# TARGET T0574 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0574.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.56554 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.546 0.072 0.129 0.079 0.050 0.035 0.049 0.011 0.022 0.008 0.001 2 K 0.832 0.035 0.081 0.031 0.005 0.010 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 3 N 0.926 0.011 0.021 0.020 0.007 0.008 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 4 A 0.984 0.005 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 M 0.995 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 T 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 A 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 G 0.986 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.967 0.006 0.003 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.902 0.012 0.009 0.065 0.006 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 14 A 0.749 0.023 0.032 0.144 0.020 0.011 0.013 0.001 0.007 0.001 0.001 15 A 0.515 0.090 0.239 0.029 0.018 0.022 0.011 0.001 0.075 0.001 0.001 16 P 0.882 0.002 0.095 0.012 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 S 0.841 0.031 0.036 0.057 0.013 0.012 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 18 L 0.792 0.079 0.038 0.059 0.017 0.005 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 19 G 0.804 0.035 0.040 0.035 0.053 0.009 0.010 0.004 0.006 0.004 0.001 20 F 0.838 0.051 0.030 0.058 0.011 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 21 A 0.778 0.051 0.044 0.077 0.026 0.006 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 22 A 0.451 0.086 0.095 0.291 0.031 0.017 0.013 0.002 0.013 0.001 0.001 23 A 0.061 0.205 0.332 0.021 0.039 0.019 0.013 0.001 0.303 0.006 0.001 24 P 0.584 0.003 0.326 0.030 0.001 0.009 0.002 0.001 0.002 0.001 0.042 25 D 0.212 0.019 0.061 0.534 0.018 0.023 0.084 0.041 0.004 0.004 0.001 26 A 0.110 0.211 0.219 0.204 0.106 0.025 0.081 0.021 0.019 0.004 0.001 27 V 0.019 0.719 0.188 0.014 0.030 0.014 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 28 M 0.006 0.627 0.263 0.004 0.012 0.080 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 29 V 0.005 0.848 0.096 0.003 0.020 0.017 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 30 F 0.007 0.708 0.156 0.006 0.061 0.031 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 31 A 0.018 0.518 0.211 0.012 0.163 0.031 0.005 0.001 0.039 0.002 0.001 32 R 0.033 0.529 0.270 0.017 0.067 0.035 0.005 0.001 0.041 0.002 0.002 33 Q 0.074 0.278 0.449 0.066 0.054 0.031 0.017 0.001 0.023 0.002 0.005 34 G 0.053 0.048 0.093 0.040 0.181 0.019 0.051 0.215 0.011 0.289 0.001 35 D 0.185 0.156 0.311 0.161 0.069 0.051 0.027 0.003 0.027 0.007 0.003 36 K 0.148 0.201 0.254 0.241 0.051 0.017 0.051 0.008 0.021 0.007 0.002 37 G 0.106 0.104 0.127 0.046 0.211 0.018 0.070 0.191 0.010 0.118 0.001 38 S 0.089 0.397 0.318 0.058 0.071 0.038 0.006 0.001 0.019 0.001 0.002 39 V 0.081 0.642 0.170 0.024 0.042 0.016 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 40 S 0.084 0.454 0.247 0.028 0.094 0.044 0.005 0.001 0.041 0.001 0.001 41 V 0.120 0.317 0.321 0.100 0.069 0.025 0.016 0.001 0.027 0.002 0.002 42 G 0.054 0.023 0.064 0.031 0.113 0.013 0.066 0.317 0.006 0.312 0.001 43 D 0.198 0.120 0.259 0.215 0.092 0.032 0.041 0.010 0.020 0.011 