# TARGET T0574 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0574.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.57718 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.057 0.060 0.027 0.010 0.081 0.009 0.013 0.540 0.115 0.061 0.027 2 K 0.012 0.033 0.013 0.004 0.022 0.011 0.017 0.788 0.082 0.013 0.005 3 N 0.010 0.015 0.007 0.002 0.014 0.003 0.011 0.847 0.064 0.020 0.005 4 A 0.004 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.929 0.046 0.005 0.002 5 M 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.962 0.027 0.001 0.001 6 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.016 0.001 0.001 7 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.017 0.001 0.001 8 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.019 0.001 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.973 0.023 0.001 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.952 0.039 0.001 0.001 11 G 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.924 0.051 0.003 0.001 12 L 0.009 0.004 0.001 0.001 0.008 0.002 0.023 0.858 0.080 0.010 0.005 13 L 0.016 0.019 0.007 0.003 0.025 0.009 0.064 0.708 0.116 0.024 0.009 14 A 0.044 0.043 0.018 0.008 0.044 0.017 0.099 0.487 0.119 0.091 0.031 15 A 0.069 0.123 0.058 0.016 0.111 0.018 0.050 0.359 0.101 0.060 0.036 16 P 0.057 0.079 0.030 0.013 0.080 0.029 0.073 0.392 0.146 0.069 0.032 17 S 0.072 0.055 0.022 0.012 0.085 0.020 0.067 0.353 0.154 0.117 0.044 18 L 0.102 0.070 0.025 0.016 0.109 0.025 0.040 0.298 0.155 0.099 0.061 19 G 0.076 0.141 0.058 0.020 0.136 0.034 0.061 0.235 0.129 0.073 0.036 20 F 0.136 0.101 0.027 0.013 0.190 0.018 0.040 0.144 0.114 0.140 0.078 21 A 0.116 0.172 0.045 0.013 0.247 0.021 0.044 0.114 0.092 0.079 0.056 22 A 0.166 0.127 0.092 0.026 0.181 0.044 0.105 0.067 0.057 0.090 0.045 23 A 0.138 0.226 0.224 0.044 0.183 0.025 0.028 0.029 0.026 0.042 0.034 24 P 0.071 0.140 0.101 0.170 0.099 0.108 0.095 0.058 0.087 0.049 0.023 25 D 0.051 0.068 0.084 0.131 0.068 0.087 0.104 0.082 0.105 0.177 0.045 26 A 0.138 0.124 0.018 0.012 0.178 0.016 0.077 0.051 0.059 0.242 0.084 27 V 0.220 0.075 0.005 0.001 0.652 0.003 0.008 0.010 0.005 0.006 0.013 28 M 0.201 0.060 0.003 0.001 0.700 0.005 0.010 0.006 0.003 0.002 0.009 29 V 0.345 0.043 0.004 0.001 0.583 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 30 F 0.271 0.111 0.015 0.007 0.467 0.009 0.008 0.004 0.002 0.017 0.090 31 A 0.281 0.136 0.046 0.014 0.314 0.006 0.009 0.009 0.007 0.040 0.139 32 R 0.105 0.203 0.163 0.079 0.206 0.045 0.052 0.033 0.023 0.043 0.049 33 Q 0.054 0.162 0.102 0.158 0.103 0.092 0.100 0.065 0.074 0.061 0.028 34 G 0.038 0.062 0.114 0.262 0.035 0.096 0.052 0.056 0.065 0.180 0.041 35 D 0.071 0.101 0.129 0.083 0.150 0.039 0.041 0.076 0.068 0.174 0.069 36 K 0.088 0.187 0.077 0.052 0.109 0.044 0.080 0.088 0.124 0.103 0.048 37 G 0.052 0.135 0.131 0.091 0.094 0.054 0.049 0.049 0.064 0.200 0.080 38 S 0.179 0.219 0.042 0.010 0.419 0.005 0.013 0.019 0.019 0.035 0.040 39 V 0.185 0.208 0.047 0.006 0.452 0.011 0.011 0.015 0.013 0.016 0.035 40 S 0.263 0.171 0.081 0.016 0.344 0.015 0.022 0.016 0.006 0.013 0.053 41 