# TARGET T0576 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0576.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.06417 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.113 0.269 0.290 0.158 0.065 0.024 0.038 0.005 0.029 0.006 0.001 2 G 0.043 0.040 0.114 0.037 0.138 0.025 0.078 0.235 0.013 0.278 0.001 3 S 0.251 0.188 0.298 0.124 0.065 0.030 0.011 0.004 0.019 0.007 0.002 4 S 0.277 0.180 0.213 0.171 0.057 0.039 0.021 0.006 0.025 0.009 0.001 5 H 0.276 0.177 0.177 0.181 0.073 0.036 0.036 0.008 0.027 0.008 0.001 6 H 0.254 0.180 0.187 0.189 0.071 0.038 0.039 0.007 0.029 0.006 0.002 7 H 0.261 0.199 0.189 0.185 0.059 0.037 0.029 0.007 0.027 0.005 0.001 8 H 0.261 0.201 0.183 0.181 0.059 0.041 0.033 0.006 0.029 0.006 0.001 9 H 0.246 0.210 0.187 0.186 0.054 0.042 0.030 0.005 0.034 0.005 0.001 10 H 0.262 0.188 0.221 0.160 0.056 0.040 0.029 0.005 0.029 0.008 0.001 11 S 0.331 0.176 0.188 0.154 0.043 0.036 0.024 0.005 0.033 0.007 0.002 12 S 0.227 0.106 0.251 0.244 0.046 0.022 0.060 0.011 0.018 0.013 0.001 13 G 0.062 0.021 0.081 0.043 0.075 0.019 0.086 0.350 0.008 0.255 0.001 14 R 0.347 0.139 0.334 0.093 0.030 0.022 0.011 0.002 0.015 0.005 0.002 15 E 0.427 0.105 0.227 0.147 0.027 0.022 0.024 0.003 0.013 0.004 0.001 16 N 0.231 0.177 0.175 0.147 0.128 0.037 0.054 0.014 0.028 0.009 0.001 17 L 0.193 0.379 0.267 0.059 0.045 0.026 0.008 0.001 0.019 0.001 0.002 18 Y 0.179 0.476 0.203 0.049 0.039 0.028 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 19 F 0.142 0.386 0.246 0.061 0.062 0.049 0.009 0.001 0.041 0.001 0.001 20 Q 0.163 0.241 0.298 0.154 0.049 0.022 0.040 0.003 0.024 0.003 0.002 21 G 0.052 0.035 0.084 0.042 0.118 0.014 0.108 0.334 0.006 0.207 0.001 22 H 0.114 0.233 0.323 0.167 0.076 0.036 0.021 0.004 0.019 0.006 0.002 23 V 0.168 0.289 0.377 0.070 0.030 0.030 0.010 0.003 0.016 0.006 0.002 24 E 0.036 0.238 0.495 0.008 0.023 0.027 0.006 0.001 0.160 0.004 0.003 25 P 0.184 0.006 0.720 0.025 0.004 0.008 0.003 0.001 0.004 0.001 0.045 26 G 0.033 0.012 0.074 0.022 0.060 0.016 0.026 0.630 0.004 0.124 0.001 27 V 0.330 0.190 0.331 0.086 0.028 0.021 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 28 T 0.363 0.148 0.193 0.112 0.061 0.063 0.022 0.003 0.024 0.009 0.001 29 D 0.717 0.031 0.064 0.097 0.034 0.024 0.016 0.004 0.005 0.009 0.001 30 R 0.820 0.035 0.032 0.058 0.024 0.014 0.005 0.001 0.008 0.002 0.001 31 I 0.918 0.017 0.028 0.026 0.004 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 32 G 0.978 0.002 0.003 0.004 0.005 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.994 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 M 0.994 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 E 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 M 0.974 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 F 0.932 0.007 0.008 0.042 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 40 R 0.832 0.016 0.031 0.094 0.006 0.007 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 41 T 0.445 0.026 0.087 0.375 0.010 0.008 0.041 0.002 0.005 0.001 0.001 42 G 0.112 0.016 0.055 0.094 0.055 0.013 0.157 0.405 0.004 0.088 0.001 43 M 0.165 0.255 0.290 0.126 0.082 0.032 0.028 0.005 0.014 0.003 0.001 44 C 0.093 0.467 0.265 0.041 0.048 0.055 0.009 0.001 0.019 0.001 0.001 45 L 0.104 0.464 0.276 0.039 0.035 0.062 0.005 0.001 0.013 0.001 