# TARGET T0574 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0574.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.57718 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.281 0.087 0.049 0.108 0.095 0.095 0.119 0.070 0.050 0.029 0.018 2 K 0.126 0.114 0.070 0.161 0.155 0.115 0.109 0.058 0.048 0.029 0.016 3 N 0.082 0.112 0.093 0.195 0.164 0.121 0.120 0.051 0.036 0.017 0.009 4 A 0.021 0.024 0.048 0.085 0.113 0.136 0.203 0.132 0.117 0.073 0.047 5 M 0.006 0.016 0.043 0.087 0.118 0.144 0.206 0.151 0.118 0.068 0.041 6 A 0.002 0.007 0.040 0.048 0.057 0.095 0.196 0.189 0.163 0.128 0.075 7 L 0.001 0.003 0.026 0.019 0.024 0.045 0.123 0.174 0.213 0.216 0.157 8 T 0.001 0.002 0.021 0.014 0.018 0.041 0.116 0.191 0.227 0.220 0.151 9 L 0.001 0.003 0.035 0.021 0.028 0.062 0.154 0.177 0.205 0.205 0.110 10 A 0.001 0.002 0.020 0.010 0.015 0.037 0.125 0.195 0.238 0.215 0.142 11 G 0.002 0.003 0.029 0.016 0.019 0.045 0.130 0.137 0.234 0.236 0.150 12 L 0.001 0.001 0.010 0.004 0.006 0.014 0.055 0.105 0.234 0.267 0.304 13 L 0.002 0.004 0.021 0.013 0.019 0.044 0.135 0.176 0.232 0.194 0.161 14 A 0.002 0.005 0.027 0.016 0.023 0.043 0.136 0.179 0.222 0.202 0.145 15 A 0.002 0.004 0.018 0.013 0.017 0.034 0.118 0.147 0.210 0.229 0.208 16 P 0.005 0.006 0.019 0.020 0.026 0.048 0.127 0.153 0.227 0.211 0.158 17 S 0.007 0.012 0.031 0.044 0.060 0.105 0.197 0.179 0.161 0.117 0.086 18 L 0.009 0.014 0.034 0.044 0.048 0.073 0.140 0.140 0.173 0.178 0.146 19 G 0.007 0.007 0.018 0.026 0.026 0.051 0.123 0.144 0.205 0.198 0.195 20 F 0.016 0.021 0.035 0.073 0.076 0.088 0.143 0.127 0.158 0.133 0.130 21 A 0.004 0.006 0.012 0.017 0.018 0.051 0.110 0.119 0.215 0.220 0.228 22 A 0.059 0.096 0.084 0.209 0.181 0.104 0.109 0.058 0.044 0.035 0.022 23 A 0.007 0.007 0.009 0.019 0.018 0.035 0.095 0.147 0.189 0.215 0.258 24 P 0.120 0.124 0.055 0.171 0.146 0.100 0.093 0.055 0.052 0.047 0.039 25 D 0.156 0.214 0.069 0.165 0.113 0.085 0.085 0.041 0.033 0.024 0.015 26 A 0.105 0.091 0.036 0.204 0.194 0.163 0.103 0.045 0.032 0.017 0.010 27 V 0.002 0.002 0.003 0.006 0.008 0.016 0.055 0.125 0.212 0.288 0.285 28 M 0.006 0.033 0.035 0.175 0.190 0.173 0.168 0.097 0.061 0.042 0.021 29 V 0.001 0.001 0.006 0.005 0.005 0.011 0.043 0.120 0.222 0.299 0.287 30 F 0.004 0.014 0.032 0.085 0.090 0.091 0.190 0.141 0.150 0.128 0.075 31 A 0.001 0.002 0.007 0.009 0.009 0.023 0.072 0.127 0.227 0.264 0.259 32 R 0.024 0.047 0.081 0.240 0.260 0.126 0.108 0.048 0.032 0.023 0.011 33 Q 0.058 0.093 0.066 0.122 0.121 0.135 0.182 0.094 0.059 0.045 0.026 34 G 0.302 0.207 0.054 0.162 0.100 0.056 0.050 0.028 0.019 0.014 0.008 35 D 0.401 0.213 0.046 0.101 0.073 0.051 0.052 0.027 0.018 0.011 0.007 36 K 0.336 0.266 0.060 0.165 0.092 0.036 0.022 0.011 0.006 0.004 0.002 37 G 0.173 0.087 0.032 0.090 0.094 0.116 0.159 0.110 0.073 0.041 0.026 38 S 0.028 0.059 0.038 0.112 0.111 0.099 0.156 0.119 0.120 0.097 0.060 39 V 0.012 0.017 0.019 0.035 0.041 0.076 0.168 0.170 0.190 0.150 0.120 40 S 0.090 0.144 0.118 0.214 0.163 0.082 0.075 0.041 0.033 0.028 0.013 41 V 0.031 0.033 0.023 0.057 0.063 0.094 0.153 0.149 0.150 0.131 0.116 42 