# TARGET T0574 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0574.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.57718 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.119 0.084 0.026 0.019 0.040 0.120 0.012 0.579 2 K 0.112 0.136 0.025 0.021 0.032 0.173 0.013 0.487 3 N 0.049 0.203 0.017 0.012 0.016 0.099 0.010 0.593 4 A 0.071 0.395 0.015 0.012 0.020 0.085 0.008 0.394 5 M 0.035 0.691 0.015 0.014 0.017 0.064 0.005 0.159 6 A 0.014 0.827 0.009 0.009 0.013 0.034 0.004 0.090 7 L 0.009 0.943 0.004 0.004 0.006 0.008 0.001 0.024 8 T 0.003 0.978 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.008 9 L 0.004 0.978 0.002 0.002 0.003 0.002 0.002 0.009 10 A 0.004 0.984 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 11 G 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 12 L 0.017 0.956 0.002 0.002 0.003 0.002 0.008 0.010 13 L 0.038 0.926 0.004 0.003 0.003 0.002 0.011 0.013 14 A 0.051 0.855 0.013 0.007 0.005 0.004 0.035 0.031 15 A 0.144 0.546 0.053 0.021 0.021 0.013 0.048 0.155 16 P 0.001 0.014 0.004 0.001 0.002 0.004 0.001 0.973 17 S 0.034 0.180 0.041 0.037 0.061 0.108 0.017 0.521 18 L 0.235 0.332 0.063 0.028 0.040 0.061 0.020 0.221 19 G 0.130 0.464 0.048 0.055 0.055 0.047 0.019 0.181 20 F 0.206 0.255 0.062 0.047 0.069 0.054 0.023 0.284 21 A 0.242 0.275 0.060 0.086 0.089 0.040 0.030 0.177 22 A 0.112 0.190 0.047 0.066 0.086 0.047 0.062 0.389 23 A 0.171 0.051 0.070 0.117 0.129 0.055 0.034 0.373 24 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 25 D 0.014 0.008 0.055 0.137 0.193 0.140 0.011 0.441 26 A 0.159 0.012 0.131 0.072 0.071 0.104 0.019 0.433 27 V 0.116 0.012 0.213 0.123 0.183 0.131 0.009 0.212 28 M 0.040 0.004 0.380 0.256 0.242 0.041 0.003 0.035 29 V 0.007 0.007 0.193 0.311 0.378 0.017 0.002 0.086 30 F 0.002 0.003 0.249 0.257 0.427 0.011 0.002 0.050 31 A 0.006 0.005 0.135 0.328 0.394 0.027 0.003 0.103 32 R 0.012 0.004 0.078 0.203 0.432 0.077 0.006 0.190 33 Q 0.025 0.004 0.060 0.114 0.250 0.084 0.006 0.456 34 G 0.021 0.006 0.026 0.052 0.092 0.114 0.015 0.672 35 D 0.130 0.004 0.020 0.025 0.036 0.158 0.036 0.592 36 K 0.063 0.007 0.032 0.031 0.027 0.159 0.021 0.659 37 G 0.108 0.009 0.066 0.110 0.121 0.180 0.033 0.373 38 S 0.160 0.003 0.079 0.088 0.219 0.155 0.006 0.290 39 V 0.019 0.004 0.066 0.294 0.334 0.050 0.002 0.231 40 S 0.016 0.003 0.039 0.210 0.403 0.084 0.003 0.242 41 V 0.021 0.004 0.039 0.252 0.390 0.038 0.003 0.254 42 G 0.015 0.004 0.021 0.116 0.281 0.141 0.004 0.418 43 D 0.043 0.004 0.012 0.067 0.135 0.161 0.012 0.564 44 K 0.082 0.010 0.016 0.047 0.074 0.181 0.009 0.579 45 H 0.061 0.009 0.013 0.059 0.092 0.256 0.010 0.501 46 F 0.071 0.019 0.031 0.171 0.191 0.128 0.011 0.377 47 R 0.067 0.025 0.036 0.206 0.342 0.086 0.007 0.232 48 T 0.028 0.019 0.032 0.225 0.372 0.056 0.006 0.263 49 Q 0.021 0.015 0.031 0.382 0.392 0.032 0.005 0.123 50 A 0.005 0.004 0.012 0.067 0.105 0.033 0.003 0.771 51 F 0.012 0.006 0.059 0.451 0.365 0.028 0.006 0.073 52 K 0.061 0.003 0.098 0.217 0.337 0.074 0.008 0.203 53 V 0.010 0.002 0.123 0.201 0.255 0.036 0.002 0.372 54 R 0.004 0.001 0.308 0.315 0.319 0.017 0.001 0.034 55 L 0.003 0.004 0.155 0.209 0.298 0.021 0.001 0.309 56 V 0.001 0.002 0.556 0.123 0.274 0.009 0.001 0.034 57 N 0.005 0.018 0.123 0.252 0.243 0.071 0.003 0.285 58 A 0.022 0.020 0.208 0.077 0.322 0.068 0.007 0.276 59 A 0.033 0.025 0.032 0.029 0.092 0.432 0.011 0.346 60 K 0.220 0.065 0.032 0.020 0.050 0.250 0.034 0.329 61 S 0.187 0.229 0.025 0.027 0.025 0.106 0.036 0.366 62 E 0.152 0.053 