# TARGET T0574 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0574.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.57718 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.009 0.256 0.002 0.010 0.628 0.001 0.001 0.004 0.043 0.017 0.015 0.013 2 K 0.001 0.003 0.084 0.002 0.007 0.858 0.001 0.001 0.002 0.016 0.020 0.003 0.007 3 N 0.001 0.001 0.010 0.001 0.006 0.964 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.002 4 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 5 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.931 0.001 0.001 0.001 0.007 0.054 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.019 0.001 0.008 0.870 0.001 0.001 0.001 0.025 0.069 0.001 0.004 15 A 0.001 0.003 0.147 0.002 0.007 0.631 0.001 0.001 0.002 0.123 0.072 0.006 0.006 16 P 0.001 0.002 0.085 0.002 0.025 0.571 0.001 0.001 0.002 0.059 0.246 0.002 0.004 17 S 0.002 0.003 0.054 0.004 0.068 0.536 0.001 0.001 0.003 0.061 0.258 0.005 0.005 18 L 0.013 0.005 0.091 0.012 0.158 0.451 0.002 0.003 0.012 0.105 0.107 0.012 0.030 19 G 0.080 0.011 0.131 0.021 0.123 0.269 0.008 0.007 0.029 0.078 0.092 0.080 0.071 20 F 0.165 0.011 0.107 0.037 0.111 0.159 0.020 0.006 0.024 0.046 0.087 0.047 0.180 21 A 0.162 0.015 0.132 0.017 0.053 0.097 0.021 0.007 0.028 0.056 0.086 0.224 0.102 22 A 0.111 0.028 0.187 0.013 0.040 0.051 0.014 0.006 0.022 0.061 0.066 0.067 0.334 23 A 0.020 0.011 0.509 0.011 0.008 0.007 0.002 0.001 0.017 0.103 0.032 0.187 0.093 24 P 0.005 0.004 0.379 0.043 0.017 0.004 0.001 0.001 0.009 0.174 0.294 0.015 0.055 25 D 0.005 0.004 0.162 0.056 0.013 0.002 0.001 0.001 0.007 0.428 0.258 0.052 0.014 26 A 0.086 0.007 0.202 0.037 0.010 0.003 0.014 0.009 0.043 0.199 0.065 0.054 0.270 27 V 0.402 0.003 0.017 0.015 0.001 0.001 0.140 0.104 0.094 0.010 0.003 0.100 0.112 28 M 0.427 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 0.212 0.193 0.046 0.001 0.001 0.050 0.050 29 V 0.587 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.188 0.099 0.035 0.001 0.001 0.036 0.050 30 F 0.604 0.001 0.006 0.015 0.001 0.001 0.169 0.064 0.038 0.001 0.001 0.057 0.045 31 A 0.392 0.004 0.065 0.006 0.001 0.001 0.071 0.026 0.087 0.009 0.003 0.165 0.170 32 R 0.112 0.008 0.325 0.021 0.003 0.001 0.017 0.005 0.081 0.059 0.021 0.139 0.210 33 Q 0.025 0.013 0.332 0.014 0.017 0.002 0.004 0.002 0.013 0.184 0.203 0.052 0.137 34 G 0.006 0.009 0.156 0.010 0.019 0.002 0.001 0.001 0.003 0.310 0.421 0.035 0.029 35 D 0.013 0.016 0.201 0.009 0.030 0.003 0.001 0.001 0.002 0.329 0.259 0.055 0.083 36 K 0.024 0.017 0.222 0.017 0.035 0.006 0.002 0.001 0.002 0.218 0.349 