# TARGET T0576 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0576.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.62227 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.545 0.179 0.106 0.083 0.052 0.027 0.008 2 G 0.517 0.203 0.114 0.082 0.047 0.027 0.010 3 S 0.420 0.176 0.130 0.112 0.076 0.060 0.027 4 S 0.354 0.176 0.127 0.123 0.086 0.084 0.050 5 H 0.240 0.121 0.100 0.119 0.130 0.161 0.130 6 H 0.216 0.101 0.065 0.082 0.108 0.200 0.228 7 H 0.241 0.118 0.076 0.092 0.103 0.170 0.200 8 H 0.224 0.119 0.085 0.111 0.111 0.166 0.184 9 H 0.201 0.122 0.089 0.118 0.134 0.184 0.152 10 H 0.208 0.145 0.108 0.132 0.139 0.154 0.114 11 S 0.375 0.195 0.118 0.106 0.082 0.074 0.049 12 S 0.410 0.204 0.129 0.102 0.060 0.055 0.040 13 G 0.317 0.159 0.122 0.130 0.110 0.098 0.064 14 R 0.243 0.187 0.163 0.145 0.108 0.093 0.060 15 E 0.168 0.152 0.127 0.148 0.162 0.157 0.086 16 N 0.110 0.123 0.134 0.175 0.193 0.179 0.085 17 L 0.069 0.063 0.079 0.140 0.221 0.287 0.141 18 Y 0.063 0.082 0.115 0.183 0.203 0.213 0.139 19 F 0.037 0.040 0.050 0.094 0.195 0.347 0.239 20 Q 0.084 0.133 0.172 0.215 0.185 0.152 0.058 21 G 0.131 0.185 0.175 0.197 0.165 0.121 0.026 22 H 0.107 0.152 0.172 0.227 0.188 0.130 0.024 23 V 0.086 0.089 0.137 0.243 0.270 0.153 0.022 24 E 0.306 0.299 0.196 0.122 0.055 0.020 0.002 25 P 0.549 0.277 0.111 0.046 0.012 0.003 0.001 26 G 0.543 0.272 0.113 0.052 0.014 0.004 0.001 27 V 0.209 0.176 0.190 0.222 0.137 0.058 0.007 28 T 0.170 0.159 0.185 0.219 0.169 0.088 0.011 29 D 0.315 0.306 0.183 0.114 0.055 0.025 0.003 30 R 0.257 0.264 0.200 0.149 0.086 0.038 0.007 31 I 0.109 0.113 0.135 0.206 0.236 0.157 0.043 32 G 0.115 0.181 0.194 0.196 0.176 0.111 0.027 33 Q 0.139 0.196 0.214 0.202 0.141 0.085 0.022 34 M 0.067 0.106 0.162 0.217 0.237 0.163 0.048 35 I 0.032 0.040 0.053 0.114 0.204 0.380 0.177 36 L 0.038 0.049 0.079 0.159 0.233 0.306 0.137 37 E 0.117 0.200 0.203 0.191 0.149 0.112 0.029 38 M 0.063 0.116 0.165 0.228 0.237 0.159 0.032 39 F 0.075 0.104 0.146 0.235 0.241 0.165 0.033 40 R 0.247 0.270 0.217 0.142 0.085 0.034 0.006 41 T 0.253 0.269 0.227 0.151 0.063 0.029 0.007 42 G 0.117 0.158 0.175 0.219 0.196 0.114 0.021 43 M 0.064 0.125 0.176 0.245 0.209 0.152 0.029 44 C 0.025 0.057 0.104 0.170 0.275 0.294 0.076 45 L 0.017 0.029 0.050 0.101 0.202 0.397 0.205 46 F 0.013 0.021 0.035 0.083 0.177 0.400 0.270 47 S 0.026 0.072 0.127 0.209 0.220 0.238 0.108 48 V 0.023 0.046 0.090 0.170 0.271 0.310 0.089 49 R 0.082 0.189 0.233 0.239 0.162 0.082 0.013 50 S 0.173 0.262 0.174 0.157 0.149 0.077 0.010 51 P 0.153 0.191 0.195 0.217 0.160 0.072 0.012 52 G 0.290 0.280 0.189 0.125 0.075 0.036 0.005 53 G 0.153 0.231 0.237 0.206 0.101 0.055 0.016 54 V 0.048 0.049 0.090 0.169 0.296 0.282 0.067 55 A 0.074 0.159 0.202 0.212 0.183 0.142 0.029 56 E 0.061 0.113 