0.019 0.010 0.015 0.050 0.035 0.666 63 I 0.212 0.164 0.121 0.079 0.075 0.052 0.019 0.278 64 S 0.039 0.083 0.053 0.062 0.119 0.117 0.016 0.511 65 L 0.089 0.106 0.103 0.081 0.165 0.057 0.014 0.386 66 K 0.072 0.057 0.056 0.033 0.062 0.411 0.020 0.289 67 N 0.229 0.038 0.037 0.027 0.025 0.212 0.041 0.392 68 S 0.259 0.110 0.106 0.040 0.037 0.139 0.030 0.279 69 C 0.112 0.051 0.181 0.093 0.186 0.188 0.019 0.170 70 L 0.027 0.045 0.111 0.274 0.344 0.060 0.008 0.131 71 V 0.021 0.036 0.080 0.212 0.409 0.052 0.005 0.186 72 A 0.018 0.039 0.101 0.287 0.383 0.038 0.005 0.130 73 Q 0.031 0.040 0.054 0.282 0.366 0.047 0.007 0.173 74 S 0.025 0.034 0.040 0.241 0.401 0.036 0.011 0.212 75 A 0.026 0.021 0.029 0.055 0.126 0.072 0.014 0.658 76 A 0.047 0.014 0.006 0.021 0.028 0.204 0.033 0.647 77 G 0.348 0.018 0.013 0.033 0.015 0.043 0.244 0.285 78 Q 0.634 0.003 0.064 0.031 0.046 0.152 0.011 0.060 79 S 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.001 0.989 80 F 0.007 0.002 0.089 0.266 0.490 0.031 0.002 0.113 81 R 0.030 0.001 0.098 0.107 0.166 0.055 0.002 0.541 82 L 0.005 0.003 0.120 0.159 0.275 0.028 0.001 0.410 83 D 0.016 0.009 0.210 0.220 0.330 0.063 0.002 0.150 84 T 0.029 0.009 0.080 0.080 0.147 0.157 0.005 0.494 85 V 0.045 0.047 0.113 0.086 0.234 0.160 0.004 0.311 86 D 0.025 0.041 0.022 0.020 0.084 0.511 0.007 0.290 87 E 0.134 0.096 0.012 0.009 0.024 0.287 0.016 0.422 88 E 0.144 0.292 0.007 0.008 0.009 0.162 0.021 0.357 89 L 0.344 0.292 0.015 0.012 0.019 0.056 0.037 0.224 90 T 0.052 0.628 0.034 0.022 0.046 0.045 0.015 0.158 91 A 0.037 0.342 0.023 0.020 0.062 0.034 0.015 0.468 92 D 0.135 0.316 0.019 0.030 0.030 0.056 0.040 0.374 93 T 0.484 0.100 0.018 0.016 0.015 0.040 0.068 0.260 94 L 0.174 0.144 0.209 0.054 0.070 0.040 0.055 0.255 95 K 0.052 0.057 0.071 0.111 0.161 0.210 0.013 0.325 96 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 97 G 0.029 0.026 0.033 0.085 0.122 0.118 0.020 0.567 98 A 0.895 0.001 0.006 0.004 0.004 0.013 0.010 0.067 99 S 0.036 0.006 0.081 0.070 0.056 0.045 0.005 0.700 100 V 0.057 0.007 0.069 0.205 0.333 0.071 0.005 0.252 101 E 0.024 0.003 0.105 0.124 0.152 0.106 0.005 0.482 102 G 0.017 0.004 0.101 0.211 0.257 0.090 0.009 0.311 103 D 0.081 0.002 0.223 0.151 0.278 0.116 0.006 0.143 104 A 0.009 0.002 0.172 0.377 0.346 0.027 0.002 0.065 105 I 0.006 0.001 0.153 0.260 0.527 0.016 0.001 0.035 106 F 0.004 0.001 0.168 0.373 0.393 0.014 0.001 0.046 107 A 0.008 0.002 0.172 0.195 0.504 0.027 0.001 0.090 108 S 0.006 0.002 0.086 0.237 0.405 0.051 0.003 0.209 109 E 0.018 0.002 0.037 0.036 0.125 0.127 0.007 0.648 110 D 0.040 0.003 0.018 0.025 0.068 0.278 0.011 0.557 111 D 0.066 0.004 0.010 0.012 0.023 0.173 0.013 0.700 112 A 0.037 0.010 0.007 0.009 0.015 0.605 0.011 0.305 113 V 0.245 0.062 0.023 0.027 0.053 0.261 0.021 0.309 114 Y 0.186 0.121 0.031 0.096 0.164 0.143 0.008 0.250 115 G 0.055 0.050 0.023 0.165 0.201 0.083 0.024 0.399 116 A 0.114 0.030 0.086 0.141 0.300 0.071 0.013 0.245 117 S 0.022 0.017 0.037 0.478 0.356 0.031 0.005 0.054 118 L 0.010 0.004 0.030 0.121 0.254 0.025 0.002 0.553 119 V 0.007 0.004 0.185 0.341 0.385 0.021 0.002 0.055 120 R 0.006 0.010 0.156 0.346 0.252 0.022 0.002 0.207 121 L 0.004 0.010 0.171 0.204 0.415 0.022 0.002 0.171 122 S 0.010 0.011 0.093 0.102 0.312 0.098 0.004 0.371 123 D 0.034 0.012 0.034 0.042 0.085 0.110 0.010 0.673 124 R 0.080 0.011 0.011 0.010 0.018 0.492 0.014 0.365 125 C 0.322 0.036 0.018 0.018 0.023 0.180 0.029 0.374 126 K 0.089 0.122 0.046 0.052 0.057 0.163 0.016 0.455