# TARGET T0574 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0574.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.57718 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.035 0.833 0.002 0.003 0.004 0.014 0.016 0.094 2 K 0.010 0.889 0.002 0.003 0.004 0.011 0.016 0.064 3 N 0.006 0.923 0.001 0.001 0.002 0.005 0.034 0.028 4 A 0.001 0.129 0.002 0.001 0.001 0.004 0.854 0.007 5 M 0.001 0.777 0.001 0.002 0.002 0.002 0.212 0.004 6 A 0.002 0.975 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.004 7 L 0.003 0.850 0.009 0.008 0.008 0.005 0.107 0.011 8 T 0.004 0.848 0.014 0.004 0.007 0.005 0.111 0.007 9 L 0.018 0.882 0.009 0.004 0.004 0.006 0.058 0.020 10 A 0.044 0.585 0.064 0.016 0.018 0.031 0.174 0.068 11 G 0.113 0.458 0.043 0.013 0.022 0.056 0.170 0.125 12 L 0.183 0.200 0.063 0.010 0.014 0.085 0.123 0.323 13 L 0.014 0.057 0.097 0.025 0.024 0.106 0.235 0.443 14 A 0.018 0.097 0.042 0.008 0.015 0.137 0.130 0.553 15 A 0.184 0.246 0.039 0.013 0.015 0.110 0.168 0.226 16 P 0.099 0.222 0.062 0.016 0.021 0.106 0.101 0.374 17 S 0.125 0.211 0.033 0.010 0.032 0.084 0.111 0.394 18 L 0.101 0.068 0.093 0.027 0.036 0.105 0.144 0.426 19 G 0.088 0.038 0.083 0.073 0.098 0.113 0.094 0.412 20 F 0.055 0.011 0.039 0.025 0.044 0.087 0.056 0.683 21 A 0.009 0.005 0.068 0.071 0.109 0.157 0.065 0.518 22 A 0.018 0.003 0.054 0.029 0.049 0.117 0.048 0.683 23 A 0.265 0.015 0.029 0.042 0.041 0.103 0.095 0.410 24 P 0.055 0.011 0.037 0.014 0.026 0.125 0.039 0.693 25 D 0.038 0.021 0.068 0.035 0.115 0.139 0.055 0.528 26 A 0.007 0.009 0.130 0.078 0.184 0.097 0.065 0.429 27 V 0.004 0.006 0.212 0.195 0.277 0.054 0.052 0.198 28 M 0.004 0.004 0.250 0.236 0.336 0.024 0.049 0.097 29 V 0.009 0.004 0.182 0.301 0.305 0.030 0.044 0.125 30 F 0.009 0.003 0.260 0.243 0.301 0.030 0.044 0.110 31 A 0.028 0.003 0.086 0.185 0.257 0.075 0.043 0.323 32 R 0.146 0.005 0.051 0.092 0.119 0.096 0.074 0.418 33 Q 0.036 0.002 0.017 0.025 0.056 0.133 0.032 0.699 34 G 0.060 0.002 0.010 0.010 0.024 0.111 0.032 0.751 35 D 0.095 0.007 0.011 0.037 0.042 0.119 0.073 0.616 36 K 0.010 0.003 0.022 0.028 0.083 0.139 0.028 0.688 37 G 0.009 0.003 0.067 0.128 0.368 0.065 0.057 0.304 38 S 0.005 0.002 0.062 0.280 0.317 0.046 0.037 0.251 39 V 0.004 0.002 0.120 0.248 0.299 0.045 0.023 0.259 40 S 0.031 0.008 0.083 0.214 0.246 0.052 0.042 0.323 41 V 0.108 0.027 0.057 0.151 0.128 0.079 0.059 0.393 42 G 0.058 0.029 0.023 0.038 0.069 0.078 0.028 0.678 43 D 0.168 0.054 0.012 0.056 0.115 0.069 0.072 0.455 44 K 0.032 0.012 0.013 0.116 0.124 0.073 0.152 0.478 45 H 0.013 0.009 0.017 0.124 0.288 0.082 0.155 0.312 46 F 0.019 0.007 0.020 0.155 0.240 0.053 0.074 0.433 47 R 0.042 0.005 0.024 0.172 0.346 0.062 0.040 0.310 48 T 0.031 0.004 0.030 0.075 0.165 0.052 0.058 0.585 49 Q 0.011 0.004 0.054 0.224 0.399 0.068 0.021 0.219 50 A 0.002 0.002 0.101 0.072 0.251 0.060 0.031 0.481 51 F 0.001 0.002 0.131 0.392 0.321 0.033 0.027 0.093 52 K 0.002 0.005 0.293 0.210 0.286 0.026 0.059 0.119 53 V 0.004 0.016 0.230 0.328 0.224 0.020 0.078 0.100 54 R 0.010 0.030 0.570 0.136 0.163 0.012 0.032 0.048 55 L 0.021 0.062 0.361 0.152 0.173 0.032 0.087 0.112 56 V 0.031 0.083 0.418 0.089 0.096 0.036 0.078 0.169 57 N 0.181 0.076 0.104 0.077 0.105 0.071 0.160 0.226 58 A 0.076 0.035 0.060 0.025 0.034 0.121 0.139 0.511 59 A 0.136 0.035 0.017 0.022 0.041 0.082 0.065 0.603 60 K 0.082 0.010 0.009 0.012 0.019 0.094 0.044 0.730 61 S 0.015 0.021 0.016 0.034 0.056 0.117 0.028 0.713 62 E 0.016 0.021 0.020 