# TARGET T0576 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0576.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.0566 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.060 0.233 0.110 0.064 0.128 0.046 0.065 0.098 0.056 0.100 0.040 2 G 0.053 0.099 0.143 0.185 0.067 0.046 0.030 0.077 0.058 0.174 0.068 3 S 0.077 0.177 0.108 0.034 0.150 0.026 0.040 0.162 0.105 0.084 0.038 4 S 0.079 0.118 0.049 0.021 0.130 0.029 0.050 0.223 0.148 0.110 0.044 5 H 0.086 0.103 0.053 0.026 0.130 0.033 0.051 0.212 0.134 0.123 0.052 6 H 0.109 0.117 0.054 0.022 0.167 0.028 0.045 0.189 0.100 0.120 0.049 7 H 0.124 0.112 0.052 0.024 0.163 0.028 0.040 0.183 0.093 0.123 0.057 8 H 0.097 0.145 0.061 0.025 0.179 0.029 0.043 0.175 0.093 0.101 0.054 9 H 0.110 0.140 0.057 0.024 0.194 0.022 0.038 0.168 0.087 0.107 0.053 10 H 0.109 0.133 0.101 0.033 0.164 0.024 0.038 0.167 0.084 0.092 0.057 11 S 0.076 0.103 0.071 0.039 0.109 0.044 0.069 0.236 0.105 0.100 0.048 12 S 0.033 0.186 0.114 0.108 0.068 0.065 0.085 0.136 0.065 0.111 0.028 13 G 0.049 0.084 0.144 0.153 0.057 0.033 0.019 0.087 0.058 0.233 0.084 14 R 0.100 0.118 0.060 0.019 0.150 0.021 0.028 0.240 0.153 0.076 0.035 15 E 0.049 0.089 0.042 0.024 0.076 0.051 0.085 0.316 0.168 0.076 0.026 16 N 0.119 0.091 0.046 0.018 0.162 0.021 0.034 0.174 0.083 0.173 0.079 17 L 0.136 0.194 0.016 0.004 0.421 0.007 0.015 0.106 0.042 0.033 0.025 18 Y 0.235 0.111 0.052 0.010 0.303 0.012 0.032 0.122 0.034 0.032 0.056 19 F 0.178 0.093 0.054 0.041 0.192 0.048 0.055 0.145 0.059 0.068 0.069 20 Q 0.054 0.180 0.091 0.133 0.091 0.107 0.091 0.073 0.058 0.086 0.036 21 G 0.051 0.101 0.105 0.153 0.085 0.043 0.024 0.046 0.057 0.238 0.098 22 H 0.150 0.151 0.047 0.011 0.278 0.010 0.038 0.072 0.064 0.119 0.059 23 V 0.106 0.277 0.127 0.027 0.214 0.019 0.034 0.043 0.032 0.058 0.063 24 E 0.044 0.260 0.412 0.090 0.102 0.014 0.008 0.019 0.014 0.012 0.024 25 P 0.023 0.178 0.074 0.037 0.061 0.055 0.175 0.223 0.129 0.032 0.012 26 G 0.046 0.044 0.076 0.041 0.041 0.021 0.021 0.114 0.083 0.419 0.093 27 V 0.073 0.148 0.052 0.012 0.131 0.013 0.030 0.223 0.139 0.138 0.042 28 T 0.066 0.188 0.076 0.021 0.152 0.022 0.023 0.286 0.085 0.049 0.032 29 D 0.034 0.041 0.029 0.019 0.048 0.018 0.033 0.603 0.117 0.041 0.018 30 R 0.026 0.016 0.013 0.005 0.021 0.008 0.032 0.726 0.093 0.048 0.012 31 I 0.018 0.055 0.030 0.014 0.022 0.013 0.020 0.696 0.083 0.038 0.012 32 G 0.004 0.008 0.011 0.013 0.006 0.007 0.006 0.845 0.075 0.018 0.008 33 Q 0.004 0.006 0.002 0.001 0.009 0.001 0.005 0.923 