# TARGET T0574 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0574.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.57718 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.052 0.061 0.003 0.017 0.013 0.039 0.083 0.002 0.001 0.003 0.726 2 K 0.044 0.132 0.003 0.016 0.014 0.029 0.182 0.001 0.001 0.006 0.573 3 N 0.071 0.201 0.003 0.007 0.005 0.011 0.134 0.002 0.001 0.005 0.560 4 A 0.069 0.588 0.006 0.008 0.006 0.011 0.039 0.002 0.001 0.002 0.269 5 M 0.018 0.782 0.004 0.005 0.009 0.011 0.034 0.001 0.001 0.001 0.135 6 A 0.012 0.861 0.002 0.003 0.005 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.097 7 L 0.008 0.945 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.037 8 T 0.004 0.971 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 9 L 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 10 A 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 11 G 0.009 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 12 L 0.018 0.956 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.014 13 L 0.027 0.922 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.031 14 A 0.083 0.764 0.029 0.005 0.002 0.003 0.005 0.029 0.001 0.001 0.080 15 A 0.118 0.682 0.035 0.015 0.005 0.006 0.006 0.021 0.001 0.001 0.111 16 P 0.010 0.087 0.007 0.005 0.001 0.002 0.010 0.009 0.001 0.001 0.870 17 S 0.071 0.284 0.037 0.032 0.012 0.022 0.058 0.010 0.001 0.002 0.473 18 L 0.146 0.420 0.017 0.032 0.008 0.011 0.034 0.007 0.001 0.003 0.322 19 G 0.090 0.455 0.015 0.030 0.016 0.026 0.033 0.007 0.001 0.002 0.326 20 F 0.129 0.424 0.012 0.044 0.017 0.032 0.040 0.007 0.001 0.003 0.291 21 A 0.133 0.406 0.007 0.031 0.027 0.032 0.021 0.011 0.001 0.002 0.330 22 A 0.103 0.235 0.019 0.028 0.028 0.044 0.075 0.020 0.001 0.003 0.445 23 A 0.207 0.154 0.020 0.060 0.069 0.080 0.055 0.016 0.001 0.003 0.335 24 P 0.004 0.003 0.001 0.003 0.002 0.004 0.022 0.003 0.001 0.001 0.959 25 D 0.061 0.014 0.005 0.052 0.096 0.130 0.079 0.003 0.001 0.008 0.552 26 A 0.226 0.011 0.007 0.085 0.043 0.054 0.080 0.002 0.001 0.016 0.478 27 V 0.071 0.012 0.012 0.235 0.129 0.133 0.205 0.001 0.001 0.015 0.187 28 M 0.035 0.007 0.003 0.455 0.164 0.181 0.067 0.001 0.001 0.006 0.080 29 V 0.007 0.006 0.001 0.373 0.202 0.284 0.014 0.001 0.001 0.001 0.112 30 F 0.002 0.004 0.001 0.502 0.157 0.268 0.012 0.001 0.001 0.002 0.052 31 A 0.004 0.005 0.001 0.265 0.209 0.336 0.023 0.001 0.001 0.002 0.154 32 R 0.005 0.007 0.001 0.166 0.177 0.307 0.057 0.001 0.001 0.003 0.276 33 Q 0.015 0.003 0.001 0.068 0.055 0.107 0.097 0.001 0.001 0.004 0.649 34 G 0.031 0.002 0.001 0.044 0.047 0.090 0.141 0.001 0.001 0.008 0.636 35 D 0.114 0.003 0.002 0.028 0.028 0.048 0.168 0.001 0.001 0.010 0.599 36 K 0.058 0.004 0.002 0.020 0.018 0.028 0.172 0.001 0.001 0.012 0.685 37 G 0.128 0.007 0.005 0.052 0.108 0.125 0.137 0.002 0.001 0.040 0.397 38 S 0.139 0.006 0.012 0.042 0.071 0.108 0.197 0.001 0.001 0.006 0.417 39 V 0.043 0.005 0.002 0.062 0.258 0.366 0.051 0.001 0.001 0.003 0.210 40 S 0.012 0.005 0.001 0.039 0.205 0.350 0.065 0.001 0.001 0.001 0.321 41 V 0.014 0.005 0.001 0.040 