# TARGET T0574 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0574.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.56554 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.890 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.003 0.001 0.021 0.050 2 K 0.013 0.924 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.001 0.022 0.030 3 N 0.004 0.923 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.028 0.032 4 A 0.003 0.238 0.002 0.003 0.003 0.005 0.007 0.001 0.001 0.715 0.023 5 M 0.004 0.870 0.002 0.005 0.004 0.003 0.004 0.001 0.001 0.095 0.012 6 A 0.003 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.007 7 L 0.006 0.893 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.077 0.010 8 T 0.005 0.959 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 0.009 9 L 0.008 0.962 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.009 0.012 10 A 0.054 0.865 0.011 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.006 0.023 0.020 11 G 0.121 0.633 0.018 0.004 0.003 0.007 0.021 0.015 0.007 0.036 0.136 12 L 0.110 0.202 0.009 0.014 0.004 0.008 0.052 0.008 0.003 0.176 0.416 13 L 0.026 0.182 0.010 0.037 0.011 0.010 0.127 0.004 0.002 0.197 0.395 14 A 0.015 0.394 0.005 0.010 0.005 0.006 0.068 0.009 0.002 0.086 0.399 15 A 0.073 0.728 0.004 0.005 0.002 0.002 0.020 0.027 0.002 0.050 0.087 16 P 0.034 0.815 0.004 0.001 0.001 0.002 0.014 0.013 0.002 0.027 0.087 17 S 0.058 0.792 0.006 0.002 0.001 0.004 0.011 0.012 0.003 0.029 0.084 18 L 0.110 0.621 0.020 0.006 0.002 0.005 0.024 0.019 0.010 0.045 0.139 19 G 0.192 0.234 0.034 0.014 0.006 0.013 0.057 0.035 0.017 0.079 0.319 20 F 0.352 0.033 0.011 0.007 0.004 0.007 0.066 0.006 0.007 0.092 0.416 21 A 0.019 0.014 0.010 0.018 0.011 0.014 0.164 0.001 0.002 0.061 0.685 22 A 0.024 0.017 0.006 0.007 0.004 0.010 0.121 0.003 0.001 0.035 0.770 23 A 0.507 0.027 0.003 0.009 0.006 0.009 0.101 0.009 0.001 0.036 0.292 24 P 0.036 0.019 0.002 0.015 0.006 0.013 0.135 0.003 0.001 0.036 0.735 25 D 0.011 0.013 0.002 0.102 0.030 0.104 0.121 0.001 0.001 0.064 0.550 26 A 0.008 0.009 0.002 0.269 0.067 0.183 0.092 0.001 0.001 0.106 0.263 27 V 0.002 0.005 0.001 0.483 0.147 0.161 0.031 0.001 0.001 0.028 0.142 28 M 0.002 0.004 0.001 0.361 0.165 0.315 0.016 0.001 0.001 0.044 0.091 29 V 0.003 0.002 0.001 0.352 0.239 0.259 0.019 0.001 0.001 0.034 0.092 30 F 0.003 0.001 0.001 0.218 0.320 0.355 0.016 0.001 0.001 0.026 0.059 31 A 0.010 0.001 0.001 0.062 0.287 0.350 0.044 0.001 0.001 0.027 0.217 32 R 0.181 0.002 0.002 0.072 0.138 0.158 0.078 0.003 0.001 0.049 0.317 33 Q 0.103 0.002 0.003 0.025 0.034 0.040 0.086 0.002 0.001 0.035 0.668 34 G 0.046 0.002 0.001 0.011 0.026 0.028 0.097 0.001 0.001 0.024 0.764 35 D 0.066 0.004 0.002 0.018 0.074 0.061 0.096 0.002 0.001 0.037 0.640 36 K 0.011 0.003 0.001 0.011 0.077 0.094 0.121 0.001 0.001 0.043 0.638 37 G 0.005 0.002 0.001 0.028 0.179 0.330 0.074 0.001 0.001 0.042 0.338 38 S 0.008 0.003 0.001 0.027 0.182 0.298 0.055 0.001 0.001 0.037 0.387 39 V 0.003 0.001 0.001 0.021 0.343 0.341 0.041 0.001 0.001 0.021 0.228 40 S 0.055 0.008 0.001 0.037 0.173 0.233 0.046 