# TARGET T0574 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0574.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.56554 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.043 0.551 0.010 0.012 0.018 0.049 0.073 0.244 2 K 0.007 0.839 0.006 0.008 0.012 0.015 0.016 0.097 3 N 0.006 0.908 0.002 0.004 0.010 0.007 0.018 0.044 4 A 0.008 0.396 0.017 0.010 0.014 0.014 0.493 0.049 5 M 0.003 0.882 0.006 0.006 0.010 0.005 0.068 0.019 6 A 0.003 0.948 0.004 0.004 0.006 0.002 0.017 0.015 7 L 0.005 0.826 0.020 0.009 0.011 0.005 0.099 0.024 8 T 0.006 0.881 0.010 0.007 0.014 0.005 0.053 0.024 9 L 0.008 0.898 0.015 0.008 0.014 0.005 0.023 0.028 10 A 0.034 0.699 0.050 0.022 0.029 0.017 0.075 0.074 11 G 0.124 0.312 0.068 0.026 0.036 0.040 0.191 0.204 12 L 0.118 0.159 0.062 0.022 0.029 0.074 0.201 0.335 13 L 0.044 0.079 0.065 0.016 0.019 0.161 0.157 0.458 14 A 0.047 0.170 0.041 0.009 0.014 0.111 0.081 0.527 15 A 0.113 0.354 0.024 0.012 0.015 0.080 0.077 0.325 16 P 0.075 0.455 0.027 0.010 0.017 0.077 0.055 0.285 17 S 0.089 0.522 0.029 0.011 0.022 0.061 0.057 0.209 18 L 0.126 0.371 0.054 0.019 0.034 0.076 0.081 0.240 19 G 0.243 0.169 0.057 0.022 0.047 0.080 0.113 0.269 20 F 0.241 0.051 0.025 0.018 0.028 0.085 0.132 0.421 21 A 0.043 0.012 0.021 0.015 0.024 0.168 0.036 0.681 22 A 0.031 0.007 0.013 0.008 0.017 0.128 0.024 0.770 23 A 0.250 0.019 0.010 0.009 0.012 0.108 0.119 0.474 24 P 0.053 0.017 0.011 0.004 0.007 0.174 0.052 0.682 25 D 0.016 0.021 0.049 0.017 0.030 0.180 0.068 0.618 26 A 0.005 0.015 0.242 0.033 0.142 0.108 0.097 0.357 27 V 0.003 0.008 0.349 0.124 0.228 0.044 0.086 0.158 28 M 0.003 0.005 0.352 0.185 0.292 0.016 0.069 0.078 29 V 0.005 0.004 0.390 0.208 0.210 0.019 0.071 0.092 30 F 0.004 0.001 0.385 0.194 0.247 0.027 0.048 0.094 31 A 0.015 0.001 0.203 0.149 0.228 0.070 0.041 0.293 32 R 0.198 0.003 0.085 0.117 0.100 0.094 0.095 0.309 33 Q 0.081 0.005 0.022 0.023 0.042 0.115 0.051 0.661 34 G 0.064 0.004 0.011 0.019 0.030 0.125 0.031 0.715 35 D 0.069 0.011 0.018 0.077 0.103 0.134 0.071 0.516 36 K 0.028 0.008 0.018 0.058 0.150 0.121 0.056 0.561 37 G 0.013 0.009 0.028 0.206 0.308 0.067 0.044 0.324 38 S 0.015 0.009 0.048 0.193 0.276 0.073 0.068 0.318 39 V 0.009 0.004 0.053 0.254 0.262 0.061 0.042 0.315 40 S 0.053 0.011 0.042 0.148 0.254 0.068 0.057 0.367 41 V 0.140 0.016 0.025 0.070 0.069 0.099 0.093 0.488 42 G 0.037 0.021 0.017 0.048 0.072 0.092 0.053 0.660 43 D 0.107 0.040 0.010 0.025 0.043 0.095 0.086 0.594 44 K 0.053 0.014 0.026 0.138 0.149 0.095 0.122 0.403 45 H 0.024 0.012 0.022 0.114 0.213 0.069 0.059 0.487 46 F 0.038 0.010 0.012 0.120 0.119 0.084 0.041 0.577 47 R 0.018 0.007 0.036 0.211 0.305 0.057 0.049 0.317 48 T 0.040 0.008 0.011 0.047 0.125 0.078 0.060 0.631 49 Q 0.013 0.005 0.033 0.427 0.245 0.051 0.023 0.202 50 A 0.005 0.005 0.051 0.062 0.257 0.063 0.048 0.508 51 F 0.003 0.006 0.081 0.388 0.218 0.057 0.038 0.210 52 K 0.002 0.015 0.238 0.155 0.343 0.032 0.045 0.169 53 V 0.003 0.010 0.172 0.326 0.266 0.029 0.051 0.143 54 R 0.004 0.015 0.456 0.162 0.189 0.020 0.063 0.090 55 L 0.015 0.036 0.245 0.180 0.264 0.036 0.039 0.186 56 V 0.028 0.027 0.305 0.110 0.134 0.053 0.072 0.269 57 N 0.098 0.033 0.144 0.072 0.094 0.082 0.168 0.309 58 A 0.059 0.018 0.079 0.033 0.046 0.120 0.120 0.526 59 A 0.166 0.026 0.029 0.030 0.039 0.116 0.073 0.522 60 K 0.095 0.012 0.012 0.013 0.031 0.110 0.070 0.657 61 S 0.019 0.014 0.017 0.049 0.078 0.124 0.034 0.664 62 E 0.013 0.015 0.026 0.056 0.151 