# TARGET T0576 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0576.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.62227 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.031 0.447 0.009 0.020 0.041 0.003 0.003 0.024 0.215 0.107 0.048 0.045 2 G 0.004 0.027 0.445 0.006 0.017 0.036 0.001 0.002 0.015 0.223 0.151 0.025 0.048 3 S 0.006 0.036 0.414 0.007 0.037 0.066 0.002 0.002 0.013 0.199 0.158 0.025 0.035 4 S 0.007 0.028 0.382 0.008 0.065 0.088 0.002 0.003 0.013 0.179 0.162 0.023 0.041 5 H 0.008 0.025 0.290 0.008 0.083 0.093 0.002 0.003 0.009 0.183 0.239 0.022 0.035 6 H 0.010 0.028 0.330 0.009 0.077 0.068 0.003 0.003 0.010 0.185 0.215 0.025 0.037 7 H 0.011 0.027 0.380 0.008 0.052 0.057 0.003 0.003 0.009 0.221 0.159 0.030 0.038 8 H 0.010 0.027 0.411 0.006 0.031 0.045 0.003 0.003 0.010 0.217 0.167 0.032 0.038 9 H 0.009 0.036 0.421 0.006 0.033 0.053 0.003 0.003 0.008 0.200 0.161 0.021 0.047 10 H 0.007 0.034 0.427 0.005 0.027 0.058 0.002 0.002 0.010 0.232 0.140 0.030 0.027 11 S 0.006 0.028 0.383 0.005 0.032 0.089 0.002 0.001 0.007 0.242 0.141 0.020 0.044 12 S 0.004 0.020 0.281 0.005 0.041 0.113 0.001 0.001 0.004 0.211 0.268 0.021 0.029 13 G 0.005 0.020 0.268 0.006 0.048 0.118 0.001 0.001 0.003 0.215 0.257 0.021 0.036 14 R 0.015 0.019 0.248 0.011 0.113 0.241 0.002 0.001 0.004 0.122 0.153 0.026 0.046 15 E 0.028 0.012 0.126 0.025 0.182 0.223 0.003 0.001 0.004 0.101 0.218 0.033 0.046 16 N 0.081 0.011 0.157 0.042 0.118 0.143 0.006 0.002 0.005 0.108 0.187 0.046 0.094 17 L 0.245 0.010 0.124 0.017 0.039 0.098 0.019 0.005 0.014 0.050 0.044 0.124 0.210 18 Y 0.383 0.013 0.077 0.026 0.021 0.061 0.034 0.007 0.015 0.019 0.022 0.134 0.189 19 F 0.269 0.012 0.102 0.026 0.022 0.062 0.026 0.011 0.030 0.024 0.027 0.233 0.156 20 Q 0.146 0.011 0.164 0.059 0.044 0.085 0.015 0.005 0.026 0.058 0.114 0.082 0.191 21 G 0.073 0.009 0.242 0.021 0.035 0.036 0.006 0.002 0.018 0.125 0.161 0.168 0.104 22 H 0.057 0.031 0.263 0.009 0.041 0.028 0.007 0.002 0.022 0.100 0.118 0.105 0.217 23 V 0.027 0.094 0.341 0.005 0.019 0.016 0.005 0.004 0.018 0.181 0.080 0.087 0.123 24 E 0.003 0.015 0.701 0.005 0.009 0.009 0.001 0.001 0.008 0.146 0.035 0.033 0.035 25 P 0.001 0.004 0.057 0.006 0.070 0.028 0.001 0.001 0.001 0.074 0.750 0.002 0.009 26 G 0.001 0.006 0.088 0.006 0.040 0.013 0.001 0.001 0.001 0.177 0.655 0.010 0.003 27 V 0.006 0.032 0.552 0.003 0.057 0.044 0.001 0.001 0.009 0.158 0.040 0.029 0.066 28 T 0.015 0.071 0.399 