0.210 0.450 0.033 0.001 0.001 0.001 0.245 42 G 0.008 0.006 0.001 0.024 0.068 0.142 0.196 0.001 0.001 0.003 0.554 43 D 0.052 0.005 0.001 0.014 0.039 0.081 0.166 0.001 0.001 0.008 0.632 44 K 0.081 0.014 0.002 0.016 0.039 0.069 0.217 0.001 0.001 0.007 0.553 45 H 0.064 0.022 0.003 0.015 0.040 0.058 0.205 0.001 0.001 0.007 0.586 46 F 0.099 0.061 0.006 0.028 0.106 0.200 0.086 0.002 0.001 0.007 0.404 47 R 0.085 0.092 0.005 0.035 0.116 0.217 0.075 0.003 0.001 0.004 0.369 48 T 0.080 0.091 0.003 0.037 0.131 0.185 0.055 0.003 0.001 0.004 0.411 49 Q 0.070 0.080 0.003 0.045 0.183 0.201 0.061 0.004 0.001 0.007 0.347 50 A 0.086 0.037 0.006 0.047 0.066 0.091 0.147 0.005 0.001 0.004 0.512 51 F 0.120 0.027 0.007 0.098 0.227 0.330 0.048 0.003 0.001 0.007 0.133 52 K 0.058 0.012 0.005 0.221 0.169 0.240 0.061 0.002 0.001 0.004 0.227 53 V 0.009 0.006 0.007 0.222 0.215 0.213 0.037 0.001 0.001 0.001 0.289 54 R 0.004 0.001 0.001 0.392 0.243 0.310 0.013 0.001 0.001 0.001 0.036 55 L 0.004 0.004 0.001 0.302 0.162 0.226 0.030 0.001 0.001 0.001 0.270 56 V 0.006 0.004 0.001 0.578 0.110 0.252 0.007 0.001 0.001 0.004 0.038 57 N 0.011 0.010 0.001 0.213 0.085 0.131 0.223 0.001 0.001 0.008 0.317 58 A 0.030 0.015 0.002 0.243 0.044 0.127 0.094 0.001 0.001 0.012 0.431 59 A 0.014 0.024 0.002 0.051 0.023 0.050 0.459 0.001 0.001 0.020 0.355 60 K 0.197 0.034 0.004 0.021 0.014 0.023 0.375 0.003 0.001 0.039 0.291 61 S 0.289 0.182 0.007 0.018 0.038 0.048 0.118 0.013 0.001 0.013 0.274 62 E 0.159 0.057 0.017 0.020 0.019 0.037 0.047 0.015 0.001 0.008 0.621 63 I 0.128 0.092 0.108 0.062 0.098 0.099 0.083 0.005 0.001 0.005 0.320 64 S 0.040 0.043 0.004 0.052 0.083 0.087 0.104 0.006 0.001 0.008 0.573 65 L 0.048 0.038 0.005 0.078 0.066 0.138 0.049 0.003 0.001 0.003 0.572 66 K 0.017 0.024 0.001 0.090 0.036 0.078 0.368 0.002 0.001 0.006 0.377 67 N 0.181 0.016 0.003 0.041 0.016 0.022 0.218 0.003 0.001 0.020 0.481 68 S 0.255 0.069 0.011 0.093 0.107 0.107 0.110 0.003 0.001 0.015 0.231 69 C 0.103 0.036 0.022 0.142 0.143 0.198 0.138 0.002 0.001 0.012 0.203 70 L 0.034 0.027 0.009 0.116 0.319 0.396 0.023 0.001 0.001 0.005 0.071 71 V 0.009 0.017 0.001 0.061 0.346 0.491 0.015 0.001 0.001 0.001 0.058 72 A 0.004 0.022 0.001 0.033 0.387 0.472 0.009 0.001 0.001 0.001 0.069 73 Q 0.005 0.015 0.001 0.032 0.264 0.592 0.020 0.001 0.001 0.001 0.068 74 S 0.020 0.014 0.001 0.023 0.342 0.408 0.035 0.002 0.001 0.002 0.153 75 A 0.011 0.005 0.001 0.011 0.045 0.106 0.067 0.002 0.001 0.003 0.748 76 A 0.028 0.007 0.002 0.013 0.024 0.043 0.534 0.001 0.001 0.016 0.332 77 G 0.457 0.006 0.004 0.012 0.012 0.018 0.068 0.002 0.001 0.184 0.237 78 Q 0.290 0.009 0.051 0.031 0.046 0.035 0.298 0.002 0.001 0.013 0.225 79 S 0.007 0.001 0.001 0.013 0.010 0.011 0.086 0.001 0.001 0.001 0.871 80 F 0.024 0.002 0.002 0.076 0.226 0.503 0.020 0.001 0.001 0.001 0.145 81 R 0.019 0.003 0.001 0.204 0.173 0.243 0.091 0.001 0.001 0.002 0.265 82 L 0.018 0.003 0.001 0.133 0.116 0.204 0.027 0.001 0.001 0.001 0.495 83 D 0.014 0.004 0.001 0.279 0.177 0.290 0.055 0.001 0.001 0.003 0.177 84 T 0.014 0.003 0.001 