# TARGET T0576 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0576.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.06417 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.029 0.489 0.010 0.021 0.041 0.002 0.002 0.019 0.169 0.103 0.057 0.050 2 G 0.004 0.023 0.449 0.008 0.021 0.036 0.001 0.001 0.011 0.198 0.171 0.029 0.047 3 S 0.005 0.031 0.380 0.007 0.045 0.070 0.001 0.001 0.009 0.192 0.196 0.023 0.039 4 S 0.006 0.027 0.371 0.009 0.067 0.089 0.002 0.002 0.009 0.164 0.183 0.029 0.043 5 H 0.009 0.030 0.326 0.008 0.078 0.095 0.002 0.002 0.009 0.162 0.198 0.031 0.052 6 H 0.011 0.031 0.353 0.010 0.081 0.087 0.002 0.002 0.008 0.146 0.178 0.036 0.054 7 H 0.015 0.031 0.361 0.010 0.070 0.091 0.002 0.001 0.007 0.154 0.153 0.045 0.058 8 H 0.015 0.033 0.393 0.008 0.046 0.070 0.002 0.001 0.008 0.148 0.156 0.054 0.064 9 H 0.012 0.041 0.417 0.007 0.047 0.075 0.002 0.001 0.006 0.133 0.147 0.033 0.078 10 H 0.007 0.030 0.437 0.006 0.042 0.063 0.001 0.001 0.006 0.173 0.153 0.041 0.039 11 S 0.005 0.019 0.348 0.007 0.048 0.071 0.001 0.001 0.004 0.204 0.224 0.026 0.044 12 S 0.002 0.014 0.202 0.005 0.043 0.061 0.001 0.001 0.002 0.187 0.445 0.016 0.022 13 G 0.003 0.018 0.273 0.005 0.028 0.051 0.001 0.001 0.002 0.276 0.301 0.020 0.022 14 R 0.008 0.027 0.440 0.009 0.055 0.123 0.001 0.001 0.005 0.151 0.097 0.029 0.054 15 E 0.018 0.023 0.231 0.022 0.114 0.195 0.003 0.001 0.007 0.108 0.166 0.047 0.065 16 N 0.051 0.020 0.215 0.043 0.110 0.142 0.006 0.003 0.010 0.089 0.133 0.064 0.113 17 L 0.127 0.019 0.160 0.029 0.062 0.128 0.016 0.005 0.021 0.054 0.052 0.129 0.201 18 Y 0.194 0.028 0.131 0.034 0.046 0.082 0.029 0.009 0.030 0.031 0.040 0.138 0.209 19 F 0.120 0.020 0.175 0.040 0.054 0.084 0.022 0.012 0.045 0.044 0.056 0.149 0.179 20 Q 0.037 0.012 0.195 0.048 0.069 0.070 0.007 0.004 0.029 0.102 0.245 0.078 0.105 21 G 0.015 0.009 0.270 0.017 0.045 0.023 0.003 0.002 0.014 0.204 0.273 0.058 0.066 22 H 0.017 0.035 0.403 0.007 0.034 0.021 0.004 0.003 0.038 0.139 0.086 0.130 0.083 23 V 0.011 0.112 0.380 0.004 0.018 0.019 0.006 0.006 0.036 0.172 0.063 0.028 0.146 24 E 0.001 0.020 0.724 0.005 0.008 0.009 0.001 0.001 0.015 0.135 0.022 0.042 0.016 25 P 0.001 0.009 0.157 0.011 0.094 0.048 0.001 0.001 0.004 0.132 0.512 0.004 0.026 26 G 0.001 0.015 0.171 0.009 0.068 0.038 0.001 0.001 0.004 0.232 0.431 0.024 0.006 27 V 0.006 0.032 0.469 0.004 0.070 0.078 0.003 0.002 0.015 0.155 0.069 0.014 0.083 28 T 0.012 0.055 0.369 0.007 