# TARGET T0574 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0574.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.56554 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.004 0.091 0.002 0.007 0.844 0.001 0.001 0.002 0.018 0.010 0.011 0.009 2 K 0.001 0.001 0.018 0.001 0.004 0.956 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.004 3 N 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 4 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.954 0.001 0.001 0.001 0.003 0.039 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.010 0.001 0.004 0.923 0.001 0.001 0.001 0.013 0.046 0.001 0.001 15 A 0.001 0.001 0.079 0.001 0.004 0.804 0.001 0.001 0.001 0.060 0.045 0.002 0.002 16 P 0.001 0.001 0.041 0.001 0.013 0.820 0.001 0.001 0.001 0.025 0.096 0.001 0.001 17 S 0.001 0.001 0.019 0.001 0.032 0.834 0.001 0.001 0.001 0.023 0.086 0.001 0.001 18 L 0.002 0.003 0.031 0.002 0.091 0.766 0.001 0.001 0.004 0.035 0.056 0.002 0.007 19 G 0.010 0.006 0.056 0.004 0.158 0.625 0.002 0.002 0.008 0.030 0.072 0.008 0.019 20 F 0.015 0.007 0.066 0.010 0.265 0.450 0.003 0.002 0.007 0.036 0.107 0.011 0.020 21 A 0.010 0.009 0.087 0.007 0.208 0.300 0.002 0.001 0.006 0.066 0.263 0.020 0.020 22 A 0.006 0.020 0.165 0.007 0.115 0.135 0.001 0.001 0.007 0.149 0.343 0.011 0.041 23 A 0.002 0.010 0.588 0.004 0.014 0.013 0.001 0.001 0.007 0.243 0.075 0.027 0.015 24 P 0.002 0.006 0.523 0.019 0.047 0.011 0.001 0.001 0.010 0.162 0.186 0.007 0.026 25 D 0.004 0.006 0.189 0.059 0.038 0.007 0.001 0.001 0.015 0.363 0.271 0.036 0.012 26 A 0.057 0.007 0.200 0.045 0.018 0.006 0.022 0.025 0.128 0.184 0.063 0.039 0.205 27 V 0.216 0.003 0.021 0.027 0.001 0.002 0.156 0.181 0.221 0.015 0.003 0.075 0.080 28 M 0.288 0.001 0.004 0.014 0.001 0.001 0.204 0.307 0.092 0.001 0.001 0.048 0.041 29 V 0.390 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.215 0.231 0.080 0.001 0.001 0.031 0.048 30 F 0.454 0.001 0.008 0.012 0.001 0.001 0.199 0.135 0.085 0.001 0.001 0.062 0.042 31 A 0.327 0.005 0.078 0.008 0.001 0.001 0.093 0.047 0.145 0.009 0.003 0.118 0.165 32 R 0.088 0.008 0.343 0.025 0.003 0.001 0.018 0.007 0.113 0.063 0.019 0.155 0.157 33 Q 0.022 0.011 0.318 0.014 0.014 0.003 0.004 0.002 0.016 0.199 0.213 0.040 0.145 34 G 0.007 0.009 0.168 0.012 0.020 0.002 0.001 0.001 0.003 0.299 0.407 0.039 0.032 35 D 0.015 0.016 0.195 0.010 0.029 0.003 0.001 0.001 0.002 0.342 0.253 0.055 0.078 36 K 0.032 0.023 0.265 0.014 0.039 0.008 0.002 0.001 0.003 0.198 0.279 0.027 0.111 37 G 0.084 0.023 0.256 0.032 0.023 0.012 0.007 0.002 