0.082 0.241 67 E 0.756 0.048 0.003 0.006 0.050 0.138 68 F 0.569 0.015 0.029 0.016 0.204 0.167 69 E 0.277 0.008 0.054 0.016 0.420 0.224 70 D 0.248 0.003 0.053 0.015 0.386 0.294 71 G 0.684 0.009 0.026 0.015 0.168 0.099 72 L 0.846 0.018 0.007 0.009 0.043 0.076 73 L 0.885 0.011 0.010 0.008 0.041 0.045 74 F 0.782 0.014 0.021 0.015 0.090 0.078 75 Y 0.368 0.024 0.006 0.006 0.157 0.439 76 N 0.080 0.015 0.004 0.002 0.613 0.285 77 P 0.006 0.002 0.133 0.020 0.764 0.075 78 Q 0.007 0.004 0.219 0.017 0.710 0.043 79 K 0.016 0.019 0.337 0.019 0.572 0.037 80 S 0.064 0.024 0.057 0.023 0.380 0.451 81 V 0.137 0.089 0.041 0.023 0.298 0.413 82 V 0.123 0.152 0.028 0.019 0.306 0.372 83 D 0.094 0.037 0.033 0.014 0.521 0.301 84 D 0.041 0.008 0.290 0.031 0.569 0.061 85 E 0.036 0.003 0.254 0.010 0.646 0.050 86 E 0.111 0.004 0.113 0.005 0.691 0.076 87 Y 0.514 0.015 0.020 0.003 0.258 0.190 88 L 0.760 0.016 0.006 0.002 0.091 0.125 89 V 0.910 0.004 0.002 0.001 0.035 0.048 90 T 0.935 0.004 0.001 0.001 0.016 0.043 91 I 0.868 0.005 0.001 0.001 0.032 0.093 92 P 0.670 0.006 0.004 0.002 0.106 0.212 93 Y 0.223 0.024 0.016 0.007 0.240 0.490 94 E 0.088 0.022 0.015 0.007 0.324 0.543 95 G 0.027 0.009 0.020 0.009 0.405 0.530 96 K 0.026 0.024 0.032 0.025 0.600 0.294 97 K 0.046 0.021 0.036 0.054 0.623 0.220 98 G 0.036 0.018 0.024 0.060 0.528 0.334 99 L 0.031 0.052 0.012 0.085 0.367 0.453 100 R 0.018 0.020 0.003 0.115 0.081 0.763 101 K 0.001 0.001 0.004 0.974 0.007 0.013 102 A 0.001 0.001 0.003 0.986 0.005 0.004 103 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 104 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 105 D 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 106 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 107 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 108 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 109 H 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 110 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 112 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 113 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 114 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 115 L 0.001 0.001 0.004 0.991 0.004 0.001 116 D 0.001 0.001 0.004 0.981 0.011 0.004 117 E 0.001 0.001 0.004 0.918 0.039 0.039 118 G 0.001 0.002 0.003 0.207 0.110 0.678 119 Q 0.003 0.007 0.057 0.554 0.141 0.237 120 S 0.010 0.004 0.146 0.589 0.158 0.093 121 D 0.012 0.005 0.244 0.538 0.119 0.082 122 L 0.017 0.005 0.118 0.744 0.062 0.053 123 L 0.013 0.003 0.063 0.754 0.112 0.055 124 D 0.006 0.005 0.029 0.835 0.083 0.042 125 F 0.005 0.004 0.030 0.563 0.210 0.188 126 L 0.008 0.021 0.014 0.386 0.289 0.282 127 S 0.011 0.014 0.016 0.147 0.345 0.465 128 D 0.009 0.010 0.019 0.051 0.498 0.412 129 E 0.013 0.007 0.068 0.018 0.530 0.363 130 T 0.027 0.014 0.129 0.012 0.504 0.315 131 A 0.055 0.003 0.181 0.012 0.494 0.254 132 E 0.238 0.005 0.081 0.017 0.324 0.335 133 V 0.812 0.017 0.011 0.008 0.064 0.088 134 F 0.940 0.003 0.001 0.002 0.014 0.040 135 E 0.950 0.001 0.001 0.002 0.008 0.038 136 L 0.959 0.003 0.001 0.001 0.006 0.032 137 H 0.886 0.006 0.001 0.001 0.030 0.075 138 W 0.349 0.021 0.001 0.002 0.148 0.479 139 E 0.034 0.006 0.001 0.004 0.151 0.804 140 P 0.001 0.001 0.036 0.851 0.090 0.022 141 A 0.001 0.001 0.023 0.929 0.043 0.005 142 D 0.001 0.001 0.026 0.931 0.040 0.002 143 F 0.001 0.001 0.004 0.970 0.017 0.008 144 E 0.002 0.001 0.003 0.977 0.013 0.005 145 A 0.002 0.001 0.004 0.959 0.023 0.012 146 M 0.002 0.001 0.003 0.938 0.025 0.031 147 I 0.003 0.002 0.010 0.926 0.031 0.029 148 K 0.002 0.001 0.013 0.895 0.046 0.043 149 K 0.001 0.001 0.009 0.865 0.044 0.080 150 V 0.003 0.002 0.014 0.744 0.105 0.132 151 A 0.002 0.002 0.021 0.766 0.138 0.070 152 E 0.001 0.001 0.025 0.750 0.147 0.076 153 T 0.003 0.002 0.034 0.577 0.218 0.166 154 E 0.006 0.003 0.030 0.556 0.207 0.199 155 K 0.012 0.008 0.015 0.251 0.259 0.455 156 E 0.020 0.008 0.053 0.140 0.321 0.457 157 Q 0.051 0.012 0.087 0.103 0.279 0.468 158 W 0.040 0.015 0.073 0.073 0.208 0.591 159 I 0.025 0.023 0.035 0.049 0.194 0.674 160 A 0.044 0.003 0.015 0.038 0.113 0.787 161 Y 0.065 0.012 0.014 0.039 0.128 0.742 162 P 0.054 0.024 0.010 0.031 0.114 0.767 163 S 0.035 0.012 0.008 0.029 0.091 0.825 164 Y 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.982