# TARGET T0576 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0576.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.0566 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.137 0.081 0.044 0.102 0.100 0.100 0.142 0.103 0.088 0.063 0.040 2 G 0.226 0.138 0.052 0.116 0.093 0.079 0.103 0.069 0.058 0.041 0.025 3 S 0.165 0.139 0.061 0.145 0.117 0.095 0.102 0.066 0.054 0.035 0.022 4 S 0.229 0.156 0.060 0.146 0.113 0.082 0.083 0.055 0.038 0.024 0.015 5 H 0.136 0.097 0.048 0.135 0.121 0.112 0.127 0.089 0.066 0.044 0.025 6 H 0.097 0.091 0.056 0.136 0.120 0.122 0.142 0.092 0.070 0.049 0.025 7 H 0.072 0.077 0.058 0.139 0.126 0.133 0.153 0.094 0.073 0.051 0.024 8 H 0.114 0.088 0.073 0.145 0.123 0.115 0.134 0.083 0.062 0.042 0.021 9 H 0.098 0.100 0.075 0.151 0.125 0.112 0.131 0.084 0.061 0.043 0.021 10 H 0.076 0.080 0.060 0.122 0.117 0.125 0.156 0.101 0.078 0.055 0.028 11 S 0.193 0.190 0.093 0.148 0.104 0.085 0.083 0.045 0.030 0.020 0.010 12 S 0.287 0.175 0.074 0.153 0.104 0.066 0.062 0.037 0.022 0.013 0.008 13 G 0.343 0.169 0.051 0.104 0.075 0.060 0.073 0.050 0.036 0.025 0.013 14 R 0.120 0.122 0.054 0.163 0.139 0.116 0.112 0.073 0.050 0.034 0.017 15 E 0.138 0.141 0.096 0.177 0.130 0.111 0.096 0.056 0.030 0.018 0.007 16 N 0.082 0.086 0.086 0.188 0.152 0.135 0.124 0.068 0.041 0.025 0.012 17 L 0.023 0.020 0.028 0.046 0.058 0.102 0.177 0.155 0.166 0.140 0.084 18 Y 0.035 0.049 0.060 0.148 0.144 0.137 0.152 0.103 0.085 0.058 0.029 19 F 0.015 0.022 0.036 0.048 0.059 0.098 0.181 0.148 0.162 0.146 0.085 20 Q 0.074 0.110 0.102 0.210 0.177 0.112 0.093 0.053 0.035 0.021 0.012 21 G 0.332 0.109 0.062 0.116 0.089 0.074 0.094 0.060 0.034 0.020 0.011 22 H 0.176 0.136 0.054 0.169 0.126 0.091 0.096 0.062 0.043 0.028 0.018 23 V 0.038 0.037 0.016 0.037 0.048 0.068 0.142 0.145 0.176 0.165 0.128 24 E 0.145 0.277 0.102 0.211 0.125 0.062 0.037 0.019 0.012 0.007 0.004 25 P 0.321 0.117 0.067 0.117 0.091 0.083 0.089 0.051 0.034 0.019 0.011 26 G 0.384 0.221 0.045 0.145 0.076 0.045 0.038 0.022 0.013 0.007 0.005 27 V 0.031 0.030 0.013 0.038 0.046 0.062 0.122 0.138 0.202 0.174 0.143 28 T 0.126 0.137 0.067 0.186 0.154 0.106 0.088 0.058 0.037 0.025 0.016 29 D 0.094 0.088 0.123 0.173 0.128 0.121 0.110 0.064 0.051 0.031 0.018 30 R 0.064 0.088 0.059 0.154 0.145 0.140 0.158 0.092 0.053 0.030 0.018 31 I 0.015 0.021 0.019 0.044 0.053 0.054 0.118 0.151 0.201 0.171 0.154 32 G 0.073 0.065 0.061 0.131 0.133 0.120 0.155 0.100 0.078 0.054 0.031 33 Q 0.053 0.067 0.122 0.193 0.148 0.123 0.122 