# TARGET T0574 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0574.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.56554 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.025 0.029 0.011 0.006 0.009 0.049 0.003 0.868 2 K 0.034 0.106 0.029 0.024 0.061 0.134 0.005 0.609 3 N 0.045 0.225 0.024 0.012 0.028 0.130 0.006 0.531 4 A 0.036 0.530 0.021 0.009 0.023 0.086 0.005 0.290 5 M 0.029 0.662 0.024 0.009 0.015 0.110 0.004 0.148 6 A 0.011 0.857 0.008 0.005 0.009 0.045 0.003 0.063 7 L 0.006 0.940 0.007 0.003 0.008 0.008 0.001 0.027 8 T 0.003 0.974 0.003 0.002 0.004 0.003 0.001 0.012 9 L 0.002 0.980 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.007 10 A 0.002 0.984 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 11 G 0.005 0.970 0.006 0.004 0.005 0.002 0.002 0.007 12 L 0.011 0.949 0.012 0.005 0.006 0.002 0.004 0.010 13 L 0.019 0.923 0.016 0.006 0.009 0.002 0.007 0.018 14 A 0.072 0.747 0.050 0.013 0.021 0.006 0.028 0.064 15 A 0.119 0.387 0.117 0.035 0.037 0.031 0.031 0.244 16 P 0.003 0.011 0.008 0.001 0.002 0.005 0.002 0.966 17 S 0.034 0.111 0.075 0.027 0.068 0.186 0.010 0.490 18 L 0.169 0.312 0.058 0.013 0.026 0.091 0.011 0.320 19 G 0.106 0.475 0.061 0.027 0.044 0.046 0.007 0.235 20 F 0.141 0.431 0.052 0.038 0.060 0.049 0.014 0.215 21 A 0.189 0.398 0.019 0.038 0.050 0.046 0.029 0.231 22 A 0.259 0.228 0.023 0.025 0.041 0.051 0.078 0.296 23 A 0.322 0.116 0.047 0.036 0.041 0.053 0.039 0.346 24 P 0.004 0.003 0.005 0.003 0.002 0.007 0.002 0.975 25 D 0.019 0.007 0.020 0.032 0.032 0.119 0.007 0.764 26 A 0.303 0.012 0.056 0.024 0.046 0.070 0.018 0.470 27 V 0.134 0.013 0.294 0.143 0.108 0.102 0.008 0.197 28 M 0.008 0.002 0.469 0.185 0.202 0.046 0.002 0.087 29 V 0.003 0.002 0.295 0.322 0.316 0.010 0.001 0.053 30 F 0.002 0.001 0.362 0.185 0.350 0.013 0.001 0.086 31 A 0.003 0.002 0.224 0.260 0.336 0.031 0.002 0.142 32 R 0.003 0.002 0.110 0.283 0.378 0.061 0.003 0.160 33 Q 0.009 0.003 0.054 0.110 0.199 0.060 0.006 0.558 34 G 0.020 0.004 0.050 0.064 0.128 0.179 0.011 0.544 35 D 0.071 0.004 0.026 0.045 0.067 0.251 0.018 0.519 36 K 0.082 0.010 0.028 0.029 0.062 0.121 0.014 0.655 37 G 0.099 0.007 0.039 0.083 0.112 0.292 0.014 0.353 38 S 0.120 0.006 0.047 0.135 0.167 0.115 0.013 0.397 39 V 0.033 0.006 0.065 0.301 0.306 0.046 0.004 0.239 40 S 0.012 0.007 0.039 0.197 0.299 0.082 0.003 0.361 41 V 0.019 0.011 0.056 0.147 0.377 0.058 0.004 0.328 42 G 0.009 0.006 0.017 0.054 0.079 0.268 0.009 0.558 43 D 0.186 0.007 0.027 0.055 0.087 0.129 0.048 0.462 44 K 0.120 0.026 0.022 0.040 0.049 0.176 0.015 0.552 45 H 0.047 0.014 0.027 0.070 0.099 0.231 0.009 0.504 46 F 0.043 0.022 0.039 0.133 0.267 0.093 0.006 0.397 47 R 0.024 0.023 0.033 0.217 0.320 0.084 0.005 0.294 48 T 0.029 0.031 0.032 0.167 0.292 0.040 0.006 0.403 49 Q 0.033 0.031 0.054 0.232 0.297 0.051 0.008 0.293 50 A 0.031 0.016 0.052 0.079 0.101 0.107 0.010 0.605 51 F 0.049 0.009 0.114 0.264 0.314 0.030 0.012 0.208 52 K 0.026 0.004 0.211 0.192 0.220 0.087 0.005 0.255 53 V 0.005 0.002 0.201 0.233 0.235 0.034 0.002 0.289 54 R 0.001 0.001 0.480 0.176 0.290 0.015 0.001 0.037 55 L 0.003 0.002 0.299 0.135 0.189 0.050 0.001 0.320 56 V 0.001 0.001 0.629 0.100 0.225 0.014 0.001 0.030 57 N 0.003 0.004 0.277 0.104 0.189 0.107 0.003 0.314 58 A 0.016 0.006 0.250 0.051 0.124 0.137 0.009 0.408 59 A 0.024 0.008 0.079 0.047 0.090 0.388 0.013 0.351 60 K 0.126 0.017 0.060 0.038 0.062 0.163 0.029 0.505 61 S 0.161 0.026 0.024 0.046 0.052 0.180 0.017 0.494 62 E 0.108 0.015 