0.006 0.042 0.111 0.005 0.003 0.021 0.089 0.048 0.035 0.155 29 D 0.017 0.056 0.241 0.021 0.045 0.240 0.004 0.002 0.015 0.106 0.065 0.130 0.059 30 R 0.016 0.025 0.189 0.019 0.040 0.315 0.003 0.002 0.016 0.065 0.103 0.027 0.180 31 I 0.011 0.010 0.167 0.031 0.039 0.474 0.002 0.001 0.006 0.071 0.109 0.045 0.034 32 G 0.007 0.003 0.110 0.008 0.027 0.667 0.001 0.001 0.004 0.045 0.074 0.014 0.040 33 Q 0.014 0.002 0.046 0.005 0.021 0.832 0.001 0.001 0.002 0.019 0.020 0.016 0.021 34 M 0.023 0.002 0.021 0.004 0.020 0.850 0.002 0.001 0.004 0.008 0.014 0.019 0.032 35 I 0.021 0.001 0.013 0.004 0.027 0.882 0.002 0.001 0.003 0.004 0.010 0.007 0.024 36 L 0.014 0.001 0.008 0.007 0.036 0.905 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.006 0.005 37 E 0.012 0.001 0.009 0.003 0.043 0.844 0.001 0.001 0.001 0.006 0.064 0.007 0.009 38 M 0.006 0.002 0.020 0.001 0.032 0.791 0.001 0.001 0.001 0.012 0.114 0.003 0.016 39 F 0.005 0.005 0.134 0.003 0.039 0.620 0.001 0.001 0.002 0.048 0.117 0.014 0.012 40 R 0.004 0.005 0.130 0.006 0.079 0.442 0.001 0.001 0.003 0.081 0.210 0.019 0.021 41 T 0.002 0.005 0.067 0.006 0.050 0.171 0.001 0.001 0.002 0.101 0.575 0.005 0.016 42 G 0.002 0.006 0.188 0.007 0.025 0.046 0.001 0.001 0.006 0.272 0.411 0.020 0.015 43 M 0.014 0.018 0.543 0.013 0.023 0.030 0.002 0.002 0.028 0.122 0.068 0.045 0.090 44 C 0.041 0.028 0.312 0.023 0.022 0.027 0.011 0.008 0.082 0.095 0.050 0.162 0.138 45 L 0.048 0.024 0.278 0.060 0.028 0.040 0.023 0.017 0.083 0.081 0.072 0.060 0.187 46 F 0.065 0.014 0.312 0.031 0.013 0.017 0.015 0.011 0.070 0.080 0.038 0.235 0.099 47 S 0.085 0.017 0.284 0.012 0.012 0.010 0.017 0.006 0.067 0.056 0.022 0.134 0.277 48 V 0.051 0.042 0.340 0.007 0.011 0.009 0.013 0.006 0.058 0.070 0.034 0.154 0.206 49 R 0.018 0.045 0.495 0.008 0.005 0.004 0.006 0.003 0.029 0.144 0.026 0.104 0.113 50 S 0.004 0.018 0.670 0.004 0.007 0.007 0.001 0.001 0.009 0.137 0.032 0.023 0.088 51 P 0.002 0.005 0.119 0.010 0.054 0.040 0.001 0.001 0.002 0.131 0.613 0.008 0.016 52 G 0.003 0.006 0.098 0.012 0.077 0.029 0.001 0.001 0.001 0.191 0.559 0.014 0.009 53 G 0.019 0.020 0.352 0.011 0.090 0.054 0.002 0.001 0.006 0.222 0.105 0.050 0.068 54 V 0.115 0.026 0.248 0.009 0.071 0.104 0.012 0.004 0.017 0.049 0.048 0.042 0.254 55 A 0.213 0.020 0.127 0.043 0.048 0.099 0.023 0.005 0.014 0.034 0.039 0.243 0.091 56 E 0.235 0.016 0.091 0.019 0.032 0.069 0.023 0.005 0.018 0.022 0.037 0.119 0.315 57 L 0.208 0.021 0.159 