0.066 0.054 0.033 0.019 34 M 0.010 0.014 0.025 0.048 0.073 0.091 0.190 0.196 0.156 0.120 0.078 35 I 0.003 0.007 0.016 0.030 0.041 0.049 0.110 0.150 0.218 0.209 0.167 36 L 0.004 0.006 0.024 0.032 0.049 0.080 0.157 0.153 0.200 0.183 0.113 37 E 0.015 0.029 0.115 0.148 0.142 0.136 0.158 0.095 0.082 0.052 0.028 38 M 0.007 0.009 0.029 0.041 0.059 0.075 0.174 0.185 0.172 0.143 0.107 39 F 0.006 0.008 0.019 0.027 0.036 0.058 0.133 0.140 0.211 0.206 0.155 40 R 0.021 0.045 0.087 0.127 0.130 0.142 0.185 0.098 0.082 0.053 0.029 41 T 0.051 0.080 0.151 0.178 0.142 0.111 0.118 0.069 0.051 0.031 0.018 42 G 0.065 0.059 0.054 0.097 0.097 0.115 0.193 0.118 0.098 0.065 0.039 43 M 0.024 0.028 0.029 0.061 0.068 0.078 0.141 0.148 0.168 0.146 0.109 44 C 0.009 0.018 0.025 0.044 0.060 0.090 0.145 0.145 0.178 0.160 0.125 45 L 0.006 0.009 0.022 0.039 0.061 0.063 0.123 0.172 0.176 0.168 0.161 46 F 0.007 0.007 0.016 0.025 0.037 0.058 0.132 0.166 0.212 0.208 0.132 47 S 0.021 0.040 0.053 0.148 0.145 0.106 0.145 0.118 0.103 0.072 0.049 48 V 0.013 0.009 0.015 0.025 0.034 0.050 0.105 0.127 0.215 0.216 0.191 49 R 0.036 0.061 0.046 0.134 0.138 0.140 0.171 0.100 0.081 0.057 0.035 50 S 0.041 0.088 0.064 0.107 0.101 0.115 0.147 0.104 0.105 0.079 0.050 51 P 0.225 0.143 0.048 0.137 0.111 0.089 0.098 0.058 0.042 0.027 0.020 52 G 0.301 0.098 0.043 0.092 0.070 0.069 0.097 0.067 0.070 0.054 0.039 53 G 0.094 0.115 0.051 0.160 0.134 0.120 0.126 0.076 0.059 0.040 0.025 54 V 0.013 0.020 0.016 0.042 0.052 0.072 0.110 0.124 0.201 0.184 0.165 55 A 0.024 0.023 0.022 0.061 0.082 0.092 0.160 0.168 0.151 0.116 0.100 56 E 0.033 0.058 0.081 0.186 0.165 0.129 0.133 0.085 0.064 0.040 0.026 57 L 0.008 0.010 0.016 0.026 0.039 0.063 0.120 0.143 0.190 0.199 0.186 58 Y 0.029 0.044 0.033 0.088 0.101 0.113 0.182 0.143 0.127 0.090 0.050 59 G 0.227 0.130 0.075 0.144 0.099 0.078 0.097 0.055 0.049 0.028 0.018 60 G 0.236 0.095 0.066 0.117 0.105 0.079 0.108 0.072 0.057 0.036 0.029 61 E 0.117 0.147 0.067 0.192 0.149 0.095 0.110 0.060 0.035 0.017 0.010 62 A 0.035 0.021 0.035 0.061 0.086 0.082 0.142 0.164 0.136 0.130 0.108 63 R 0.030 0.094 0.163 0.189 0.156 0.135 0.115 0.057 0.033 0.020 0.008 64 K 0.042 0.089 0.143 0.258 0.188 0.096 0.084 0.048 0.028 0.016 0.008 65 V 0.036 0.015 0.027 0.030 0.039 0.066 0.155 0.160 0.181 0.174 0.115 66 E 0.094 0.227 0.167 0.317 0.118 0.038 0.021 0.008 0.005 0.002 0.001 67 I 0.010 0.006 0.015 0.011 0.022 0.031 0.087 0.131 0.177 0.220 0.290 68 T 0.082 0.235 0.142 0.252 0.153 0.061 0.035 0.018 