# TARGET T0574 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0574.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.57718 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.184 0.093 0.106 0.135 0.144 0.132 0.088 0.056 0.032 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 2 K 0.183 0.142 0.140 0.163 0.144 0.097 0.059 0.039 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 3 N 0.217 0.161 0.134 0.143 0.122 0.083 0.057 0.043 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 4 A 0.112 0.100 0.107 0.137 0.144 0.148 0.113 0.077 0.034 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 5 M 0.052 0.047 0.070 0.113 0.144 0.170 0.167 0.119 0.061 0.030 0.015 0.007 0.003 0.001 6 A 0.047 0.038 0.055 0.093 0.125 0.176 0.185 0.134 0.076 0.036 0.018 0.010 0.005 0.002 7 L 0.055 0.040 0.053 0.079 0.112 0.161 0.159 0.136 0.093 0.049 0.031 0.019 0.010 0.004 8 T 0.060 0.038 0.054 0.087 0.102 0.149 0.177 0.130 0.093 0.053 0.028 0.018 0.008 0.004 9 L 0.052 0.034 0.047 0.080 0.111 0.160 0.178 0.141 0.093 0.053 0.026 0.016 0.007 0.004 10 A 0.073 0.039 0.048 0.066 0.093 0.145 0.165 0.150 0.105 0.054 0.030 0.018 0.010 0.004 11 G 0.075 0.046 0.059 0.092 0.122 0.157 0.172 0.120 0.075 0.044 0.017 0.011 0.006 0.003 12 L 0.081 0.041 0.052 0.076 0.108 0.155 0.175 0.126 0.090 0.049 0.024 0.014 0.006 0.003 13 L 0.101 0.049 0.062 0.085 0.121 0.164 0.156 0.108 0.076 0.039 0.019 0.011 0.006 0.003 14 A 0.127 0.060 0.070 0.092 0.120 0.139 0.143 0.105 0.067 0.038 0.018 0.011 0.006 0.003 15 A 0.131 0.054 0.064 0.089 0.115 0.148 0.150 0.105 0.064 0.038 0.019 0.012 0.005 0.003 16 P 0.144 0.058 0.067 0.087 0.118 0.139 0.140 0.098 0.071 0.038 0.020 0.013 0.005 0.003 17 S 0.157 0.065 0.079 0.098 0.121 0.130 0.125 0.086 0.062 0.038 0.019 0.012 0.006 0.003 18 L 0.156 0.070 0.071 0.096 0.122 0.131 0.122 0.087 0.064 0.038 0.020 0.013 0.006 0.003 19 G 0.146 0.056 0.073 0.096 0.118 0.141 0.127 0.077 0.069 0.045 0.026 0.015 0.008 0.004 20 F 0.096 0.057 0.071 0.123 0.171 0.150 0.129 0.079 0.060 0.033 0.016 0.009 0.004 0.003 21 A 0.160 0.068 0.079 0.107 0.112 0.140 0.117 0.063 0.057 0.038 0.029 0.016 0.010 0.004 22 A 0.114 0.107 0.126 0.188 0.170 0.109 0.087 0.049 0.029 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 23 A 0.055 0.043 0.066 0.111 0.126 0.171 0.159 0.117 0.066 0.044 0.024 0.010 0.005 0.002 24 P 0.052 0.067 0.095 0.146 0.189 0.167 0.122 0.081 0.045 0.022 0.007 0.004 0.002 0.001 25 D 0.053 0.058 0.092 0.138 0.165 0.131 0.131 0.088 0.058 0.045 0.020 0.010 0.006 0.003 26 A 0.019 0.026 0.050 0.095 0.158 0.178 0.161 0.114 0.088 0.057 0.027 0.014 0.006 0.005 27 V 0.007 0.005 0.009 0.016 0.029 0.057 0.086 0.092 0.152 0.148 0.166 0.122 0.075 0.035 28 M 0.005 0.006 0.012 0.032 0.050 0.067 0.136 0.167 0.163 0.134 0.099 0.068 0.034 0.026 29 V 0.003 0.002 0.003 0.005 0.009 0.023 0.035 0.095 0.133 0.171 0.239 0.140 0.102 0.041 30 F 0.006 0.005 0.009 0.020 0.042 0.056 0.087 0.161 0.161 0.159 0.102 0.092 0.059 0.042 31 A 0.009 0.008 0.010 0.023 0.038 0.058 0.082 0.147 0.155 0.184 0.137 0.085 