0.002 0.001 0.046 0.397 41 V 0.108 0.008 0.001 0.044 0.120 0.113 0.089 0.002 0.001 0.053 0.461 42 G 0.022 0.013 0.001 0.024 0.038 0.060 0.093 0.002 0.001 0.021 0.725 43 D 0.144 0.033 0.001 0.012 0.049 0.051 0.073 0.003 0.001 0.030 0.603 44 K 0.048 0.013 0.002 0.011 0.069 0.078 0.116 0.002 0.001 0.103 0.558 45 H 0.016 0.016 0.003 0.020 0.098 0.172 0.097 0.001 0.001 0.096 0.481 46 F 0.041 0.010 0.003 0.021 0.119 0.202 0.085 0.002 0.001 0.073 0.442 47 R 0.024 0.005 0.002 0.017 0.140 0.258 0.080 0.001 0.001 0.056 0.417 48 T 0.044 0.007 0.002 0.020 0.085 0.136 0.069 0.001 0.001 0.100 0.535 49 Q 0.009 0.006 0.001 0.102 0.192 0.288 0.092 0.001 0.001 0.053 0.257 50 A 0.003 0.004 0.001 0.072 0.065 0.188 0.129 0.001 0.001 0.052 0.484 51 F 0.001 0.002 0.001 0.214 0.317 0.291 0.047 0.001 0.001 0.025 0.102 52 K 0.002 0.013 0.001 0.442 0.095 0.254 0.025 0.001 0.001 0.048 0.119 53 V 0.003 0.010 0.001 0.350 0.224 0.163 0.040 0.001 0.001 0.075 0.132 54 R 0.006 0.024 0.001 0.427 0.195 0.221 0.017 0.001 0.001 0.040 0.069 55 L 0.018 0.039 0.002 0.281 0.140 0.204 0.041 0.003 0.001 0.096 0.173 56 V 0.030 0.036 0.006 0.159 0.136 0.182 0.083 0.008 0.002 0.079 0.279 57 N 0.141 0.041 0.010 0.073 0.078 0.132 0.079 0.008 0.002 0.181 0.255 58 A 0.075 0.023 0.013 0.036 0.040 0.063 0.110 0.009 0.005 0.115 0.513 59 A 0.136 0.053 0.007 0.029 0.047 0.062 0.121 0.010 0.002 0.052 0.481 60 K 0.137 0.021 0.004 0.010 0.017 0.031 0.089 0.007 0.002 0.062 0.621 61 S 0.022 0.028 0.001 0.023 0.041 0.068 0.145 0.002 0.001 0.034 0.637 62 E 0.018 0.034 0.002 0.012 0.016 0.037 0.093 0.002 0.001 0.051 0.734 63 I 0.011 0.012 0.003 0.030 0.152 0.114 0.174 0.001 0.001 0.106 0.397 64 S 0.077 0.071 0.005 0.051 0.032 0.074 0.096 0.004 0.001 0.153 0.436 65 L 0.175 0.078 0.004 0.032 0.031 0.040 0.107 0.009 0.001 0.076 0.448 66 K 0.070 0.150 0.003 0.043 0.027 0.075 0.105 0.005 0.001 0.040 0.481 67 N 0.030 0.084 0.003 0.035 0.040 0.135 0.084 0.002 0.001 0.072 0.515 68 S 0.013 0.060 0.002 0.130 0.152 0.232 0.065 0.002 0.001 0.085 0.258 69 C 0.015 0.042 0.003 0.084 0.213 0.388 0.042 0.003 0.001 0.062 0.148 70 L 0.004 0.006 0.001 0.044 0.294 0.427 0.035 0.001 0.001 0.052 0.137 71 V 0.016 0.009 0.001 0.107 0.235 0.380 0.028 0.001 0.001 0.044 0.180 72 A 0.008 0.003 0.001 0.038 0.353 0.359 0.035 0.001 0.001 0.047 0.156 73 Q 0.017 0.002 0.007 0.035 0.171 0.239 0.070 0.002 0.002 0.062 0.395 74 S 0.553 0.002 0.002 0.010 0.059 0.038 0.033 0.002 0.001 0.032 0.268 75 A 0.343 0.001 0.001 0.005 0.014 0.013 0.053 0.002 0.001 0.030 0.537 76 A 0.004 0.001 0.001 0.013 0.020 0.023 0.094 0.001 0.001 0.014 0.830 77 G 0.021 0.002 0.001 0.005 0.033 0.030 0.059 0.001 0.001 0.018 0.830 78 Q 0.005 0.001 0.001 0.025 0.430 0.240 0.064 0.001 0.001 0.024 0.211 79 S 0.004 0.004 0.001 0.028 0.055 0.166 0.059 0.001 0.001 0.040 0.644 80 F 0.001 0.001 0.001 0.023 0.333 0.369 0.067 0.001 0.001 0.044 0.164 81 R 0.016 0.021 0.001 0.166 0.116 0.211 0.046 0.001 0.001 0.068 0.354 82 L 0.014 0.043 0.001 0.051 0.250 0.137 0.078 0.002 0.001 0.081 0.343 83 D 0.029 0.221 0.002 0.095 0.043 0.101 0.070 0.008 0.001 0.079 0.352 84 