# TARGET T0574 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0574.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.57718 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.034 0.010 0.054 0.038 0.008 0.100 0.015 0.002 0.008 0.010 0.057 0.095 0.536 0.004 0.003 0.025 2 K 0.013 0.025 0.041 0.018 0.001 0.049 0.003 0.005 0.001 0.001 0.100 0.143 0.592 0.001 0.004 0.003 3 N 0.001 0.007 0.006 0.012 0.001 0.035 0.001 0.001 0.002 0.001 0.092 0.176 0.661 0.001 0.001 0.004 4 A 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.085 0.847 0.001 0.001 0.001 5 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.063 0.928 0.001 0.001 0.001 6 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.986 0.001 0.001 0.001 7 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.989 0.001 0.001 0.001 8 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 11 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.003 0.001 14 A 0.001 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.957 0.001 0.001 0.024 15 A 0.008 0.003 0.010 0.015 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.924 0.002 0.005 0.009 16 P 0.002 0.010 0.031 0.017 0.001 0.015 0.003 0.002 0.001 0.001 0.013 0.009 0.876 0.003 0.004 0.013 17 S 0.003 0.029 0.007 0.034 0.004 0.031 0.015 0.001 0.001 0.001 0.023 0.038 0.791 0.012 0.002 0.009 18 L 0.008 0.046 0.049 0.109 0.004 0.015 0.013 0.009 0.002 0.001 0.012 0.048 0.613 0.009 0.045 0.018 19 G 0.005 0.016 0.066 0.107 0.003 0.043 0.008 0.006 0.005 0.003 0.019 0.018 0.621 0.008 0.016 0.055 20 F 0.048 0.053 0.077 0.206 0.010 0.018 0.019 0.005 0.004 0.002 0.037 0.024 0.420 0.023 0.012 0.042 21 A 0.024 0.025 0.138 0.321 0.010 0.046 0.017 0.015 0.004 0.002 0.019 0.025 0.295 0.008 0.025 0.026 22 A 0.020 0.106 0.213 0.363 0.015 0.029 0.014 0.006 0.008 0.004 0.006 0.009 0.096 0.008 0.008 0.095 23 A 0.053 0.024 0.096 0.281 0.172 0.167 0.061 0.010 0.004 0.008 0.017 0.011 0.062 0.014 0.006 0.016 24 P 0.011 0.108 0.103 0.097 0.023 0.286 0.013 0.137 0.004 0.008 0.108 0.018 0.054 0.005 0.017 0.008 25 D 0.015 0.358 0.017 0.121 0.002 0.101 0.003 0.022 0.073 0.023 0.096 0.100 0.036 0.002 0.007 0.023 26 A 0.168 0.134 0.180 0.278 0.001 0.016 0.002 0.003 0.038 0.002 0.035 0.070 0.040 0.001 0.005 0.028 27 V 0.033 0.018 0.734 0.169 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.014 0.001 0.001 0.006 28 M 0.004 0.007 0.227 0.738 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 29 V 0.001 0.018 0.025 0.884 0.003 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 30 F 0.001 0.015 0.008 0.954 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 31 A 0.002 0.010 0.018 0.915 0.016 0.025 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 32 R 0.002 0.011 0.016 0.144 0.685 0.078 0.029 0.002 0.001 0.003 0.005 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 33 Q 0.002 0.057 0.007 0.111 0.037 0.081 0.003 0.619 0.002 0.001 0.036 0.005 0.005 0.002 0.032 0.001 34 G 0.003 0.103 0.013 0.060 0.025 0.060 0.006 0.038 0.295 0.233 0.063 0.032 0.013 0.003 0.004 0.050 35 D 0.383 0.063 0.028 0.043 0.069 0.051 0.083 0.018 0.024 