# TARGET T0576 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0576.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.06417 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.023 0.011 0.002 0.033 0.028 0.038 0.160 0.002 0.001 0.047 0.655 2 G 0.080 0.027 0.003 0.034 0.026 0.039 0.132 0.006 0.001 0.056 0.595 3 S 0.096 0.029 0.002 0.024 0.029 0.037 0.122 0.006 0.001 0.053 0.601 4 S 0.062 0.043 0.003 0.035 0.023 0.039 0.121 0.005 0.001 0.055 0.612 5 H 0.062 0.045 0.003 0.036 0.030 0.053 0.123 0.005 0.001 0.065 0.577 6 H 0.065 0.047 0.002 0.038 0.034 0.064 0.133 0.004 0.001 0.065 0.547 7 H 0.061 0.032 0.002 0.028 0.028 0.056 0.123 0.004 0.001 0.074 0.593 8 H 0.031 0.014 0.003 0.047 0.041 0.071 0.155 0.003 0.001 0.118 0.517 9 H 0.045 0.025 0.007 0.057 0.040 0.061 0.134 0.005 0.002 0.091 0.533 10 H 0.188 0.043 0.002 0.021 0.026 0.034 0.101 0.008 0.001 0.042 0.534 11 S 0.225 0.043 0.002 0.013 0.013 0.022 0.089 0.006 0.001 0.046 0.539 12 S 0.033 0.030 0.005 0.019 0.014 0.026 0.130 0.003 0.001 0.060 0.681 13 G 0.060 0.074 0.004 0.032 0.027 0.047 0.126 0.005 0.001 0.054 0.570 14 R 0.170 0.134 0.002 0.016 0.035 0.044 0.098 0.006 0.001 0.046 0.449 15 E 0.035 0.123 0.002 0.020 0.045 0.096 0.101 0.004 0.001 0.046 0.530 16 N 0.034 0.095 0.003 0.034 0.048 0.153 0.088 0.004 0.001 0.080 0.459 17 L 0.040 0.030 0.006 0.084 0.161 0.231 0.085 0.003 0.001 0.090 0.269 18 Y 0.039 0.020 0.005 0.063 0.165 0.223 0.068 0.003 0.001 0.069 0.344 19 F 0.152 0.032 0.003 0.061 0.106 0.139 0.073 0.006 0.001 0.047 0.378 20 Q 0.056 0.016 0.002 0.042 0.059 0.113 0.103 0.004 0.001 0.041 0.565 21 G 0.024 0.006 0.001 0.056 0.072 0.119 0.129 0.001 0.001 0.047 0.546 22 H 0.006 0.004 0.002 0.089 0.109 0.153 0.124 0.001 0.001 0.052 0.458 23 V 0.050 0.016 0.001 0.063 0.058 0.058 0.117 0.004 0.001 0.041 0.591 24 E 0.231 0.026 0.003 0.046 0.048 0.044 0.091 0.007 0.001 0.115 0.388 25 P 0.010 0.027 0.001 0.047 0.020 0.035 0.143 0.002 0.001 0.051 0.664 26 G 0.064 0.130 0.002 0.073 0.022 0.057 0.092 0.005 0.001 0.056 0.496 27 V 0.070 0.138 0.002 0.041 0.034 0.049 0.126 0.007 0.001 0.056 0.475 28 T 0.026 0.218 0.008 0.055 0.035 0.063 0.080 0.005 0.001 0.160 0.349 29 D 0.064 0.513 0.004 0.026 0.023 0.037 0.044 0.006 0.001 0.057 0.225 30 R 0.063 0.770 0.002 0.010 0.011 0.018 0.018 0.005 0.001 0.027 0.075 31 I 0.019 0.790 0.003 0.005 0.008 0.019 0.020 0.006 0.001 0.030 0.099 32 G 0.019 0.848 0.003 0.006 0.013 0.031 0.010 0.002 0.001 0.027 0.040 33 Q 0.018 0.817 0.002 0.009 0.013 0.030 0.012 0.003 