0.028 0.029 0.065 0.021 0.004 0.023 0.038 0.039 0.162 0.203 58 Y 0.078 0.015 0.290 0.019 0.017 0.049 0.009 0.002 0.019 0.090 0.063 0.164 0.184 59 G 0.022 0.011 0.272 0.011 0.019 0.040 0.003 0.001 0.007 0.163 0.161 0.075 0.215 60 G 0.009 0.007 0.255 0.016 0.023 0.040 0.001 0.001 0.003 0.229 0.327 0.047 0.043 61 E 0.018 0.012 0.234 0.016 0.080 0.087 0.001 0.001 0.004 0.166 0.253 0.050 0.078 62 A 0.052 0.016 0.233 0.021 0.099 0.082 0.005 0.001 0.009 0.084 0.152 0.054 0.192 63 R 0.138 0.012 0.206 0.057 0.048 0.072 0.009 0.002 0.011 0.081 0.057 0.194 0.114 64 K 0.244 0.008 0.112 0.035 0.014 0.038 0.018 0.002 0.016 0.024 0.028 0.156 0.305 65 V 0.338 0.005 0.074 0.019 0.006 0.020 0.024 0.003 0.015 0.011 0.009 0.182 0.293 66 E 0.334 0.005 0.049 0.028 0.004 0.014 0.029 0.005 0.021 0.008 0.006 0.339 0.159 67 I 0.264 0.004 0.045 0.010 0.004 0.010 0.021 0.005 0.028 0.009 0.006 0.131 0.465 68 T 0.111 0.006 0.128 0.107 0.006 0.009 0.017 0.004 0.029 0.058 0.068 0.275 0.184 69 G 0.059 0.006 0.197 0.029 0.007 0.008 0.008 0.003 0.016 0.154 0.152 0.067 0.293 70 T 0.051 0.007 0.233 0.033 0.009 0.012 0.005 0.002 0.018 0.147 0.054 0.349 0.081 71 S 0.112 0.012 0.138 0.012 0.019 0.018 0.017 0.006 0.023 0.037 0.041 0.041 0.525 72 L 0.145 0.013 0.145 0.030 0.018 0.019 0.024 0.009 0.046 0.037 0.015 0.417 0.082 73 T 0.176 0.012 0.137 0.025 0.015 0.018 0.024 0.005 0.025 0.030 0.015 0.067 0.450 74 I 0.165 0.014 0.170 0.020 0.030 0.027 0.018 0.004 0.026 0.036 0.028 0.309 0.153 75 E 0.090 0.019 0.218 0.027 0.033 0.030 0.013 0.002 0.016 0.069 0.075 0.102 0.305 76 R 0.031 0.019 0.392 0.009 0.035 0.028 0.003 0.001 0.009 0.118 0.069 0.124 0.160 77 E 0.012 0.011 0.351 0.021 0.039 0.034 0.001 0.001 0.005 0.182 0.179 0.066 0.098 78 D 0.014 0.010 0.301 0.023 0.080 0.037 0.001 0.001 0.003 0.149 0.264 0.036 0.082 79 W 0.033 0.011 0.209 0.039 0.090 0.049 0.002 0.001 0.005 0.175 0.181 0.106 0.100 80 H 0.160 0.010 0.177 0.034 0.036 0.027 0.012 0.002 0.011 0.050 0.053 0.091 0.336 81 L 0.327 0.006 0.065 0.026 0.010 0.016 0.031 0.004 0.026 0.018 0.009 0.252 0.210 82 H 0.414 0.005 0.050 0.058 0.004 0.010 0.036 0.005 0.019 0.008 0.007 0.142 0.240 83 C 0.403 0.002 0.030 0.017 0.002 0.006 0.044 0.007 0.030 0.004 0.003 0.230 0.223 84 K 0.339 0.003 0.040 0.056 0.003 0.010 0.044 0.007 0.043 0.008 0.007 0.254 0.186 85 L 0.235 0.004 0.067 0.032 0.008 0.009 0.029 0.006 0.041 0.011 0.012 0.096 0.449 86 E 0.090 0.003 0.084 0.154 0.007 0.010 0.014 