0.013 0.078 0.080 0.021 0.025 0.009 0.012 36 K 0.032 0.173 0.340 0.080 0.002 0.016 0.008 0.125 0.015 0.004 0.024 0.033 0.015 0.002 0.112 0.019 37 G 0.052 0.049 0.229 0.274 0.001 0.017 0.004 0.004 0.184 0.035 0.005 0.019 0.013 0.001 0.004 0.108 38 S 0.319 0.016 0.248 0.362 0.004 0.012 0.005 0.001 0.003 0.001 0.007 0.004 0.010 0.001 0.001 0.008 39 V 0.009 0.010 0.285 0.669 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 40 S 0.002 0.006 0.015 0.325 0.520 0.098 0.016 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 41 V 0.002 0.093 0.012 0.393 0.048 0.088 0.002 0.302 0.002 0.001 0.037 0.003 0.005 0.001 0.008 0.001 42 G 0.003 0.104 0.015 0.233 0.016 0.089 0.004 0.033 0.217 0.184 0.037 0.039 0.008 0.001 0.002 0.015 43 D 0.228 0.077 0.055 0.132 0.015 0.185 0.009 0.023 0.021 0.017 0.102 0.083 0.038 0.001 0.007 0.007 44 K 0.030 0.126 0.206 0.103 0.012 0.079 0.007 0.021 0.013 0.007 0.217 0.106 0.045 0.005 0.006 0.016 45 H 0.032 0.073 0.106 0.168 0.032 0.145 0.029 0.018 0.010 0.005 0.060 0.208 0.082 0.009 0.012 0.010 46 F 0.019 0.186 0.186 0.235 0.008 0.040 0.010 0.032 0.016 0.004 0.047 0.035 0.120 0.003 0.019 0.039 47 R 0.049 0.045 0.145 0.304 0.018 0.097 0.024 0.014 0.023 0.015 0.041 0.051 0.118 0.007 0.006 0.045 48 T 0.067 0.135 0.250 0.220 0.004 0.127 0.008 0.020 0.007 0.003 0.021 0.024 0.089 0.001 0.011 0.014 49 Q 0.018 0.092 0.116 0.549 0.002 0.066 0.003 0.007 0.010 0.004 0.061 0.014 0.036 0.001 0.002 0.018 50 A 0.042 0.131 0.217 0.565 0.001 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.009 0.010 0.001 0.001 0.006 51 F 0.008 0.008 0.204 0.757 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 52 K 0.002 0.011 0.111 0.874 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 V 0.001 0.001 0.010 0.987 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 R 0.001 0.002 0.016 0.973 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 L 0.001 0.003 0.001 0.704 0.064 0.220 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 V 0.001 0.267 0.004 0.630 0.026 0.033 0.001 0.024 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 57 N 0.003 0.037 0.004 0.413 0.040 0.371 0.003 0.032 0.020 0.018 0.029 0.012 0.012 0.001 0.002 0.004 58 A 0.019 0.316 0.156 0.234 0.011 0.040 0.005 0.041 0.012 0.006 0.108 0.017 0.017 0.002 0.005 0.013 59 A 0.027 0.032 0.054 0.169 0.014 0.437 0.010 0.016 0.015 0.017 0.039 0.113 0.040 0.003 0.007 0.007 60 K 0.023 0.452 0.156 0.122 0.005 0.032 0.013 0.008 0.008 0.002 0.074 0.025 0.042 0.007 0.008 0.022 61 S 0.030 0.076 0.101 0.516 0.002 0.051 0.007 0.013 0.013 0.003 0.025 0.078 0.050 0.002 0.012 0.020 62 E 0.023 0.048 0.608 0.209 0.002 0.010 0.007 0.001 0.007 0.001 0.006 0.004 0.026 0.001 0.002 0.045 63 I 0.023 0.019 0.176 0.757 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.005 64 S 0.003 0.005 0.042 0.136 0.038 0.756 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 65 L 0.001 0.026 0.003 0.034 0.138 0.115 0.007 0.014 0.001 0.001 0.644 0.002 0.009 0.005 0.001 0.001 66 K 0.001 0.207 0.004 0.034 0.006 0.031 0.002 0.162 0.018 0.003 0.046 0.437 0.008 0.003 0.036 0.001 67 N 0.018 