0.001 0.039 0.058 34 M 0.011 0.863 0.003 0.006 0.023 0.028 0.007 0.003 0.001 0.027 0.030 35 I 0.014 0.855 0.003 0.004 0.016 0.035 0.006 0.004 0.001 0.032 0.032 36 L 0.051 0.757 0.003 0.005 0.019 0.027 0.011 0.004 0.001 0.061 0.062 37 E 0.033 0.229 0.015 0.021 0.052 0.078 0.039 0.004 0.003 0.415 0.112 38 M 0.028 0.082 0.073 0.034 0.058 0.095 0.057 0.009 0.011 0.389 0.162 39 F 0.382 0.128 0.016 0.039 0.044 0.037 0.061 0.016 0.003 0.071 0.202 40 R 0.095 0.063 0.011 0.017 0.026 0.041 0.085 0.008 0.003 0.074 0.577 41 T 0.038 0.070 0.005 0.029 0.015 0.039 0.108 0.003 0.001 0.045 0.646 42 G 0.061 0.062 0.007 0.068 0.041 0.077 0.138 0.005 0.001 0.066 0.473 43 M 0.017 0.011 0.004 0.076 0.097 0.125 0.158 0.003 0.001 0.091 0.418 44 C 0.027 0.014 0.002 0.230 0.120 0.195 0.073 0.002 0.001 0.094 0.241 45 L 0.017 0.010 0.002 0.129 0.095 0.171 0.083 0.002 0.001 0.071 0.419 46 F 0.007 0.004 0.001 0.194 0.144 0.242 0.079 0.001 0.001 0.055 0.273 47 S 0.010 0.002 0.001 0.097 0.172 0.368 0.059 0.001 0.001 0.051 0.238 48 V 0.003 0.001 0.001 0.082 0.215 0.284 0.090 0.001 0.001 0.035 0.291 49 R 0.035 0.003 0.003 0.096 0.141 0.154 0.069 0.002 0.001 0.067 0.429 50 S 0.714 0.009 0.001 0.019 0.012 0.011 0.030 0.006 0.001 0.024 0.174 51 P 0.048 0.020 0.001 0.010 0.008 0.008 0.083 0.003 0.001 0.020 0.798 52 G 0.015 0.035 0.003 0.016 0.036 0.035 0.074 0.002 0.001 0.033 0.752 53 G 0.085 0.137 0.004 0.025 0.130 0.189 0.064 0.005 0.001 0.071 0.289 54 V 0.045 0.095 0.002 0.023 0.111 0.194 0.084 0.010 0.001 0.072 0.363 55 A 0.033 0.031 0.006 0.018 0.213 0.407 0.029 0.005 0.002 0.053 0.203 56 E 0.049 0.014 0.003 0.020 0.193 0.362 0.038 0.002 0.001 0.039 0.281 57 L 0.052 0.013 0.003 0.018 0.227 0.227 0.048 0.002 0.001 0.046 0.364 58 Y 0.106 0.029 0.003 0.028 0.126 0.138 0.083 0.005 0.001 0.043 0.436 59 G 0.061 0.021 0.005 0.017 0.068 0.075 0.095 0.003 0.001 0.039 0.614 60 G 0.044 0.011 0.004 0.016 0.139 0.147 0.087 0.003 0.001 0.047 0.502 61 E 0.034 0.013 0.002 0.038 0.158 0.270 0.086 0.003 0.001 0.045 0.351 62 A 0.019 0.005 0.001 0.017 0.085 0.168 0.097 0.001 0.001 0.045 0.561 63 R 0.007 0.002 0.001 0.062 0.251 0.354 0.062 0.001 0.001 0.025 0.237 64 K 0.007 0.002 0.001 0.070 0.127 0.319 0.058 0.001 0.001 0.057 0.358 65 V 0.002 0.001 0.001 0.083 0.316 0.249 0.080 0.001 0.001 0.025 0.243 66 E 0.026 0.003 0.002 0.151 0.180 0.212 0.053 0.001 0.001 0.060 0.311 67 I 0.053 0.002 0.001 0.098 0.132 0.129 0.099 0.002 0.001 0.068 0.417 68 T 0.021 0.004 0.001 0.118 0.066 0.111 0.123 0.001 0.001 0.045 