T 0.035 0.279 0.002 0.097 0.051 0.102 0.057 0.003 0.001 0.111 0.261 85 V 0.019 0.370 0.007 0.057 0.030 0.051 0.048 0.015 0.001 0.050 0.352 86 D 0.155 0.108 0.007 0.007 0.028 0.026 0.029 0.006 0.001 0.549 0.084 87 E 0.165 0.368 0.007 0.019 0.012 0.014 0.051 0.011 0.003 0.105 0.247 88 E 0.050 0.198 0.014 0.005 0.013 0.031 0.099 0.013 0.003 0.118 0.455 89 L 0.080 0.026 0.042 0.019 0.016 0.049 0.114 0.026 0.022 0.287 0.320 90 T 0.225 0.057 0.010 0.010 0.034 0.031 0.067 0.005 0.003 0.053 0.506 91 A 0.051 0.026 0.002 0.004 0.016 0.021 0.057 0.005 0.001 0.016 0.801 92 D 0.061 0.010 0.004 0.009 0.027 0.038 0.151 0.003 0.002 0.057 0.638 93 T 0.014 0.003 0.005 0.017 0.049 0.104 0.138 0.001 0.002 0.047 0.622 94 L 0.016 0.001 0.001 0.011 0.022 0.036 0.091 0.001 0.001 0.019 0.802 95 K 0.478 0.002 0.001 0.010 0.025 0.022 0.078 0.002 0.001 0.046 0.335 96 P 0.011 0.002 0.001 0.008 0.007 0.016 0.109 0.001 0.001 0.012 0.834 97 G 0.017 0.002 0.001 0.010 0.010 0.020 0.072 0.001 0.001 0.018 0.851 98 A 0.010 0.001 0.002 0.051 0.193 0.159 0.122 0.001 0.001 0.050 0.412 99 S 0.018 0.003 0.001 0.059 0.047 0.099 0.099 0.001 0.001 0.093 0.578 100 V 0.046 0.002 0.001 0.083 0.150 0.202 0.095 0.001 0.001 0.096 0.323 101 E 0.006 0.003 0.001 0.164 0.060 0.193 0.109 0.001 0.001 0.044 0.421 102 G 0.001 0.001 0.001 0.146 0.168 0.393 0.060 0.001 0.001 0.041 0.190 103 D 0.001 0.001 0.001 0.362 0.241 0.291 0.020 0.001 0.001 0.024 0.060 104 A 0.002 0.001 0.001 0.385 0.242 0.239 0.020 0.001 0.001 0.035 0.074 105 I 0.002 0.001 0.001 0.399 0.254 0.188 0.022 0.001 0.001 0.036 0.096 106 F 0.007 0.002 0.001 0.505 0.135 0.162 0.030 0.001 0.001 0.052 0.105 107 A 0.033 0.005 0.002 0.154 0.080 0.104 0.112 0.002 0.001 0.057 0.450 108 S 0.161 0.023 0.003 0.083 0.035 0.046 0.130 0.007 0.001 0.097 0.415 109 E 0.059 0.076 0.002 0.021 0.012 0.022 0.140 0.007 0.001 0.043 0.617 110 D 0.086 0.153 0.003 0.015 0.015 0.032 0.122 0.007 0.001 0.102 0.463 111 D 0.044 0.145 0.007 0.024 0.047 0.079 0.108 0.006 0.001 0.132 0.407 112 A 0.061 0.200 0.005 0.034 0.059 0.140 0.081 0.012 0.001 0.100 0.308 113 V 0.085 0.046 0.013 0.026 0.074 0.134 0.079 0.007 0.003 0.205 0.329 114 Y 0.043 0.041 0.008 0.043 0.172 0.208 0.069 0.003 0.002 0.074 0.338 115 G 0.083 0.080 0.005 0.025 0.089 0.196 0.072 0.005 0.001 0.042 0.402 116 A 0.024 0.017 0.002 0.021 0.094 0.172 0.140 0.002 0.001 0.047 0.481 117 S 0.014 0.024 0.001 0.069 0.140 0.321 0.085 0.001 0.001 0.034 0.310 118 L 0.009 0.008 0.001 0.049 0.111 0.282 0.093 0.001 0.001 0.059 0.388 119 V 0.003 0.003 0.001 0.097 0.295 0.246 0.087 0.001 0.001 0.048 0.220 120 R 0.023 0.017 0.003 0.095 0.210 0.265 0.042 0.002 0.001 0.059 0.283 121 L 0.122 0.017 0.003 0.091 0.105 0.105 0.072 0.007 0.001 0.060 0.417 122 S 0.175 0.011 0.004 0.037 0.056 0.061 0.079 0.005 0.001 0.067 0.503 123 D 0.062 0.006 0.002 0.033 0.057 0.079 0.083 0.002 0.001 0.033 0.643 124 R 0.020 0.003 0.001 0.011 0.032 0.038 0.079 0.001 0.001 0.020 0.794 125 C 0.065 0.004 0.002 0.013 0.067 0.059 0.120 0.003 0.001 0.039 0.627 126 K 0.048 0.007 0.001 0.011 0.039 0.053 0.102 0.002 0.001 0.032 0.705