0.044 0.081 0.057 0.002 0.017 0.011 0.016 0.222 0.044 0.046 0.038 0.102 0.003 0.041 0.256 68 S 0.379 0.041 0.283 0.064 0.001 0.021 0.005 0.004 0.013 0.004 0.020 0.044 0.062 0.001 0.006 0.053 69 C 0.078 0.051 0.505 0.153 0.001 0.059 0.004 0.002 0.003 0.001 0.018 0.027 0.083 0.001 0.002 0.012 70 L 0.010 0.041 0.181 0.590 0.002 0.054 0.002 0.002 0.001 0.001 0.030 0.012 0.067 0.001 0.001 0.004 71 V 0.002 0.029 0.072 0.834 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.029 0.001 0.001 0.003 72 A 0.003 0.013 0.054 0.742 0.031 0.079 0.009 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.045 0.003 0.001 0.006 73 Q 0.002 0.119 0.073 0.706 0.010 0.029 0.005 0.014 0.001 0.001 0.008 0.004 0.019 0.001 0.003 0.005 74 S 0.002 0.005 0.004 0.025 0.020 0.889 0.002 0.007 0.002 0.008 0.007 0.006 0.020 0.001 0.001 0.002 75 A 0.002 0.018 0.004 0.002 0.090 0.006 0.032 0.005 0.001 0.001 0.739 0.003 0.006 0.091 0.001 0.001 76 A 0.001 0.023 0.003 0.006 0.001 0.003 0.001 0.149 0.002 0.001 0.003 0.097 0.003 0.001 0.706 0.001 77 G 0.002 0.004 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.020 0.002 0.001 0.012 0.001 0.003 0.793 78 Q 0.941 0.008 0.020 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.005 79 S 0.021 0.022 0.835 0.096 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 80 F 0.005 0.010 0.191 0.781 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 81 R 0.003 0.005 0.067 0.848 0.041 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 L 0.004 0.022 0.019 0.689 0.023 0.194 0.001 0.027 0.001 0.001 0.012 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 83 D 0.002 0.217 0.008 0.334 0.007 0.271 0.001 0.011 0.026 0.031 0.047 0.033 0.007 0.001 0.001 0.003 84 T 0.042 0.109 0.023 0.222 0.012 0.250 0.004 0.008 0.012 0.006 0.195 0.083 0.028 0.001 0.001 0.005 85 V 0.009 0.138 0.225 0.158 0.003 0.077 0.002 0.015 0.002 0.002 0.123 0.203 0.036 0.001 0.003 0.002 86 D 0.003 0.012 0.023 0.044 0.004 0.544 0.003 0.006 0.003 0.004 0.068 0.126 0.154 0.002 0.002 0.003 87 E 0.001 0.025 0.004 0.016 0.001 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.592 0.033 0.308 0.001 0.001 0.001 88 E 0.002 0.037 0.006 0.027 0.001 0.012 0.007 0.001 0.002 0.001 0.005 0.553 0.332 0.003 0.002 0.010 89 L 0.009 0.008 0.140 0.040 0.003 0.013 0.035 0.002 0.001 0.001 0.008 0.011 0.652 0.011 0.016 0.052 90 T 0.004 0.023 0.156 0.034 0.015 0.065 0.058 0.011 0.001 0.002 0.019 0.011 0.485 0.056 0.021 0.039 91 A 0.011 0.034 0.039 0.060 0.003 0.092 0.017 0.038 0.005 0.005 0.079 0.018 0.504 0.015 0.056 0.026 92 D 0.023 0.116 0.045 0.059 0.001 0.017 0.014 0.006 0.047 0.008 0.076 0.090 0.366 0.012 0.023 0.099 93 T 0.159 0.031 0.157 0.073 0.005 0.013 0.042 0.002 0.010 0.001 0.021 0.050 0.268 0.025 0.014 0.129 94 L 0.018 0.014 0.745 0.079 0.007 0.009 0.012 0.002 0.001 0.001 0.003 0.008 0.076 0.002 0.007 0.016 95 K 0.001 0.001 0.007 0.006 0.612 0.010 0.195 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.160 0.001 0.002 96 P 0.001 0.004 0.002 0.009 0.001 0.005 0.001 0.873 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.098 0.001 97 G 0.001 