0.014 0.026 0.041 0.064 0.009 0.722 63 I 0.107 0.026 0.060 0.127 0.164 0.097 0.007 0.412 64 S 0.028 0.014 0.044 0.118 0.142 0.225 0.007 0.421 65 L 0.045 0.024 0.095 0.120 0.240 0.069 0.008 0.400 66 K 0.012 0.014 0.073 0.067 0.072 0.441 0.009 0.311 67 N 0.175 0.009 0.049 0.036 0.049 0.157 0.078 0.448 68 S 0.253 0.042 0.118 0.074 0.090 0.162 0.030 0.232 69 C 0.027 0.007 0.141 0.201 0.213 0.191 0.006 0.214 70 L 0.004 0.003 0.072 0.365 0.432 0.037 0.002 0.086 71 V 0.004 0.003 0.052 0.325 0.519 0.015 0.001 0.082 72 A 0.006 0.008 0.032 0.325 0.504 0.015 0.001 0.108 73 Q 0.006 0.009 0.057 0.283 0.492 0.024 0.003 0.126 74 S 0.012 0.014 0.034 0.335 0.384 0.044 0.005 0.172 75 A 0.009 0.010 0.013 0.059 0.078 0.040 0.006 0.784 76 A 0.015 0.006 0.009 0.017 0.033 0.413 0.021 0.486 77 G 0.577 0.005 0.018 0.008 0.018 0.061 0.148 0.166 78 Q 0.515 0.008 0.062 0.042 0.026 0.198 0.026 0.122 79 S 0.005 0.001 0.020 0.011 0.011 0.120 0.001 0.831 80 F 0.005 0.001 0.106 0.208 0.507 0.020 0.001 0.153 81 R 0.007 0.001 0.156 0.154 0.231 0.119 0.001 0.330 82 L 0.005 0.001 0.101 0.129 0.186 0.042 0.001 0.536 83 D 0.003 0.001 0.229 0.182 0.372 0.068 0.001 0.144 84 T 0.022 0.003 0.075 0.064 0.080 0.098 0.007 0.652 85 V 0.016 0.009 0.266 0.093 0.185 0.176 0.004 0.252 86 D 0.009 0.018 0.065 0.063 0.122 0.316 0.004 0.402 87 E 0.046 0.051 0.036 0.036 0.087 0.092 0.011 0.642 88 E 0.098 0.118 0.027 0.041 0.080 0.207 0.019 0.410 89 L 0.276 0.125 0.039 0.057 0.072 0.085 0.030 0.316 90 T 0.099 0.247 0.034 0.087 0.121 0.128 0.021 0.263 91 A 0.078 0.157 0.024 0.051 0.115 0.045 0.018 0.511 92 D 0.054 0.085 0.018 0.036 0.047 0.212 0.022 0.526 93 T 0.396 0.037 0.024 0.049 0.046 0.116 0.071 0.261 94 L 0.197 0.167 0.055 0.064 0.096 0.075 0.025 0.322 95 K 0.078 0.062 0.045 0.155 0.143 0.126 0.008 0.384 96 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 97 G 0.029 0.009 0.025 0.046 0.194 0.057 0.009 0.631 98 A 0.492 0.009 0.026 0.055 0.048 0.045 0.017 0.307 99 S 0.049 0.008 0.039 0.083 0.072 0.063 0.008 0.677 100 V 0.035 0.005 0.087 0.228 0.328 0.053 0.004 0.261 101 E 0.014 0.003 0.049 0.079 0.092 0.072 0.003 0.686 102 G 0.044 0.002 0.115 0.155 0.246 0.073 0.010 0.354 103 D 0.058 0.002 0.175 0.161 0.168 0.064 0.006 0.367 104 A 0.005 0.001 0.243 0.252 0.292 0.036 0.001 0.170 105 I 0.002 0.001 0.298 0.301 0.291 0.026 0.001 0.082 106 F 0.001 0.001 0.370 0.141 0.311 0.023 0.001 0.153 107 A 0.002 0.001 0.337 0.161 0.292 0.039 0.001 0.168 108 S 0.003 0.001 0.284 0.082 0.211 0.109 0.002 0.307 109 E 0.006 0.001 0.061 0.022 0.046 0.160 0.004 0.700 110 D 0.029 0.002 0.035 0.015 0.038 0.331 0.011 0.540 111 D 0.087 0.006 0.020 0.009 0.021 0.127 0.013 0.717 112 A 0.136 0.019 0.013 0.017 0.015 0.440 0.011 0.349 113 V 0.125 0.052 0.034 0.046 0.066 0.262 0.008 0.408 114 Y 0.068 0.119 0.061 0.187 0.295 0.062 0.007 0.202 115 G 0.087 0.118 0.025 0.059 0.107 0.103 0.013 0.489 116 A 0.055 0.084 0.093 0.153 0.326 0.023 0.013 0.253 117 S 0.019 0.037 0.081 0.402 0.326 0.040 0.012 0.083 118 L 0.030 0.039 0.089 0.209 0.241 0.061 0.013 0.317 119 V 0.010 0.020 0.165 0.396 0.349 0.011 0.003 0.047 120 R 0.014 0.049 0.080 0.229 0.319 0.038 0.005 0.266 121 L 0.015 0.024 0.138 0.205 0.444 0.025 0.005 0.144 122 S 0.011 0.041 0.080 0.227 0.451 0.043 0.005 0.141 123 D 0.022 0.045 0.021 0.052 0.130 0.045 0.009 0.676 124 R 0.040 0.040 0.029 0.027 0.059 0.369 0.024 0.412 125 C 0.369 0.045 0.034 0.021 0.045 0.194 0.040 0.252 126 K 0.088 0.111 0.021 0.016 0.029 0.160 0.013 0.562