# TARGET T0574 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0574.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.56554 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.327 0.121 0.070 0.102 0.090 0.064 0.092 0.062 0.037 0.023 0.013 2 K 0.138 0.115 0.086 0.165 0.129 0.094 0.111 0.069 0.048 0.029 0.016 3 N 0.077 0.082 0.083 0.129 0.118 0.120 0.153 0.096 0.072 0.045 0.023 4 A 0.054 0.073 0.096 0.177 0.155 0.121 0.133 0.086 0.055 0.032 0.018 5 M 0.019 0.031 0.060 0.102 0.113 0.121 0.181 0.141 0.110 0.077 0.044 6 A 0.008 0.016 0.038 0.067 0.087 0.117 0.185 0.139 0.154 0.120 0.069 7 L 0.004 0.007 0.026 0.041 0.059 0.096 0.177 0.147 0.185 0.154 0.105 8 T 0.003 0.008 0.035 0.048 0.072 0.101 0.192 0.145 0.172 0.135 0.090 9 L 0.001 0.002 0.010 0.012 0.022 0.033 0.089 0.113 0.223 0.243 0.252 10 A 0.001 0.002 0.007 0.010 0.022 0.034 0.087 0.125 0.228 0.248 0.237 11 G 0.001 0.004 0.014 0.022 0.041 0.058 0.132 0.147 0.219 0.201 0.161 12 L 0.001 0.002 0.009 0.012 0.026 0.033 0.092 0.158 0.213 0.221 0.232 13 L 0.001 0.003 0.012 0.018 0.032 0.046 0.108 0.149 0.213 0.218 0.201 14 A 0.001 0.003 0.013 0.016 0.029 0.035 0.088 0.131 0.216 0.217 0.250 15 A 0.003 0.007 0.020 0.031 0.061 0.066 0.143 0.176 0.198 0.159 0.136 16 P 0.007 0.013 0.030 0.051 0.073 0.082 0.162 0.170 0.174 0.135 0.103 17 S 0.023 0.023 0.043 0.066 0.079 0.091 0.173 0.159 0.144 0.108 0.090 18 L 0.023 0.025 0.038 0.078 0.110 0.102 0.174 0.161 0.124 0.088 0.077 19 G 0.012 0.013 0.023 0.032 0.045 0.039 0.086 0.128 0.189 0.199 0.235 20 F 0.015 0.022 0.034 0.079 0.118 0.114 0.183 0.137 0.132 0.099 0.068 21 A 0.054 0.052 0.098 0.143 0.128 0.122 0.162 0.091 0.076 0.047 0.026 22 A 0.081 0.133 0.134 0.204 0.133 0.108 0.099 0.045 0.030 0.020 0.013 23 A 0.039 0.047 0.031 0.067 0.079 0.092 0.154 0.129 0.139 0.114 0.108 24 P 0.222 0.141 0.054 0.120 0.105 0.074 0.095 0.066 0.053 0.043 0.028 25 D 0.094 0.095 0.082 0.166 0.134 0.125 0.133 0.070 0.052 0.031 0.017 26 A 0.113 0.128 0.082 0.202 0.152 0.111 0.096 0.053 0.033 0.019 0.011 27 V 0.005 0.008 0.009 0.017 0.025 0.052 0.119 0.132 0.242 0.208 0.183 28 M 0.008 0.020 0.024 0.086 0.132 0.128 0.157 0.137 0.125 0.093 0.088 29 V 0.004 0.004 0.012 0.013 0.021 0.033 0.064 0.099 0.207 0.258 0.284 30 F 0.012 0.021 0.032 0.113 0.191 0.150 0.195 0.126 0.084 0.047 0.030 31 A 0.003 0.002 0.007 0.010 0.018 0.020 0.070 0.127 0.222 0.248 0.274 32 R 0.048 0.113 0.123 0.238 0.183 0.105 0.092 0.042 0.029 0.017 0.010 33 Q 0.109 0.224 0.121 0.206 0.119 0.073 0.073 0.036 0.021 0.011 0.007 34 G 0.375 0.162 0.047 0.123 0.085 0.059 0.060 0.041 0.022 0.016 0.010 35 D 0.371 0.214 0.060 0.119 0.064 0.052 0.053 0.031 0.019 0.012 0.006 36 K 0.151 0.178 0.081 0.205 0.135 0.099 0.071 0.041 0.022 0.012 0.006 37 G 0.077 0.056 0.033 0.064 0.071 0.096 0.140 0.122 0.140 0.116 0.086 38 S 0.054 0.062 0.043 0.113 0.114 0.126 0.152 0.115 0.104 0.073 0.043 39 V 0.032 0.033 0.036 0.084 0.099 0.137 0.166 0.124 0.133 0.095 0.061 40 S 0.038 0.049 0.042 0.091 0.112 0.096 0.136 0.131 0.123 0.093 0.089 41 V 0.065 0.073 0.041 0.114 0.131 0.106 0.157 0.120 0.092 0.062 0.038 42 G 0.311 