0.509 69 G 0.010 0.002 0.001 0.057 0.085 0.125 0.120 0.001 0.001 0.059 0.540 70 T 0.005 0.003 0.001 0.122 0.251 0.292 0.072 0.001 0.001 0.046 0.208 71 S 0.004 0.011 0.001 0.059 0.149 0.249 0.079 0.001 0.001 0.038 0.409 72 L 0.004 0.008 0.001 0.058 0.263 0.357 0.051 0.001 0.001 0.023 0.234 73 T 0.014 0.026 0.001 0.106 0.184 0.317 0.043 0.001 0.001 0.066 0.241 74 I 0.004 0.015 0.002 0.079 0.245 0.270 0.061 0.001 0.001 0.049 0.273 75 E 0.215 0.135 0.004 0.041 0.113 0.123 0.047 0.006 0.001 0.055 0.260 76 R 0.406 0.148 0.003 0.022 0.036 0.039 0.044 0.010 0.001 0.060 0.231 77 E 0.039 0.134 0.006 0.018 0.030 0.085 0.100 0.005 0.001 0.054 0.529 78 D 0.064 0.076 0.009 0.033 0.065 0.181 0.080 0.005 0.001 0.102 0.385 79 W 0.027 0.063 0.004 0.043 0.223 0.210 0.064 0.003 0.001 0.050 0.314 80 H 0.033 0.125 0.004 0.027 0.173 0.260 0.040 0.004 0.001 0.061 0.271 81 L 0.017 0.091 0.002 0.033 0.207 0.272 0.048 0.003 0.001 0.039 0.287 82 H 0.045 0.119 0.003 0.037 0.134 0.270 0.048 0.004 0.001 0.060 0.279 83 C 0.013 0.027 0.002 0.042 0.266 0.241 0.064 0.001 0.001 0.105 0.237 84 K 0.025 0.080 0.004 0.059 0.139 0.230 0.069 0.004 0.001 0.115 0.274 85 L 0.126 0.151 0.004 0.037 0.078 0.079 0.077 0.005 0.001 0.097 0.346 86 E 0.037 0.064 0.010 0.057 0.091 0.129 0.095 0.006 0.001 0.147 0.363 87 T 0.029 0.049 0.010 0.055 0.064 0.213 0.086 0.003 0.001 0.203 0.286 88 V 0.046 0.054 0.002 0.071 0.096 0.146 0.104 0.004 0.001 0.061 0.415 89 E 0.009 0.028 0.002 0.056 0.200 0.326 0.071 0.001 0.001 0.050 0.255 90 T 0.007 0.014 0.002 0.088 0.100 0.278 0.074 0.002 0.001 0.094 0.340 91 V 0.017 0.009 0.002 0.335 0.219 0.201 0.041 0.002 0.001 0.067 0.106 92 V 0.020 0.005 0.002 0.237 0.141 0.184 0.056 0.003 0.001 0.061 0.289 93 F 0.017 0.002 0.001 0.187 0.203 0.179 0.084 0.001 0.001 0.050 0.276 94 D 0.007 0.003 0.001 0.112 0.079 0.145 0.099 0.001 0.001 0.053 0.499 95 L 0.007 0.004 0.001 0.047 0.072 0.088 0.144 0.001 0.001 0.038 0.598 96 S 0.259 0.017 0.010 0.065 0.040 0.050 0.087 0.022 0.005 0.129 0.318 97 P 0.312 0.009 0.008 0.023 0.015 0.015 0.096 0.012 0.004 0.068 0.438 98 K 0.286 0.009 0.004 0.018 0.009 0.015 0.074 0.005 0.001 0.042 0.537 99 D 0.091 0.013 0.002 0.014 0.006 0.013 0.108 0.002 0.001 0.027 0.724 100 N 0.033 0.021 0.002 0.013 0.010 0.017 0.146 0.002 0.001 0.045 0.711 101 G 0.034 0.046 0.004 0.031 0.068 0.089 0.141 0.003 0.001 0.073 0.511 102 G 0.021 0.077 0.004 0.052 0.110 0.214 0.097 0.004 0.001 0.099 0.321 103 I 0.023 0.065 0.002 0.067 0.172 0.316 0.058 0.003 0.001 0.080 0.214 