G 0.355 0.263 0.054 0.129 0.084 0.037 0.030 0.019 0.013 0.010 0.006 43 D 0.321 0.241 0.051 0.125 0.095 0.055 0.052 0.029 0.017 0.011 0.005 44 K 0.364 0.181 0.065 0.137 0.104 0.056 0.040 0.024 0.015 0.009 0.004 45 H 0.273 0.123 0.075 0.153 0.106 0.093 0.092 0.040 0.025 0.014 0.006 46 F 0.080 0.101 0.100 0.169 0.128 0.136 0.124 0.064 0.051 0.035 0.014 47 R 0.025 0.040 0.056 0.101 0.102 0.155 0.221 0.124 0.091 0.055 0.029 48 T 0.067 0.099 0.168 0.238 0.176 0.106 0.068 0.031 0.023 0.017 0.006 49 Q 0.064 0.064 0.129 0.133 0.121 0.174 0.158 0.063 0.047 0.030 0.017 50 A 0.083 0.155 0.124 0.321 0.188 0.070 0.035 0.011 0.007 0.004 0.002 51 F 0.003 0.003 0.008 0.010 0.015 0.036 0.099 0.175 0.226 0.206 0.219 52 K 0.057 0.188 0.143 0.376 0.206 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 53 V 0.003 0.004 0.012 0.012 0.011 0.029 0.074 0.084 0.230 0.270 0.271 54 R 0.028 0.086 0.067 0.360 0.313 0.072 0.043 0.012 0.011 0.006 0.002 55 L 0.002 0.004 0.008 0.009 0.007 0.018 0.060 0.103 0.258 0.282 0.249 56 V 0.011 0.036 0.067 0.248 0.244 0.127 0.118 0.052 0.049 0.034 0.015 57 N 0.014 0.029 0.053 0.059 0.057 0.079 0.180 0.152 0.173 0.123 0.080 58 A 0.041 0.079 0.075 0.182 0.164 0.112 0.128 0.071 0.062 0.059 0.027 59 A 0.031 0.046 0.040 0.075 0.058 0.096 0.185 0.128 0.141 0.115 0.084 60 K 0.103 0.206 0.079 0.269 0.191 0.066 0.040 0.021 0.012 0.009 0.003 61 S 0.365 0.194 0.081 0.123 0.088 0.059 0.052 0.019 0.009 0.006 0.003 62 E 0.133 0.236 0.049 0.306 0.156 0.067 0.033 0.010 0.006 0.002 0.001 63 I 0.007 0.004 0.004 0.007 0.010 0.026 0.094 0.149 0.230 0.203 0.265 64 S 0.075 0.265 0.121 0.337 0.170 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 65 L 0.002 0.005 0.010 0.016 0.014 0.039 0.069 0.082 0.224 0.209 0.330 66 K 0.116 0.245 0.082 0.313 0.176 0.033 0.020 0.005 0.005 0.003 0.001 67 N 0.153 0.207 0.072 0.215 0.173 0.077 0.058 0.022 0.014 0.006 0.003 68 S 0.010 0.023 0.032 0.097 0.146 0.161 0.169 0.131 0.111 0.074 0.045 69 C 0.004 0.014 0.027 0.070 0.073 0.105 0.226 0.166 0.156 0.104 0.054 70 L 0.001 0.003 0.016 0.021 0.025 0.040 0.114 0.175 0.235 0.234 0.136 71 V 0.003 0.018 0.077 0.220 0.246 0.115 0.140 0.080 0.056 0.031 0.013 72 A 0.001 0.003 0.008 0.009 0.009 0.023 0.086 0.132 0.259 0.252 0.220 73 Q 0.008 0.017 0.029 0.074 0.077 0.107 0.218 0.144 0.145 0.115 0.064 74 S 0.038 0.058 0.093 0.159 0.150 0.130 0.164 0.099 0.055 0.036 0.017 75 A 0.242 0.200 0.091 0.157 0.107 0.071 0.060 0.030 0.019 0.015 0.006 76 A 0.342 0.338 0.048 0.106 0.062 0.035 0.035 0.016 0.009 0.006 0.002 77 G 0.492 0.181 0.028 0.094 0.062 0.046 0.041 0.027 0.015 0.009 0.005 78 Q 0.233 0.177 0.087 0.148 0.119 0.096 0.073 0.031 0.019 0.012 0.006 79 S 0.180 0.200 0.093 0.274 0.145 0.056 0.032 0.011 0.005 0.002 0.001 80 F 0.005 0.004 0.007 0.011 0.013 0.034 0.096 0.126 0.223 0.231 0.249 81 R 0.025 0.098 0.091 0.326 0.251 0.094 0.064 0.022 0.015 0.009 0.004 82 L 0.012 0.027 0.061 0.077 0.081 0.106 0.150 0.120 0.167 0.124 0.076 83 D 0.073 0.077 0.118 0.228 0.200 0.123 0.094 0.031 0.027 0.021 0.008 84 T 0.037 0.052 0.056 0.084 0.072 0.089 0.169 0.144 0.122 0.112 0.062 