0.144 0.053 0.145 0.096 0.063 0.079 0.047 0.031 0.020 0.010 43 D 0.251 0.213 0.076 0.181 0.095 0.064 0.057 0.029 0.018 0.011 0.005 44 K 0.175 0.143 0.068 0.168 0.131 0.099 0.100 0.057 0.031 0.018 0.010 45 H 0.211 0.150 0.081 0.162 0.120 0.088 0.089 0.050 0.026 0.015 0.008 46 F 0.070 0.070 0.081 0.119 0.116 0.122 0.148 0.103 0.078 0.063 0.030 47 R 0.045 0.064 0.067 0.143 0.130 0.149 0.187 0.099 0.063 0.041 0.012 48 T 0.072 0.141 0.159 0.213 0.135 0.097 0.078 0.045 0.029 0.023 0.009 49 Q 0.037 0.054 0.083 0.122 0.144 0.161 0.184 0.113 0.056 0.031 0.015 50 A 0.128 0.233 0.127 0.236 0.125 0.062 0.046 0.024 0.010 0.006 0.003 51 F 0.003 0.003 0.004 0.006 0.014 0.042 0.129 0.146 0.234 0.236 0.183 52 K 0.161 0.296 0.147 0.270 0.091 0.020 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 53 V 0.004 0.002 0.007 0.008 0.015 0.024 0.078 0.120 0.215 0.234 0.294 54 R 0.017 0.093 0.079 0.276 0.262 0.124 0.075 0.039 0.019 0.009 0.006 55 L 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.011 0.036 0.089 0.193 0.252 0.405 56 V 0.014 0.023 0.051 0.135 0.205 0.185 0.150 0.102 0.061 0.042 0.032 57 N 0.013 0.011 0.028 0.045 0.062 0.070 0.178 0.171 0.187 0.135 0.100 58 A 0.024 0.032 0.039 0.097 0.126 0.120 0.157 0.116 0.117 0.094 0.079 59 A 0.021 0.041 0.028 0.060 0.074 0.083 0.201 0.129 0.161 0.114 0.087 60 K 0.209 0.151 0.092 0.203 0.146 0.083 0.057 0.028 0.016 0.011 0.005 61 S 0.192 0.195 0.117 0.165 0.094 0.085 0.085 0.037 0.018 0.009 0.004 62 E 0.159 0.209 0.060 0.243 0.144 0.080 0.058 0.028 0.011 0.006 0.003 63 I 0.021 0.005 0.006 0.008 0.013 0.030 0.082 0.110 0.213 0.250 0.263 64 S 0.040 0.310 0.160 0.325 0.121 0.029 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 65 L 0.002 0.003 0.005 0.006 0.015 0.018 0.056 0.104 0.166 0.210 0.415 66 K 0.194 0.243 0.112 0.210 0.138 0.048 0.030 0.014 0.006 0.003 0.002 67 N 0.265 0.138 0.110 0.227 0.106 0.061 0.049 0.024 0.012 0.006 0.003 68 S 0.059 0.041 0.040 0.091 0.104 0.127 0.185 0.141 0.102 0.072 0.037 69 C 0.011 0.030 0.022 0.091 0.102 0.129 0.203 0.141 0.142 0.085 0.044 70 L 0.004 0.004 0.017 0.017 0.025 0.054 0.098 0.133 0.209 0.251 0.187 71 V 0.009 0.033 0.089 0.190 0.212 0.178 0.150 0.069 0.040 0.020 0.010 72 A 0.004 0.003 0.009 0.012 0.023 0.024 0.072 0.147 0.204 0.241 0.261 73 Q 0.012 0.019 0.027 0.067 0.100 0.145 0.207 0.131 0.138 0.101 0.052 74 S 0.056 0.096 0.083 0.146 0.123 0.114 0.178 0.082 0.067 0.035 0.019 75 A 0.297 0.264 0.099 0.150 0.082 0.042 0.033 0.016 0.008 0.005 0.003 76 A 0.445 0.269 0.042 0.099 0.051 0.030 0.033 0.016 0.008 0.004 0.002 77 G 0.565 0.152 0.028 0.080 0.053 0.035 0.031 0.024 0.014 0.011 0.006 78 Q 0.106 0.108 0.063 0.135 0.130 0.156 0.148 0.077 0.042 0.024 0.011 79 S 0.064 0.143 0.136 0.268 0.164 0.105 0.065 0.030 0.014 0.008 0.003 80 F 0.003 0.003 0.006 0.008 0.014 0.052 0.119 0.120 0.234 0.253 0.188 81 R 0.032 0.152 0.132 0.343 0.197 0.059 0.041 0.025 0.011 0.006 0.003 82 L 0.006 0.005 0.015 0.022 0.036 0.079 0.157 0.170 0.197 0.197 0.116 83 D 0.074 0.114 0.142 0.254 0.182 0.106 0.071 0.032 0.015 0.007 0.004 84 T 0.038 0.030 0.040 0.068 0.093 0.083 0.167 0.176 