0.007 0.167 0.088 0.225 0.076 38 S 0.167 0.024 0.185 0.010 0.008 0.007 0.014 0.002 0.007 0.034 0.017 0.104 0.420 39 V 0.288 0.018 0.088 0.006 0.004 0.005 0.018 0.003 0.009 0.011 0.005 0.378 0.165 40 S 0.232 0.018 0.123 0.018 0.006 0.006 0.022 0.003 0.012 0.016 0.009 0.156 0.380 41 V 0.092 0.011 0.200 0.037 0.014 0.010 0.007 0.002 0.007 0.070 0.100 0.247 0.203 42 G 0.031 0.007 0.142 0.040 0.013 0.010 0.003 0.001 0.003 0.177 0.383 0.078 0.112 43 D 0.028 0.009 0.232 0.010 0.017 0.010 0.002 0.001 0.001 0.219 0.213 0.086 0.172 44 K 0.070 0.017 0.237 0.010 0.024 0.033 0.003 0.001 0.003 0.110 0.087 0.235 0.170 45 H 0.125 0.023 0.149 0.018 0.039 0.052 0.007 0.001 0.004 0.044 0.056 0.102 0.381 46 F 0.144 0.013 0.115 0.075 0.039 0.062 0.008 0.001 0.005 0.044 0.054 0.264 0.175 47 R 0.201 0.006 0.069 0.028 0.012 0.019 0.008 0.001 0.003 0.020 0.028 0.192 0.414 48 T 0.277 0.003 0.055 0.042 0.013 0.016 0.009 0.001 0.002 0.012 0.017 0.141 0.412 49 Q 0.146 0.001 0.023 0.047 0.003 0.005 0.004 0.001 0.003 0.018 0.011 0.657 0.084 50 A 0.203 0.001 0.038 0.021 0.002 0.002 0.011 0.001 0.005 0.006 0.012 0.023 0.675 51 F 0.205 0.001 0.040 0.050 0.001 0.002 0.012 0.001 0.016 0.013 0.003 0.622 0.036 52 K 0.327 0.001 0.038 0.022 0.001 0.002 0.065 0.008 0.041 0.008 0.003 0.082 0.404 53 V 0.537 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.103 0.055 0.038 0.001 0.001 0.132 0.118 54 R 0.555 0.001 0.003 0.043 0.001 0.002 0.176 0.082 0.034 0.001 0.001 0.062 0.042 55 L 0.431 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.211 0.106 0.081 0.001 0.001 0.036 0.126 56 V 0.331 0.003 0.036 0.080 0.004 0.005 0.153 0.091 0.107 0.010 0.008 0.080 0.092 57 N 0.101 0.008 0.253 0.016 0.010 0.008 0.021 0.019 0.083 0.103 0.032 0.145 0.202 58 A 0.020 0.013 0.288 0.025 0.059 0.043 0.007 0.005 0.039 0.169 0.209 0.024 0.100 59 A 0.012 0.018 0.310 0.022 0.137 0.041 0.003 0.002 0.018 0.155 0.200 0.056 0.026 60 K 0.008 0.011 0.278 0.019 0.221 0.064 0.002 0.001 0.014 0.160 0.152 0.010 0.059 61 S 0.017 0.014 0.232 0.024 0.140 0.110 0.002 0.001 0.012 0.171 0.173 0.083 0.022 62 E 0.050 0.033 0.213 0.012 0.099 0.123 0.009 0.003 0.022 0.082 0.105 0.028 0.220 63 I 0.066 0.054 0.243 0.012 0.030 0.076 0.014 0.007 0.050 0.067 0.024 0.226 0.130 64 S 0.036 0.033 0.343 0.012 0.016 0.040 0.007 0.005 0.026 0.060 0.030 0.097 0.296 65 L 0.026 0.016 0.233 0.029 0.071 0.085 0.004 0.003 0.016 0.078 0.206 0.070 0.164 66 K 0.010 0.003 0.088 0.087 0.056 0.039 0.002 0.001 0.004 0.160 0.476 0.040 0.034 67 N 0.034 0.004 0.115 0.023 0.040 0.023 