0.004 0.050 0.044 0.033 0.420 0.085 87 T 0.076 0.008 0.105 0.018 0.009 0.009 0.012 0.004 0.048 0.050 0.041 0.099 0.521 88 V 0.082 0.011 0.178 0.069 0.016 0.013 0.021 0.009 0.082 0.051 0.033 0.139 0.296 89 E 0.074 0.007 0.090 0.051 0.007 0.010 0.017 0.009 0.076 0.033 0.014 0.512 0.099 90 T 0.093 0.010 0.080 0.022 0.008 0.008 0.027 0.017 0.063 0.019 0.009 0.043 0.602 91 V 0.125 0.010 0.075 0.083 0.008 0.010 0.037 0.021 0.085 0.024 0.010 0.434 0.079 92 V 0.133 0.015 0.110 0.013 0.008 0.008 0.038 0.016 0.087 0.022 0.015 0.055 0.478 93 F 0.081 0.020 0.342 0.026 0.020 0.011 0.019 0.009 0.061 0.051 0.024 0.178 0.158 94 D 0.024 0.016 0.437 0.013 0.022 0.012 0.005 0.004 0.047 0.114 0.081 0.101 0.125 95 L 0.008 0.029 0.370 0.004 0.029 0.016 0.002 0.002 0.011 0.282 0.168 0.019 0.059 96 S 0.002 0.022 0.607 0.002 0.013 0.008 0.001 0.001 0.006 0.235 0.058 0.032 0.012 97 P 0.002 0.030 0.343 0.002 0.105 0.044 0.001 0.001 0.003 0.201 0.238 0.004 0.028 98 K 0.001 0.020 0.259 0.002 0.162 0.046 0.001 0.001 0.001 0.111 0.389 0.005 0.004 99 D 0.001 0.007 0.095 0.002 0.292 0.056 0.001 0.001 0.001 0.090 0.446 0.003 0.008 100 N 0.001 0.011 0.100 0.003 0.126 0.038 0.001 0.001 0.001 0.125 0.580 0.005 0.011 101 G 0.003 0.011 0.121 0.009 0.054 0.024 0.001 0.001 0.001 0.368 0.371 0.024 0.014 102 G 0.016 0.019 0.366 0.013 0.013 0.014 0.002 0.001 0.005 0.248 0.147 0.031 0.126 103 I 0.089 0.014 0.353 0.036 0.010 0.014 0.008 0.002 0.015 0.106 0.060 0.141 0.152 104 R 0.275 0.006 0.110 0.057 0.004 0.014 0.035 0.007 0.030 0.044 0.022 0.208 0.186 105 M 0.550 0.001 0.020 0.022 0.001 0.006 0.074 0.015 0.022 0.005 0.002 0.102 0.178 106 A 0.708 0.001 0.004 0.018 0.001 0.003 0.104 0.020 0.010 0.001 0.001 0.069 0.061 107 V 0.740 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 0.091 0.018 0.011 0.001 0.001 0.065 0.064 108 V 0.698 0.001 0.010 0.009 0.002 0.004 0.063 0.011 0.018 0.002 0.002 0.067 0.112 109 F 0.358 0.007 0.133 0.025 0.008 0.010 0.025 0.005 0.034 0.028 0.018 0.170 0.180 110 R 0.051 0.010 0.283 0.026 0.032 0.022 0.007 0.001 0.018 0.184 0.150 0.065 0.151 111 D 0.009 0.008 0.349 0.007 0.061 0.024 0.001 0.001 0.003 0.211 0.238 0.033 0.055 112 K 0.006 0.008 0.197 0.007 0.202 0.069 0.001 0.001 0.002 0.159 0.299 0.019 0.031 113 H 0.004 0.013 0.198 0.005 0.095 0.077 0.001 0.001 0.003 0.204 0.359 0.027 0.015 114 Q 0.002 0.023 0.390 0.004 0.027 0.059 0.001 0.001 0.004 0.191 0.264 0.007 0.028 115 A 0.002 0.016 0.790 0.004 