0.047 0.188 0.005 0.003 0.021 0.111 0.068 0.045 0.070 29 D 0.010 0.030 0.169 0.013 0.065 0.402 0.002 0.002 0.008 0.108 0.108 0.033 0.050 30 R 0.014 0.014 0.093 0.015 0.055 0.461 0.003 0.002 0.009 0.074 0.171 0.027 0.063 31 I 0.014 0.006 0.074 0.019 0.040 0.606 0.003 0.001 0.004 0.052 0.129 0.012 0.040 32 G 0.014 0.003 0.083 0.013 0.019 0.636 0.002 0.001 0.003 0.084 0.090 0.032 0.021 33 Q 0.031 0.002 0.043 0.005 0.012 0.817 0.001 0.001 0.002 0.015 0.019 0.012 0.039 34 M 0.047 0.001 0.010 0.003 0.007 0.870 0.003 0.001 0.002 0.005 0.006 0.019 0.025 35 I 0.036 0.001 0.005 0.004 0.009 0.914 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.015 36 L 0.033 0.001 0.003 0.005 0.015 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.006 37 E 0.022 0.001 0.002 0.003 0.014 0.925 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.003 0.005 38 M 0.009 0.001 0.005 0.001 0.009 0.911 0.001 0.001 0.001 0.004 0.050 0.002 0.007 39 F 0.011 0.002 0.026 0.002 0.018 0.842 0.001 0.001 0.001 0.013 0.064 0.009 0.012 40 R 0.011 0.003 0.061 0.006 0.033 0.636 0.001 0.001 0.002 0.058 0.145 0.019 0.025 41 T 0.003 0.002 0.053 0.009 0.027 0.227 0.001 0.001 0.002 0.113 0.545 0.006 0.015 42 G 0.003 0.002 0.094 0.008 0.012 0.035 0.001 0.001 0.003 0.215 0.601 0.015 0.011 43 M 0.043 0.012 0.425 0.013 0.016 0.038 0.005 0.004 0.029 0.144 0.078 0.070 0.124 44 C 0.148 0.016 0.168 0.020 0.011 0.032 0.029 0.016 0.079 0.058 0.026 0.207 0.190 45 L 0.177 0.015 0.141 0.070 0.015 0.043 0.057 0.036 0.075 0.036 0.030 0.099 0.206 46 F 0.225 0.008 0.139 0.050 0.010 0.023 0.041 0.025 0.062 0.035 0.026 0.230 0.126 47 S 0.227 0.009 0.131 0.020 0.010 0.015 0.040 0.011 0.059 0.043 0.028 0.149 0.257 48 V 0.108 0.025 0.231 0.007 0.010 0.011 0.022 0.008 0.053 0.063 0.045 0.165 0.251 49 R 0.036 0.035 0.404 0.008 0.005 0.006 0.008 0.004 0.026 0.168 0.042 0.137 0.120 50 S 0.006 0.017 0.623 0.003 0.006 0.014 0.001 0.001 0.008 0.159 0.037 0.025 0.101 51 P 0.001 0.004 0.094 0.004 0.028 0.118 0.001 0.001 0.001 0.146 0.586 0.005 0.011 52 G 0.003 0.007 0.102 0.006 0.060 0.204 0.001 0.001 0.001 0.182 0.416 0.012 0.008 53 G 0.010 0.010 0.203 0.004 0.080 0.438 0.001 0.001 0.002 0.131 0.069 0.018 0.035 54 V 0.043 0.007 0.073 0.004 0.081 0.650 0.004 0.002 0.003 0.019 0.047 0.012 0.057 55 A 0.080 0.005 0.028 0.010 0.070 0.670 0.006 0.002 0.002 0.011 0.063 0.027 0.026 56 E 0.129 0.006 0.040 0.011 0.074 0.535 0.007 0.001 0.002 0.013 0.079 0.037 0.066 57 L 