0.145 0.195 0.224 0.204 0.058 57 L 0.048 0.059 0.085 0.173 0.248 0.295 0.092 58 Y 0.093 0.142 0.231 0.254 0.171 0.093 0.017 59 G 0.264 0.265 0.185 0.145 0.082 0.049 0.009 60 G 0.242 0.207 0.177 0.184 0.118 0.061 0.012 61 E 0.295 0.277 0.189 0.132 0.071 0.031 0.005 62 A 0.285 0.338 0.194 0.107 0.051 0.021 0.004 63 R 0.073 0.118 0.161 0.258 0.273 0.105 0.012 64 K 0.068 0.180 0.235 0.256 0.167 0.085 0.008 65 V 0.050 0.077 0.134 0.253 0.283 0.185 0.018 66 E 0.125 0.284 0.283 0.195 0.083 0.027 0.002 67 I 0.058 0.074 0.155 0.292 0.289 0.122 0.009 68 T 0.326 0.389 0.171 0.073 0.031 0.010 0.001 69 G 0.205 0.226 0.202 0.219 0.107 0.037 0.004 70 T 0.344 0.331 0.178 0.093 0.042 0.011 0.001 71 S 0.267 0.385 0.205 0.099 0.032 0.010 0.001 72 L 0.040 0.057 0.114 0.242 0.368 0.163 0.016 73 T 0.064 0.175 0.255 0.269 0.162 0.070 0.005 74 I 0.027 0.060 0.130 0.199 0.278 0.274 0.032 75 E 0.143 0.299 0.260 0.195 0.084 0.018 0.001 76 R 0.098 0.162 0.214 0.268 0.198 0.057 0.003 77 E 0.404 0.331 0.139 0.079 0.037 0.010 0.001 78 D 0.465 0.341 0.129 0.047 0.014 0.004 0.001 79 W 0.127 0.215 0.298 0.260 0.077 0.021 0.002 80 H 0.093 0.174 0.249 0.241 0.165 0.070 0.007 81 L 0.039 0.064 0.109 0.222 0.290 0.241 0.034 82 H 0.103 0.253 0.277 0.214 0.108 0.041 0.004 83 C 0.043 0.089 0.135 0.235 0.274 0.195 0.028 84 K 0.061 0.202 0.256 0.246 0.164 0.065 0.008 85 L 0.036 0.060 0.127 0.293 0.276 0.184 0.025 86 E 0.259 0.349 0.197 0.108 0.064 0.021 0.002 87 T 0.187 0.290 0.216 0.178 0.084 0.038 0.006 88 V 0.047 0.060 0.111 0.220 0.295 0.218 0.048 89 E 0.107 0.198 0.208 0.207 0.170 0.095 0.015 90 T 0.118 0.163 0.191 0.206 0.169 0.113 0.039 91 V 0.037 0.052 0.083 0.153 0.263 0.307 0.104 92 V 0.085 0.153 0.192 0.215 0.184 0.131 0.040 93 F 0.060 0.099 0.149 0.208 0.248 0.187 0.049 94 D 0.106 0.194 0.195 0.206 0.170 0.105 0.024 95 L 0.054 0.057 0.095 0.208 0.289 0.247 0.050 96 S 0.188 0.261 0.212 0.175 0.109 0.048 0.006 97 P 0.233 0.214 0.218 0.188 0.100 0.042 0.005 98 K 0.404 0.269 0.157 0.106 0.045 0.016 0.002 99 D 0.461 0.248 0.141 0.091 0.039 0.017 0.003 100 N 0.364 0.200 0.177 0.143 0.076 0.034 0.007 101 G 0.350 0.243 0.164 0.119 0.072 0.043 0.010 102 G 0.165 0.156 0.149 0.177 0.167 0.137 0.048 103 I 0.081 0.106 0.144 0.182 0.214 0.199 0.074 104 R 0.062 0.112 0.157 0.188 0.196 0.188 0.098 105 M 0.022 0.026 0.038 0.075 0.168 0.366 0.305 106 A 0.016 0.026 0.039 0.083 0.166 0.384 0.287 107 V 0.020 0.040 0.074 0.160 0.204 0.310 0.191 108 V 0.019 0.036 0.062 0.132 0.219 0.365 0.166 109 F 0.051 0.095 0.156 0.230 0.237 0.187 0.043 110 R 0.241 0.280 0.195 0.146 0.085 0.044 0.009 111 D 0.280 0.260 0.175 0.141 0.093 0.044 0.007 112 K 0.241 0.231 0.190 0.166 0.107 0.056 0.010 113 H 0.194 0.181 0.177 0.187 0.157 0.087 0.017 114 Q 0.192 0.229 0.202 0.172 0.116 0.071 0.018 115 A 