0.004 0.025 0.001 0.001 0.007 0.102 0.010 0.026 0.014 116 P 0.008 0.016 0.649 0.010 0.013 0.088 0.002 0.001 0.016 0.066 0.016 0.035 0.081 117 V 0.032 0.017 0.115 0.014 0.050 0.464 0.015 0.006 0.054 0.032 0.026 0.054 0.122 118 L 0.064 0.009 0.059 0.044 0.084 0.481 0.030 0.016 0.042 0.017 0.021 0.038 0.096 119 R 0.052 0.008 0.078 0.014 0.143 0.445 0.016 0.013 0.041 0.015 0.049 0.048 0.078 120 A 0.023 0.004 0.060 0.017 0.285 0.430 0.006 0.004 0.023 0.020 0.060 0.018 0.051 121 A 0.013 0.006 0.074 0.012 0.216 0.280 0.003 0.002 0.015 0.079 0.249 0.030 0.022 122 W 0.007 0.025 0.138 0.009 0.141 0.137 0.002 0.001 0.015 0.132 0.350 0.007 0.035 123 L 0.002 0.013 0.702 0.002 0.026 0.044 0.001 0.001 0.011 0.155 0.026 0.011 0.009 124 P 0.001 0.007 0.373 0.008 0.311 0.112 0.001 0.001 0.009 0.067 0.093 0.005 0.013 125 R 0.002 0.017 0.068 0.003 0.410 0.123 0.001 0.001 0.009 0.060 0.289 0.010 0.006 126 L 0.004 0.046 0.192 0.004 0.337 0.130 0.003 0.005 0.032 0.122 0.086 0.004 0.034 127 M 0.001 0.023 0.653 0.006 0.041 0.032 0.001 0.002 0.037 0.148 0.030 0.018 0.008 128 P 0.001 0.021 0.305 0.004 0.129 0.048 0.001 0.002 0.027 0.100 0.345 0.005 0.014 129 E 0.001 0.020 0.194 0.002 0.088 0.020 0.001 0.001 0.010 0.155 0.503 0.003 0.005 130 T 0.001 0.015 0.600 0.001 0.041 0.010 0.001 0.001 0.016 0.243 0.056 0.010 0.007 131 P 0.001 0.043 0.564 0.001 0.010 0.007 0.001 0.001 0.011 0.263 0.081 0.004 0.016 132 S 0.001 0.036 0.652 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.004 0.257 0.030 0.006 0.003 133 P 0.001 0.020 0.511 0.002 0.027 0.073 0.001 0.001 0.003 0.216 0.136 0.002 0.010 134 P 0.001 0.010 0.169 0.002 0.114 0.416 0.001 0.001 0.001 0.068 0.212 0.002 0.004 135 E 0.001 0.004 0.042 0.002 0.118 0.715 0.001 0.001 0.001 0.030 0.081 0.004 0.003 136 Q 0.004 0.006 0.046 0.002 0.078 0.769 0.001 0.001 0.001 0.017 0.049 0.005 0.021 137 F 0.026 0.005 0.033 0.005 0.071 0.772 0.002 0.001 0.002 0.011 0.021 0.016 0.035 138 W 0.051 0.004 0.023 0.015 0.056 0.736 0.003 0.001 0.002 0.012 0.036 0.021 0.039 139 A 0.082 0.004 0.029 0.017 0.069 0.597 0.003 0.001 0.003 0.013 0.084 0.035 0.063 140 F 0.082 0.003 0.035 0.022 0.052 0.591 0.004 0.001 0.004 0.021 0.091 0.028 0.065 141 T 0.060 0.004 0.093 0.020 0.038 0.511 0.003 0.001 0.006 0.051 0.085 0.067 0.059 142 Q 0.069 0.004 0.100 0.027 0.061 0.419 0.004 0.001 0.008 0.051 0.093 0.055 0.107 143 R 0.052 0.006 0.107 0.023 0.056 0.299 0.004 0.002 0.011 0.095 0.197 0.096 0.052 144 