0.001 44 K 0.173 0.252 0.268 0.141 0.062 0.027 0.034 0.008 0.026 0.008 0.001 45 H 0.150 0.275 0.353 0.077 0.048 0.047 0.019 0.003 0.022 0.003 0.003 46 F 0.118 0.471 0.217 0.073 0.067 0.024 0.009 0.002 0.016 0.001 0.002 47 R 0.083 0.382 0.245 0.076 0.108 0.044 0.016 0.003 0.038 0.003 0.001 48 T 0.066 0.489 0.246 0.052 0.083 0.028 0.009 0.001 0.023 0.001 0.002 49 Q 0.056 0.547 0.217 0.033 0.078 0.029 0.010 0.002 0.024 0.001 0.001 50 A 0.028 0.630 0.221 0.026 0.044 0.032 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 51 F 0.011 0.722 0.113 0.016 0.103 0.014 0.006 0.002 0.013 0.001 0.001 52 K 0.010 0.623 0.232 0.010 0.053 0.055 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 53 V 0.005 0.844 0.075 0.004 0.049 0.011 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 54 R 0.006 0.732 0.167 0.002 0.032 0.050 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 55 L 0.010 0.622 0.245 0.005 0.019 0.086 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 56 V 0.080 0.699 0.083 0.021 0.065 0.018 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 57 N 0.053 0.200 0.187 0.067 0.236 0.091 0.075 0.004 0.074 0.013 0.001 58 A 0.387 0.160 0.131 0.166 0.071 0.017 0.026 0.009 0.018 0.013 0.003 59 A 0.334 0.101 0.165 0.178 0.069 0.039 0.058 0.017 0.018 0.020 0.001 60 K 0.311 0.149 0.139 0.282 0.048 0.014 0.026 0.007 0.017 0.004 0.003 61 S 0.204 0.303 0.235 0.087 0.073 0.021 0.027 0.005 0.041 0.004 0.001 62 E 0.112 0.232 0.465 0.058 0.032 0.074 0.008 0.001 0.013 0.001 0.005 63 I 0.042 0.715 0.153 0.026 0.019 0.025 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 64 S 0.031 0.182 0.546 0.014 0.031 0.145 0.008 0.001 0.040 0.001 0.001 65 L 0.572 0.084 0.165 0.087 0.022 0.030 0.006 0.001 0.024 0.003 0.007 66 K 0.361 0.073 0.107 0.331 0.025 0.020 0.059 0.007 0.012 0.004 0.001 67 N 0.102 0.078 0.129 0.151 0.091 0.023 0.241 0.127 0.016 0.040 0.001 68 S 0.100 0.309 0.341 0.101 0.057 0.029 0.038 0.005 0.015 0.003 0.002 69 C 0.086 0.596 0.195 0.036 0.038 0.024 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 70 L 0.053 0.574 0.248 0.019 0.056 0.028 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 71 V 0.039 0.693 0.186 0.009 0.023 0.027 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 72 A 0.054 0.444 0.301 0.020 0.091 0.056 0.003 0.001 0.028 0.001 0.002 73 Q 0.063 0.653 0.147 0.040 0.045 0.025 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 74 S 0.067 0.141 0.536 0.014 0.093 0.039 0.024 0.001 0.064 0.018 0.001 75 A 0.914 0.008 0.034 0.022 0.003 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.007 76 A 0.105 0.007 0.041 0.751 0.003 0.006 0.081 0.002 0.002 0.001 0.001 77 G 0.009 0.005 0.020 0.010 0.011 0.002 0.190 0.712 0.002 0.039 0.001 78 Q 0.043 0.280 0.606 0.020 0.019 0.014 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 79 S 0.072 0.315 0.456 0.054 0.019 0.058 0.005 0.001 0.016 0.001 0.003 80 F 0.056 0.577 0.171 0.061 0.084 0.020 0.005 0.002 0.022 0.002 0.001 81 R 0.039 0.398 0.310 0.033 0.071 0.082 0.012 0.001 0.051 0.001 0.001 82 L 0.142 0.351 0.297 0.071 0.063 0.036 0.007 0.001 0.027 0.001 0.004 83 D 0.173 0.210 0.224 0.127 0.102 0.082 0.034 0.014 0.024 0.008 0.001 84 T 0.167 0.442 0.139 0.101 0.075 0.030 0.013 0.003 0.028 0.002 0.001 85 V 0.355 