0.021 0.088 37 G 0.076 0.019 0.208 0.039 0.019 0.008 0.005 0.001 0.005 0.197 0.098 0.267 0.055 38 S 0.162 0.019 0.146 0.007 0.006 0.005 0.013 0.002 0.006 0.026 0.013 0.060 0.535 39 V 0.293 0.011 0.054 0.004 0.002 0.002 0.018 0.003 0.008 0.006 0.002 0.491 0.106 40 S 0.295 0.013 0.073 0.012 0.003 0.004 0.029 0.003 0.010 0.008 0.004 0.122 0.423 41 V 0.122 0.010 0.175 0.039 0.009 0.007 0.008 0.002 0.008 0.043 0.051 0.333 0.193 42 G 0.042 0.006 0.152 0.060 0.011 0.008 0.004 0.001 0.004 0.168 0.333 0.082 0.130 43 D 0.033 0.009 0.224 0.010 0.017 0.010 0.002 0.001 0.002 0.201 0.209 0.084 0.198 44 K 0.070 0.014 0.207 0.010 0.023 0.030 0.003 0.001 0.003 0.112 0.096 0.263 0.168 45 H 0.129 0.022 0.148 0.016 0.041 0.048 0.006 0.001 0.004 0.043 0.055 0.099 0.387 46 F 0.134 0.015 0.123 0.070 0.047 0.070 0.008 0.001 0.006 0.049 0.059 0.250 0.169 47 R 0.190 0.007 0.076 0.029 0.014 0.021 0.008 0.001 0.004 0.023 0.032 0.185 0.412 48 T 0.260 0.004 0.064 0.047 0.015 0.017 0.009 0.001 0.002 0.014 0.020 0.140 0.408 49 Q 0.141 0.001 0.026 0.051 0.003 0.005 0.004 0.001 0.003 0.021 0.013 0.645 0.086 50 A 0.195 0.001 0.043 0.023 0.002 0.002 0.011 0.001 0.005 0.007 0.014 0.024 0.672 51 F 0.199 0.001 0.043 0.050 0.001 0.002 0.012 0.001 0.017 0.014 0.003 0.620 0.038 52 K 0.318 0.001 0.041 0.023 0.001 0.002 0.066 0.008 0.044 0.008 0.003 0.084 0.402 53 V 0.524 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.105 0.058 0.041 0.001 0.001 0.132 0.120 54 R 0.546 0.001 0.003 0.044 0.001 0.002 0.178 0.085 0.036 0.001 0.001 0.063 0.042 55 L 0.425 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.211 0.107 0.083 0.001 0.001 0.037 0.128 56 V 0.326 0.004 0.037 0.079 0.004 0.005 0.151 0.091 0.110 0.010 0.008 0.081 0.093 57 N 0.098 0.008 0.257 0.016 0.010 0.008 0.021 0.019 0.083 0.105 0.032 0.142 0.201 58 A 0.019 0.013 0.287 0.024 0.061 0.045 0.006 0.005 0.039 0.170 0.209 0.024 0.098 59 A 0.011 0.018 0.306 0.021 0.143 0.044 0.003 0.002 0.017 0.152 0.204 0.053 0.026 60 K 0.008 0.011 0.269 0.019 0.231 0.067 0.002 0.001 0.013 0.159 0.155 0.010 0.056 61 S 0.016 0.013 0.224 0.023 0.147 0.115 0.002 0.001 0.011 0.168 0.183 0.076 0.021 62 E 0.047 0.032 0.212 0.012 0.104 0.128 0.009 0.003 0.021 0.083 0.112 0.027 0.208 63 I 0.064 0.053 0.247 0.012 0.031 0.077 0.013 0.006 0.050 0.069 0.025 0.224 0.129 64 S 0.035 0.033 0.351 0.012 0.016 0.041 0.007 0.005 0.027 0.061 0.030 0.094 0.288 65 L 0.026 0.016 0.236 0.030 0.072 0.092 0.005 0.004 0.017 0.080 0.196 0.070 0.157 66 K 0.010 0.004 0.093 0.087 0.059 0.046 0.002 0.001 0.005 0.157 0.463 0.039 0.035 67 N 0.033 