0.041 0.006 0.002 34 M 0.015 0.022 0.002 0.001 0.025 0.001 0.007 0.903 0.021 0.002 0.001 35 I 0.012 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.964 0.012 0.001 0.001 36 L 0.004 0.004 0.001 0.001 0.013 0.002 0.003 0.900 0.070 0.002 0.001 37 E 0.007 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.024 0.928 0.029 0.002 0.001 38 M 0.013 0.006 0.002 0.002 0.017 0.001 0.027 0.867 0.047 0.014 0.003 39 F 0.023 0.024 0.008 0.004 0.035 0.004 0.043 0.736 0.093 0.020 0.009 40 R 0.025 0.010 0.006 0.010 0.018 0.010 0.054 0.734 0.090 0.029 0.014 41 T 0.013 0.187 0.118 0.047 0.036 0.037 0.107 0.300 0.087 0.054 0.014 42 G 0.040 0.032 0.038 0.059 0.035 0.026 0.020 0.149 0.090 0.347 0.163 43 M 0.084 0.174 0.031 0.014 0.193 0.016 0.043 0.261 0.103 0.054 0.027 44 C 0.167 0.111 0.029 0.015 0.276 0.018 0.055 0.197 0.059 0.040 0.033 45 L 0.277 0.066 0.023 0.024 0.229 0.018 0.055 0.145 0.069 0.049 0.046 46 F 0.132 0.154 0.065 0.028 0.286 0.032 0.043 0.089 0.063 0.051 0.057 47 S 0.159 0.201 0.058 0.012 0.344 0.010 0.020 0.061 0.038 0.037 0.059 48 V 0.183 0.120 0.020 0.005 0.319 0.008 0.041 0.091 0.080 0.080 0.053 49 R 0.107 0.185 0.080 0.040 0.231 0.029 0.060 0.067 0.052 0.099 0.050 50 S 0.054 0.222 0.461 0.072 0.117 0.007 0.006 0.018 0.011 0.011 0.020 51 P 0.024 0.046 0.025 0.020 0.041 0.049 0.158 0.354 0.211 0.056 0.018 52 G 0.021 0.126 0.126 0.102 0.033 0.065 0.065 0.128 0.090 0.210 0.035 53 G 0.068 0.129 0.102 0.062 0.094 0.021 0.020 0.165 0.082 0.182 0.074 54 V 0.086 0.060 0.029 0.011 0.116 0.017 0.025 0.364 0.193 0.070 0.029 55 A 0.090 0.130 0.038 0.015 0.203 0.017 0.027 0.319 0.110 0.026 0.024 56 E 0.169 0.072 0.033 0.009 0.264 0.011 0.046 0.217 0.075 0.057 0.045 57 L 0.295 0.078 0.030 0.019 0.181 0.015 0.066 0.164 0.036 0.064 0.051 58 Y 0.042 0.175 0.115 0.101 0.097 0.100 0.095 0.115 0.045 0.075 0.040 59 G 0.035 0.067 0.065 0.262 0.042 0.066 0.047 0.135 0.075 0.156 0.050 60 G 0.030 0.098 0.200 0.179 0.048 0.048 0.026 0.111 0.090 0.141 0.029 61 E 0.091 0.115 0.051 0.013 0.129 0.022 0.094 0.202 0.150 0.093 0.041 62 A 0.261 0.073 0.021 0.012 0.244 0.015 0.015 0.103 0.086 0.091 0.078 63 R 0.069 0.224 0.051 0.029 0.240 0.063 0.115 0.118 0.050 0.021 0.019 64 K 0.377 0.045 0.020 0.006 0.299 0.008 0.023 0.040 0.018 0.070 0.094 65 V 0.140 0.221 0.006 0.001 0.602 0.002 0.003 0.006 0.003 0.004 0.012 66 E 0.227 0.101 0.020 0.002 0.592 0.003 0.006 0.008 0.004 0.003 0.035 67 I 0.498 0.054 0.013 0.010 0.270 0.010 0.013 0.014 0.012 0.022 0.084 68 T 0.036 0.068 0.062 0.217 