# TARGET T0576 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0576.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.62227 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.373 0.117 0.038 0.082 0.076 0.074 0.088 0.058 0.045 0.030 0.018 2 G 0.312 0.122 0.042 0.090 0.089 0.071 0.083 0.062 0.058 0.044 0.027 3 S 0.171 0.111 0.049 0.103 0.104 0.086 0.118 0.088 0.080 0.054 0.037 4 S 0.184 0.094 0.045 0.103 0.114 0.092 0.118 0.091 0.077 0.049 0.034 5 H 0.085 0.053 0.036 0.089 0.107 0.109 0.143 0.120 0.122 0.084 0.054 6 H 0.046 0.036 0.033 0.079 0.095 0.105 0.160 0.142 0.139 0.102 0.062 7 H 0.037 0.031 0.033 0.071 0.084 0.100 0.159 0.155 0.146 0.112 0.070 8 H 0.041 0.035 0.040 0.076 0.088 0.100 0.151 0.151 0.145 0.110 0.063 9 H 0.054 0.043 0.050 0.086 0.094 0.098 0.151 0.141 0.127 0.102 0.055 10 H 0.059 0.039 0.044 0.085 0.097 0.108 0.153 0.146 0.121 0.098 0.049 11 S 0.133 0.093 0.072 0.115 0.105 0.102 0.120 0.087 0.079 0.062 0.033 12 S 0.204 0.135 0.068 0.125 0.117 0.093 0.096 0.063 0.047 0.033 0.017 13 G 0.403 0.122 0.061 0.092 0.077 0.061 0.065 0.043 0.036 0.027 0.014 14 R 0.125 0.089 0.057 0.143 0.156 0.136 0.120 0.068 0.055 0.035 0.017 15 E 0.084 0.067 0.074 0.131 0.125 0.124 0.150 0.092 0.080 0.048 0.025 16 N 0.043 0.040 0.066 0.128 0.153 0.141 0.167 0.103 0.086 0.048 0.025 17 L 0.012 0.017 0.045 0.052 0.061 0.086 0.155 0.151 0.186 0.136 0.097 18 Y 0.011 0.020 0.055 0.086 0.101 0.106 0.176 0.145 0.151 0.104 0.045 19 F 0.010 0.014 0.040 0.043 0.049 0.062 0.150 0.168 0.197 0.168 0.098 20 Q 0.017 0.027 0.046 0.102 0.111 0.114 0.172 0.127 0.139 0.098 0.048 21 G 0.063 0.053 0.056 0.081 0.086 0.098 0.175 0.116 0.132 0.088 0.052 22 H 0.048 0.055 0.043 0.127 0.141 0.108 0.176 0.114 0.091 0.062 0.036 23 V 0.029 0.025 0.022 0.054 0.056 0.091 0.167 0.169 0.173 0.121 0.095 24 E 0.170 0.322 0.085 0.192 0.119 0.042 0.032 0.017 0.010 0.007 0.003 25 P 0.361 0.166 0.041 0.111 0.099 0.075 0.069 0.041 0.021 0.012 0.006 26 G 0.653 0.148 0.037 0.071 0.038 0.019 0.013 0.008 0.006 0.005 0.002 27 V 0.058 0.081 0.037 0.134 0.115 0.136 0.177 0.106 0.079 0.051 0.026 28 T 0.054 0.063 0.042 0.083 0.097 0.101 0.174 0.144 0.117 0.075 0.049 29 D 0.233 0.156 0.104 0.160 0.123 0.093 0.069 0.028 0.019 0.011 0.005 30 R 0.170 0.142 0.124 0.212 0.124 0.086 0.069 0.031 0.022 0.014 0.007 31 I 0.018 0.017 0.015 0.040 0.052 0.080 0.161 0.177 0.196 0.140 0.105 32 G 0.050 0.066 0.061 0.137 0.148 0.141 0.167 0.089 0.072 0.048 0.021 33 Q 0.045 0.061 0.173 0.228 0.175 0.133 0.091 