0.170 0.007 0.045 0.016 0.079 0.466 0.008 0.001 0.005 0.021 0.056 0.044 0.081 58 Y 0.113 0.008 0.105 0.020 0.034 0.344 0.007 0.001 0.007 0.077 0.105 0.066 0.113 59 G 0.038 0.006 0.210 0.014 0.025 0.173 0.003 0.001 0.006 0.117 0.232 0.043 0.131 60 G 0.017 0.005 0.186 0.013 0.035 0.185 0.001 0.001 0.004 0.133 0.332 0.057 0.030 61 E 0.030 0.011 0.149 0.009 0.085 0.247 0.002 0.001 0.008 0.103 0.198 0.052 0.104 62 A 0.064 0.012 0.170 0.029 0.119 0.182 0.006 0.003 0.015 0.080 0.115 0.048 0.158 63 R 0.077 0.010 0.164 0.109 0.057 0.113 0.008 0.002 0.018 0.117 0.119 0.152 0.053 64 K 0.142 0.011 0.160 0.034 0.031 0.058 0.014 0.003 0.028 0.046 0.075 0.075 0.322 65 V 0.226 0.008 0.142 0.028 0.011 0.029 0.023 0.006 0.033 0.030 0.018 0.218 0.228 66 E 0.217 0.008 0.074 0.016 0.005 0.017 0.030 0.009 0.045 0.019 0.009 0.363 0.187 67 I 0.169 0.010 0.080 0.011 0.005 0.014 0.024 0.012 0.055 0.014 0.009 0.099 0.497 68 T 0.065 0.008 0.168 0.155 0.007 0.011 0.015 0.007 0.041 0.089 0.071 0.258 0.105 69 G 0.037 0.006 0.188 0.024 0.009 0.011 0.007 0.004 0.019 0.199 0.182 0.048 0.264 70 T 0.048 0.008 0.219 0.037 0.013 0.018 0.006 0.003 0.018 0.190 0.104 0.250 0.088 71 S 0.122 0.011 0.172 0.013 0.021 0.022 0.019 0.007 0.022 0.050 0.048 0.050 0.444 72 L 0.156 0.013 0.171 0.021 0.016 0.028 0.026 0.009 0.042 0.047 0.018 0.357 0.094 73 T 0.205 0.015 0.151 0.022 0.014 0.041 0.026 0.006 0.022 0.032 0.018 0.072 0.377 74 I 0.188 0.013 0.139 0.021 0.021 0.072 0.022 0.004 0.024 0.034 0.025 0.288 0.149 75 E 0.126 0.015 0.165 0.032 0.027 0.098 0.013 0.002 0.012 0.050 0.058 0.087 0.315 76 R 0.074 0.012 0.200 0.016 0.064 0.222 0.005 0.001 0.007 0.063 0.073 0.106 0.158 77 E 0.033 0.005 0.094 0.032 0.094 0.345 0.002 0.001 0.003 0.065 0.191 0.049 0.085 78 D 0.042 0.005 0.089 0.016 0.120 0.287 0.002 0.001 0.002 0.063 0.246 0.043 0.086 79 W 0.080 0.007 0.099 0.017 0.092 0.305 0.004 0.001 0.004 0.061 0.114 0.065 0.150 80 H 0.202 0.008 0.096 0.031 0.051 0.198 0.009 0.002 0.006 0.039 0.056 0.139 0.163 81 L 0.256 0.008 0.068 0.025 0.032 0.171 0.016 0.002 0.012 0.024 0.042 0.125 0.219 82 H 0.239 0.009 0.092 0.074 0.025 0.146 0.016 0.003 0.012 0.030 0.069 0.123 0.162 83 C 0.191 0.006 0.126 0.030 0.018 0.101 0.015 0.003 0.018 0.035 0.038 0.160 0.263 84 K 0.133 0.006 0.132 0.042 0.013 0.089 0.012 0.002 0.024 0.040 0.048 0.295 0.163 85 L 0.113 0.007 0.121 0.026 0.022 0.063 0.009 0.003 0.017 0.038 0.048 0.068 0.465 86 E 0.063 0.005 0.107 0.055 0.011 