0.047 0.018 32 R 0.024 0.044 0.071 0.151 0.166 0.171 0.137 0.079 0.083 0.037 0.022 0.010 0.004 0.003 33 Q 0.075 0.099 0.096 0.160 0.156 0.135 0.094 0.055 0.068 0.033 0.022 0.005 0.002 0.001 34 G 0.163 0.224 0.193 0.146 0.101 0.071 0.045 0.029 0.018 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 35 D 0.289 0.261 0.189 0.093 0.066 0.042 0.025 0.017 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 36 K 0.101 0.116 0.150 0.131 0.179 0.112 0.084 0.062 0.035 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 37 G 0.052 0.045 0.058 0.090 0.135 0.136 0.140 0.153 0.078 0.057 0.034 0.012 0.006 0.003 38 S 0.027 0.034 0.045 0.079 0.142 0.141 0.136 0.123 0.098 0.076 0.048 0.028 0.013 0.009 39 V 0.043 0.020 0.026 0.048 0.058 0.086 0.098 0.102 0.121 0.133 0.112 0.092 0.043 0.019 40 S 0.048 0.043 0.066 0.108 0.121 0.117 0.142 0.108 0.099 0.054 0.047 0.030 0.011 0.007 41 V 0.027 0.016 0.022 0.041 0.062 0.131 0.118 0.131 0.132 0.124 0.111 0.050 0.028 0.007 42 G 0.156 0.129 0.133 0.159 0.147 0.099 0.071 0.038 0.032 0.015 0.011 0.006 0.002 0.001 43 D 0.303 0.174 0.144 0.126 0.099 0.054 0.043 0.022 0.016 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 44 K 0.257 0.197 0.167 0.133 0.107 0.063 0.037 0.020 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 45 H 0.229 0.164 0.169 0.129 0.114 0.080 0.057 0.034 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 46 F 0.120 0.082 0.124 0.133 0.202 0.130 0.092 0.068 0.027 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 47 R 0.148 0.113 0.139 0.175 0.173 0.108 0.059 0.038 0.020 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 48 T 0.150 0.121 0.113 0.157 0.158 0.092 0.068 0.056 0.042 0.027 0.008 0.005 0.001 0.001 49 Q 0.070 0.064 0.082 0.139 0.137 0.122 0.102 0.125 0.063 0.052 0.027 0.009 0.006 0.002 50 A 0.042 0.061 0.067 0.128 0.149 0.138 0.111 0.104 0.089 0.061 0.026 0.014 0.006 0.005 51 F 0.009 0.005 0.013 0.026 0.046 0.094 0.118 0.128 0.139 0.174 0.117 0.071 0.044 0.016 52 K 0.010 0.019 0.033 0.090 0.145 0.120 0.132 0.126 0.109 0.089 0.056 0.033 0.019 0.018 53 V 0.003 0.002 0.003 0.006 0.009 0.028 0.049 0.058 0.119 0.169 0.228 0.195 0.087 0.045 54 R 0.004 0.007 0.012 0.033 0.055 0.071 0.112 0.230 0.184 0.121 0.084 0.045 0.027 0.016 55 L 0.002 0.002 0.002 0.005 0.009 0.021 0.038 0.087 0.130 0.176 0.224 0.183 0.085 0.037 56 V 0.004 0.008 0.015 0.029 0.056 0.085 0.126 0.229 0.172 0.132 0.072 0.039 0.021 0.011 57 N 0.015 0.026 0.035 0.065 0.097 0.101 0.109 0.123 0.127 0.118 0.101 0.043 0.020 0.019 58 A 0.016 0.021 0.040 0.072 0.116 0.151 0.167 0.162 0.126 0.063 0.034 0.019 0.007 0.006 59 A 0.023 0.030 0.040 0.074 0.120 0.148 0.149 0.145 0.126 0.078 0.041 0.016 0.009 0.003 60 K 0.099 0.167 0.177 0.189 0.150 0.081 0.060 0.037 0.023 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 61 S 0.296 0.168 0.150 0.121 0.095 0.076 0.043 0.022 0.013 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 62 E 0.141 0.138 0.147 0.178 0.219 0.083 0.042 0.020 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 63 I 0.079 0.046 0.067 