0.038 0.029 0.020 0.008 34 M 0.005 0.013 0.034 0.077 0.114 0.164 0.246 0.173 0.105 0.047 0.022 35 I 0.001 0.003 0.010 0.011 0.012 0.017 0.074 0.126 0.225 0.297 0.224 36 L 0.001 0.004 0.024 0.035 0.042 0.084 0.177 0.177 0.197 0.156 0.101 37 E 0.008 0.025 0.247 0.219 0.225 0.084 0.088 0.045 0.032 0.019 0.007 38 M 0.007 0.014 0.031 0.044 0.055 0.123 0.296 0.160 0.131 0.089 0.050 39 F 0.020 0.012 0.022 0.039 0.033 0.062 0.157 0.149 0.198 0.170 0.139 40 R 0.147 0.145 0.114 0.182 0.135 0.092 0.086 0.048 0.028 0.016 0.008 41 T 0.166 0.213 0.105 0.192 0.144 0.076 0.053 0.025 0.015 0.007 0.004 42 G 0.236 0.069 0.035 0.084 0.087 0.096 0.130 0.088 0.082 0.058 0.035 43 M 0.036 0.055 0.033 0.103 0.127 0.151 0.176 0.109 0.107 0.067 0.037 44 C 0.009 0.020 0.028 0.046 0.052 0.079 0.164 0.187 0.186 0.128 0.101 45 L 0.008 0.013 0.021 0.041 0.048 0.059 0.132 0.156 0.190 0.190 0.142 46 F 0.006 0.011 0.015 0.029 0.033 0.046 0.111 0.169 0.221 0.184 0.174 47 S 0.025 0.044 0.052 0.134 0.128 0.113 0.154 0.104 0.107 0.081 0.057 48 V 0.018 0.013 0.017 0.041 0.041 0.067 0.152 0.142 0.186 0.165 0.158 49 R 0.063 0.071 0.046 0.178 0.165 0.122 0.138 0.087 0.066 0.041 0.024 50 S 0.130 0.128 0.053 0.141 0.107 0.110 0.120 0.078 0.062 0.043 0.027 51 P 0.226 0.138 0.045 0.134 0.122 0.094 0.092 0.056 0.042 0.031 0.022 52 G 0.394 0.176 0.039 0.099 0.075 0.060 0.059 0.035 0.031 0.021 0.012 53 G 0.127 0.103 0.040 0.131 0.125 0.112 0.122 0.078 0.073 0.052 0.037 54 V 0.023 0.017 0.015 0.038 0.046 0.066 0.126 0.162 0.177 0.167 0.163 55 A 0.038 0.061 0.046 0.149 0.164 0.138 0.153 0.105 0.074 0.046 0.027 56 E 0.025 0.039 0.047 0.111 0.105 0.097 0.144 0.142 0.137 0.096 0.057 57 L 0.009 0.010 0.014 0.025 0.023 0.043 0.108 0.131 0.223 0.229 0.186 58 Y 0.029 0.040 0.034 0.089 0.087 0.133 0.187 0.142 0.122 0.082 0.054 59 G 0.112 0.138 0.071 0.145 0.114 0.106 0.113 0.074 0.057 0.045 0.026 60 G 0.258 0.124 0.045 0.118 0.115 0.085 0.092 0.060 0.048 0.036 0.021 61 E 0.279 0.227 0.044 0.143 0.111 0.056 0.058 0.032 0.026 0.016 0.008 62 A 0.163 0.099 0.050 0.163 0.133 0.112 0.094 0.060 0.057 0.044 0.026 63 R 0.051 0.068 0.061 0.160 0.140 0.174 0.158 0.080 0.055 0.034 0.019 64 K 0.019 0.075 0.060 0.210 0.155 0.148 0.142 0.074 0.063 0.036 0.019 65 V 0.009 0.012 0.016 0.026 0.041 0.063 0.139 0.213 0.189 0.170 0.122 66 E 0.062 0.116 0.132 0.346 0.240 0.049 0.030 0.011 0.007 0.005 0.002 67 I 0.008 0.009 0.013 0.018 0.016 0.038 0.077 0.100 0.209 0.247 0.266 68 T 0.135 0.356 0.060 0.242 0.143 0.028 0.020 0.007 