0.002 0.001 0.004 0.247 0.341 0.045 0.121 68 S 0.192 0.006 0.158 0.032 0.013 0.016 0.008 0.003 0.012 0.089 0.048 0.196 0.229 69 C 0.498 0.003 0.032 0.010 0.002 0.006 0.028 0.004 0.010 0.010 0.007 0.139 0.250 70 L 0.668 0.001 0.013 0.010 0.001 0.003 0.022 0.002 0.006 0.002 0.001 0.139 0.131 71 V 0.782 0.001 0.006 0.013 0.001 0.002 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.083 0.091 72 A 0.753 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.141 0.081 73 Q 0.552 0.004 0.020 0.009 0.002 0.002 0.015 0.001 0.002 0.003 0.003 0.063 0.323 74 S 0.118 0.008 0.347 0.013 0.008 0.002 0.004 0.001 0.004 0.039 0.027 0.223 0.207 75 A 0.009 0.001 0.067 0.021 0.041 0.004 0.001 0.001 0.001 0.082 0.719 0.028 0.027 76 A 0.001 0.001 0.013 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.918 0.003 0.004 77 G 0.001 0.002 0.088 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.419 0.469 0.008 0.005 78 Q 0.009 0.054 0.551 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.016 0.158 0.012 0.160 0.025 79 S 0.019 0.071 0.189 0.005 0.004 0.003 0.020 0.013 0.055 0.028 0.018 0.012 0.564 80 F 0.041 0.031 0.150 0.064 0.004 0.004 0.029 0.018 0.114 0.034 0.005 0.469 0.037 81 R 0.040 0.026 0.161 0.015 0.003 0.003 0.042 0.013 0.181 0.019 0.006 0.048 0.442 82 L 0.032 0.038 0.387 0.019 0.008 0.007 0.022 0.015 0.115 0.052 0.013 0.179 0.114 83 D 0.005 0.012 0.587 0.017 0.005 0.017 0.003 0.003 0.087 0.125 0.022 0.050 0.066 84 T 0.006 0.014 0.287 0.005 0.050 0.243 0.003 0.002 0.025 0.162 0.127 0.011 0.064 85 V 0.003 0.010 0.094 0.006 0.112 0.594 0.002 0.003 0.012 0.053 0.086 0.015 0.011 86 D 0.004 0.006 0.090 0.003 0.196 0.587 0.001 0.002 0.005 0.035 0.046 0.005 0.020 87 E 0.003 0.003 0.052 0.002 0.197 0.654 0.001 0.001 0.001 0.018 0.060 0.003 0.005 88 E 0.003 0.003 0.024 0.002 0.130 0.727 0.001 0.001 0.001 0.013 0.091 0.002 0.004 89 L 0.004 0.008 0.057 0.002 0.120 0.647 0.001 0.001 0.001 0.029 0.117 0.004 0.010 90 T 0.005 0.008 0.160 0.005 0.109 0.524 0.001 0.001 0.002 0.050 0.116 0.008 0.013 91 A 0.002 0.004 0.076 0.003 0.134 0.375 0.001 0.001 0.001 0.055 0.335 0.005 0.009 92 D 0.003 0.007 0.127 0.003 0.093 0.143 0.001 0.001 0.001 0.087 0.516 0.010 0.010 93 T 0.006 0.022 0.288 0.002 0.126 0.165 0.001 0.001 0.006 0.100 0.225 0.020 0.038 94 L 0.004 0.078 0.483 0.003 0.027 0.039 0.001 0.001 0.013 0.191 0.095 0.016 0.048 95 K 0.001 0.008 0.775 0.004 0.007 0.005 0.001 0.001 0.006 0.133 0.037 0.018 0.006 96 P 0.001 0.003 0.090 0.004 0.048 0.010 0.001 0.001 0.003 0.073 0.763 0.002 0.006 97 G 0.001 