0.141 0.166 0.178 0.123 0.108 0.042 0.032 0.010 0.004 0.003 0.001 64 S 0.251 0.198 0.180 0.157 0.114 0.050 0.027 0.012 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 L 0.053 0.027 0.044 0.106 0.154 0.201 0.143 0.102 0.076 0.062 0.021 0.007 0.003 0.001 66 K 0.156 0.175 0.156 0.169 0.158 0.090 0.051 0.022 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 67 N 0.169 0.139 0.152 0.139 0.135 0.094 0.068 0.043 0.027 0.015 0.011 0.004 0.002 0.001 68 S 0.027 0.024 0.041 0.086 0.139 0.182 0.172 0.146 0.088 0.049 0.027 0.012 0.005 0.003 69 C 0.017 0.016 0.028 0.057 0.105 0.131 0.164 0.163 0.138 0.084 0.052 0.027 0.012 0.005 70 L 0.037 0.030 0.035 0.063 0.075 0.106 0.129 0.173 0.130 0.099 0.062 0.036 0.018 0.006 71 V 0.054 0.065 0.095 0.120 0.147 0.138 0.118 0.108 0.065 0.038 0.031 0.013 0.006 0.004 72 A 0.029 0.022 0.037 0.074 0.119 0.152 0.148 0.130 0.117 0.091 0.048 0.021 0.008 0.004 73 Q 0.043 0.058 0.102 0.182 0.198 0.177 0.117 0.055 0.040 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 74 S 0.343 0.200 0.123 0.132 0.093 0.049 0.025 0.014 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 75 A 0.272 0.245 0.171 0.160 0.082 0.034 0.018 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 76 A 0.571 0.240 0.108 0.041 0.019 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 G 0.414 0.227 0.193 0.078 0.056 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.511 0.145 0.110 0.082 0.066 0.043 0.022 0.012 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 79 S 0.187 0.137 0.119 0.157 0.210 0.080 0.045 0.030 0.020 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 80 F 0.067 0.033 0.040 0.083 0.114 0.156 0.140 0.206 0.067 0.056 0.020 0.010 0.005 0.001 81 R 0.125 0.133 0.141 0.187 0.173 0.103 0.062 0.030 0.022 0.011 0.006 0.005 0.001 0.001 82 L 0.042 0.030 0.055 0.102 0.146 0.180 0.138 0.097 0.091 0.070 0.032 0.012 0.003 0.002 83 D 0.143 0.121 0.141 0.165 0.159 0.117 0.064 0.041 0.026 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 84 T 0.198 0.129 0.132 0.146 0.127 0.100 0.060 0.052 0.032 0.012 0.008 0.002 0.001 0.001 85 V 0.073 0.062 0.070 0.165 0.191 0.171 0.098 0.066 0.064 0.024 0.011 0.004 0.001 0.001 86 D 0.264 0.271 0.167 0.152 0.068 0.036 0.022 0.008 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 87 E 0.607 0.269 0.086 0.023 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 E 0.412 0.293 0.188 0.057 0.030 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.099 0.073 0.114 0.151 0.247 0.167 0.080 0.043 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 90 T 0.164 0.144 0.144 0.193 0.184 0.088 0.046 0.019 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 91 A 0.546 0.242 0.105 0.058 0.025 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 D 0.493 0.305 0.124 0.045 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 T 0.223 0.151 0.204 0.133 0.137 0.079 0.042 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 94 L 0.071 0.041 0.057 0.116 0.234 0.207 0.133 0.077 0.036 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 