0.040 0.005 0.002 0.023 0.075 0.045 0.486 0.082 87 T 0.068 0.006 0.095 0.015 0.007 0.014 0.007 0.002 0.021 0.042 0.031 0.051 0.642 88 V 0.143 0.007 0.161 0.104 0.014 0.027 0.018 0.005 0.048 0.051 0.025 0.220 0.176 89 E 0.201 0.004 0.084 0.099 0.008 0.018 0.023 0.007 0.038 0.037 0.021 0.249 0.212 90 T 0.359 0.002 0.039 0.027 0.004 0.008 0.044 0.020 0.031 0.009 0.005 0.089 0.363 91 V 0.462 0.001 0.011 0.038 0.002 0.007 0.107 0.036 0.046 0.003 0.002 0.211 0.073 92 V 0.569 0.002 0.012 0.011 0.002 0.005 0.097 0.035 0.038 0.002 0.003 0.046 0.180 93 F 0.432 0.004 0.053 0.034 0.004 0.007 0.052 0.016 0.055 0.008 0.006 0.207 0.122 94 D 0.207 0.009 0.149 0.015 0.007 0.008 0.021 0.007 0.071 0.040 0.034 0.186 0.244 95 L 0.058 0.032 0.318 0.007 0.010 0.008 0.008 0.004 0.025 0.185 0.068 0.066 0.210 96 S 0.007 0.019 0.633 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 0.015 0.153 0.027 0.096 0.035 97 P 0.002 0.027 0.247 0.002 0.073 0.038 0.001 0.001 0.003 0.199 0.345 0.005 0.055 98 K 0.001 0.013 0.213 0.002 0.095 0.027 0.001 0.001 0.001 0.134 0.502 0.008 0.004 99 D 0.001 0.006 0.096 0.002 0.162 0.029 0.001 0.001 0.001 0.152 0.538 0.004 0.009 100 N 0.001 0.010 0.107 0.003 0.083 0.028 0.001 0.001 0.001 0.188 0.564 0.005 0.010 101 G 0.005 0.012 0.119 0.013 0.043 0.028 0.001 0.001 0.001 0.443 0.287 0.032 0.016 102 G 0.041 0.025 0.295 0.016 0.015 0.024 0.003 0.001 0.005 0.158 0.108 0.041 0.269 103 I 0.188 0.012 0.186 0.035 0.008 0.021 0.012 0.002 0.010 0.058 0.031 0.208 0.229 104 R 0.383 0.004 0.079 0.069 0.003 0.020 0.029 0.004 0.011 0.020 0.012 0.177 0.189 105 M 0.606 0.001 0.013 0.023 0.001 0.011 0.045 0.006 0.009 0.004 0.002 0.144 0.133 106 A 0.740 0.001 0.004 0.022 0.001 0.008 0.068 0.012 0.006 0.001 0.001 0.055 0.083 107 V 0.786 0.001 0.002 0.003 0.001 0.004 0.065 0.011 0.007 0.001 0.001 0.072 0.049 108 V 0.781 0.001 0.004 0.011 0.002 0.006 0.049 0.006 0.008 0.001 0.002 0.039 0.091 109 F 0.531 0.005 0.052 0.013 0.005 0.014 0.021 0.005 0.019 0.013 0.012 0.193 0.118 110 R 0.128 0.014 0.238 0.021 0.022 0.035 0.011 0.002 0.023 0.105 0.080 0.062 0.258 111 D 0.013 0.009 0.375 0.006 0.053 0.042 0.001 0.001 0.006 0.187 0.176 0.048 0.083 112 K 0.002 0.004 0.101 0.005 0.127 0.066 0.001 0.001 0.001 0.155 0.515 0.009 0.014 113 H 0.001 0.008 0.113 0.003 0.104 0.068 0.001 0.001 0.001 0.192 0.489 0.015 0.005 114 Q 0.001 0.018 0.268 0.002 0.041 0.081 0.001 0.001 0.002 0.255 0.308 0.004 0.018 115 A 0.002 0.020 0.685 