# TARGET T0574 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0574.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.57718 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.523 0.079 0.132 0.160 0.034 0.025 0.025 0.003 0.016 0.004 0.001 2 K 0.860 0.017 0.073 0.032 0.005 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 3 N 0.919 0.009 0.020 0.029 0.006 0.009 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 4 A 0.969 0.007 0.009 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 M 0.991 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 A 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.975 0.001 0.001 0.019 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.825 0.003 0.001 0.165 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.864 0.016 0.014 0.043 0.004 0.021 0.013 0.001 0.025 0.001 0.001 16 P 0.894 0.001 0.020 0.069 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 17 S 0.792 0.014 0.013 0.158 0.005 0.008 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 18 L 0.669 0.050 0.044 0.190 0.013 0.018 0.007 0.001 0.008 0.001 0.001 19 G 0.526 0.070 0.051 0.222 0.078 0.014 0.025 0.003 0.004 0.006 0.001 20 F 0.343 0.223 0.089 0.212 0.079 0.021 0.018 0.001 0.012 0.001 0.001 21 A 0.216 0.335 0.192 0.076 0.100 0.028 0.024 0.003 0.022 0.003 0.001 22 A 0.210 0.201 0.350 0.108 0.025 0.073 0.012 0.002 0.019 0.001 0.001 23 A 0.038 0.305 0.392 0.011 0.046 0.038 0.007 0.001 0.161 0.002 0.001 24 P 0.397 0.012 0.475 0.055 0.005 0.021 0.006 0.001 0.003 0.001 0.024 25 D 0.157 0.088 0.141 0.328 0.052 0.026 0.144 0.038 0.020 0.005 0.001 26 A 0.250 0.149 0.255 0.139 0.056 0.038 0.064 0.023 0.020 0.004 0.002 27 V 0.062 0.679 0.169 0.028 0.041 0.009 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 28 M 0.032 0.668 0.209 0.010 0.035 0.030 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 29 V 0.021 0.729 0.159 0.008 0.029 0.029 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 30 F 0.031 0.655 0.165 0.020 0.057 0.040 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 31 A 0.049 0.519 0.215 0.030 0.116 0.032 0.007 0.002 0.026 0.003 0.001 32 R 0.056 0.514 0.241 0.034 0.084 0.032 0.007 0.001 0.028 0.003 0.001 33 Q 0.129 0.147 0.447 0.112 0.050 0.048 0.032 0.004 0.021 0.009 0.003 34 G 0.061 0.020 0.071 0.033 0.093 0.010 0.070 0.265 0.009 0.368 0.001 35 D 0.096 0.148 0.303 0.217 0.078 0.038 0.061 0.008 0.036 0.014 0.002 36 K 0.163 0.077 0.403 0.209 0.031 0.023 0.059 0.010 0.012 0.008 0.006 37 G 0.081 0.057 0.125 0.041 0.180 0.010 0.051 0.309 0.007 0.139 0.001 38 S 0.050 0.494 0.251 0.047 0.104 0.027 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 39 V 0.021 0.677 0.211 0.014 0.044 0.016 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 40 S 0.029 0.575 0.252 0.014 0.063 0.037 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 41 V 0.111 0.361 0.307 0.068 0.074 0.045 0.006 0.001 0.025 0.002 0.002 42 G 0.099 0.039 0.071 0.043 0.164 0.017 0.070 0.209 0.009 0.281 0.001 43 D 0.116 0.105 0.179 0.263 0.088 0.050 0.138 0.023 0.022 0.014 0.001 44 K 0.183 0.309 0.246 0.094 0.051 0.032 0.050 0.009 0.019 0.005 0.001 45 H 0.186 0.284 0.288 0.080 0.050 0.059 0.019 0.004 0.027 0.002 0.002 46 F 0.145 0.444 0.196 