# TARGET T0574 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0574.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.70131 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.009 0.253 0.002 0.010 0.633 0.001 0.001 0.004 0.042 0.016 0.015 0.013 2 K 0.001 0.003 0.083 0.001 0.007 0.860 0.001 0.001 0.002 0.015 0.020 0.003 0.007 3 N 0.001 0.001 0.010 0.001 0.006 0.965 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.002 4 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 5 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.922 0.001 0.001 0.001 0.008 0.061 0.001 0.001 14 A 0.001 0.002 0.025 0.001 0.009 0.836 0.001 0.001 0.001 0.033 0.088 0.001 0.004 15 A 0.001 0.003 0.169 0.001 0.008 0.595 0.001 0.001 0.003 0.127 0.083 0.005 0.005 16 P 0.001 0.002 0.089 0.002 0.029 0.575 0.001 0.001 0.002 0.064 0.231 0.002 0.004 17 S 0.001 0.003 0.056 0.004 0.071 0.536 0.001 0.001 0.004 0.069 0.247 0.004 0.004 18 L 0.010 0.006 0.093 0.010 0.160 0.456 0.002 0.003 0.014 0.101 0.109 0.009 0.027 19 G 0.065 0.012 0.134 0.018 0.136 0.290 0.009 0.009 0.035 0.076 0.088 0.063 0.064 20 F 0.139 0.013 0.111 0.034 0.132 0.182 0.020 0.009 0.029 0.051 0.087 0.047 0.147 21 A 0.127 0.018 0.146 0.018 0.071 0.122 0.020 0.008 0.033 0.068 0.106 0.164 0.099 22 A 0.079 0.030 0.232 0.015 0.052 0.063 0.012 0.006 0.025 0.083 0.091 0.058 0.254 23 A 0.015 0.011 0.534 0.011 0.011 0.009 0.002 0.001 0.018 0.129 0.045 0.138 0.076 24 P 0.004 0.004 0.345 0.038 0.022 0.005 0.001 0.001 0.009 0.186 0.327 0.013 0.045 25 D 0.004 0.003 0.151 0.054 0.014 0.002 0.001 0.001 0.007 0.434 0.273 0.045 0.012 26 A 0.082 0.007 0.223 0.037 0.010 0.003 0.014 0.010 0.049 0.200 0.064 0.049 0.252 27 V 0.381 0.003 0.019 0.015 0.001 0.001 0.150 0.108 0.104 0.011 0.003 0.096 0.109 28 M 0.432 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 0.208 0.194 0.044 0.001 0.001 0.051 0.048 29 V 0.574 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.196 0.105 0.037 0.001 0.001 0.035 0.048 30 F 0.589 0.001 0.006 0.015 0.001 0.001 0.179 0.072 0.041 0.001 0.001 0.053 0.043 31 A 0.389 0.004 0.066 0.006 0.001 0.001 0.074 0.028 0.094 0.009 0.003 0.162 0.164 32 R 0.110 0.008 0.326 0.021 0.003 0.001 0.017 0.006 0.084 0.058 0.020 0.137 0.209 33 Q 0.024 0.012 0.333 0.014 0.017 0.002 0.004 0.002 0.014 0.188 0.205 0.050 0.134 34 G 0.005 0.009 0.157 0.010 0.019 0.002 0.001 0.001 0.003 0.311 0.421 0.034 0.028 35 D 0.013 0.016 0.202 0.009 0.030 0.003 0.001 0.001 0.002 0.329 0.258 0.054 0.083 36 K 0.024 0.017 0.224 0.017 0.035 0.006 0.002 0.001 0.002 0.219 0.345 0.021 0.088 37 G 0.077 0.020 0.209 0.039 0.020 0.008 0.006 0.001 0.005 0.196 0.098 0.265 0.056 38 S 0.163 0.019 0.146 0.007 0.006 