0.002 46 F 0.061 0.580 0.142 0.043 0.106 0.027 0.007 0.001 0.032 0.001 0.001 47 S 0.044 0.385 0.314 0.038 0.088 0.067 0.015 0.001 0.046 0.001 0.001 48 V 0.086 0.467 0.271 0.047 0.048 0.040 0.006 0.001 0.029 0.001 0.004 49 R 0.102 0.439 0.242 0.073 0.064 0.035 0.008 0.002 0.029 0.004 0.001 50 S 0.024 0.177 0.449 0.012 0.072 0.045 0.015 0.001 0.191 0.014 0.001 51 P 0.422 0.009 0.437 0.065 0.006 0.010 0.004 0.001 0.006 0.003 0.040 52 G 0.075 0.011 0.062 0.042 0.042 0.007 0.042 0.603 0.001 0.114 0.001 53 G 0.251 0.065 0.235 0.094 0.117 0.039 0.058 0.085 0.005 0.049 0.001 54 V 0.439 0.341 0.106 0.064 0.028 0.010 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 55 A 0.509 0.275 0.095 0.027 0.066 0.011 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 56 E 0.356 0.304 0.159 0.032 0.076 0.032 0.005 0.001 0.035 0.001 0.001 57 L 0.377 0.217 0.253 0.064 0.029 0.032 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 58 Y 0.177 0.353 0.190 0.153 0.053 0.015 0.011 0.001 0.045 0.002 0.001 59 G 0.100 0.041 0.136 0.061 0.132 0.017 0.219 0.143 0.009 0.143 0.001 60 G 0.207 0.040 0.132 0.063 0.113 0.018 0.059 0.184 0.004 0.179 0.001 61 E 0.391 0.159 0.152 0.216 0.036 0.017 0.010 0.003 0.012 0.003 0.001 62 A 0.249 0.262 0.201 0.122 0.095 0.018 0.023 0.004 0.021 0.004 0.001 63 R 0.180 0.433 0.195 0.070 0.061 0.016 0.021 0.001 0.020 0.001 0.002 64 K 0.065 0.363 0.367 0.051 0.069 0.053 0.012 0.001 0.015 0.001 0.004 65 V 0.011 0.808 0.120 0.007 0.021 0.010 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 66 E 0.008 0.381 0.463 0.004 0.012 0.119 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 67 I 0.024 0.693 0.170 0.014 0.031 0.035 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 68 T 0.030 0.558 0.169 0.038 0.138 0.014 0.018 0.002 0.030 0.003 0.001 69 G 0.016 0.063 0.077 0.026 0.379 0.021 0.076 0.151 0.012 0.179 0.001 70 T 0.088 0.420 0.234 0.094 0.108 0.021 0.012 0.003 0.017 0.003 0.001 71 S 0.049 0.491 0.204 0.051 0.137 0.029 0.010 0.003 0.022 0.003 0.001 72 L 0.040 0.618 0.210 0.023 0.065 0.026 0.004 0.001 0.010 0.001 0.002 73 T 0.034 0.624 0.236 0.014 0.030 0.046 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 74 I 0.078 0.502 0.282 0.017 0.053 0.037 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 75 E 0.100 0.363 0.337 0.038 0.061 0.056 0.007 0.001 0.034 0.001 0.001 76 R 0.141 0.251 0.404 0.031 0.059 0.044 0.015 0.001 0.049 0.003 0.002 77 E 0.642 0.066 0.181 0.052 0.023 0.013 0.007 0.001 0.009 0.003 0.003 78 D 0.328 0.152 0.140 0.219 0.067 0.037 0.031 0.005 0.018 0.002 0.001 79 W 0.205 0.342 0.207 0.127 0.043 0.026 0.022 0.003 0.024 0.001 0.001 80 H 0.141 0.445 0.205 0.060 0.075 0.034 0.015 0.002 0.021 0.001 0.001 81 L 0.115 0.533 0.195 0.049 0.052 0.033 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 82 H 0.121 0.492 0.211 0.060 0.049 0.040 0.009 0.001 0.018 0.001 0.001 83 C 0.060 0.490 0.204 0.039 0.122 0.034 0.012 0.002 0.034 0.002 0.001 84 K 0.073 0.337 0.417 0.029 0.041 0.063 0.010 0.001 0.026 0.001 0.002 85 L 0.146 0.325 0.381 0.037 0.038 0.042 0.006 0.001 0.021 0.001 0.002 86 E 0.176 0.397 0.257 0.047 0.063 0.025 0.008 0.002 0.022 0.002 0.001 87 T 0.081 0.407 0.271 0.058 0.087 0.044 0.012 0.001 0.036 0.001 0.001 88 V 0.130 0.457 0.280 0.028 0.056 0.020 0.006 0.001 0.020 0.001 0.002 89 E 0.114 