0.202 0.223 0.092 0.041 0.050 0.013 0.002 0.019 0.003 0.001 86 D 0.282 0.143 0.276 0.084 0.050 0.098 0.018 0.002 0.041 0.004 0.001 87 E 0.916 0.012 0.039 0.018 0.005 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 88 E 0.930 0.010 0.016 0.031 0.004 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 89 L 0.793 0.023 0.025 0.134 0.006 0.006 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 90 T 0.678 0.083 0.078 0.105 0.011 0.010 0.012 0.001 0.021 0.001 0.001 91 A 0.759 0.020 0.070 0.092 0.012 0.006 0.032 0.002 0.004 0.003 0.001 92 D 0.597 0.023 0.052 0.172 0.024 0.010 0.064 0.039 0.005 0.015 0.001 93 T 0.279 0.087 0.127 0.455 0.012 0.013 0.014 0.001 0.011 0.001 0.001 94 L 0.199 0.159 0.449 0.074 0.013 0.038 0.047 0.003 0.014 0.003 0.002 95 K 0.013 0.468 0.292 0.004 0.016 0.014 0.005 0.001 0.184 0.003 0.001 96 P 0.115 0.001 0.791 0.013 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.069 97 G 0.011 0.004 0.016 0.016 0.030 0.004 0.016 0.848 0.001 0.054 0.001 98 A 0.077 0.315 0.503 0.034 0.036 0.012 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 99 S 0.026 0.337 0.475 0.031 0.030 0.076 0.005 0.001 0.017 0.001 0.002 100 V 0.017 0.763 0.136 0.017 0.032 0.014 0.002 0.001 0.017 0.001 0.002 101 E 0.019 0.484 0.334 0.030 0.078 0.024 0.011 0.001 0.016 0.001 0.002 102 G 0.006 0.111 0.072 0.011 0.580 0.013 0.027 0.085 0.011 0.083 0.001 103 D 0.017 0.681 0.186 0.010 0.075 0.018 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 104 A 0.012 0.631 0.251 0.007 0.035 0.054 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 105 I 0.023 0.813 0.090 0.007 0.031 0.018 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 106 F 0.018 0.426 0.287 0.022 0.123 0.076 0.006 0.001 0.041 0.001 0.001 107 A 0.101 0.442 0.182 0.070 0.114 0.028 0.012 0.004 0.040 0.005 0.001 108 S 0.099 0.176 0.243 0.074 0.200 0.065 0.054 0.012 0.044 0.033 0.001 109 E 0.484 0.090 0.185 0.140 0.039 0.033 0.008 0.002 0.012 0.004 0.003 110 D 0.427 0.090 0.144 0.178 0.038 0.056 0.032 0.004 0.023 0.005 0.001 111 D 0.794 0.029 0.060 0.062 0.018 0.010 0.014 0.003 0.005 0.003 0.001 112 A 0.811 0.045 0.026 0.078 0.016 0.007 0.008 0.002 0.004 0.002 0.001 113 V 0.646 0.125 0.047 0.108 0.028 0.010 0.004 0.001 0.030 0.001 0.001 114 Y 0.409 0.132 0.178 0.173 0.038 0.013 0.032 0.002 0.018 0.003 0.001 115 G 0.232 0.044 0.099 0.092 0.115 0.025 0.124 0.171 0.012 0.087 0.001 116 A 0.272 0.283 0.226 0.113 0.077 0.010 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 117 S 0.155 0.473 0.148 0.081 0.083 0.027 0.013 0.002 0.016 0.002 0.001 118 L 0.100 0.511 0.232 0.028 0.030 0.083 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 119 V 0.044 0.781 0.097 0.012 0.024 0.021 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 120 R 0.021 0.337 0.427 0.008 0.032 0.136 0.004 0.001 0.034 0.001 0.001 121 L 0.123 0.360 0.346 0.040 0.031 0.054 0.004 0.001 0.037 0.001 0.003 122 S 0.262 0.292 0.216 0.058 0.081 0.025 0.014 0.003 0.043 0.007 0.001 123 D 0.469 0.069 0.160 0.132 0.069 0.024 0.040 0.005 0.016 0.012 0.003 124 R 0.291 0.073 0.120 0.323 0.049 0.029 0.070 0.018 0.014 0.011 0.001 125 C 0.189 0.172 0.252 0.197 0.047 0.036 0.043 0.011 0.041 0.011 0.001 126 K 0.374 0.120 0.317 0.095 0.023 0.026 0.020 0.002 0.016 0.004 0.004