0.005 0.013 0.002 0.006 0.026 0.013 0.061 0.534 39 V 0.295 0.011 0.054 0.004 0.002 0.002 0.018 0.003 0.007 0.006 0.002 0.489 0.106 40 S 0.295 0.013 0.073 0.012 0.003 0.004 0.029 0.003 0.010 0.008 0.004 0.122 0.423 41 V 0.122 0.010 0.175 0.039 0.009 0.007 0.008 0.002 0.008 0.043 0.052 0.332 0.193 42 G 0.042 0.006 0.151 0.060 0.011 0.008 0.004 0.001 0.004 0.168 0.336 0.082 0.129 43 D 0.034 0.009 0.224 0.010 0.017 0.010 0.002 0.001 0.002 0.201 0.209 0.084 0.200 44 K 0.071 0.014 0.206 0.010 0.022 0.029 0.003 0.001 0.003 0.110 0.094 0.268 0.169 45 H 0.131 0.022 0.146 0.016 0.040 0.046 0.006 0.001 0.004 0.042 0.054 0.099 0.392 46 F 0.135 0.015 0.122 0.071 0.046 0.068 0.008 0.001 0.006 0.048 0.058 0.255 0.167 47 R 0.190 0.006 0.075 0.029 0.014 0.020 0.008 0.001 0.004 0.022 0.031 0.184 0.416 48 T 0.261 0.004 0.063 0.047 0.015 0.017 0.009 0.001 0.002 0.014 0.019 0.141 0.408 49 Q 0.141 0.001 0.026 0.050 0.003 0.005 0.004 0.001 0.003 0.020 0.013 0.647 0.086 50 A 0.195 0.001 0.042 0.023 0.002 0.002 0.011 0.001 0.005 0.007 0.014 0.024 0.674 51 F 0.198 0.001 0.043 0.050 0.001 0.002 0.012 0.001 0.017 0.014 0.003 0.621 0.037 52 K 0.318 0.001 0.041 0.022 0.001 0.002 0.066 0.008 0.044 0.008 0.003 0.084 0.403 53 V 0.525 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.105 0.058 0.041 0.001 0.001 0.133 0.120 54 R 0.546 0.001 0.003 0.044 0.001 0.002 0.178 0.085 0.036 0.001 0.001 0.063 0.043 55 L 0.425 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.211 0.107 0.083 0.001 0.001 0.036 0.127 56 V 0.326 0.004 0.037 0.079 0.004 0.005 0.151 0.091 0.110 0.010 0.009 0.081 0.093 57 N 0.098 0.008 0.256 0.016 0.010 0.008 0.021 0.019 0.083 0.105 0.033 0.143 0.201 58 A 0.019 0.013 0.288 0.024 0.060 0.044 0.006 0.005 0.039 0.171 0.208 0.024 0.098 59 A 0.011 0.018 0.308 0.022 0.141 0.043 0.003 0.002 0.018 0.153 0.203 0.054 0.026 60 K 0.008 0.011 0.270 0.019 0.229 0.067 0.002 0.001 0.013 0.159 0.154 0.010 0.056 61 S 0.016 0.013 0.225 0.023 0.147 0.114 0.002 0.001 0.011 0.168 0.182 0.077 0.021 62 E 0.048 0.033 0.212 0.012 0.104 0.127 0.009 0.003 0.021 0.083 0.112 0.027 0.210 63 I 0.064 0.054 0.247 0.012 0.031 0.077 0.013 0.006 0.050 0.069 0.025 0.224 0.129 64 S 0.035 0.033 0.353 0.012 0.016 0.040 0.007 0.005 0.027 0.061 0.029 0.094 0.288 65 L 0.026 0.016 0.236 0.030 0.073 0.092 0.005 0.004 0.017 0.080 0.198 0.069 0.156 66 K 0.010 0.004 0.092 0.086 0.059 0.045 0.002 0.001 0.004 0.157 0.466 0.039 0.034 67 N 0.033 0.004 0.117 0.024 0.045 0.027 0.003 0.001 0.005 0.235 0.341 0.045 0.120 68 S 0.187 0.006 0.158 0.033 0.014 0.020 0.008 0.003 0.014 0.090 0.049 0.194 0.223 69 C 0.484 0.003 0.034 0.010 0.003 0.008 0.029 0.004 0.011 0.011 0.008 0.138 0.257 70 L 