0.011 0.006 0.003 69 G 0.271 0.116 0.059 0.098 0.079 0.079 0.116 0.071 0.056 0.035 0.021 70 T 0.192 0.125 0.066 0.165 0.126 0.089 0.090 0.064 0.042 0.024 0.016 71 S 0.187 0.201 0.065 0.160 0.099 0.085 0.089 0.046 0.037 0.020 0.011 72 L 0.019 0.013 0.017 0.035 0.055 0.068 0.139 0.187 0.178 0.142 0.146 73 T 0.144 0.244 0.136 0.209 0.113 0.056 0.045 0.023 0.016 0.008 0.005 74 I 0.025 0.012 0.022 0.044 0.068 0.073 0.160 0.173 0.169 0.135 0.118 75 E 0.130 0.164 0.127 0.218 0.138 0.081 0.064 0.036 0.023 0.014 0.007 76 R 0.027 0.047 0.062 0.118 0.121 0.129 0.198 0.124 0.089 0.058 0.028 77 E 0.095 0.103 0.115 0.177 0.137 0.118 0.115 0.065 0.039 0.023 0.012 78 D 0.229 0.174 0.150 0.185 0.093 0.059 0.057 0.025 0.016 0.009 0.004 79 W 0.037 0.034 0.057 0.078 0.087 0.119 0.197 0.138 0.123 0.086 0.045 80 H 0.059 0.078 0.108 0.171 0.146 0.124 0.128 0.076 0.056 0.035 0.019 81 L 0.019 0.023 0.066 0.057 0.070 0.114 0.202 0.158 0.137 0.098 0.056 82 H 0.032 0.046 0.110 0.171 0.167 0.114 0.141 0.099 0.062 0.035 0.022 83 C 0.012 0.007 0.020 0.021 0.031 0.045 0.135 0.182 0.204 0.202 0.142 84 K 0.030 0.103 0.169 0.279 0.194 0.087 0.062 0.034 0.022 0.012 0.008 85 L 0.020 0.014 0.036 0.039 0.061 0.078 0.182 0.180 0.155 0.138 0.098 86 E 0.059 0.096 0.141 0.204 0.153 0.119 0.102 0.053 0.037 0.022 0.012 87 T 0.116 0.137 0.116 0.153 0.112 0.083 0.123 0.067 0.049 0.028 0.016 88 V 0.046 0.031 0.042 0.062 0.069 0.080 0.141 0.119 0.162 0.144 0.104 89 E 0.079 0.130 0.109 0.185 0.128 0.110 0.117 0.056 0.046 0.027 0.012 90 T 0.032 0.050 0.088 0.135 0.122 0.121 0.139 0.110 0.091 0.073 0.039 91 V 0.009 0.016 0.020 0.037 0.054 0.096 0.177 0.179 0.175 0.146 0.090 92 V 0.015 0.019 0.029 0.071 0.081 0.085 0.150 0.175 0.159 0.138 0.078 93 F 0.011 0.010 0.027 0.035 0.045 0.083 0.152 0.155 0.200 0.175 0.106 94 D 0.039 0.062 0.080 0.187 0.168 0.108 0.140 0.094 0.062 0.037 0.024 95 L 0.013 0.010 0.015 0.019 0.028 0.048 0.116 0.133 0.214 0.228 0.174 96 S 0.123 0.155 0.084 0.219 0.155 0.086 0.077 0.043 0.030 0.017 0.011 97 P 0.174 0.150 0.071 0.129 0.094 0.083 0.104 0.068 0.058 0.043 0.027 98 K 0.210 0.147 0.049 0.152 0.133 0.089 0.086 0.055 0.036 0.024 0.019 99 D 0.316 0.276 0.059 0.117 0.066 0.054 0.050 0.027 0.018 0.012 0.006 100 N 0.118 0.111 0.040 0.148 0.134 0.131 0.124 0.076 0.056 0.037 0.025 101 G 0.322 0.136 0.044 0.095 0.073 0.066 0.095 0.065 0.052 0.033 0.020 102 G 0.074 0.080 0.048 0.175 0.142 0.122 0.140 0.081 0.070 0.041 0.027 103 I 0.006 0.009 0.013 0.021 0.031 0.049 0.093 0.117 