0.004 0.003 0.001 69 G 0.354 0.181 0.038 0.094 0.073 0.049 0.060 0.049 0.048 0.032 0.022 70 T 0.196 0.283 0.054 0.178 0.147 0.067 0.038 0.014 0.011 0.007 0.003 71 S 0.278 0.232 0.045 0.205 0.104 0.058 0.045 0.017 0.009 0.004 0.002 72 L 0.014 0.012 0.010 0.026 0.038 0.059 0.128 0.187 0.207 0.181 0.137 73 T 0.052 0.178 0.069 0.298 0.210 0.082 0.062 0.024 0.015 0.008 0.003 74 I 0.012 0.016 0.023 0.033 0.034 0.051 0.113 0.134 0.212 0.207 0.165 75 E 0.150 0.151 0.110 0.269 0.179 0.058 0.041 0.017 0.012 0.008 0.004 76 R 0.047 0.063 0.044 0.091 0.079 0.108 0.164 0.123 0.123 0.096 0.063 77 E 0.161 0.170 0.077 0.200 0.148 0.087 0.069 0.036 0.025 0.017 0.008 78 D 0.418 0.183 0.090 0.135 0.082 0.038 0.027 0.013 0.008 0.004 0.002 79 W 0.116 0.081 0.074 0.144 0.136 0.149 0.135 0.071 0.049 0.030 0.014 80 H 0.050 0.088 0.074 0.180 0.156 0.140 0.135 0.066 0.057 0.038 0.015 81 L 0.011 0.016 0.036 0.043 0.054 0.089 0.181 0.188 0.176 0.123 0.084 82 H 0.044 0.089 0.151 0.303 0.218 0.088 0.056 0.023 0.016 0.009 0.003 83 C 0.014 0.017 0.040 0.040 0.040 0.067 0.139 0.121 0.205 0.180 0.136 84 K 0.044 0.098 0.081 0.262 0.245 0.094 0.088 0.037 0.029 0.016 0.008 85 L 0.011 0.014 0.024 0.035 0.031 0.062 0.119 0.124 0.213 0.190 0.177 86 E 0.109 0.139 0.134 0.295 0.194 0.056 0.037 0.016 0.011 0.007 0.003 87 T 0.193 0.192 0.086 0.175 0.122 0.077 0.077 0.036 0.025 0.012 0.006 88 V 0.042 0.026 0.023 0.058 0.064 0.083 0.131 0.126 0.168 0.159 0.121 89 E 0.070 0.086 0.059 0.156 0.143 0.132 0.164 0.084 0.061 0.030 0.016 90 T 0.041 0.060 0.087 0.118 0.099 0.081 0.128 0.107 0.124 0.097 0.058 91 V 0.023 0.019 0.023 0.051 0.059 0.091 0.174 0.152 0.175 0.130 0.101 92 V 0.052 0.062 0.048 0.130 0.119 0.121 0.148 0.100 0.104 0.071 0.047 93 F 0.026 0.030 0.028 0.067 0.081 0.104 0.162 0.148 0.151 0.124 0.078 94 D 0.058 0.070 0.055 0.145 0.140 0.118 0.143 0.093 0.081 0.061 0.036 95 L 0.017 0.016 0.014 0.031 0.038 0.050 0.116 0.182 0.200 0.179 0.155 96 S 0.095 0.144 0.069 0.175 0.152 0.096 0.101 0.061 0.048 0.037 0.022 97 P 0.127 0.099 0.051 0.124 0.118 0.090 0.127 0.089 0.075 0.058 0.043 98 K 0.273 0.198 0.055 0.170 0.126 0.062 0.050 0.029 0.019 0.012 0.006 99 D 0.395 0.165 0.041 0.127 0.087 0.058 0.056 0.029 0.021 0.013 0.008 100 N 0.256 0.172 0.040 0.112 0.102 0.077 0.088 0.057 0.044 0.031 0.023 101 G 0.286 0.183 0.039 0.134 0.108 0.084 0.081 0.036 0.026 0.014 0.008 102 G 0.156 0.080 0.046 0.121 0.112 0.101 0.127 0.079 0.081 0.058 0.038 103 I 0.021 0.027 0.022 0.075 0.103 0.137 0.186 0.145 