0.002 0.091 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.236 0.646 0.004 0.002 98 A 0.005 0.018 0.577 0.005 0.011 0.003 0.001 0.001 0.015 0.166 0.010 0.138 0.050 99 S 0.028 0.032 0.120 0.004 0.004 0.002 0.011 0.005 0.049 0.016 0.009 0.015 0.707 100 V 0.072 0.017 0.110 0.126 0.004 0.002 0.015 0.006 0.058 0.037 0.004 0.503 0.044 101 E 0.066 0.005 0.113 0.086 0.003 0.002 0.030 0.006 0.079 0.029 0.019 0.034 0.528 102 G 0.185 0.003 0.109 0.062 0.003 0.002 0.040 0.026 0.050 0.040 0.011 0.352 0.118 103 D 0.301 0.002 0.048 0.028 0.001 0.004 0.135 0.073 0.098 0.010 0.003 0.147 0.149 104 A 0.450 0.001 0.010 0.003 0.001 0.002 0.177 0.087 0.084 0.002 0.001 0.077 0.106 105 I 0.420 0.003 0.026 0.049 0.002 0.004 0.180 0.094 0.082 0.005 0.003 0.068 0.063 106 F 0.300 0.010 0.117 0.010 0.002 0.004 0.050 0.025 0.103 0.034 0.015 0.175 0.152 107 A 0.098 0.025 0.298 0.009 0.005 0.007 0.022 0.007 0.056 0.125 0.047 0.045 0.257 108 S 0.017 0.023 0.548 0.004 0.011 0.008 0.003 0.002 0.026 0.155 0.056 0.070 0.076 109 E 0.003 0.013 0.237 0.003 0.045 0.049 0.001 0.001 0.006 0.250 0.362 0.006 0.025 110 D 0.001 0.008 0.164 0.002 0.093 0.093 0.001 0.001 0.001 0.188 0.440 0.005 0.004 111 D 0.001 0.007 0.114 0.002 0.168 0.148 0.001 0.001 0.001 0.238 0.309 0.004 0.007 112 A 0.009 0.019 0.200 0.003 0.204 0.201 0.001 0.001 0.002 0.129 0.192 0.014 0.026 113 V 0.032 0.016 0.071 0.009 0.247 0.342 0.004 0.002 0.003 0.058 0.149 0.012 0.055 114 Y 0.032 0.013 0.092 0.049 0.119 0.279 0.003 0.001 0.003 0.095 0.260 0.031 0.023 115 G 0.066 0.009 0.145 0.032 0.079 0.156 0.005 0.001 0.005 0.081 0.244 0.043 0.133 116 A 0.214 0.006 0.191 0.047 0.032 0.080 0.017 0.006 0.018 0.058 0.045 0.089 0.197 117 S 0.281 0.004 0.061 0.083 0.010 0.046 0.035 0.013 0.024 0.048 0.022 0.303 0.071 118 L 0.433 0.003 0.024 0.013 0.005 0.029 0.078 0.035 0.063 0.007 0.012 0.048 0.251 119 V 0.479 0.002 0.025 0.062 0.006 0.033 0.115 0.061 0.063 0.007 0.007 0.077 0.064 120 R 0.369 0.007 0.030 0.018 0.006 0.035 0.080 0.043 0.088 0.013 0.012 0.196 0.104 121 L 0.167 0.014 0.112 0.011 0.009 0.024 0.026 0.024 0.093 0.024 0.019 0.078 0.398 122 S 0.046 0.010 0.388 0.075 0.023 0.027 0.011 0.006 0.060 0.098 0.053 0.131 0.072 123 D 0.008 0.011 0.209 0.008 0.068 0.057 0.002 0.002 0.020 0.217 0.310 0.029 0.058 124 R 0.007 0.028 0.234 0.006 0.085 0.062 0.001 0.001 0.009 0.162 0.337 0.021 0.047 125 C 0.005 0.026 0.506 0.004 0.041 0.031 0.001 0.001 0.007 0.224 0.085 0.037 0.032 126 K 0.002 0.021 0.574 0.003 0.025 0.029 0.001 0.001 0.006 0.214 0.081 0.014 0.030