0.076 0.221 0.157 0.031 0.030 0.071 0.032 69 G 0.096 0.055 0.090 0.283 0.066 0.048 0.018 0.019 0.030 0.206 0.089 70 T 0.073 0.297 0.056 0.031 0.274 0.045 0.052 0.050 0.046 0.046 0.031 71 S 0.239 0.128 0.029 0.012 0.424 0.015 0.016 0.028 0.023 0.033 0.053 72 L 0.242 0.146 0.022 0.008 0.456 0.010 0.016 0.028 0.018 0.015 0.038 73 T 0.182 0.168 0.055 0.005 0.478 0.007 0.012 0.023 0.008 0.009 0.052 74 I 0.248 0.198 0.035 0.006 0.357 0.006 0.011 0.052 0.017 0.017 0.051 75 E 0.155 0.215 0.060 0.018 0.216 0.023 0.050 0.115 0.040 0.048 0.061 76 R 0.131 0.167 0.063 0.020 0.218 0.016 0.019 0.188 0.093 0.043 0.042 77 E 0.032 0.040 0.021 0.019 0.044 0.038 0.072 0.466 0.208 0.044 0.016 78 D 0.054 0.065 0.036 0.021 0.081 0.024 0.088 0.324 0.136 0.138 0.034 79 W 0.129 0.119 0.024 0.011 0.164 0.013 0.036 0.238 0.108 0.112 0.047 80 H 0.168 0.128 0.027 0.013 0.293 0.018 0.025 0.173 0.073 0.035 0.046 81 L 0.098 0.098 0.033 0.024 0.175 0.034 0.088 0.269 0.113 0.044 0.024 82 H 0.221 0.048 0.022 0.019 0.159 0.021 0.083 0.131 0.055 0.157 0.082 83 C 0.114 0.312 0.030 0.008 0.415 0.009 0.013 0.034 0.017 0.017 0.030 84 K 0.203 0.156 0.035 0.009 0.420 0.012 0.023 0.045 0.023 0.023 0.052 85 L 0.270 0.120 0.027 0.011 0.378 0.010 0.015 0.040 0.033 0.033 0.063 86 E 0.135 0.172 0.043 0.030 0.274 0.046 0.079 0.094 0.047 0.038 0.042 87 T 0.223 0.134 0.044 0.011 0.376 0.011 0.024 0.050 0.026 0.037 0.065 88 V 0.293 0.120 0.019 0.014 0.353 0.014 0.017 0.045 0.032 0.035 0.056 89 E 0.152 0.144 0.048 0.025 0.371 0.047 0.057 0.066 0.029 0.019 0.040 90 T 0.274 0.080 0.012 0.006 0.529 0.006 0.010 0.025 0.013 0.014 0.030 91 V 0.313 0.082 0.005 0.004 0.529 0.004 0.025 0.014 0.004 0.005 0.013 92 V 0.362 0.066 0.013 0.002 0.496 0.002 0.004 0.003 0.002 0.003 0.047 93 F 0.190 0.199 0.042 0.014 0.369 0.031 0.018 0.012 0.012 0.020 0.093 94 D 0.212 0.185 0.061 0.011 0.423 0.010 0.010 0.011 0.011 0.015 0.051 95 L 0.157 0.198 0.061 0.016 0.193 0.021 0.061 0.063 0.083 0.101 0.047 96 S 0.028 0.328 0.433 0.017 0.128 0.005 0.006 0.013 0.008 0.009 0.024 97 P 0.082 0.291 0.098 0.024 0.166 0.012 0.028 0.163 0.092 0.022 0.022 98 K 0.042 0.067 0.081 0.021 0.054 0.042 0.140 0.320 0.150 0.057 0.025 99 D 0.035 0.115 0.080 0.077 0.056 0.080 0.083 0.243 0.091 0.105 0.034 100 N 0.025 0.215 0.154 0.167 0.047 0.064 0.074 0.086 0.048 0.086 0.035 101 G 0.019 0.053 0.096 0.243 0.018 0.049 0.026 0.049 0.049 0.306 0.092 102 G 0.096 0.206 0.212 0.053 0.136 0.016 0.016 0.058 0.052 0.098 0.058 103 I 0.219 0.144 0.027 0.009 0.307 0.022 