0.128 0.091 0.064 104 R 0.026 0.056 0.046 0.161 0.158 0.163 0.159 0.093 0.071 0.042 0.025 105 M 0.004 0.007 0.014 0.025 0.030 0.045 0.100 0.158 0.205 0.221 0.190 106 A 0.006 0.010 0.022 0.042 0.047 0.070 0.146 0.180 0.196 0.161 0.122 107 V 0.007 0.019 0.053 0.074 0.069 0.087 0.153 0.159 0.161 0.140 0.079 108 V 0.007 0.011 0.029 0.041 0.042 0.073 0.153 0.156 0.184 0.180 0.125 109 F 0.017 0.019 0.034 0.063 0.062 0.090 0.161 0.148 0.164 0.143 0.099 110 R 0.102 0.132 0.098 0.184 0.147 0.101 0.089 0.057 0.043 0.033 0.014 111 D 0.285 0.158 0.080 0.143 0.107 0.080 0.067 0.033 0.023 0.016 0.008 112 K 0.157 0.089 0.052 0.122 0.120 0.105 0.118 0.082 0.072 0.054 0.030 113 H 0.109 0.096 0.065 0.124 0.112 0.115 0.141 0.089 0.073 0.051 0.024 114 Q 0.054 0.091 0.092 0.153 0.134 0.113 0.136 0.087 0.070 0.048 0.024 115 A 0.015 0.017 0.024 0.045 0.059 0.111 0.173 0.174 0.174 0.131 0.077 116 P 0.118 0.126 0.123 0.240 0.156 0.091 0.070 0.031 0.023 0.015 0.006 117 V 0.020 0.027 0.045 0.094 0.086 0.113 0.171 0.131 0.138 0.101 0.073 118 L 0.011 0.012 0.025 0.033 0.035 0.046 0.115 0.143 0.210 0.201 0.170 119 R 0.013 0.040 0.084 0.140 0.135 0.127 0.172 0.106 0.092 0.059 0.032 120 A 0.016 0.028 0.090 0.119 0.109 0.133 0.158 0.097 0.111 0.083 0.056 121 A 0.093 0.067 0.111 0.201 0.187 0.106 0.117 0.047 0.037 0.024 0.010 122 W 0.061 0.087 0.062 0.157 0.127 0.128 0.157 0.093 0.068 0.038 0.021 123 L 0.012 0.013 0.017 0.032 0.031 0.054 0.117 0.142 0.207 0.200 0.175 124 P 0.109 0.104 0.101 0.206 0.158 0.106 0.104 0.046 0.035 0.021 0.010 125 R 0.098 0.117 0.117 0.195 0.137 0.103 0.091 0.048 0.047 0.032 0.016 126 L 0.030 0.026 0.022 0.047 0.051 0.085 0.153 0.158 0.169 0.142 0.117 127 M 0.048 0.071 0.038 0.091 0.093 0.094 0.161 0.140 0.106 0.094 0.064 128 P 0.170 0.187 0.099 0.166 0.120 0.073 0.067 0.048 0.032 0.025 0.014 129 E 0.503 0.204 0.062 0.106 0.059 0.025 0.019 0.010 0.006 0.004 0.002 130 T 0.216 0.108 0.030 0.108 0.105 0.093 0.124 0.084 0.064 0.046 0.022 131 P 0.223 0.133 0.039 0.116 0.102 0.098 0.111 0.067 0.055 0.035 0.021 132 S 0.291 0.227 0.090 0.124 0.083 0.059 0.056 0.030 0.020 0.014 0.006 133 P 0.252 0.200 0.064 0.113 0.100 0.079 0.086 0.048 0.030 0.019 0.010 134 P 0.224 0.119 0.037 0.110 0.127 0.121 0.114 0.070 0.040 0.025 0.014 135 E 0.443 0.171 0.094 0.130 0.071 0.037 0.025 0.014 0.008 0.005 0.002 136 Q 0.067 0.059 0.069 0.164 0.171 0.151 0.151 0.086 0.047 0.024 0.010 137 F 0.013 0.015 0.032 0.046 0.059 0.078 0.163 0.151 0.195 0.158 0.089 138 W 0.011 0.023 0.082 0.120 