0.121 0.101 0.085 85 V 0.012 0.015 0.018 0.033 0.058 0.078 0.129 0.135 0.189 0.197 0.135 86 D 0.051 0.117 0.075 0.166 0.141 0.126 0.168 0.071 0.048 0.027 0.008 87 E 0.125 0.088 0.184 0.229 0.134 0.102 0.081 0.034 0.015 0.007 0.003 88 E 0.317 0.196 0.139 0.183 0.082 0.036 0.031 0.011 0.004 0.002 0.001 89 L 0.005 0.006 0.007 0.012 0.021 0.038 0.086 0.127 0.215 0.245 0.237 90 T 0.031 0.122 0.083 0.145 0.157 0.126 0.145 0.084 0.052 0.039 0.015 91 A 0.112 0.149 0.294 0.244 0.106 0.050 0.026 0.010 0.005 0.002 0.001 92 D 0.473 0.148 0.144 0.123 0.054 0.026 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 93 T 0.122 0.070 0.040 0.142 0.122 0.112 0.161 0.113 0.067 0.034 0.016 94 L 0.010 0.014 0.012 0.018 0.029 0.065 0.141 0.140 0.193 0.217 0.161 95 K 0.034 0.208 0.279 0.245 0.147 0.047 0.022 0.010 0.004 0.003 0.001 96 P 0.485 0.183 0.096 0.116 0.053 0.025 0.023 0.012 0.004 0.002 0.001 97 G 0.381 0.101 0.033 0.099 0.076 0.075 0.088 0.059 0.042 0.031 0.015 98 A 0.154 0.127 0.044 0.143 0.116 0.120 0.128 0.087 0.046 0.025 0.011 99 S 0.076 0.128 0.084 0.220 0.166 0.126 0.091 0.051 0.029 0.018 0.011 100 V 0.008 0.009 0.011 0.013 0.024 0.044 0.120 0.123 0.194 0.203 0.251 101 E 0.085 0.168 0.103 0.291 0.196 0.071 0.044 0.021 0.011 0.005 0.003 102 G 0.031 0.019 0.029 0.060 0.070 0.079 0.153 0.166 0.172 0.134 0.087 103 D 0.019 0.045 0.027 0.130 0.151 0.143 0.183 0.115 0.093 0.055 0.040 104 A 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.008 0.023 0.064 0.178 0.265 0.448 105 I 0.003 0.005 0.008 0.030 0.076 0.110 0.141 0.162 0.171 0.155 0.138 106 F 0.004 0.005 0.013 0.025 0.045 0.033 0.086 0.159 0.202 0.217 0.212 107 A 0.001 0.002 0.005 0.012 0.023 0.041 0.078 0.100 0.221 0.258 0.258 108 S 0.010 0.018 0.018 0.054 0.079 0.096 0.176 0.130 0.190 0.130 0.099 109 E 0.080 0.114 0.073 0.200 0.153 0.111 0.122 0.066 0.043 0.024 0.014 110 D 0.089 0.090 0.053 0.131 0.117 0.137 0.163 0.086 0.063 0.043 0.028 111 D 0.217 0.125 0.051 0.143 0.111 0.100 0.108 0.067 0.039 0.025 0.015 112 A 0.106 0.102 0.051 0.131 0.114 0.125 0.150 0.086 0.063 0.043 0.029 113 V 0.012 0.016 0.018 0.034 0.048 0.077 0.102 0.094 0.175 0.198 0.226 114 Y 0.021 0.026 0.028 0.065 0.094 0.125 0.189 0.149 0.139 0.107 0.058 115 G 0.042 0.121 0.126 0.270 0.170 0.104 0.083 0.038 0.025 0.012 0.008 116 A 0.006 0.004 0.010 0.018 0.034 0.043 0.089 0.129 0.171 0.184 0.312 117 S 0.043 0.094 0.085 0.183 0.174 0.120 0.131 0.080 0.053 0.027 0.011 118 L 0.014 0.020 0.035 0.085 0.101 0.086 0.158 0.149 0.149 0.108 0.097 119 V 0.007 0.006 0.012 0.016 0.022 0.034 0.063 0.089 0.184 0.262 0.305 120 R 0.024 0.061 0.064 0.179 0.212 0.151 0.143 0.077 0.051 0.024 0.015 121 L 0.007 0.011 0.021 0.024 0.047 0.032 0.088 0.192 0.171 0.181 0.227 122 S 0.024 0.044 0.046 0.121 0.151 0.128 0.166 0.113 0.098 0.069 0.040 123 D 0.612 0.131 0.072 0.086 0.037 0.020 0.023 0.009 0.006 0.002 0.001 124 R 0.234 0.243 0.086 0.204 0.102 0.053 0.046 0.018 0.008 0.004 0.002 125 C 0.072 0.107 0.039 0.067 0.070 0.083 0.157 0.113 0.120 0.100 0.071 126 K 0.574 0.233 0.057 0.082 0.033 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001