0.035 0.103 0.067 0.032 0.037 104 R 0.164 0.147 0.054 0.031 0.244 0.054 0.089 0.115 0.037 0.032 0.035 105 M 0.291 0.078 0.018 0.014 0.383 0.014 0.013 0.065 0.025 0.043 0.057 106 A 0.175 0.121 0.006 0.002 0.630 0.004 0.005 0.030 0.008 0.004 0.012 107 V 0.212 0.070 0.010 0.001 0.658 0.001 0.003 0.018 0.004 0.002 0.021 108 V 0.429 0.089 0.011 0.003 0.355 0.002 0.014 0.039 0.006 0.005 0.047 109 F 0.219 0.169 0.041 0.014 0.284 0.015 0.039 0.085 0.021 0.032 0.080 110 R 0.078 0.171 0.066 0.040 0.174 0.047 0.062 0.162 0.079 0.076 0.045 111 D 0.121 0.120 0.081 0.026 0.195 0.016 0.030 0.201 0.105 0.054 0.050 112 K 0.012 0.029 0.016 0.008 0.019 0.015 0.034 0.407 0.384 0.064 0.011 113 H 0.017 0.138 0.057 0.024 0.033 0.031 0.095 0.337 0.153 0.097 0.018 114 Q 0.054 0.065 0.040 0.035 0.052 0.015 0.024 0.226 0.123 0.281 0.086 115 A 0.040 0.299 0.154 0.034 0.118 0.013 0.019 0.208 0.069 0.025 0.022 116 P 0.053 0.173 0.044 0.008 0.143 0.008 0.031 0.410 0.093 0.019 0.018 117 V 0.125 0.063 0.009 0.005 0.129 0.006 0.043 0.487 0.079 0.033 0.021 118 L 0.099 0.121 0.022 0.011 0.202 0.013 0.035 0.381 0.069 0.027 0.020 119 R 0.098 0.059 0.020 0.016 0.128 0.015 0.037 0.435 0.105 0.058 0.030 120 A 0.073 0.052 0.012 0.009 0.116 0.014 0.042 0.462 0.135 0.058 0.028 121 A 0.074 0.145 0.025 0.007 0.194 0.009 0.051 0.363 0.077 0.032 0.022 122 W 0.103 0.082 0.030 0.011 0.107 0.012 0.055 0.305 0.087 0.157 0.050 123 L 0.071 0.296 0.111 0.013 0.196 0.009 0.017 0.157 0.061 0.032 0.037 124 P 0.046 0.131 0.034 0.011 0.083 0.019 0.047 0.404 0.180 0.028 0.018 125 R 0.040 0.064 0.024 0.006 0.072 0.013 0.128 0.377 0.174 0.084 0.018 126 L 0.085 0.091 0.038 0.015 0.113 0.016 0.060 0.145 0.098 0.289 0.049 127 M 0.052 0.302 0.204 0.046 0.121 0.021 0.029 0.073 0.059 0.053 0.040 128 P 0.053 0.265 0.103 0.026 0.139 0.023 0.070 0.141 0.120 0.037 0.024 129 E 0.067 0.141 0.068 0.024 0.103 0.027 0.088 0.098 0.144 0.198 0.042 130 T 0.056 0.294 0.204 0.039 0.154 0.013 0.039 0.039 0.049 0.073 0.039 131 P 0.055 0.290 0.244 0.037 0.121 0.009 0.037 0.057 0.061 0.057 0.032 132 S 0.019 0.292 0.411 0.048 0.051 0.012 0.039 0.038 0.040 0.036 0.014 133 P 0.009 0.342 0.525 0.023 0.031 0.004 0.011 0.022 0.016 0.010 0.007 134 P 0.040 0.212 0.074 0.009 0.081 0.008 0.023 0.305 0.189 0.037 0.022 135 E 0.006 0.040 0.009 0.002 0.021 0.008 0.030 0.588 0.271 0.019 0.005 136 Q 0.027 0.019 0.009 0.003 0.032 0.008 0.029 0.560 0.158 0.140 0.016 137 F 0.077 0.046 0.011 0.006 0.100 0.008 0.019 0.538 0.111 0.066 0.019 138 W 0.048 0.046 