# TARGET T0576 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0576.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.0566 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.084 0.077 0.047 0.043 0.076 0.074 0.017 0.581 2 G 0.109 0.053 0.041 0.037 0.068 0.128 0.021 0.543 3 S 0.104 0.044 0.049 0.044 0.053 0.133 0.013 0.559 4 S 0.056 0.038 0.036 0.025 0.040 0.101 0.012 0.693 5 H 0.101 0.040 0.034 0.028 0.045 0.189 0.015 0.548 6 H 0.127 0.051 0.038 0.028 0.044 0.218 0.016 0.477 7 H 0.103 0.065 0.039 0.036 0.053 0.157 0.015 0.533 8 H 0.097 0.061 0.037 0.039 0.060 0.133 0.013 0.561 9 H 0.094 0.056 0.036 0.039 0.067 0.112 0.012 0.583 10 H 0.107 0.080 0.039 0.050 0.091 0.113 0.017 0.503 11 S 0.108 0.082 0.027 0.036 0.052 0.160 0.018 0.516 12 S 0.086 0.054 0.022 0.018 0.028 0.131 0.022 0.638 13 G 0.173 0.037 0.027 0.017 0.026 0.165 0.035 0.519 14 R 0.137 0.045 0.047 0.035 0.033 0.251 0.016 0.436 15 E 0.051 0.071 0.048 0.053 0.063 0.176 0.010 0.528 16 N 0.083 0.092 0.059 0.049 0.099 0.109 0.014 0.494 17 L 0.161 0.099 0.111 0.087 0.124 0.069 0.013 0.335 18 Y 0.058 0.110 0.103 0.141 0.171 0.109 0.010 0.297 19 F 0.050 0.094 0.085 0.170 0.250 0.073 0.009 0.268 20 Q 0.046 0.092 0.095 0.113 0.179 0.057 0.014 0.404 21 G 0.070 0.046 0.077 0.102 0.113 0.077 0.021 0.493 22 H 0.145 0.020 0.067 0.064 0.070 0.095 0.018 0.522 23 V 0.043 0.024 0.089 0.100 0.165 0.043 0.007 0.529 24 E 0.026 0.010 0.065 0.071 0.144 0.121 0.004 0.561 25 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 26 G 0.030 0.007 0.050 0.038 0.119 0.149 0.005 0.602 27 V 0.309 0.009 0.027 0.029 0.036 0.071 0.004 0.517 28 T 0.059 0.068 0.059 0.059 0.103 0.103 0.004 0.545 29 D 0.049 0.064 0.035 0.045 0.079 0.087 0.004 0.637 30 R 0.058 0.124 0.025 0.017 0.030 0.245 0.005 0.495 31 I 0.050 0.414 0.014 0.010 0.023 0.207 0.010 0.270 32 G 0.073 0.640 0.011 0.013 0.033 0.027 0.012 0.191 33 Q 0.030 0.759 0.015 0.008 0.011 0.035 0.004 0.138 34 M 0.017 0.816 0.009 0.009 0.012 0.020 0.005 0.113 35 I 0.016 0.903 0.007 0.005 0.014 0.006 0.003 0.046 36 L 0.010 0.905 0.014 0.013 0.019 0.005 0.002 0.032 37 E 0.009 0.916 0.011 0.011 0.014 0.005 0.004 0.030 38 M 0.028 0.886 0.011 0.006 0.009 0.005 0.008 0.048 39 F 0.025 0.879 0.018 0.010 0.020 0.004 0.011 0.034 40 R 0.048 0.713 0.049 0.040 0.042 0.012 0.016 0.081 41 T 0.046 0.534 0.048 0.038 0.049 0.020 0.042 0.224 42 G 0.284 0.198 0.053 0.038 0.056 0.028 0.117 0.226 43 M 0.211 0.101 0.163 0.087 0.062 0.070 0.044 0.263 44 C 0.038 0.038 0.128 0.260 0.207 0.060 0.010 0.259 45 L 0.027 0.026 0.097 0.219 0.308 0.041 0.004 0.279 46 F 0.014 0.017 0.077 0.335 0.406 0.026 0.002 0.124 47 S 0.021 0.017 0.070 0.165 0.262 0.049 0.004 0.412 48 V 0.025 0.013 0.079 0.233 0.361 0.031 0.003 0.254 49 R 0.029 0.016 0.065 0.162 0.335 0.109 0.007 0.277 50 S 0.043 0.013 0.040 0.149 0.238 0.109 0.007 0.399 51 P 0.002 0.001 0.003 0.003 0.010 0.012 0.001 0.968 52 G 0.024 0.008 0.015 0.021 0.043 0.349 0.010 0.528 53 G 0.399 0.012 0.011 0.019 0.019 0.186 0.019 0.336 54 V 0.086 0.147 0.062 0.058 0.092 0.139 0.008 0.408 55 A 0.032 0.114 0.080 0.147 0.268 0.073 0.004 0.283 56 E 0.047 0.194 0.072 0.129 0.256 0.033 0.005 0.264 