0.073 0.058 0.084 0.157 0.001 0.001 0.003 0.607 85 V 0.014 0.015 0.002 0.155 0.070 0.147 0.253 0.001 0.001 0.014 0.330 86 D 0.052 0.025 0.002 0.071 0.033 0.096 0.319 0.001 0.001 0.019 0.382 87 E 0.061 0.096 0.002 0.030 0.025 0.043 0.258 0.001 0.001 0.018 0.465 88 E 0.134 0.147 0.003 0.013 0.012 0.021 0.336 0.004 0.001 0.010 0.320 89 L 0.427 0.250 0.015 0.016 0.019 0.026 0.074 0.011 0.001 0.008 0.152 90 T 0.103 0.549 0.023 0.017 0.048 0.061 0.068 0.011 0.001 0.004 0.116 91 A 0.058 0.251 0.009 0.012 0.024 0.034 0.028 0.016 0.001 0.005 0.563 92 D 0.189 0.228 0.009 0.021 0.059 0.088 0.074 0.030 0.001 0.009 0.294 93 T 0.480 0.074 0.026 0.021 0.015 0.025 0.076 0.024 0.001 0.006 0.254 94 L 0.233 0.085 0.059 0.120 0.057 0.096 0.094 0.007 0.001 0.013 0.236 95 K 0.056 0.032 0.013 0.095 0.080 0.084 0.243 0.004 0.001 0.004 0.390 96 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.997 97 G 0.014 0.004 0.001 0.042 0.112 0.374 0.079 0.001 0.001 0.006 0.367 98 A 0.778 0.003 0.003 0.023 0.022 0.026 0.029 0.001 0.001 0.004 0.111 99 S 0.034 0.004 0.001 0.032 0.059 0.053 0.105 0.001 0.001 0.003 0.710 100 V 0.078 0.006 0.002 0.144 0.191 0.252 0.058 0.001 0.001 0.004 0.265 101 E 0.007 0.003 0.001 0.115 0.061 0.090 0.161 0.001 0.001 0.003 0.558 102 G 0.033 0.003 0.001 0.104 0.177 0.234 0.071 0.001 0.001 0.018 0.357 103 D 0.088 0.004 0.005 0.220 0.168 0.205 0.082 0.001 0.001 0.006 0.221 104 A 0.014 0.002 0.001 0.208 0.260 0.303 0.076 0.001 0.001 0.004 0.132 105 I 0.007 0.002 0.001 0.291 0.223 0.379 0.022 0.001 0.001 0.003 0.072 106 F 0.007 0.004 0.001 0.207 0.241 0.377 0.024 0.001 0.001 0.003 0.137 107 A 0.011 0.006 0.001 0.247 0.200 0.320 0.036 0.001 0.001 0.003 0.174 108 S 0.009 0.006 0.001 0.079 0.183 0.276 0.108 0.001 0.001 0.004 0.334 109 E 0.016 0.001 0.001 0.026 0.018 0.050 0.153 0.001 0.001 0.004 0.729 110 D 0.038 0.003 0.002 0.019 0.012 0.033 0.436 0.001 0.001 0.010 0.448 111 D 0.111 0.006 0.001 0.016 0.010 0.016 0.134 0.001 0.001 0.120 0.585 112 A 0.060 0.009 0.006 0.009 0.006 0.009 0.513 0.001 0.001 0.018 0.369 113 V 0.347 0.040 0.006 0.026 0.020 0.044 0.291 0.002 0.001 0.015 0.209 114 Y 0.151 0.195 0.008 0.039 0.121 0.150 0.087 0.004 0.001 0.009 0.236 115 G 0.052 0.070 0.004 0.053 0.152 0.229 0.053 0.006 0.001 0.007 0.373 116 A 0.105 0.055 0.018 0.072 0.134 0.222 0.039 0.005 0.001 0.003 0.348 117 S 0.018 0.012 0.001 0.081 0.460 0.357 0.032 0.001 0.001 0.003 0.034 118 L 0.018 0.012 0.005 0.089 0.153 0.203 0.056 0.003 0.001 0.002 0.459 119 V 0.010 0.004 0.001 0.321 0.225 0.406 0.007 0.001 0.001 0.002 0.024 120 R 0.009 0.004 0.001 0.146 0.232 0.332 0.045 0.001 0.001 0.001 0.229 121 L 0.004 0.004 0.003 0.181 0.223 0.328 0.026 0.001 0.001 0.002 0.228 122 S 0.012 0.002 0.001 0.090 0.149 0.465 0.048 0.001 0.001 0.001 0.232 123 D 0.013 0.002 0.001 0.037 0.030 0.051 0.145 0.001 0.001 0.011 0.709 124 R 0.017 0.003 0.001 0.012 0.007 0.014 0.436 0.001 0.001 0.008 0.502 125 C 0.294 0.013 0.003 0.028 0.016 0.039 0.231 0.001 0.001 0.038 0.338 126 K 0.102 0.040 0.004 0.019 0.021 0.029 0.205 0.002 0.001 0.020 0.558