0.475 0.240 0.039 0.077 0.030 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 90 T 0.034 0.681 0.127 0.020 0.098 0.019 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 91 V 0.024 0.760 0.134 0.009 0.033 0.028 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 92 V 0.032 0.642 0.187 0.020 0.031 0.067 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 93 F 0.039 0.612 0.127 0.043 0.091 0.033 0.008 0.002 0.042 0.002 0.001 94 D 0.024 0.182 0.423 0.040 0.066 0.156 0.051 0.001 0.051 0.003 0.002 95 L 0.227 0.268 0.247 0.144 0.040 0.027 0.009 0.003 0.023 0.005 0.008 96 S 0.023 0.167 0.342 0.013 0.078 0.034 0.016 0.001 0.311 0.016 0.001 97 P 0.432 0.005 0.364 0.040 0.005 0.016 0.001 0.001 0.004 0.003 0.129 98 K 0.572 0.072 0.102 0.197 0.017 0.013 0.008 0.007 0.009 0.003 0.001 99 D 0.305 0.084 0.182 0.295 0.030 0.026 0.042 0.005 0.022 0.008 0.002 100 N 0.071 0.039 0.147 0.341 0.026 0.016 0.272 0.039 0.014 0.033 0.001 101 G 0.017 0.008 0.058 0.023 0.021 0.005 0.121 0.563 0.001 0.182 0.001 102 G 0.046 0.123 0.264 0.046 0.138 0.031 0.045 0.163 0.014 0.129 0.001 103 I 0.062 0.348 0.504 0.023 0.028 0.018 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 104 R 0.100 0.363 0.331 0.042 0.090 0.044 0.009 0.001 0.016 0.001 0.002 105 M 0.034 0.694 0.058 0.018 0.173 0.007 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 106 A 0.017 0.790 0.082 0.005 0.084 0.013 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 107 V 0.014 0.756 0.150 0.004 0.025 0.044 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 108 V 0.035 0.788 0.093 0.007 0.029 0.028 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 109 F 0.060 0.408 0.244 0.031 0.111 0.082 0.009 0.001 0.053 0.001 0.001 110 R 0.276 0.264 0.219 0.088 0.058 0.038 0.021 0.002 0.029 0.004 0.001 111 D 0.242 0.118 0.232 0.169 0.064 0.066 0.065 0.005 0.027 0.010 0.001 112 K 0.522 0.072 0.094 0.207 0.023 0.018 0.033 0.009 0.012 0.008 0.002 113 H 0.343 0.053 0.111 0.291 0.025 0.028 0.122 0.012 0.007 0.008 0.001 114 Q 0.297 0.080 0.115 0.344 0.031 0.030 0.062 0.021 0.014 0.005 0.001 115 A 0.198 0.227 0.471 0.007 0.020 0.008 0.006 0.001 0.059 0.002 0.001 116 P 0.630 0.011 0.313 0.012 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 117 V 0.723 0.140 0.069 0.025 0.018 0.011 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 118 L 0.785 0.081 0.087 0.020 0.011 0.010 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 119 R 0.832 0.071 0.032 0.027 0.019 0.007 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 120 A 0.853 0.046 0.022 0.042 0.025 0.003 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 121 A 0.689 0.074 0.044 0.141 0.023 0.009 0.007 0.001 0.011 0.001 0.001 122 W 0.585 0.083 0.093 0.168 0.026 0.019 0.013 0.001 0.010 0.001 0.001 123 L 0.236 0.185 0.358 0.028 0.025 0.022 0.009 0.001 0.133 0.002 0.001 124 P 0.802 0.002 0.158 0.024 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 125 R 0.560 0.062 0.093 0.192 0.032 0.024 0.018 0.007 0.011 0.001 0.001 126 L 0.333 0.106 0.241 0.239 0.015 0.037 0.013 0.002 0.011 0.001 0.003 127 M 0.039 0.300 0.374 0.013 0.025 0.014 0.010 0.001 0.220 0.003 0.001 128 P 0.259 0.005 0.567 0.015 0.003 0.020 0.001 0.001 0.003 0.001 0.126 129 E 0.274 0.095 0.232 0.293 0.025 0.041 0.012 0.012 0.011 0.002 0.003 130 T 0.025 0.330 0.406 