0.148 0.169 0.202 0.104 0.077 0.045 0.018 139 A 0.015 0.037 0.228 0.153 0.132 0.106 0.132 0.073 0.064 0.042 0.017 140 F 0.010 0.012 0.039 0.039 0.047 0.082 0.194 0.169 0.185 0.136 0.087 141 T 0.032 0.034 0.086 0.116 0.113 0.114 0.176 0.113 0.105 0.074 0.037 142 Q 0.037 0.037 0.124 0.155 0.141 0.135 0.141 0.081 0.073 0.052 0.023 143 R 0.036 0.042 0.098 0.157 0.152 0.161 0.172 0.077 0.059 0.032 0.014 144 Y 0.036 0.039 0.054 0.077 0.073 0.089 0.165 0.133 0.144 0.110 0.079 145 I 0.023 0.023 0.037 0.048 0.051 0.082 0.158 0.156 0.171 0.145 0.104 146 D 0.100 0.159 0.162 0.202 0.146 0.073 0.066 0.038 0.027 0.019 0.009 147 L 0.026 0.020 0.024 0.042 0.047 0.082 0.159 0.171 0.174 0.148 0.108 148 P 0.247 0.183 0.078 0.168 0.117 0.064 0.055 0.030 0.028 0.021 0.010 149 M 0.064 0.060 0.042 0.085 0.095 0.098 0.158 0.137 0.119 0.089 0.054 150 V 0.043 0.064 0.054 0.110 0.101 0.107 0.143 0.107 0.113 0.100 0.060 151 V 0.026 0.030 0.037 0.061 0.071 0.099 0.180 0.156 0.147 0.116 0.077 152 D 0.129 0.182 0.142 0.206 0.142 0.066 0.057 0.032 0.022 0.015 0.007 153 A 0.062 0.036 0.048 0.090 0.091 0.129 0.173 0.104 0.115 0.089 0.064 154 R 0.113 0.105 0.102 0.206 0.162 0.095 0.093 0.046 0.040 0.026 0.012 155 N 0.045 0.055 0.081 0.137 0.140 0.126 0.160 0.095 0.081 0.051 0.028 156 R 0.019 0.027 0.070 0.119 0.142 0.143 0.174 0.107 0.097 0.068 0.034 157 Q 0.044 0.055 0.139 0.217 0.199 0.103 0.118 0.053 0.041 0.022 0.010 158 L 0.011 0.018 0.046 0.058 0.064 0.087 0.185 0.161 0.172 0.118 0.080 159 V 0.021 0.022 0.044 0.063 0.058 0.079 0.172 0.135 0.183 0.128 0.096 160 F 0.024 0.034 0.057 0.093 0.106 0.108 0.183 0.140 0.121 0.081 0.053 161 P 0.116 0.123 0.100 0.169 0.148 0.098 0.099 0.059 0.045 0.029 0.015 162 G 0.260 0.101 0.040 0.087 0.084 0.084 0.120 0.084 0.065 0.045 0.029 163 S 0.181 0.135 0.038 0.111 0.104 0.080 0.103 0.086 0.073 0.056 0.032 164 G 0.279 0.135 0.041 0.104 0.092 0.079 0.094 0.068 0.051 0.033 0.022 165 Q 0.174 0.148 0.053 0.149 0.135 0.093 0.089 0.061 0.047 0.032 0.019 166 G 0.191 0.098 0.037 0.098 0.092 0.101 0.123 0.093 0.080 0.052 0.034 167 G 0.177 0.147 0.053 0.155 0.143 0.094 0.091 0.054 0.040 0.029 0.015 168 F 0.067 0.044 0.031 0.077 0.082 0.108 0.147 0.152 0.130 0.096 0.065 169 T 0.234 0.176 0.085 0.159 0.114 0.072 0.063 0.037 0.028 0.021 0.010 170 E 0.193 0.138 0.063 0.130 0.111 0.089 0.100 0.074 0.050 0.034 0.018 171 G 0.419 0.150 0.052 0.105 0.082 0.058 0.052 0.033 0.024 0.016 0.008 172 S 0.260 0.129 0.061 0.129 0.109 0.095 0.090 0.049 0.039 0.027 0.012