0.004 0.117 0.024 0.045 0.027 0.003 0.001 0.005 0.235 0.342 0.044 0.119 68 S 0.185 0.006 0.159 0.033 0.014 0.020 0.008 0.003 0.014 0.091 0.050 0.194 0.222 69 C 0.480 0.003 0.034 0.010 0.003 0.008 0.029 0.004 0.012 0.011 0.008 0.139 0.259 70 L 0.649 0.001 0.015 0.011 0.002 0.004 0.023 0.003 0.007 0.002 0.002 0.140 0.141 71 V 0.759 0.001 0.007 0.014 0.001 0.003 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.094 0.098 72 A 0.724 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 0.150 0.096 73 Q 0.514 0.005 0.028 0.011 0.003 0.003 0.015 0.001 0.003 0.004 0.004 0.072 0.336 74 S 0.106 0.009 0.364 0.014 0.011 0.003 0.004 0.001 0.005 0.047 0.036 0.207 0.196 75 A 0.009 0.002 0.068 0.020 0.047 0.005 0.001 0.001 0.001 0.083 0.710 0.027 0.027 76 A 0.001 0.001 0.015 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.908 0.004 0.005 77 G 0.001 0.002 0.095 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.415 0.464 0.008 0.006 78 Q 0.009 0.053 0.533 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.017 0.166 0.014 0.167 0.025 79 S 0.020 0.068 0.184 0.005 0.004 0.003 0.021 0.014 0.058 0.030 0.019 0.012 0.564 80 F 0.043 0.032 0.156 0.063 0.004 0.004 0.031 0.020 0.120 0.035 0.006 0.447 0.039 81 R 0.040 0.026 0.172 0.015 0.003 0.003 0.043 0.014 0.180 0.021 0.007 0.050 0.424 82 L 0.031 0.037 0.391 0.020 0.009 0.008 0.022 0.015 0.113 0.055 0.014 0.169 0.116 83 D 0.005 0.012 0.575 0.018 0.006 0.019 0.004 0.004 0.087 0.131 0.025 0.053 0.063 84 T 0.006 0.015 0.301 0.005 0.049 0.239 0.003 0.002 0.026 0.161 0.118 0.011 0.064 85 V 0.003 0.010 0.096 0.006 0.106 0.603 0.002 0.002 0.012 0.052 0.080 0.015 0.011 86 D 0.004 0.006 0.086 0.003 0.196 0.593 0.001 0.002 0.005 0.034 0.046 0.005 0.020 87 E 0.003 0.003 0.054 0.002 0.203 0.645 0.001 0.001 0.001 0.018 0.061 0.003 0.005 88 E 0.003 0.003 0.026 0.001 0.124 0.732 0.001 0.001 0.001 0.013 0.091 0.002 0.004 89 L 0.004 0.008 0.057 0.002 0.117 0.661 0.001 0.001 0.001 0.029 0.108 0.004 0.010 90 T 0.004 0.007 0.171 0.005 0.113 0.529 0.001 0.001 0.002 0.048 0.100 0.007 0.013 91 A 0.002 0.003 0.064 0.003 0.157 0.376 0.001 0.001 0.001 0.045 0.338 0.004 0.008 92 D 0.003 0.006 0.110 0.002 0.090 0.123 0.001 0.001 0.001 0.079 0.568 0.010 0.008 93 T 0.006 0.025 0.258 0.002 0.149 0.169 0.001 0.001 0.005 0.093 0.237 0.018 0.036 94 L 0.004 0.115 0.455 0.002 0.027 0.040 0.001 0.001 0.011 0.192 0.090 0.015 0.047 95 K 0.001 0.005 0.821 0.004 0.007 0.004 0.001 0.001 0.004 0.105 0.029 0.014 0.006 96 P 0.001 0.001 0.025 0.002 0.036 0.005 0.001 0.001 0.001 0.027 0.902 0.001 0.002 97 G 0.001 