0.014 0.031 0.013 0.005 0.001 0.173 0.001 0.001 131 P 0.135 0.010 0.695 0.029 0.003 0.035 0.001 0.001 0.003 0.001 0.088 132 S 0.033 0.193 0.530 0.017 0.051 0.029 0.006 0.004 0.126 0.010 0.001 133 P 0.070 0.003 0.859 0.005 0.004 0.015 0.001 0.001 0.010 0.006 0.027 134 P 0.844 0.001 0.123 0.018 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 135 E 0.923 0.004 0.027 0.034 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 136 Q 0.828 0.019 0.028 0.107 0.004 0.007 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 137 F 0.795 0.084 0.040 0.050 0.009 0.009 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 138 W 0.821 0.096 0.033 0.023 0.012 0.007 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 139 A 0.838 0.067 0.016 0.041 0.026 0.004 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 140 F 0.706 0.091 0.051 0.085 0.036 0.009 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 141 T 0.604 0.097 0.133 0.105 0.015 0.025 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 142 Q 0.745 0.062 0.082 0.059 0.016 0.014 0.011 0.001 0.010 0.001 0.001 143 R 0.689 0.062 0.093 0.110 0.010 0.019 0.011 0.001 0.005 0.001 0.001 144 Y 0.326 0.151 0.083 0.333 0.031 0.030 0.023 0.003 0.020 0.001 0.001 145 I 0.198 0.375 0.180 0.118 0.029 0.030 0.038 0.002 0.028 0.001 0.001 146 D 0.108 0.139 0.262 0.179 0.033 0.135 0.116 0.005 0.015 0.003 0.004 147 L 0.030 0.369 0.279 0.017 0.037 0.013 0.008 0.001 0.243 0.003 0.001 148 P 0.178 0.011 0.698 0.018 0.006 0.022 0.002 0.001 0.003 0.001 0.061 149 M 0.112 0.517 0.192 0.063 0.052 0.030 0.007 0.004 0.023 0.001 0.001 150 V 0.061 0.504 0.308 0.020 0.041 0.049 0.002 0.001 0.013 0.001 0.002 151 V 0.052 0.594 0.197 0.036 0.051 0.045 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 152 D 0.031 0.196 0.473 0.013 0.052 0.144 0.014 0.001 0.073 0.003 0.001 153 A 0.775 0.021 0.121 0.040 0.011 0.011 0.003 0.001 0.006 0.004 0.007 154 R 0.660 0.034 0.052 0.187 0.015 0.015 0.025 0.004 0.005 0.002 0.001 155 N 0.178 0.056 0.055 0.584 0.016 0.019 0.071 0.006 0.012 0.002 0.001 156 R 0.257 0.177 0.198 0.136 0.038 0.014 0.149 0.010 0.015 0.003 0.002 157 Q 0.116 0.474 0.245 0.059 0.036 0.031 0.019 0.002 0.016 0.001 0.001 158 L 0.047 0.319 0.483 0.040 0.010 0.084 0.004 0.001 0.008 0.001 0.004 159 V 0.071 0.593 0.228 0.027 0.015 0.035 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 160 F 0.007 0.336 0.297 0.002 0.026 0.014 0.004 0.001 0.311 0.002 0.001 161 P 0.116 0.004 0.766 0.019 0.007 0.011 0.003 0.001 0.006 0.004 0.065 162 G 0.066 0.048 0.145 0.075 0.102 0.025 0.036 0.390 0.012 0.099 0.001 163 S 0.122 0.186 0.359 0.201 0.059 0.015 0.017 0.007 0.018 0.014 0.002 164 G 0.038 0.033 0.078 0.062 0.114 0.020 0.069 0.184 0.011 0.391 0.001 165 Q 0.108 0.167 0.296 0.292 0.050 0.024 0.026 0.004 0.021 0.008 0.004 166 G 0.042 0.047 0.119 0.080 0.118 0.013 0.087 0.226 0.009 0.257 0.001 167 G 0.058 0.104 0.188 0.072 0.223 0.031 0.054 0.120 0.014 0.136 0.002 168 F 0.119 0.365 0.283 0.098 0.073 0.027 0.005 0.002 0.022 0.005 0.001 169 T 0.118 0.341 0.301 0.063 0.057 0.046 0.009 0.001 0.056 0.005 0.002 170 E 0.182 0.152 0.364 0.145 0.061 0.024 0.034 0.002 0.024 0.005 0.006 171 G 0.049 0.033 0.077 0.053 0.142 0.017 0.062 0.339 0.009 0.219 0.001 172 S 0.180 0.173 0.380 0.113 0.069 0.032 0.015 0.005 0.022 0.008 0.002