V 0.109 0.159 0.083 0.099 0.126 0.054 0.066 0.077 0.061 0.077 0.087 42 G 0.023 0.077 0.117 0.402 0.033 0.102 0.049 0.056 0.037 0.084 0.021 43 D 0.074 0.119 0.082 0.061 0.142 0.020 0.019 0.089 0.089 0.234 0.071 44 K 0.082 0.146 0.054 0.012 0.157 0.018 0.027 0.218 0.157 0.088 0.041 45 H 0.115 0.156 0.046 0.013 0.207 0.023 0.046 0.202 0.092 0.059 0.041 46 F 0.165 0.170 0.045 0.018 0.236 0.025 0.044 0.125 0.071 0.050 0.050 47 R 0.163 0.138 0.058 0.023 0.187 0.033 0.043 0.122 0.067 0.099 0.065 48 T 0.204 0.184 0.064 0.012 0.300 0.016 0.019 0.084 0.049 0.035 0.033 49 Q 0.104 0.176 0.056 0.011 0.244 0.036 0.081 0.154 0.065 0.039 0.034 50 A 0.316 0.089 0.013 0.006 0.301 0.011 0.048 0.063 0.037 0.058 0.057 51 F 0.193 0.118 0.013 0.004 0.561 0.013 0.018 0.028 0.010 0.014 0.027 52 K 0.287 0.067 0.005 0.003 0.546 0.009 0.032 0.019 0.005 0.007 0.022 53 V 0.286 0.070 0.006 0.001 0.613 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.014 54 R 0.182 0.119 0.008 0.003 0.621 0.006 0.009 0.013 0.003 0.004 0.034 55 L 0.508 0.039 0.004 0.002 0.368 0.001 0.002 0.008 0.003 0.005 0.059 56 V 0.120 0.143 0.028 0.039 0.296 0.093 0.060 0.083 0.032 0.042 0.064 57 N 0.237 0.109 0.051 0.022 0.315 0.017 0.027 0.076 0.044 0.053 0.049 58 A 0.085 0.062 0.036 0.025 0.103 0.042 0.058 0.232 0.184 0.137 0.037 59 A 0.075 0.203 0.078 0.024 0.197 0.026 0.070 0.168 0.076 0.061 0.022 60 K 0.119 0.073 0.028 0.018 0.107 0.024 0.053 0.188 0.153 0.145 0.093 61 S 0.044 0.286 0.128 0.018 0.165 0.026 0.059 0.131 0.067 0.055 0.021 62 E 0.253 0.105 0.015 0.006 0.345 0.007 0.023 0.082 0.043 0.052 0.069 63 I 0.159 0.215 0.033 0.007 0.450 0.012 0.015 0.043 0.021 0.018 0.028 64 S 0.263 0.164 0.034 0.010 0.338 0.016 0.031 0.049 0.009 0.020 0.065 65 L 0.198 0.096 0.048 0.043 0.172 0.031 0.027 0.133 0.092 0.077 0.082 66 K 0.028 0.065 0.052 0.116 0.056 0.136 0.151 0.236 0.094 0.052 0.014 67 N 0.126 0.057 0.032 0.035 0.111 0.021 0.034 0.100 0.079 0.300 0.104 68 S 0.118 0.211 0.061 0.015 0.289 0.025 0.042 0.082 0.040 0.070 0.045 69 C 0.252 0.125 0.014 0.004 0.433 0.009 0.025 0.049 0.026 0.024 0.038 70 L 0.340 0.074 0.007 0.002 0.502 0.004 0.006 0.023 0.016 0.006 0.020 71 V 0.198 0.091 0.012 0.006 0.504 0.021 0.030 0.057 0.020 0.016 0.046 72 A 0.298 0.096 0.023 0.007 0.381 0.005 0.012 0.045 0.019 0.034 0.080 73 Q 0.084 0.170 0.042 0.034 0.259 0.047 0.071 0.069 0.041 0.143 0.039 74 S 0.061 0.273 0.475 0.021 0.107 0.004 0.007 0.021 0.012 0.008 0.009 75 A 0.006 0.007 0.012 0.016 0.006 0.053 0.111 0.443 0.314 0.019 0.011 76 A 0.008 0.403 0.117 0.073 0.026 0.046 0.209 0.046 0.031 0.036 0.004 77 G 0.016 0.003 0.004 0.014 0.005 0.005 0.002 0.005 0.008 0.510 0.429 78 Q 0.020 0.584 0.120 0.005 0.203 0.006 0.020 0.011 0.009 0.014 0.008 79 S 0.421 0.067 0.006 0.002 0.435 0.005 0.008 0.005 0.004 0.005 0.042 80 F 0.168 0.184 0.026 0.010 0.569 0.007 0.007 0.005 0.004 0.004 0.018 81 R 0.258 0.077 0.007 0.002 0.605 0.003 0.004 0.006 0.002 0.004 0.032 82 L 0.268 0.183 0.027 0.006 0.369 0.006 0.005 0.013 0.010 0.017 0.096 83 D 0.125 0.199 0.109 0.033 0.244 0.046 0.060 0.034 0.020 0.071 0.058 84 