0.020 0.057 0.113 0.026 0.727 63 I 0.025 0.023 0.051 0.089 0.065 0.127 0.089 0.532 64 S 0.111 0.076 0.066 0.054 0.064 0.096 0.190 0.345 65 L 0.160 0.165 0.040 0.029 0.035 0.067 0.190 0.314 66 K 0.077 0.229 0.042 0.031 0.061 0.104 0.046 0.410 67 N 0.048 0.181 0.037 0.031 0.087 0.067 0.052 0.496 68 S 0.013 0.166 0.059 0.142 0.269 0.073 0.050 0.228 69 C 0.019 0.101 0.072 0.124 0.382 0.049 0.088 0.165 70 L 0.017 0.057 0.051 0.351 0.307 0.029 0.078 0.111 71 V 0.012 0.039 0.069 0.388 0.340 0.024 0.026 0.101 72 A 0.012 0.020 0.073 0.230 0.369 0.045 0.064 0.187 73 Q 0.020 0.007 0.143 0.257 0.236 0.043 0.109 0.185 74 S 0.745 0.004 0.010 0.022 0.027 0.020 0.039 0.134 75 A 0.293 0.003 0.005 0.007 0.008 0.044 0.028 0.612 76 A 0.007 0.001 0.007 0.005 0.023 0.119 0.006 0.832 77 G 0.007 0.001 0.011 0.008 0.034 0.074 0.019 0.846 78 Q 0.009 0.005 0.044 0.302 0.169 0.077 0.043 0.352 79 S 0.004 0.003 0.138 0.082 0.145 0.048 0.038 0.542 80 F 0.007 0.003 0.107 0.341 0.224 0.039 0.054 0.226 81 R 0.018 0.017 0.249 0.154 0.151 0.051 0.085 0.275 82 L 0.024 0.094 0.115 0.078 0.098 0.078 0.057 0.456 83 D 0.039 0.260 0.117 0.074 0.073 0.055 0.035 0.347 84 T 0.056 0.544 0.098 0.032 0.036 0.035 0.080 0.118 85 V 0.145 0.581 0.039 0.014 0.016 0.025 0.060 0.120 86 D 0.175 0.120 0.030 0.015 0.013 0.028 0.518 0.102 87 E 0.040 0.283 0.011 0.008 0.010 0.068 0.153 0.428 88 E 0.063 0.142 0.025 0.011 0.024 0.105 0.068 0.563 89 L 0.050 0.029 0.017 0.023 0.019 0.134 0.152 0.577 90 T 0.265 0.087 0.008 0.009 0.013 0.061 0.221 0.336 91 A 0.167 0.052 0.007 0.010 0.019 0.101 0.026 0.618 92 D 0.069 0.015 0.015 0.026 0.044 0.144 0.027 0.659 93 T 0.009 0.005 0.028 0.042 0.105 0.140 0.063 0.608 94 L 0.043 0.001 0.026 0.015 0.040 0.115 0.032 0.726 95 K 0.732 0.003 0.009 0.036 0.014 0.033 0.053 0.119 96 P 0.010 0.001 0.004 0.005 0.011 0.073 0.004 0.892 97 G 0.008 0.001 0.019 0.012 0.095 0.101 0.011 0.751 98 A 0.007 0.002 0.039 0.281 0.313 0.091 0.037 0.229 99 S 0.010 0.003 0.057 0.110 0.115 0.103 0.038 0.563 100 V 0.066 0.017 0.069 0.256 0.171 0.068 0.060 0.293 101 E 0.040 0.028 0.076 0.062 0.143 0.092 0.059 0.500 102 G 0.014 0.022 0.118 0.119 0.299 0.063 0.073 0.293 103 D 0.007 0.007 0.152 0.287 0.394 0.035 0.042 0.076 104 A 0.007 0.005 0.140 0.246 0.404 0.031 0.055 0.112 105 I 0.007 0.004 0.172 0.279 0.410 0.026 0.024 0.078 106 F 0.010 0.005 0.127 0.237 0.444 0.042 0.035 0.101 107 A 0.036 0.013 0.075 0.114 0.198 0.126 0.044 0.395 108 S 0.090 0.039 0.040 0.081 0.099 0.142 0.073 0.435 109 E 0.071 0.089 0.009 0.011 0.018 0.090 0.054 0.658 110 D 0.200 0.397 0.007 0.007 0.014 0.064 0.077 0.234 111 D 0.046 0.176 0.026 0.037 0.042 0.107 0.123 0.442 112 A 0.149 0.194 0.013 0.047 0.076 0.077 0.063 0.381 113 V 0.123 0.068 0.031 0.038 0.074 0.099 0.180 0.387 114 Y 0.018 0.024 0.047 0.066 0.143 0.151 0.075 0.476 115 G 0.108 0.042 0.021 0.069 0.144 0.071 0.082 0.462 116 A 0.019 0.016 0.019 0.055 0.066 0.110 0.032 0.684 117 S 0.005 0.008 0.151 0.151 0.501 0.049 0.029 0.106 118 L 0.005 0.007 0.072 0.143 0.380 0.038 0.086 0.270 119 V 0.004 0.006 0.193 0.383 0.224 0.027 0.050 0.112 120 R 0.016 0.008 0.176 0.276 0.274 0.040 0.048 0.162 121 L 0.072 0.014 0.064 0.098 0.103 0.085 0.074 0.491 122 S 0.135 0.023 0.063 0.043 0.052 0.084 0.065 0.536 123 D 0.083 0.013 0.022 0.025 0.038 0.102 0.040 0.679 124 R 0.048 0.012 0.014 0.025 0.037 0.095 0.047 0.722 125 C 0.057 0.017 0.013 0.033 0.042 0.103 0.060 0.676 126 K 0.075 0.020 0.015 0.045 0.069 0.109 0.059 0.607