Y 0.046 0.013 0.167 0.009 0.066 0.194 0.007 0.003 0.023 0.081 0.170 0.040 0.182 145 I 0.033 0.023 0.383 0.011 0.018 0.042 0.005 0.003 0.044 0.107 0.051 0.189 0.093 146 D 0.010 0.023 0.541 0.017 0.007 0.022 0.004 0.002 0.034 0.153 0.057 0.033 0.096 147 L 0.003 0.012 0.574 0.018 0.011 0.024 0.001 0.001 0.031 0.211 0.061 0.030 0.022 148 P 0.009 0.007 0.478 0.044 0.052 0.040 0.003 0.005 0.038 0.115 0.116 0.020 0.073 149 M 0.066 0.010 0.135 0.015 0.074 0.080 0.035 0.032 0.178 0.072 0.034 0.176 0.095 150 V 0.145 0.016 0.054 0.014 0.034 0.056 0.087 0.088 0.191 0.019 0.013 0.039 0.245 151 V 0.225 0.032 0.080 0.028 0.024 0.040 0.070 0.072 0.138 0.018 0.012 0.165 0.096 152 D 0.052 0.022 0.310 0.021 0.016 0.033 0.016 0.019 0.109 0.062 0.026 0.063 0.252 153 A 0.022 0.012 0.262 0.025 0.096 0.101 0.004 0.004 0.021 0.096 0.225 0.032 0.100 154 R 0.009 0.006 0.097 0.037 0.097 0.045 0.002 0.001 0.009 0.116 0.516 0.045 0.020 155 N 0.010 0.010 0.179 0.014 0.084 0.033 0.002 0.001 0.007 0.227 0.359 0.014 0.059 156 R 0.025 0.014 0.316 0.020 0.060 0.043 0.002 0.002 0.014 0.244 0.139 0.078 0.042 157 Q 0.108 0.020 0.233 0.021 0.042 0.031 0.012 0.005 0.022 0.092 0.076 0.095 0.245 158 L 0.165 0.039 0.148 0.008 0.015 0.014 0.029 0.013 0.052 0.035 0.029 0.239 0.212 159 V 0.175 0.067 0.203 0.022 0.007 0.010 0.048 0.022 0.059 0.046 0.017 0.112 0.212 160 F 0.028 0.021 0.547 0.010 0.003 0.003 0.006 0.006 0.040 0.062 0.011 0.166 0.096 161 P 0.011 0.018 0.274 0.018 0.021 0.009 0.004 0.004 0.016 0.165 0.350 0.023 0.089 162 G 0.005 0.018 0.250 0.005 0.020 0.004 0.002 0.003 0.007 0.246 0.398 0.027 0.016 163 S 0.003 0.022 0.340 0.003 0.024 0.004 0.001 0.003 0.007 0.356 0.192 0.011 0.034 164 G 0.003 0.044 0.306 0.002 0.017 0.005 0.001 0.003 0.007 0.307 0.274 0.016 0.015 165 Q 0.003 0.067 0.324 0.003 0.027 0.010 0.001 0.003 0.008 0.269 0.259 0.008 0.018 166 G 0.004 0.043 0.319 0.008 0.027 0.009 0.001 0.002 0.008 0.332 0.207 0.018 0.021 167 G 0.008 0.057 0.375 0.006 0.030 0.015 0.002 0.002 0.007 0.269 0.163 0.028 0.038 168 F 0.016 0.076 0.450 0.005 0.046 0.025 0.003 0.003 0.008 0.168 0.119 0.021 0.059 169 T 0.017 0.037 0.437 0.010 0.058 0.032 0.004 0.002 0.011 0.176 0.103 0.066 0.049 170 E 0.008 0.023 0.255 0.005 0.050 0.027 0.002 0.001 0.004 0.218 0.341 0.019 0.045 171 G 0.006 0.028 0.318 0.007 0.029 0.014 0.001 0.001 0.003 0.289 0.261 0.026 0.017 172 S 0.005 0.023 0.581 0.004 0.019 0.013 0.001 0.001 0.003 0.231 0.061 0.023 0.037