0.208 0.213 0.241 104 R 0.008 0.023 0.029 0.104 0.153 0.134 0.167 0.145 0.113 0.075 0.049 105 M 0.003 0.006 0.017 0.026 0.039 0.056 0.132 0.174 0.214 0.195 0.137 106 A 0.007 0.010 0.022 0.057 0.079 0.087 0.148 0.164 0.168 0.140 0.119 107 V 0.010 0.010 0.021 0.033 0.043 0.063 0.135 0.146 0.208 0.183 0.147 108 V 0.011 0.014 0.033 0.069 0.108 0.081 0.163 0.179 0.145 0.101 0.094 109 F 0.009 0.011 0.028 0.033 0.047 0.061 0.151 0.159 0.194 0.187 0.119 110 R 0.049 0.111 0.176 0.250 0.156 0.098 0.076 0.033 0.027 0.015 0.009 111 D 0.129 0.146 0.136 0.164 0.114 0.102 0.105 0.048 0.030 0.018 0.009 112 K 0.138 0.157 0.103 0.196 0.137 0.094 0.081 0.042 0.026 0.016 0.010 113 H 0.173 0.116 0.078 0.098 0.086 0.093 0.131 0.087 0.065 0.046 0.027 114 Q 0.067 0.119 0.122 0.192 0.143 0.115 0.109 0.056 0.040 0.024 0.013 115 A 0.046 0.044 0.061 0.078 0.083 0.104 0.167 0.137 0.126 0.095 0.059 116 P 0.094 0.120 0.111 0.191 0.134 0.106 0.104 0.060 0.043 0.024 0.013 117 V 0.017 0.017 0.032 0.059 0.080 0.080 0.162 0.181 0.156 0.119 0.097 118 L 0.006 0.009 0.023 0.040 0.058 0.068 0.126 0.177 0.179 0.178 0.135 119 R 0.009 0.022 0.058 0.091 0.106 0.120 0.184 0.138 0.134 0.092 0.047 120 A 0.007 0.009 0.036 0.049 0.067 0.092 0.172 0.161 0.172 0.133 0.102 121 A 0.017 0.021 0.049 0.072 0.084 0.103 0.177 0.139 0.152 0.110 0.077 122 W 0.018 0.027 0.044 0.070 0.080 0.092 0.175 0.140 0.158 0.116 0.080 123 L 0.010 0.012 0.022 0.037 0.053 0.060 0.126 0.155 0.195 0.176 0.153 124 P 0.070 0.077 0.075 0.133 0.114 0.104 0.132 0.096 0.090 0.067 0.042 125 R 0.066 0.062 0.069 0.138 0.141 0.121 0.145 0.102 0.074 0.047 0.035 126 L 0.045 0.040 0.032 0.064 0.079 0.086 0.151 0.162 0.139 0.112 0.089 127 M 0.042 0.078 0.040 0.098 0.096 0.087 0.144 0.123 0.122 0.098 0.073 128 P 0.319 0.151 0.067 0.129 0.093 0.061 0.069 0.041 0.035 0.022 0.014 129 E 0.516 0.220 0.051 0.103 0.045 0.025 0.019 0.009 0.006 0.004 0.002 130 T 0.226 0.163 0.038 0.127 0.101 0.074 0.094 0.069 0.051 0.034 0.023 131 P 0.332 0.180 0.034 0.096 0.077 0.067 0.074 0.052 0.041 0.029 0.019 132 S 0.235 0.221 0.072 0.152 0.096 0.074 0.060 0.036 0.027 0.017 0.010 133 P 0.223 0.228 0.067 0.154 0.100 0.070 0.067 0.041 0.026 0.016 0.009 134 P 0.211 0.107 0.036 0.127 0.105 0.092 0.114 0.082 0.063 0.039 0.025 135 E 0.274 0.157 0.081 0.169 0.103 0.068 0.063 0.039 0.024 0.014 0.007 136 Q 0.044 0.060 0.055 0.163 0.158 0.134 0.158 0.103 0.066 0.038 0.021 137 F 0.011 0.015 0.022 0.039 0.053 0.076 0.150 0.165 0.189 0.167 0.113 138 W 0.019 0.029 0.062 0.109 