104 R 0.008 0.048 0.001 0.083 0.191 0.499 0.025 0.001 0.001 0.054 0.091 105 M 0.002 0.033 0.001 0.106 0.192 0.476 0.030 0.001 0.001 0.041 0.119 106 A 0.003 0.027 0.001 0.080 0.349 0.460 0.013 0.001 0.001 0.027 0.039 107 V 0.006 0.034 0.001 0.109 0.339 0.390 0.013 0.001 0.001 0.055 0.052 108 V 0.010 0.022 0.003 0.066 0.338 0.377 0.023 0.002 0.001 0.047 0.110 109 F 0.041 0.014 0.009 0.088 0.263 0.283 0.047 0.003 0.001 0.087 0.164 110 R 0.183 0.016 0.014 0.034 0.073 0.083 0.070 0.011 0.005 0.092 0.419 111 D 0.435 0.018 0.005 0.011 0.026 0.022 0.056 0.007 0.001 0.037 0.382 112 K 0.058 0.009 0.003 0.003 0.011 0.012 0.068 0.002 0.001 0.025 0.809 113 H 0.008 0.022 0.001 0.018 0.032 0.050 0.126 0.001 0.001 0.020 0.722 114 Q 0.006 0.116 0.001 0.013 0.022 0.046 0.062 0.002 0.001 0.019 0.713 115 A 0.014 0.227 0.001 0.016 0.116 0.083 0.066 0.002 0.001 0.050 0.425 116 P 0.023 0.720 0.001 0.011 0.037 0.069 0.012 0.003 0.001 0.025 0.098 117 V 0.052 0.535 0.004 0.033 0.025 0.065 0.028 0.007 0.002 0.086 0.164 118 L 0.120 0.294 0.023 0.155 0.033 0.069 0.035 0.017 0.007 0.077 0.170 119 R 0.284 0.283 0.005 0.068 0.029 0.079 0.025 0.030 0.002 0.021 0.174 120 A 0.126 0.046 0.006 0.035 0.022 0.036 0.072 0.008 0.004 0.185 0.461 121 A 0.012 0.061 0.013 0.058 0.109 0.100 0.113 0.002 0.002 0.064 0.467 122 W 0.038 0.224 0.007 0.051 0.032 0.057 0.068 0.012 0.002 0.046 0.464 123 L 0.381 0.080 0.011 0.025 0.013 0.013 0.054 0.171 0.022 0.042 0.189 124 P 0.421 0.026 0.006 0.014 0.021 0.021 0.067 0.008 0.004 0.075 0.337 125 R 0.009 0.008 0.002 0.027 0.013 0.035 0.089 0.001 0.001 0.035 0.780 126 L 0.021 0.015 0.003 0.040 0.009 0.018 0.203 0.002 0.001 0.075 0.613 127 M 0.160 0.016 0.006 0.047 0.017 0.018 0.163 0.016 0.006 0.101 0.451 128 P 0.036 0.010 0.003 0.029 0.010 0.014 0.128 0.003 0.001 0.061 0.706 129 E 0.037 0.010 0.001 0.027 0.008 0.017 0.105 0.003 0.001 0.041 0.751 130 T 0.087 0.009 0.001 0.033 0.007 0.013 0.160 0.003 0.001 0.085 0.601 131 P 0.006 0.004 0.001 0.023 0.004 0.007 0.150 0.001 0.001 0.034 0.770 132 S 0.019 0.035 0.003 0.034 0.008 0.010 0.115 0.002 0.001 0.047 0.727 133 P 0.257 0.371 0.003 0.006 0.002 0.003 0.047 0.022 0.001 0.029 0.260 134 P 0.256 0.577 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.008 0.001 0.025 0.107 135 E 0.023 0.714 0.001 0.003 0.001 0.005 0.026 0.002 0.001 0.029 0.195 136 Q 0.026 0.598 0.004 0.008 0.007 0.033 0.048 0.005 0.001 0.085 0.186 137 F 0.037 0.184 0.008 0.022 0.035 0.073 0.058 0.007 0.002 0.444 0.130 138 W 0.037 0.266 0.007 