0.018 0.011 0.079 0.014 0.039 0.616 0.093 0.022 0.014 139 A 0.062 0.041 0.017 0.007 0.057 0.005 0.043 0.645 0.072 0.033 0.018 140 F 0.056 0.045 0.015 0.007 0.065 0.009 0.032 0.579 0.101 0.069 0.023 141 T 0.056 0.063 0.015 0.006 0.096 0.011 0.024 0.560 0.119 0.032 0.019 142 Q 0.047 0.044 0.015 0.010 0.097 0.016 0.045 0.498 0.176 0.035 0.017 143 R 0.110 0.077 0.022 0.012 0.150 0.011 0.124 0.353 0.084 0.042 0.016 144 Y 0.287 0.053 0.016 0.012 0.211 0.014 0.046 0.116 0.064 0.112 0.069 145 I 0.092 0.236 0.062 0.022 0.240 0.031 0.067 0.126 0.054 0.029 0.040 146 D 0.169 0.064 0.034 0.027 0.135 0.035 0.061 0.095 0.066 0.193 0.120 147 L 0.061 0.463 0.095 0.020 0.269 0.009 0.015 0.025 0.017 0.010 0.015 148 P 0.219 0.149 0.051 0.015 0.322 0.019 0.027 0.070 0.035 0.033 0.060 149 M 0.102 0.213 0.012 0.001 0.596 0.004 0.011 0.028 0.012 0.004 0.017 150 V 0.463 0.059 0.007 0.002 0.387 0.002 0.010 0.024 0.005 0.010 0.032 151 V 0.122 0.251 0.062 0.009 0.410 0.014 0.019 0.035 0.013 0.013 0.053 152 D 0.245 0.159 0.053 0.008 0.388 0.005 0.008 0.045 0.013 0.011 0.065 153 A 0.067 0.057 0.012 0.007 0.095 0.015 0.030 0.350 0.286 0.055 0.024 154 R 0.026 0.078 0.050 0.026 0.053 0.054 0.225 0.269 0.130 0.072 0.017 155 N 0.190 0.073 0.027 0.015 0.153 0.012 0.022 0.106 0.075 0.209 0.118 156 R 0.072 0.208 0.028 0.021 0.204 0.032 0.039 0.143 0.156 0.062 0.035 157 Q 0.132 0.125 0.030 0.017 0.224 0.032 0.078 0.130 0.090 0.093 0.048 158 L 0.247 0.099 0.015 0.005 0.460 0.005 0.014 0.029 0.021 0.055 0.050 159 V 0.150 0.188 0.081 0.028 0.336 0.026 0.042 0.038 0.022 0.039 0.050 160 F 0.079 0.253 0.360 0.034 0.203 0.007 0.005 0.012 0.008 0.008 0.032 161 P 0.043 0.118 0.058 0.039 0.075 0.077 0.199 0.174 0.114 0.070 0.033 162 G 0.058 0.073 0.166 0.144 0.071 0.049 0.025 0.060 0.055 0.204 0.095 163 S 0.061 0.213 0.103 0.055 0.125 0.041 0.071 0.110 0.074 0.107 0.040 164 G 0.076 0.058 0.103 0.122 0.070 0.050 0.025 0.062 0.050 0.228 0.155 165 Q 0.071 0.098 0.090 0.102 0.086 0.109 0.068 0.107 0.076 0.146 0.047 166 G 0.028 0.120 0.131 0.271 0.048 0.077 0.047 0.054 0.052 0.130 0.041 167 G 0.080 0.095 0.151 0.118 0.095 0.023 0.023 0.071 0.068 0.222 0.054 168 F 0.109 0.179 0.111 0.029 0.164 0.023 0.054 0.104 0.085 0.093 0.048 169 T 0.059 0.230 0.285 0.074 0.125 0.029 0.026 0.063 0.037 0.032 0.039 170 E 0.038 0.119 0.071 0.081 0.059 0.070 0.178 0.177 0.090 0.090 0.028 171 G 0.040 0.078 0.161 0.107 0.048 0.032 0.021 0.071 0.065 0.305 0.071 172 S 0.094 0.236 0.088 0.018 0.202 0.017 0.032 0.132 0.079 0.066 0.035