57 L 0.074 0.291 0.063 0.096 0.197 0.029 0.011 0.240 58 Y 0.053 0.266 0.053 0.109 0.176 0.064 0.022 0.258 59 G 0.076 0.096 0.048 0.079 0.124 0.046 0.027 0.505 60 G 0.073 0.060 0.106 0.097 0.121 0.069 0.022 0.453 61 E 0.071 0.037 0.058 0.160 0.132 0.113 0.013 0.415 62 A 0.036 0.024 0.039 0.045 0.080 0.035 0.007 0.735 63 R 0.043 0.025 0.057 0.295 0.365 0.040 0.007 0.168 64 K 0.072 0.014 0.061 0.100 0.177 0.048 0.008 0.521 65 V 0.018 0.006 0.071 0.385 0.379 0.010 0.001 0.131 66 E 0.006 0.005 0.114 0.231 0.380 0.027 0.001 0.237 67 I 0.008 0.003 0.099 0.242 0.313 0.020 0.001 0.315 68 T 0.005 0.003 0.115 0.199 0.448 0.045 0.002 0.183 69 G 0.025 0.003 0.082 0.089 0.175 0.139 0.007 0.480 70 T 0.079 0.004 0.092 0.212 0.215 0.148 0.012 0.239 71 S 0.026 0.005 0.058 0.075 0.117 0.156 0.009 0.554 72 L 0.021 0.003 0.035 0.422 0.388 0.033 0.003 0.095 73 T 0.018 0.009 0.050 0.235 0.321 0.166 0.003 0.196 74 I 0.008 0.006 0.019 0.415 0.413 0.016 0.001 0.122 75 E 0.005 0.017 0.024 0.200 0.562 0.075 0.002 0.115 76 R 0.021 0.029 0.015 0.201 0.364 0.090 0.004 0.276 77 E 0.031 0.070 0.026 0.089 0.290 0.049 0.012 0.434 78 D 0.082 0.051 0.018 0.053 0.103 0.139 0.024 0.531 79 W 0.154 0.073 0.033 0.118 0.148 0.047 0.033 0.395 80 H 0.089 0.102 0.051 0.119 0.190 0.115 0.018 0.316 81 L 0.048 0.064 0.056 0.276 0.292 0.045 0.006 0.211 82 H 0.047 0.095 0.080 0.149 0.290 0.046 0.010 0.283 83 C 0.055 0.045 0.051 0.256 0.254 0.046 0.006 0.288 84 K 0.020 0.043 0.060 0.150 0.267 0.048 0.005 0.407 85 L 0.020 0.031 0.044 0.131 0.268 0.022 0.005 0.480 86 E 0.038 0.039 0.062 0.230 0.329 0.080 0.007 0.215 87 T 0.042 0.020 0.035 0.055 0.108 0.048 0.005 0.688 88 V 0.024 0.034 0.094 0.172 0.348 0.027 0.004 0.297 89 E 0.025 0.038 0.083 0.254 0.344 0.062 0.004 0.190 90 T 0.028 0.025 0.068 0.110 0.187 0.036 0.004 0.543 91 V 0.028 0.045 0.194 0.195 0.372 0.026 0.005 0.135 92 V 0.024 0.030 0.152 0.251 0.347 0.024 0.005 0.167 93 F 0.014 0.025 0.164 0.286 0.344 0.020 0.003 0.145 94 D 0.022 0.016 0.102 0.178 0.319 0.026 0.008 0.329 95 L 0.046 0.018 0.147 0.139 0.296 0.063 0.012 0.278 96 S 0.045 0.007 0.063 0.098 0.114 0.381 0.009 0.284 97 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 98 K 0.012 0.004 0.021 0.030 0.099 0.379 0.004 0.453 99 D 0.350 0.005 0.005 0.010 0.010 0.281 0.008 0.332 100 N 0.273 0.068 0.017 0.019 0.030 0.094 0.049 0.449 101 G 0.417 0.018 0.013 0.011 0.017 0.088 0.048 0.388 102 G 0.143 0.022 0.059 0.049 0.047 0.242 0.016 0.422 103 I 0.049 0.022 0.068 0.174 0.265 0.071 0.008 0.343 104 R 0.027 0.016 0.054 0.243 0.346 0.078 0.003 0.233 105 M 0.012 0.011 0.066 0.248 0.428 0.026 0.002 0.206 106 A 0.006 0.009 0.073 0.311 0.535 0.012 0.001 0.054 107 V 0.005 0.006 0.058 0.437 0.434 0.009 0.001 0.051 108 V 0.003 0.007 0.086 0.339 0.479 0.007 0.001 0.078 109 F 0.001 0.003 0.031 0.346 0.586 0.004 0.001 0.029 110 R 0.005 0.006 0.041 0.234 0.478 0.029 0.002 0.205 111 D 0.015 0.010 0.027 0.231 0.345 0.075 0.007 0.291 112 K 0.074 0.010 0.016 0.037 0.061 0.147 0.020 0.637 113 H 0.084 0.014 0.008 0.018 0.019 0.541 0.022 0.295 114 Q 0.290 0.037 0.014 0.014 0.033 0.220 0.050 0.342 115 A 0.099 0.056 0.054 0.050 0.071 0.104 