0.110 0.096 0.128 0.188 0.225 0.198 0.054 116 P 0.165 0.205 0.181 0.166 0.150 0.105 0.028 117 V 0.071 0.082 0.118 0.190 0.205 0.234 0.100 118 L 0.049 0.046 0.070 0.129 0.218 0.312 0.177 119 R 0.075 0.118 0.150 0.191 0.191 0.197 0.077 120 A 0.130 0.157 0.164 0.195 0.185 0.130 0.039 121 A 0.244 0.264 0.198 0.155 0.081 0.048 0.010 122 W 0.157 0.181 0.185 0.201 0.155 0.099 0.022 123 L 0.121 0.096 0.126 0.196 0.241 0.174 0.045 124 P 0.264 0.231 0.168 0.146 0.117 0.062 0.011 125 R 0.317 0.269 0.176 0.123 0.070 0.039 0.007 126 L 0.186 0.145 0.159 0.204 0.172 0.113 0.021 127 M 0.223 0.172 0.171 0.180 0.153 0.087 0.014 128 P 0.449 0.239 0.142 0.094 0.051 0.022 0.003 129 E 0.565 0.249 0.099 0.055 0.023 0.008 0.001 130 T 0.527 0.224 0.116 0.076 0.040 0.015 0.002 131 P 0.516 0.221 0.122 0.082 0.041 0.016 0.002 132 S 0.567 0.231 0.105 0.056 0.028 0.011 0.002 133 P 0.393 0.219 0.164 0.125 0.062 0.031 0.006 134 P 0.387 0.229 0.159 0.114 0.069 0.035 0.008 135 E 0.313 0.209 0.175 0.148 0.092 0.050 0.013 136 Q 0.197 0.214 0.195 0.174 0.118 0.077 0.025 137 F 0.109 0.082 0.103 0.181 0.209 0.228 0.088 138 W 0.098 0.115 0.149 0.200 0.207 0.175 0.056 139 A 0.113 0.127 0.146 0.193 0.179 0.168 0.073 140 F 0.078 0.069 0.094 0.177 0.204 0.246 0.131 141 T 0.113 0.163 0.161 0.194 0.169 0.142 0.058 142 Q 0.178 0.178 0.183 0.182 0.148 0.097 0.033 143 R 0.150 0.200 0.189 0.202 0.140 0.094 0.025 144 Y 0.097 0.100 0.126 0.200 0.211 0.202 0.063 145 I 0.110 0.082 0.115 0.209 0.212 0.197 0.074 146 D 0.224 0.247 0.196 0.148 0.096 0.064 0.025 147 L 0.096 0.097 0.118 0.191 0.223 0.200 0.076 148 P 0.181 0.205 0.157 0.162 0.146 0.112 0.038 149 M 0.083 0.099 0.122 0.195 0.211 0.210 0.079 150 V 0.090 0.081 0.107 0.178 0.206 0.229 0.110 151 V 0.096 0.099 0.121 0.175 0.221 0.213 0.074 152 D 0.200 0.245 0.199 0.160 0.104 0.070 0.023 153 A 0.157 0.136 0.155 0.207 0.179 0.128 0.038 154 R 0.223 0.221 0.194 0.164 0.109 0.069 0.020 155 N 0.170 0.183 0.177 0.188 0.147 0.102 0.033 156 R 0.106 0.123 0.160 0.210 0.217 0.144 0.040 157 Q 0.143 0.187 0.167 0.189 0.163 0.120 0.031 158 L 0.060 0.064 0.089 0.171 0.245 0.274 0.097 159 V 0.068 0.079 0.100 0.168 0.222 0.257 0.107 160 F 0.080 0.106 0.135 0.188 0.223 0.196 0.071 161 P 0.168 0.195 0.176 0.191 0.138 0.098 0.034 162 G 0.212 0.176 0.163 0.188 0.144 0.093 0.023 163 S 0.355 0.233 0.159 0.125 0.069 0.047 0.013 164 G 0.290 0.185 0.157 0.166 0.117 0.070 0.015 165 Q 0.406 0.239 0.149 0.105 0.059 0.034 0.008 166 G 0.458 0.197 0.128 0.112 0.065 0.033 0.007 167 G 0.523 0.240 0.117 0.067 0.033 0.016 0.003 168 F 0.311 0.169 0.165 0.169 0.118 0.060 0.008 169 T 0.459 0.258 0.131 0.082 0.048 0.021 0.003 170 E 0.531 0.229 0.120 0.075 0.031 0.013 0.002 171 G 0.732 0.167 0.059 0.027 0.010 0.004 0.001 172 S 0.736 0.158 0.062 0.029 0.010 0.004 0.001