85 V 0.007 0.017 0.019 0.034 0.037 0.050 0.122 0.185 0.183 0.205 0.142 86 D 0.022 0.132 0.100 0.180 0.165 0.127 0.133 0.060 0.039 0.029 0.012 87 E 0.270 0.113 0.135 0.178 0.126 0.074 0.058 0.023 0.012 0.008 0.003 88 E 0.524 0.110 0.091 0.165 0.070 0.023 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 89 L 0.003 0.006 0.006 0.014 0.015 0.029 0.084 0.150 0.225 0.260 0.209 90 T 0.006 0.073 0.073 0.137 0.131 0.136 0.193 0.096 0.072 0.057 0.026 91 A 0.069 0.129 0.306 0.261 0.135 0.053 0.028 0.010 0.004 0.002 0.001 92 D 0.493 0.104 0.173 0.109 0.049 0.034 0.024 0.006 0.004 0.003 0.001 93 T 0.092 0.107 0.032 0.177 0.190 0.134 0.151 0.054 0.037 0.017 0.008 94 L 0.003 0.004 0.007 0.014 0.013 0.027 0.086 0.102 0.231 0.222 0.291 95 K 0.031 0.187 0.211 0.253 0.192 0.059 0.038 0.014 0.008 0.005 0.002 96 P 0.143 0.468 0.143 0.129 0.059 0.027 0.019 0.008 0.003 0.002 0.001 97 G 0.660 0.121 0.018 0.085 0.046 0.033 0.021 0.008 0.005 0.002 0.001 98 A 0.228 0.152 0.035 0.121 0.123 0.110 0.124 0.047 0.032 0.018 0.011 99 S 0.095 0.178 0.060 0.298 0.226 0.057 0.044 0.021 0.011 0.005 0.003 100 V 0.002 0.003 0.006 0.010 0.011 0.032 0.075 0.099 0.221 0.211 0.330 101 E 0.036 0.214 0.101 0.374 0.224 0.029 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 102 G 0.053 0.064 0.037 0.080 0.099 0.097 0.160 0.134 0.134 0.077 0.065 103 D 0.020 0.037 0.031 0.154 0.200 0.205 0.151 0.063 0.068 0.045 0.023 104 A 0.001 0.001 0.003 0.005 0.005 0.011 0.047 0.145 0.237 0.276 0.271 105 I 0.002 0.007 0.015 0.032 0.047 0.059 0.136 0.205 0.209 0.196 0.093 106 F 0.002 0.008 0.020 0.019 0.021 0.032 0.082 0.137 0.213 0.268 0.197 107 A 0.005 0.007 0.014 0.028 0.036 0.058 0.158 0.165 0.170 0.186 0.174 108 S 0.014 0.015 0.015 0.039 0.048 0.070 0.140 0.175 0.174 0.173 0.138 109 E 0.110 0.278 0.067 0.205 0.159 0.073 0.046 0.029 0.016 0.012 0.006 110 D 0.370 0.125 0.035 0.141 0.118 0.076 0.064 0.033 0.019 0.012 0.007 111 D 0.199 0.161 0.056 0.159 0.141 0.083 0.070 0.040 0.040 0.034 0.017 112 A 0.054 0.077 0.035 0.131 0.118 0.134 0.171 0.107 0.086 0.051 0.036 113 V 0.014 0.020 0.029 0.045 0.040 0.063 0.130 0.112 0.173 0.197 0.177 114 Y 0.012 0.024 0.030 0.087 0.099 0.145 0.185 0.144 0.122 0.090 0.063 115 G 0.080 0.192 0.133 0.264 0.145 0.070 0.049 0.021 0.021 0.015 0.008 116 A 0.006 0.005 0.006 0.017 0.022 0.044 0.087 0.145 0.197 0.217 0.255 117 S 0.055 0.109 0.072 0.228 0.185 0.118 0.106 0.052 0.038 0.026 0.011 118 L 0.010 0.025 0.042 0.100 0.090 0.088 0.144 0.132 0.154 0.132 0.083 119 V 0.004 0.005 0.014 0.020 0.021 0.039 0.100 0.118 0.227 0.231 0.221 120 R 0.015 0.047 0.087 0.197 0.202 0.113 0.129 0.078 0.064 0.050 0.019 121 L 0.005 0.022 0.034 0.042 0.042 0.081 0.152 0.151 0.171 0.173 0.128 122 S 0.032 0.053 0.045 0.156 0.153 0.140 0.173 0.101 0.071 0.051 0.025 123 D 0.448 0.191 0.099 0.092 0.063 0.027 0.031 0.022 0.013 0.010 0.004 124 R 0.308 0.284 0.061 0.167 0.099 0.038 0.024 0.010 0.005 0.003 0.001 125 C 0.036 0.025 0.017 0.044 0.040 0.105 0.166 0.134 0.180 0.138 0.114 126 K 0.443 0.233 0.098 0.144 0.051 0.014 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001