0.007 0.559 116 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 117 V 0.014 0.015 0.016 0.062 0.160 0.116 0.001 0.616 118 L 0.084 0.177 0.083 0.121 0.237 0.079 0.002 0.216 119 R 0.048 0.445 0.060 0.095 0.160 0.025 0.004 0.164 120 A 0.044 0.539 0.048 0.030 0.064 0.011 0.006 0.259 121 A 0.074 0.584 0.038 0.038 0.065 0.045 0.023 0.133 122 W 0.292 0.359 0.019 0.021 0.051 0.025 0.067 0.166 123 L 0.115 0.339 0.174 0.065 0.094 0.028 0.028 0.155 124 P 0.002 0.004 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.984 125 R 0.096 0.036 0.035 0.038 0.056 0.065 0.019 0.656 126 L 0.379 0.051 0.103 0.022 0.036 0.040 0.021 0.347 127 M 0.144 0.056 0.094 0.056 0.052 0.094 0.014 0.488 128 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 129 E 0.052 0.012 0.033 0.015 0.035 0.112 0.011 0.730 130 T 0.600 0.003 0.009 0.005 0.005 0.032 0.013 0.334 131 P 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.981 132 S 0.072 0.006 0.043 0.019 0.042 0.279 0.006 0.533 133 P 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.988 134 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 135 E 0.022 0.005 0.006 0.002 0.004 0.273 0.001 0.687 136 Q 0.298 0.031 0.004 0.003 0.003 0.235 0.007 0.420 137 F 0.188 0.435 0.015 0.007 0.019 0.056 0.006 0.273 138 W 0.057 0.729 0.036 0.020 0.035 0.021 0.003 0.099 139 A 0.042 0.790 0.017 0.013 0.027 0.006 0.005 0.101 140 F 0.033 0.858 0.008 0.009 0.016 0.008 0.008 0.059 141 T 0.036 0.823 0.009 0.017 0.029 0.009 0.013 0.065 142 Q 0.038 0.656 0.057 0.041 0.048 0.011 0.017 0.131 143 R 0.066 0.449 0.049 0.069 0.047 0.091 0.033 0.195 144 Y 0.272 0.326 0.039 0.041 0.043 0.021 0.041 0.218 145 I 0.083 0.349 0.221 0.082 0.086 0.021 0.014 0.144 146 D 0.038 0.060 0.077 0.050 0.081 0.041 0.013 0.640 147 L 0.097 0.049 0.114 0.111 0.159 0.076 0.011 0.384 148 P 0.002 0.001 0.006 0.002 0.006 0.007 0.001 0.976 149 M 0.034 0.012 0.135 0.103 0.129 0.140 0.005 0.441 150 V 0.041 0.023 0.427 0.094 0.123 0.028 0.003 0.260 151 V 0.035 0.029 0.351 0.157 0.186 0.060 0.002 0.180 152 D 0.016 0.027 0.119 0.199 0.220 0.051 0.003 0.365 153 A 0.025 0.061 0.132 0.107 0.208 0.066 0.006 0.394 154 R 0.026 0.043 0.019 0.019 0.040 0.571 0.013 0.269 155 N 0.242 0.078 0.013 0.016 0.022 0.361 0.066 0.203 156 R 0.315 0.171 0.056 0.027 0.031 0.051 0.065 0.284 157 Q 0.082 0.084 0.085 0.062 0.051 0.208 0.025 0.402 158 L 0.077 0.051 0.103 0.142 0.152 0.063 0.011 0.401 159 V 0.039 0.066 0.136 0.143 0.320 0.046 0.007 0.244 160 F 0.032 0.023 0.096 0.162 0.209 0.062 0.004 0.414 161 P 0.001 0.001 0.004 0.002 0.008 0.002 0.001 0.982 162 G 0.037 0.010 0.054 0.076 0.175 0.154 0.010 0.485 163 S 0.196 0.006 0.026 0.031 0.035 0.110 0.015 0.582 164 G 0.077 0.016 0.050 0.054 0.073 0.134 0.016 0.581 165 Q 0.123 0.009 0.026 0.039 0.054 0.248 0.013 0.489 166 G 0.060 0.015 0.038 0.062 0.093 0.141 0.009 0.583 167 G 0.081 0.012 0.028 0.065 0.122 0.145 0.011 0.536 168 F 0.056 0.018 0.032 0.071 0.092 0.173 0.006 0.552 169 T 0.042 0.021 0.024 0.095 0.156 0.179 0.008 0.476 170 E 0.050 0.021 0.025 0.056 0.099 0.165 0.007 0.577 171 G 0.055 0.022 0.025 0.041 0.072 0.182 0.015 0.589 172 S 0.141 0.021 0.019 0.040 0.051 0.232 0.018 0.478