0.001 0.032 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.149 0.811 0.001 0.001 98 A 0.004 0.017 0.681 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 0.131 0.003 0.112 0.033 99 S 0.019 0.029 0.100 0.002 0.001 0.001 0.011 0.004 0.059 0.011 0.004 0.010 0.750 100 V 0.073 0.021 0.101 0.172 0.004 0.002 0.019 0.009 0.064 0.032 0.004 0.457 0.041 101 E 0.065 0.004 0.093 0.122 0.002 0.002 0.036 0.008 0.103 0.025 0.016 0.036 0.487 102 G 0.179 0.002 0.096 0.064 0.003 0.001 0.044 0.030 0.059 0.036 0.009 0.357 0.120 103 D 0.262 0.002 0.051 0.027 0.001 0.003 0.135 0.089 0.124 0.010 0.003 0.143 0.150 104 A 0.455 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.183 0.085 0.083 0.002 0.001 0.070 0.107 105 I 0.431 0.003 0.025 0.048 0.002 0.004 0.181 0.096 0.074 0.005 0.003 0.068 0.060 106 F 0.312 0.010 0.112 0.011 0.003 0.004 0.053 0.026 0.104 0.031 0.014 0.173 0.147 107 A 0.107 0.024 0.294 0.010 0.005 0.006 0.023 0.007 0.055 0.118 0.044 0.046 0.259 108 S 0.018 0.022 0.548 0.004 0.011 0.008 0.003 0.002 0.026 0.154 0.054 0.071 0.077 109 E 0.003 0.013 0.237 0.003 0.045 0.046 0.001 0.001 0.006 0.247 0.367 0.007 0.026 110 D 0.001 0.008 0.163 0.003 0.094 0.084 0.001 0.001 0.001 0.189 0.446 0.005 0.005 111 D 0.001 0.007 0.119 0.003 0.169 0.128 0.001 0.001 0.001 0.244 0.316 0.004 0.007 112 A 0.011 0.021 0.210 0.003 0.202 0.177 0.001 0.001 0.002 0.135 0.191 0.016 0.029 113 V 0.040 0.018 0.080 0.011 0.244 0.296 0.006 0.002 0.004 0.063 0.153 0.015 0.069 114 Y 0.039 0.014 0.103 0.062 0.115 0.227 0.004 0.001 0.004 0.103 0.260 0.039 0.027 115 G 0.073 0.010 0.157 0.036 0.072 0.134 0.006 0.001 0.006 0.084 0.229 0.048 0.143 116 A 0.211 0.006 0.189 0.047 0.029 0.073 0.018 0.007 0.021 0.059 0.043 0.097 0.199 117 S 0.273 0.004 0.064 0.072 0.009 0.042 0.036 0.014 0.027 0.043 0.019 0.322 0.075 118 L 0.423 0.003 0.024 0.012 0.005 0.028 0.078 0.036 0.065 0.007 0.010 0.051 0.259 119 V 0.459 0.003 0.029 0.065 0.007 0.036 0.107 0.056 0.066 0.008 0.008 0.088 0.069 120 R 0.333 0.010 0.041 0.017 0.009 0.037 0.071 0.035 0.092 0.017 0.016 0.193 0.131 121 L 0.121 0.019 0.162 0.011 0.012 0.026 0.019 0.017 0.080 0.037 0.028 0.081 0.386 122 S 0.027 0.010 0.437 0.054 0.029 0.027 0.006 0.004 0.040 0.126 0.076 0.099 0.065 123 D 0.005 0.009 0.183 0.007 0.075 0.051 0.001 0.001 0.012 0.222 0.379 0.020 0.034 124 R 0.005 0.028 0.220 0.005 0.100 0.064 0.001 0.001 0.006 0.162 0.358 0.016 0.035 125 C 0.004 0.029 0.499 0.004 0.044 0.035 0.001 0.001 0.007 0.231 0.087 0.030 0.029 126 K 0.002 0.023 0.587 0.003 0.025 0.030 0.001 0.001 0.005 0.206 0.073 0.015 0.029