T 0.136 0.267 0.118 0.014 0.276 0.007 0.014 0.070 0.037 0.035 0.027 85 V 0.087 0.215 0.045 0.023 0.136 0.037 0.033 0.187 0.094 0.087 0.057 86 D 0.097 0.123 0.059 0.013 0.213 0.015 0.016 0.246 0.143 0.047 0.027 87 E 0.009 0.014 0.005 0.002 0.016 0.009 0.025 0.520 0.363 0.033 0.005 88 E 0.019 0.023 0.010 0.003 0.038 0.006 0.038 0.665 0.130 0.062 0.007 89 L 0.067 0.040 0.012 0.005 0.064 0.007 0.042 0.419 0.175 0.142 0.029 90 T 0.058 0.100 0.082 0.023 0.111 0.030 0.032 0.315 0.151 0.072 0.027 91 A 0.007 0.071 0.023 0.014 0.014 0.030 0.096 0.364 0.350 0.027 0.004 92 D 0.012 0.029 0.032 0.015 0.022 0.013 0.076 0.138 0.150 0.479 0.035 93 T 0.074 0.216 0.037 0.003 0.201 0.003 0.024 0.138 0.082 0.181 0.041 94 L 0.096 0.251 0.082 0.009 0.202 0.013 0.027 0.057 0.056 0.125 0.083 95 K 0.025 0.190 0.643 0.036 0.057 0.022 0.008 0.008 0.004 0.004 0.005 96 P 0.007 0.115 0.037 0.051 0.018 0.061 0.321 0.208 0.165 0.011 0.005 97 G 0.015 0.006 0.009 0.017 0.007 0.005 0.007 0.012 0.021 0.749 0.150 98 A 0.025 0.571 0.155 0.003 0.183 0.003 0.006 0.012 0.011 0.017 0.013 99 S 0.325 0.111 0.017 0.003 0.450 0.007 0.007 0.009 0.008 0.013 0.051 100 V 0.337 0.078 0.030 0.048 0.207 0.048 0.023 0.018 0.017 0.036 0.158 101 E 0.072 0.051 0.044 0.204 0.064 0.218 0.223 0.035 0.020 0.038 0.031 102 G 0.081 0.141 0.225 0.212 0.102 0.044 0.018 0.018 0.024 0.095 0.040 103 D 0.160 0.207 0.032 0.018 0.412 0.014 0.027 0.022 0.028 0.042 0.039 104 A 0.298 0.067 0.007 0.001 0.594 0.002 0.004 0.005 0.005 0.003 0.014 105 I 0.201 0.126 0.012 0.005 0.544 0.018 0.019 0.011 0.008 0.007 0.051 106 F 0.367 0.092 0.021 0.006 0.382 0.007 0.012 0.010 0.008 0.022 0.074 107 A 0.118 0.192 0.083 0.055 0.186 0.058 0.040 0.026 0.026 0.126 0.091 108 S 0.104 0.275 0.246 0.032 0.256 0.011 0.011 0.016 0.011 0.017 0.021 109 E 0.027 0.059 0.022 0.022 0.036 0.054 0.112 0.188 0.294 0.160 0.026 110 D 0.065 0.288 0.147 0.014 0.259 0.011 0.013 0.060 0.051 0.068 0.022 111 D 0.040 0.056 0.017 0.007 0.047 0.027 0.048 0.276 0.319 0.137 0.027 112 A 0.030 0.105 0.036 0.009 0.062 0.012 0.094 0.366 0.140 0.127 0.019 113 V 0.281 0.029 0.007 0.012 0.116 0.012 0.017 0.150 0.102 0.132 0.142 114 Y 0.032 0.257 0.181 0.059 0.106 0.088 0.055 0.115 0.052 0.041 0.014 115 G 0.191 0.078 0.034 0.019 0.188 0.020 0.047 0.099 0.042 0.191 0.090 116 A 0.324 0.098 0.016 0.006 0.367 0.007 0.009 0.055 0.035 0.026 0.058 117 S 0.073 0.146 0.024 0.011 0.261 0.079 0.156 0.135 0.047 0.043 0.024 118 L 0.344 0.052 0.006 0.002 0.523 0.002 0.007 0.029 0.015 0.007 0.014 119 V 0.163 0.138 0.016 0.006 0.549 0.013 0.013 0.041 0.019 0.013 0.030 120 R 0.273 0.116 0.025 0.005 0.409 0.009 0.023 0.035 0.010 0.024 0.071 121 L 0.151 0.208 0.053 0.021 0.186 0.016 0.025 0.051 0.046 0.137 0.105 122 S 0.056 0.284 0.214 0.039 0.235 0.021 0.016 0.052 0.041 0.028 0.015 123 D 0.008 0.019 0.013 0.008 0.013 0.020 0.110 0.419 0.360 0.025 0.006 124 R 0.025 0.039 0.025 0.012 0.028 0.014 0.069 0.197 0.128 0.435 0.028 125 C 0.112 0.193 0.067 0.018 0.210 0.011 0.013 0.080 0.064 0.155 0.077 126 K 0.035 0.098 0.067 0.036 0.054 0.057 0.079 0.287 0.174 0.085 0.027