95 K 0.245 0.166 0.175 0.174 0.118 0.058 0.032 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 96 P 0.408 0.159 0.128 0.116 0.089 0.050 0.024 0.011 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 97 G 0.215 0.187 0.174 0.176 0.144 0.053 0.024 0.011 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 98 A 0.264 0.173 0.151 0.161 0.102 0.071 0.037 0.022 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 99 S 0.144 0.131 0.134 0.160 0.171 0.118 0.069 0.036 0.023 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 100 V 0.021 0.018 0.040 0.081 0.136 0.185 0.169 0.162 0.073 0.066 0.028 0.012 0.008 0.002 101 E 0.048 0.083 0.099 0.168 0.178 0.141 0.113 0.078 0.043 0.024 0.013 0.008 0.003 0.002 102 G 0.012 0.015 0.028 0.061 0.087 0.116 0.139 0.117 0.144 0.110 0.087 0.052 0.020 0.012 103 D 0.005 0.008 0.016 0.035 0.062 0.097 0.138 0.192 0.180 0.120 0.072 0.039 0.022 0.013 104 A 0.002 0.002 0.004 0.006 0.013 0.029 0.053 0.088 0.120 0.162 0.179 0.160 0.113 0.070 105 I 0.003 0.002 0.005 0.010 0.020 0.033 0.063 0.104 0.137 0.174 0.165 0.126 0.087 0.070 106 F 0.003 0.002 0.004 0.008 0.014 0.028 0.043 0.056 0.110 0.151 0.195 0.177 0.117 0.093 107 A 0.005 0.004 0.006 0.017 0.027 0.050 0.100 0.149 0.174 0.153 0.134 0.093 0.055 0.031 108 S 0.009 0.016 0.020 0.048 0.072 0.121 0.134 0.198 0.134 0.097 0.081 0.039 0.023 0.009 109 E 0.029 0.050 0.065 0.111 0.159 0.153 0.135 0.107 0.088 0.048 0.030 0.016 0.005 0.004 110 D 0.037 0.071 0.090 0.143 0.184 0.153 0.111 0.076 0.068 0.041 0.018 0.006 0.002 0.001 111 D 0.109 0.134 0.143 0.142 0.131 0.115 0.083 0.065 0.047 0.017 0.010 0.003 0.001 0.001 112 A 0.057 0.062 0.098 0.129 0.163 0.160 0.129 0.103 0.053 0.027 0.012 0.004 0.002 0.002 113 V 0.041 0.035 0.045 0.075 0.154 0.145 0.136 0.140 0.106 0.066 0.028 0.016 0.009 0.003 114 Y 0.069 0.048 0.070 0.115 0.113 0.137 0.151 0.111 0.071 0.051 0.033 0.017 0.011 0.005 115 G 0.088 0.070 0.093 0.122 0.158 0.129 0.115 0.068 0.067 0.038 0.026 0.015 0.005 0.006 116 A 0.036 0.022 0.031 0.050 0.084 0.120 0.123 0.119 0.127 0.110 0.086 0.052 0.031 0.009 117 S 0.071 0.071 0.084 0.157 0.140 0.123 0.130 0.083 0.061 0.036 0.024 0.011 0.005 0.004 118 L 0.022 0.022 0.036 0.067 0.118 0.152 0.164 0.128 0.117 0.080 0.053 0.026 0.009 0.007 119 V 0.040 0.021 0.031 0.046 0.079 0.134 0.131 0.165 0.126 0.093 0.063 0.038 0.026 0.006 120 R 0.070 0.088 0.111 0.184 0.186 0.101 0.098 0.071 0.043 0.025 0.012 0.007 0.003 0.002 121 L 0.032 0.023 0.034 0.075 0.112 0.179 0.147 0.128 0.114 0.087 0.043 0.018 0.006 0.002 122 S 0.093 0.082 0.109 0.156 0.182 0.148 0.092 0.055 0.049 0.019 0.009 0.004 0.001 0.001 123 D 0.329 0.179 0.128 0.145 0.092 0.050 0.034 0.022 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 124 R 0.307 0.195 0.165 0.120 0.099 0.056 0.028 0.012 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 125 C 0.177 0.103 0.123 0.164 0.148 0.120 0.082 0.041 0.022 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 126 K 0.550 0.220 0.133 0.045 0.025 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001