0.024 0.080 0.107 0.049 0.004 0.002 0.194 0.231 139 A 0.034 0.332 0.007 0.023 0.080 0.122 0.049 0.005 0.001 0.099 0.249 140 F 0.050 0.159 0.019 0.024 0.088 0.171 0.067 0.015 0.006 0.118 0.284 141 T 0.202 0.150 0.010 0.029 0.104 0.121 0.052 0.008 0.004 0.066 0.253 142 Q 0.097 0.044 0.009 0.020 0.062 0.070 0.065 0.005 0.002 0.053 0.573 143 R 0.061 0.018 0.004 0.051 0.115 0.140 0.103 0.004 0.001 0.049 0.453 144 Y 0.116 0.006 0.005 0.029 0.031 0.052 0.112 0.002 0.001 0.050 0.595 145 I 0.002 0.001 0.001 0.034 0.102 0.117 0.179 0.001 0.001 0.015 0.548 146 D 0.045 0.030 0.001 0.034 0.022 0.054 0.078 0.003 0.001 0.030 0.704 147 L 0.100 0.046 0.001 0.036 0.101 0.079 0.129 0.004 0.001 0.052 0.452 148 P 0.009 0.053 0.001 0.050 0.047 0.106 0.121 0.002 0.001 0.063 0.546 149 M 0.015 0.032 0.001 0.133 0.126 0.329 0.067 0.002 0.001 0.053 0.243 150 V 0.027 0.051 0.002 0.156 0.084 0.131 0.070 0.003 0.001 0.089 0.386 151 V 0.015 0.025 0.009 0.084 0.231 0.173 0.057 0.003 0.001 0.132 0.268 152 D 0.165 0.053 0.008 0.052 0.093 0.144 0.062 0.007 0.002 0.097 0.316 153 A 0.253 0.027 0.007 0.021 0.047 0.059 0.090 0.008 0.002 0.069 0.417 154 R 0.057 0.012 0.007 0.037 0.038 0.098 0.119 0.006 0.002 0.063 0.561 155 N 0.068 0.010 0.004 0.032 0.041 0.096 0.111 0.003 0.001 0.048 0.587 156 R 0.009 0.002 0.001 0.041 0.099 0.124 0.129 0.001 0.001 0.031 0.562 157 Q 0.005 0.001 0.001 0.099 0.173 0.283 0.086 0.001 0.001 0.054 0.296 158 L 0.002 0.001 0.001 0.174 0.145 0.238 0.082 0.001 0.001 0.046 0.311 159 V 0.010 0.002 0.001 0.237 0.142 0.123 0.072 0.001 0.001 0.043 0.369 160 F 0.081 0.003 0.002 0.208 0.134 0.132 0.069 0.003 0.001 0.093 0.276 161 P 0.034 0.004 0.001 0.079 0.021 0.032 0.141 0.002 0.001 0.032 0.654 162 G 0.101 0.006 0.003 0.108 0.030 0.046 0.127 0.004 0.001 0.059 0.515 163 S 0.050 0.008 0.003 0.084 0.027 0.044 0.157 0.004 0.001 0.057 0.565 164 G 0.126 0.016 0.002 0.061 0.030 0.051 0.146 0.006 0.001 0.057 0.504 165 Q 0.080 0.008 0.002 0.036 0.045 0.072 0.133 0.003 0.001 0.084 0.537 166 G 0.020 0.008 0.001 0.050 0.055 0.098 0.148 0.002 0.001 0.049 0.568 167 G 0.037 0.007 0.002 0.033 0.088 0.158 0.116 0.002 0.001 0.048 0.509 168 F 0.064 0.004 0.002 0.024 0.099 0.129 0.129 0.003 0.001 0.053 0.493 169 T 0.119 0.005 0.002 0.029 0.060 0.088 0.109 0.002 0.001 0.058 0.527 170 E 0.031 0.003 0.001 0.017 0.031 0.052 0.126 0.001 0.001 0.022 0.716 171 G 0.044 0.004 0.001 0.016 0.024 0.040 0.133 0.001 0.001 0.024 0.712 172 S 0.036 0.006 0.001 0.020 0.044 0.057 0.137 0.002 0.001 0.030 0.667