0.122 0.145 0.189 0.121 0.102 0.066 0.037 139 A 0.030 0.035 0.116 0.133 0.125 0.109 0.154 0.116 0.086 0.062 0.034 140 F 0.010 0.012 0.029 0.040 0.052 0.078 0.163 0.151 0.201 0.168 0.096 141 T 0.025 0.041 0.054 0.110 0.110 0.100 0.168 0.129 0.124 0.087 0.052 142 Q 0.040 0.044 0.106 0.130 0.128 0.132 0.147 0.097 0.082 0.062 0.033 143 R 0.039 0.056 0.103 0.134 0.128 0.145 0.179 0.097 0.063 0.039 0.017 144 Y 0.019 0.032 0.046 0.076 0.079 0.103 0.185 0.154 0.132 0.112 0.062 145 I 0.031 0.027 0.037 0.052 0.059 0.096 0.169 0.131 0.170 0.139 0.087 146 D 0.089 0.151 0.149 0.188 0.120 0.085 0.090 0.046 0.041 0.025 0.015 147 L 0.008 0.011 0.021 0.035 0.054 0.070 0.161 0.184 0.186 0.154 0.114 148 P 0.137 0.134 0.092 0.153 0.110 0.091 0.091 0.066 0.058 0.042 0.026 149 M 0.025 0.027 0.031 0.064 0.083 0.100 0.197 0.180 0.137 0.094 0.063 150 V 0.024 0.028 0.038 0.077 0.095 0.080 0.134 0.167 0.143 0.123 0.092 151 V 0.015 0.012 0.022 0.037 0.053 0.067 0.163 0.179 0.188 0.158 0.106 152 D 0.041 0.103 0.166 0.227 0.159 0.103 0.090 0.044 0.034 0.020 0.012 153 A 0.014 0.013 0.033 0.049 0.077 0.087 0.183 0.169 0.158 0.121 0.094 154 R 0.085 0.102 0.108 0.187 0.138 0.111 0.117 0.062 0.047 0.029 0.013 155 N 0.032 0.053 0.095 0.141 0.129 0.121 0.167 0.094 0.083 0.055 0.030 156 R 0.020 0.028 0.061 0.086 0.097 0.140 0.178 0.122 0.119 0.099 0.050 157 Q 0.041 0.083 0.127 0.186 0.135 0.121 0.129 0.070 0.055 0.037 0.017 158 L 0.011 0.012 0.027 0.034 0.045 0.084 0.144 0.152 0.186 0.176 0.129 159 V 0.024 0.025 0.034 0.064 0.072 0.083 0.138 0.139 0.168 0.144 0.109 160 F 0.017 0.022 0.028 0.051 0.067 0.102 0.179 0.158 0.161 0.131 0.084 161 P 0.124 0.119 0.101 0.178 0.140 0.085 0.088 0.066 0.048 0.030 0.022 162 G 0.233 0.113 0.039 0.097 0.079 0.084 0.122 0.083 0.069 0.050 0.031 163 S 0.199 0.144 0.039 0.142 0.113 0.082 0.086 0.069 0.057 0.038 0.031 164 G 0.344 0.137 0.037 0.092 0.076 0.067 0.082 0.060 0.049 0.034 0.022 165 Q 0.083 0.091 0.039 0.136 0.128 0.113 0.129 0.100 0.078 0.056 0.048 166 G 0.171 0.097 0.042 0.092 0.093 0.087 0.126 0.099 0.088 0.064 0.041 167 G 0.226 0.153 0.050 0.178 0.120 0.079 0.078 0.047 0.034 0.021 0.013 168 F 0.068 0.043 0.028 0.074 0.079 0.083 0.140 0.137 0.143 0.115 0.090 169 T 0.185 0.175 0.065 0.164 0.121 0.081 0.081 0.051 0.038 0.025 0.015 170 E 0.139 0.131 0.065 0.157 0.129 0.099 0.106 0.072 0.051 0.031 0.021 171 G 0.379 0.173 0.059 0.114 0.080 0.053 0.058 0.036 0.024 0.015 0.009 172 S 0.265 0.160 0.056 0.146 0.104 0.070 0.080 0.049 0.036 0.021 0.013