0.100 0.032 0.606 63 I 0.010 0.003 0.062 0.193 0.110 0.102 0.056 0.464 64 S 0.078 0.009 0.082 0.077 0.102 0.094 0.137 0.421 65 L 0.298 0.016 0.020 0.022 0.026 0.093 0.076 0.449 66 K 0.113 0.034 0.029 0.019 0.037 0.127 0.057 0.585 67 N 0.024 0.015 0.027 0.021 0.114 0.113 0.051 0.634 68 S 0.005 0.011 0.038 0.267 0.404 0.051 0.045 0.180 69 C 0.006 0.017 0.036 0.237 0.477 0.040 0.043 0.144 70 L 0.006 0.005 0.015 0.357 0.477 0.017 0.058 0.066 71 V 0.003 0.004 0.014 0.335 0.526 0.013 0.037 0.069 72 A 0.002 0.002 0.015 0.371 0.494 0.020 0.014 0.082 73 Q 0.003 0.001 0.040 0.354 0.397 0.024 0.028 0.153 74 S 0.670 0.002 0.005 0.028 0.029 0.022 0.104 0.140 75 A 0.420 0.002 0.003 0.011 0.008 0.049 0.057 0.450 76 A 0.005 0.001 0.003 0.003 0.011 0.079 0.009 0.889 77 G 0.059 0.002 0.010 0.011 0.028 0.100 0.029 0.761 78 Q 0.003 0.001 0.040 0.424 0.232 0.043 0.019 0.237 79 S 0.007 0.003 0.081 0.057 0.092 0.056 0.090 0.614 80 F 0.010 0.006 0.125 0.241 0.129 0.075 0.062 0.351 81 R 0.033 0.035 0.197 0.075 0.170 0.071 0.071 0.348 82 L 0.038 0.030 0.091 0.141 0.181 0.073 0.064 0.383 83 D 0.011 0.049 0.145 0.117 0.134 0.079 0.053 0.411 84 T 0.010 0.075 0.116 0.069 0.088 0.134 0.085 0.424 85 V 0.027 0.200 0.065 0.024 0.046 0.099 0.057 0.481 86 D 0.535 0.236 0.003 0.002 0.002 0.009 0.178 0.035 87 E 0.084 0.321 0.015 0.004 0.006 0.062 0.154 0.354 88 E 0.026 0.105 0.020 0.016 0.023 0.116 0.055 0.638 89 L 0.092 0.034 0.057 0.016 0.022 0.082 0.291 0.406 90 T 0.455 0.043 0.007 0.019 0.015 0.058 0.158 0.245 91 A 0.040 0.010 0.003 0.008 0.014 0.078 0.021 0.826 92 D 0.030 0.013 0.028 0.019 0.024 0.133 0.038 0.717 93 T 0.013 0.002 0.072 0.107 0.227 0.104 0.059 0.417 94 L 0.035 0.001 0.017 0.031 0.047 0.070 0.019 0.779 95 K 0.701 0.001 0.008 0.018 0.009 0.028 0.086 0.148 96 P 0.015 0.001 0.005 0.002 0.008 0.071 0.016 0.882 97 G 0.052 0.001 0.015 0.008 0.015 0.097 0.017 0.794 98 A 0.002 0.001 0.053 0.373 0.353 0.026 0.015 0.178 99 S 0.017 0.001 0.047 0.037 0.054 0.068 0.039 0.736 100 V 0.042 0.001 0.075 0.304 0.200 0.095 0.030 0.254 101 E 0.004 0.002 0.095 0.047 0.177 0.079 0.030 0.567 102 G 0.002 0.001 0.055 0.161 0.525 0.045 0.025 0.187 103 D 0.001 0.001 0.130 0.503 0.256 0.020 0.021 0.069 104 A 0.002 0.002 0.263 0.206 0.374 0.024 0.030 0.099 105 I 0.007 0.001 0.153 0.282 0.299 0.036 0.078 0.145 106 F 0.023 0.001 0.176 0.224 0.364 0.036 0.040 0.134 107 A 0.018 0.002 0.093 0.088 0.137 0.097 0.033 0.531 108 S 0.054 0.008 0.052 0.077 0.093 0.160 0.060 0.495 109 E 0.036 0.043 0.022 0.020 0.031 0.151 0.058 0.640 110 D 0.201 0.189 0.007 0.013 0.020 0.080 0.189 0.301 111 D 0.067 0.152 0.022 0.048 0.065 0.112 0.135 0.398 112 A 0.052 0.160 0.027 0.070 0.122 0.091 0.126 0.353 113 V 0.099 0.067 0.023 0.097 0.103 0.088 0.186 0.338 114 Y 0.030 0.118 0.042 0.120 0.159 0.093 0.099 0.338 115 G 0.030 0.133 0.022 0.067 0.226 0.070 0.134 0.318 116 A 0.025 0.122 0.054 0.137 0.217 0.071 0.044 0.331 117 S 0.006 0.160 0.057 0.253 0.352 0.026 0.028 0.119 118 L 0.013 0.064 0.118 0.125 0.247 0.039 0.152 0.241 119 V 0.020 0.078 0.116 0.225 0.224 0.043 0.088 0.206 120 R 0.045 0.066 0.173 0.188 0.217 0.046 0.069 0.196 121 L 0.047 0.038 0.112 0.088 0.151 0.055 0.074 0.435 122 S 0.283 0.022 0.049 0.029 0.039 0.067 0.088 0.423 123 D 0.085 0.006 0.037 0.047 0.047 0.099 0.030 0.648 124 R 0.026 0.002 0.009 0.006 0.013 0.094 0.023 0.829 125 C 0.067 0.003 0.013 0.010 0.011 0.162 0.062 0.672 126 K 0.024 0.005 0.023 0.012 0.022 0.142 0.044 0.728