0.061 0.071 0.043 0.011 0.002 0.025 0.001 0.001 47 R 0.141 0.458 0.165 0.073 0.067 0.051 0.014 0.001 0.028 0.001 0.001 48 T 0.073 0.539 0.167 0.054 0.109 0.027 0.007 0.001 0.022 0.001 0.001 49 Q 0.130 0.432 0.217 0.075 0.082 0.029 0.017 0.002 0.012 0.003 0.001 50 A 0.034 0.642 0.178 0.052 0.060 0.013 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 51 F 0.007 0.754 0.073 0.008 0.140 0.006 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 52 K 0.012 0.552 0.307 0.008 0.026 0.048 0.008 0.001 0.037 0.001 0.001 53 V 0.003 0.864 0.091 0.002 0.024 0.006 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 54 R 0.011 0.676 0.166 0.003 0.032 0.091 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 55 L 0.034 0.614 0.177 0.015 0.037 0.100 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 56 V 0.080 0.693 0.060 0.040 0.086 0.019 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 57 N 0.059 0.120 0.228 0.091 0.112 0.141 0.126 0.007 0.103 0.011 0.001 58 A 0.585 0.052 0.120 0.142 0.031 0.023 0.020 0.009 0.008 0.008 0.002 59 A 0.457 0.087 0.107 0.239 0.050 0.014 0.020 0.003 0.008 0.013 0.001 60 K 0.507 0.097 0.137 0.162 0.038 0.023 0.016 0.004 0.010 0.003 0.002 61 S 0.394 0.132 0.197 0.125 0.050 0.017 0.063 0.006 0.009 0.006 0.001 62 E 0.273 0.177 0.271 0.135 0.040 0.042 0.033 0.005 0.021 0.001 0.002 63 I 0.055 0.670 0.207 0.014 0.016 0.014 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 64 S 0.098 0.201 0.319 0.019 0.021 0.258 0.007 0.001 0.074 0.001 0.002 65 L 0.491 0.130 0.160 0.126 0.025 0.048 0.005 0.001 0.009 0.002 0.001 66 K 0.396 0.102 0.075 0.313 0.041 0.019 0.034 0.003 0.012 0.005 0.001 67 N 0.137 0.069 0.071 0.199 0.084 0.033 0.318 0.059 0.017 0.013 0.001 68 S 0.177 0.341 0.238 0.115 0.060 0.020 0.026 0.004 0.016 0.003 0.001 69 C 0.108 0.536 0.200 0.037 0.063 0.030 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 70 L 0.083 0.528 0.236 0.022 0.059 0.049 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 71 V 0.091 0.658 0.138 0.019 0.041 0.034 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 72 A 0.120 0.397 0.253 0.049 0.066 0.064 0.005 0.001 0.042 0.001 0.001 73 Q 0.088 0.492 0.211 0.092 0.052 0.036 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 74 S 0.048 0.173 0.472 0.017 0.101 0.042 0.021 0.004 0.095 0.026 0.001 75 A 0.671 0.022 0.222 0.039 0.009 0.013 0.005 0.003 0.003 0.004 0.008 76 A 0.143 0.036 0.104 0.576 0.016 0.011 0.092 0.009 0.010 0.003 0.001 77 G 0.024 0.008 0.029 0.018 0.067 0.004 0.098 0.637 0.003 0.112 0.001 78 Q 0.139 0.237 0.473 0.083 0.028 0.017 0.010 0.001 0.010 0.002 0.001 79 S 0.041 0.637 0.182 0.050 0.055 0.017 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 80 F 0.013 0.748 0.099 0.013 0.088 0.019 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 81 R 0.017 0.650 0.210 0.014 0.044 0.040 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 82 L 0.033 0.656 0.224 0.010 0.036 0.019 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 83 D 0.101 0.151 0.362 0.062 0.042 0.184 0.029 0.003 0.059 0.003 0.003 84 T 0.219 0.344 0.099 0.078 0.182 0.034 0.016 0.007 0.013 0.008 0.001 85 V 0.447 0.251 0.147 0.070 0.035 0.031 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 86 