0.003 0.010 0.063 0.001 0.001 0.004 0.159 0.025 0.018 0.010 116 P 0.006 0.019 0.486 0.010 0.028 0.249 0.001 0.001 0.009 0.081 0.036 0.021 0.054 117 V 0.016 0.013 0.078 0.012 0.047 0.663 0.005 0.003 0.017 0.030 0.031 0.029 0.057 118 L 0.040 0.006 0.051 0.027 0.067 0.643 0.015 0.008 0.021 0.017 0.018 0.023 0.065 119 R 0.049 0.004 0.046 0.013 0.100 0.622 0.012 0.010 0.019 0.011 0.038 0.027 0.050 120 A 0.032 0.002 0.022 0.011 0.142 0.671 0.006 0.004 0.011 0.010 0.047 0.014 0.028 121 A 0.029 0.004 0.039 0.010 0.118 0.550 0.006 0.004 0.016 0.037 0.141 0.023 0.023 122 W 0.024 0.018 0.107 0.014 0.106 0.366 0.005 0.004 0.023 0.087 0.187 0.012 0.045 123 L 0.006 0.011 0.583 0.004 0.024 0.120 0.001 0.001 0.020 0.151 0.042 0.019 0.018 124 P 0.003 0.005 0.340 0.009 0.200 0.178 0.001 0.001 0.010 0.072 0.161 0.006 0.016 125 R 0.002 0.013 0.087 0.003 0.269 0.168 0.001 0.001 0.009 0.074 0.353 0.013 0.006 126 L 0.004 0.040 0.200 0.003 0.275 0.157 0.002 0.003 0.025 0.147 0.103 0.005 0.036 127 M 0.001 0.020 0.625 0.005 0.039 0.038 0.001 0.002 0.026 0.177 0.037 0.020 0.008 128 P 0.001 0.018 0.273 0.003 0.125 0.051 0.001 0.001 0.017 0.101 0.392 0.004 0.013 129 E 0.001 0.019 0.181 0.002 0.088 0.021 0.001 0.001 0.007 0.145 0.529 0.003 0.004 130 T 0.001 0.016 0.590 0.001 0.044 0.011 0.001 0.001 0.013 0.243 0.061 0.011 0.008 131 P 0.001 0.045 0.548 0.001 0.010 0.007 0.001 0.001 0.009 0.273 0.085 0.004 0.017 132 S 0.001 0.036 0.656 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.003 0.254 0.029 0.006 0.004 133 P 0.001 0.019 0.487 0.002 0.029 0.084 0.001 0.001 0.003 0.214 0.149 0.003 0.011 134 P 0.001 0.009 0.158 0.002 0.114 0.432 0.001 0.001 0.001 0.064 0.213 0.002 0.004 135 E 0.001 0.003 0.038 0.002 0.110 0.737 0.001 0.001 0.001 0.028 0.073 0.003 0.003 136 Q 0.004 0.005 0.042 0.002 0.071 0.788 0.001 0.001 0.001 0.015 0.046 0.005 0.020 137 F 0.026 0.005 0.030 0.005 0.068 0.784 0.002 0.001 0.002 0.010 0.020 0.015 0.034 138 W 0.051 0.003 0.021 0.015 0.053 0.750 0.003 0.001 0.002 0.011 0.034 0.019 0.036 139 A 0.082 0.003 0.027 0.016 0.066 0.610 0.003 0.001 0.003 0.012 0.083 0.033 0.061 140 F 0.085 0.003 0.032 0.021 0.051 0.603 0.004 0.001 0.004 0.019 0.089 0.027 0.063 141 T 0.064 0.004 0.085 0.019 0.036 0.526 0.003 0.001 0.006 0.049 0.080 0.068 0.058 142 Q 0.073 0.003 0.094 0.025 0.057 0.432 0.004 0.001 0.008 0.048 0.090 0.055 0.109 143 R 0.054 0.005 0.105 0.024 0.055 0.306 0.004 0.002 0.010 0.090 0.198 0.096 0.051 