0.012 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.786 0.117 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.067 98 A 0.969 0.002 0.007 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 99 S 0.005 0.009 0.883 0.048 0.002 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 100 V 0.014 0.047 0.052 0.550 0.071 0.166 0.014 0.005 0.001 0.001 0.062 0.004 0.009 0.002 0.001 0.001 101 E 0.002 0.420 0.035 0.495 0.001 0.007 0.001 0.019 0.006 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 102 G 0.006 0.004 0.051 0.876 0.001 0.024 0.001 0.002 0.012 0.005 0.011 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 103 D 0.034 0.062 0.331 0.559 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 104 A 0.001 0.001 0.019 0.965 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 I 0.001 0.013 0.050 0.910 0.015 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 F 0.001 0.008 0.002 0.887 0.015 0.079 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 107 A 0.003 0.088 0.018 0.733 0.035 0.077 0.003 0.011 0.003 0.003 0.016 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 108 S 0.007 0.084 0.011 0.210 0.040 0.537 0.005 0.020 0.005 0.009 0.032 0.025 0.009 0.001 0.002 0.002 109 E 0.007 0.233 0.045 0.140 0.011 0.070 0.006 0.047 0.009 0.011 0.345 0.041 0.020 0.003 0.004 0.007 110 D 0.014 0.089 0.023 0.049 0.006 0.383 0.010 0.010 0.019 0.009 0.049 0.265 0.048 0.004 0.015 0.007 111 D 0.028 0.160 0.151 0.069 0.002 0.011 0.006 0.010 0.012 0.003 0.325 0.046 0.096 0.002 0.021 0.057 112 A 0.066 0.044 0.122 0.061 0.006 0.108 0.011 0.002 0.017 0.005 0.019 0.332 0.152 0.004 0.004 0.046 113 V 0.028 0.014 0.131 0.017 0.098 0.120 0.240 0.003 0.001 0.001 0.091 0.013 0.165 0.069 0.002 0.009 114 Y 0.002 0.409 0.051 0.066 0.001 0.013 0.005 0.188 0.003 0.001 0.015 0.083 0.065 0.001 0.091 0.005 115 G 0.008 0.028 0.060 0.171 0.001 0.026 0.004 0.005 0.175 0.043 0.015 0.014 0.134 0.003 0.005 0.310 116 A 0.371 0.006 0.281 0.105 0.001 0.042 0.004 0.003 0.001 0.001 0.044 0.012 0.122 0.001 0.003 0.005 117 S 0.007 0.241 0.274 0.278 0.001 0.039 0.002 0.002 0.001 0.001 0.012 0.064 0.070 0.001 0.002 0.007 118 L 0.006 0.012 0.040 0.851 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.044 0.001 0.001 0.008 119 V 0.004 0.020 0.340 0.545 0.004 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.051 0.001 0.001 0.002 120 R 0.002 0.026 0.027 0.781 0.008 0.101 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.033 0.001 0.001 0.006 121 L 0.005 0.082 0.032 0.693 0.022 0.091 0.005 0.004 0.002 0.002 0.020 0.005 0.029 0.003 0.001 0.005 122 S 0.003 0.025 0.020 0.084 0.050 0.670 0.023 0.011 0.002 0.004 0.028 0.027 0.043 0.006 0.003 0.002 123 D 0.003 0.117 0.011 0.040 0.005 0.039 0.004 0.069 0.007 0.003 0.605 0.025 0.050 0.003 0.013 0.007 124 R 0.023 0.173 0.029 0.061 0.004 0.012 0.011 0.005 0.119 0.009 0.025 0.325 0.052 0.027 0.010 0.114 125 C 0.045 0.007 0.200 0.018 0.031 0.074 0.248 0.004 0.002 0.003 0.019 0.038 0.259 0.016 0.023 0.013 126 K 0.009 0.106 0.157 0.032 0.020 0.037 0.046 0.120 0.004 0.004 0.157 0.027 0.156 0.035 0.043 0.047