D 0.320 0.097 0.220 0.069 0.068 0.107 0.039 0.005 0.066 0.008 0.002 87 E 0.925 0.006 0.040 0.017 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 88 E 0.892 0.019 0.029 0.038 0.004 0.009 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 89 L 0.677 0.041 0.060 0.164 0.006 0.032 0.010 0.001 0.008 0.001 0.001 90 T 0.623 0.105 0.117 0.094 0.017 0.018 0.009 0.001 0.017 0.001 0.001 91 A 0.792 0.019 0.076 0.076 0.010 0.009 0.012 0.002 0.003 0.001 0.001 92 D 0.407 0.038 0.056 0.293 0.030 0.018 0.096 0.043 0.015 0.004 0.001 93 T 0.286 0.213 0.212 0.214 0.016 0.027 0.016 0.002 0.013 0.001 0.001 94 L 0.193 0.212 0.381 0.111 0.014 0.050 0.012 0.001 0.022 0.001 0.002 95 K 0.013 0.385 0.379 0.002 0.046 0.006 0.001 0.001 0.166 0.002 0.001 96 P 0.059 0.001 0.863 0.014 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.051 97 G 0.007 0.003 0.015 0.004 0.024 0.003 0.031 0.864 0.003 0.047 0.001 98 A 0.073 0.305 0.488 0.044 0.051 0.016 0.003 0.001 0.014 0.002 0.001 99 S 0.049 0.200 0.592 0.044 0.029 0.044 0.013 0.002 0.018 0.004 0.005 100 V 0.034 0.715 0.149 0.025 0.044 0.022 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 101 E 0.022 0.640 0.175 0.049 0.083 0.013 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 102 G 0.014 0.117 0.124 0.006 0.517 0.009 0.019 0.073 0.008 0.112 0.001 103 D 0.043 0.394 0.356 0.022 0.060 0.065 0.012 0.001 0.043 0.001 0.002 104 A 0.014 0.752 0.116 0.011 0.074 0.019 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 105 I 0.015 0.776 0.125 0.008 0.038 0.020 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 106 F 0.019 0.600 0.209 0.016 0.064 0.048 0.003 0.001 0.039 0.001 0.001 107 A 0.036 0.590 0.156 0.049 0.104 0.039 0.005 0.001 0.017 0.002 0.001 108 S 0.033 0.270 0.324 0.017 0.247 0.033 0.010 0.003 0.035 0.027 0.001 109 E 0.511 0.084 0.215 0.080 0.042 0.033 0.008 0.005 0.007 0.010 0.005 110 D 0.173 0.085 0.126 0.305 0.041 0.062 0.132 0.007 0.062 0.007 0.002 111 D 0.759 0.026 0.072 0.079 0.013 0.015 0.017 0.010 0.003 0.002 0.002 112 A 0.643 0.116 0.101 0.078 0.017 0.017 0.017 0.002 0.007 0.001 0.001 113 V 0.373 0.214 0.211 0.130 0.012 0.035 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 114 Y 0.218 0.221 0.184 0.219 0.060 0.023 0.049 0.001 0.024 0.001 0.001 115 G 0.077 0.050 0.086 0.095 0.194 0.022 0.165 0.224 0.010 0.077 0.001 116 A 0.068 0.534 0.272 0.041 0.054 0.012 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 117 S 0.043 0.707 0.118 0.017 0.088 0.016 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 118 L 0.038 0.544 0.283 0.021 0.042 0.045 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 119 V 0.016 0.782 0.131 0.007 0.025 0.016 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 120 R 0.031 0.436 0.362 0.008 0.033 0.072 0.002 0.001 0.055 0.001 0.001 121 L 0.097 0.330 0.359 0.046 0.038 0.094 0.003 0.001 0.030 0.001 0.001 122 S 0.269 0.196 0.253 0.084 0.093 0.042 0.013 0.004 0.031 0.015 0.001 123 D 0.500 0.065 0.123 0.167 0.055 0.025 0.035 0.010 0.009 0.010 0.002 124 R 0.201 0.079 0.086 0.364 0.047 0.032 0.126 0.034 0.018 0.013 0.001 125 C 0.209 0.175 0.254 0.213 0.046 0.025 0.039 0.007 0.024 0.008 0.001 126 K 0.378 0.091 0.230 0.130 0.041 0.035 0.050 0.018 0.013 0.011 0.002