144 Y 0.048 0.013 0.165 0.009 0.065 0.198 0.007 0.003 0.022 0.081 0.172 0.040 0.178 145 I 0.034 0.023 0.379 0.010 0.017 0.043 0.005 0.003 0.043 0.107 0.051 0.186 0.099 146 D 0.010 0.023 0.549 0.017 0.007 0.022 0.004 0.002 0.032 0.153 0.055 0.034 0.093 147 L 0.003 0.012 0.571 0.019 0.011 0.024 0.001 0.001 0.030 0.211 0.065 0.029 0.022 148 P 0.008 0.007 0.472 0.042 0.053 0.040 0.003 0.005 0.038 0.118 0.125 0.019 0.069 149 M 0.064 0.010 0.140 0.015 0.076 0.081 0.033 0.032 0.176 0.075 0.035 0.170 0.093 150 V 0.144 0.016 0.054 0.013 0.033 0.056 0.088 0.090 0.196 0.019 0.013 0.040 0.238 151 V 0.228 0.032 0.077 0.027 0.024 0.040 0.073 0.077 0.139 0.018 0.012 0.155 0.097 152 D 0.054 0.023 0.308 0.021 0.016 0.034 0.016 0.021 0.113 0.062 0.026 0.064 0.243 153 A 0.023 0.012 0.260 0.025 0.095 0.105 0.004 0.004 0.022 0.096 0.224 0.031 0.100 154 R 0.009 0.006 0.095 0.036 0.098 0.047 0.002 0.001 0.009 0.116 0.516 0.045 0.020 155 N 0.010 0.010 0.181 0.014 0.086 0.034 0.002 0.001 0.007 0.229 0.355 0.014 0.058 156 R 0.025 0.014 0.310 0.020 0.063 0.045 0.002 0.002 0.013 0.248 0.142 0.075 0.040 157 Q 0.107 0.020 0.234 0.021 0.045 0.032 0.012 0.005 0.021 0.094 0.081 0.092 0.237 158 L 0.165 0.040 0.152 0.008 0.017 0.015 0.029 0.013 0.051 0.036 0.031 0.235 0.208 159 V 0.173 0.069 0.207 0.021 0.007 0.010 0.048 0.023 0.059 0.048 0.018 0.110 0.207 160 F 0.027 0.021 0.560 0.010 0.003 0.004 0.006 0.006 0.040 0.062 0.011 0.157 0.094 161 P 0.010 0.017 0.264 0.017 0.021 0.009 0.004 0.004 0.016 0.165 0.371 0.021 0.082 162 G 0.004 0.018 0.248 0.005 0.019 0.004 0.002 0.003 0.007 0.249 0.398 0.027 0.016 163 S 0.003 0.022 0.339 0.003 0.023 0.004 0.001 0.003 0.007 0.363 0.187 0.011 0.035 164 G 0.003 0.045 0.308 0.002 0.017 0.005 0.001 0.003 0.008 0.305 0.272 0.016 0.015 165 Q 0.004 0.068 0.329 0.004 0.027 0.011 0.001 0.003 0.008 0.268 0.251 0.008 0.018 166 G 0.004 0.044 0.324 0.008 0.029 0.011 0.001 0.002 0.008 0.322 0.205 0.019 0.022 167 G 0.009 0.057 0.360 0.005 0.033 0.017 0.002 0.002 0.007 0.266 0.176 0.026 0.039 168 F 0.016 0.076 0.451 0.005 0.047 0.024 0.004 0.003 0.008 0.170 0.118 0.023 0.054 169 T 0.015 0.035 0.444 0.009 0.055 0.031 0.003 0.002 0.010 0.184 0.105 0.058 0.049 170 E 0.007 0.021 0.241 0.005 0.048 0.027 0.002 0.001 0.004 0.221 0.370 0.016 0.037 171 G 0.005 0.026 0.303 0.006 0.029 0.014 0.001 0.001 0.002 0.298 0.276 0.024 0.015 172 S 0.005 0.024 0.577 0.003 0.019 0.013 0.001 0.001 0.003 0.236 0.061 0.021 0.036