0.652 0.001 0.014 0.011 0.002 0.004 0.023 0.003 0.007 0.002 0.001 0.138 0.141 71 V 0.761 0.001 0.007 0.014 0.001 0.003 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.093 0.097 72 A 0.726 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 0.150 0.095 73 Q 0.516 0.005 0.027 0.011 0.003 0.003 0.015 0.001 0.003 0.004 0.004 0.071 0.335 74 S 0.107 0.009 0.363 0.014 0.011 0.003 0.004 0.001 0.005 0.047 0.035 0.207 0.196 75 A 0.009 0.002 0.068 0.020 0.047 0.005 0.001 0.001 0.001 0.083 0.711 0.027 0.027 76 A 0.001 0.001 0.015 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.909 0.004 0.005 77 G 0.001 0.002 0.094 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.416 0.463 0.008 0.006 78 Q 0.009 0.053 0.533 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.018 0.166 0.014 0.167 0.025 79 S 0.019 0.069 0.183 0.005 0.004 0.003 0.021 0.014 0.058 0.030 0.019 0.012 0.564 80 F 0.042 0.031 0.154 0.063 0.004 0.004 0.031 0.020 0.121 0.035 0.006 0.450 0.038 81 R 0.040 0.026 0.171 0.015 0.003 0.003 0.043 0.014 0.182 0.021 0.007 0.048 0.427 82 L 0.031 0.037 0.393 0.020 0.009 0.008 0.022 0.015 0.114 0.055 0.014 0.169 0.114 83 D 0.005 0.012 0.579 0.018 0.006 0.019 0.004 0.004 0.087 0.130 0.024 0.051 0.063 84 T 0.006 0.015 0.297 0.005 0.049 0.243 0.003 0.002 0.026 0.161 0.119 0.011 0.063 85 V 0.003 0.010 0.095 0.006 0.108 0.604 0.002 0.002 0.012 0.052 0.080 0.014 0.011 86 D 0.004 0.006 0.086 0.003 0.199 0.590 0.001 0.002 0.005 0.034 0.046 0.005 0.020 87 E 0.003 0.003 0.054 0.002 0.205 0.643 0.001 0.001 0.001 0.018 0.061 0.003 0.005 88 E 0.003 0.003 0.026 0.001 0.124 0.731 0.001 0.001 0.001 0.013 0.092 0.002 0.004 89 L 0.004 0.008 0.058 0.002 0.117 0.659 0.001 0.001 0.001 0.029 0.108 0.004 0.010 90 T 0.004 0.007 0.173 0.005 0.113 0.527 0.001 0.001 0.002 0.049 0.100 0.007 0.013 91 A 0.002 0.003 0.064 0.003 0.157 0.375 0.001 0.001 0.001 0.045 0.338 0.004 0.008 92 D 0.003 0.006 0.110 0.002 0.090 0.122 0.001 0.001 0.001 0.079 0.569 0.010 0.008 93 T 0.006 0.025 0.258 0.002 0.150 0.169 0.001 0.001 0.005 0.093 0.237 0.018 0.036 94 L 0.004 0.115 0.455 0.002 0.027 0.040 0.001 0.001 0.011 0.192 0.090 0.015 0.046 95 K 0.001 0.005 0.820 0.004 0.007 0.004 0.001 0.001 0.004 0.105 0.029 0.014 0.006 96 P 0.001 0.001 0.024 0.002 0.035 0.005 0.001 0.001 0.001 0.027 0.903 0.001 0.002 97 G 0.001 0.001 0.031 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.148 0.811 0.001 0.001 98 A 0.003 0.017 0.683 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 0.131 0.003 0.111 0.033 99 S 0.019 0.029 0.100 0.002 0.001 0.001 0.011 0.004 0.059 0.011 0.004 0.010 0.751 100 V 0.073 0.022 0.102 0.173 0.004 0.002 0.019 0.009 0.064 0.032 0.004 0.457 0.041 101 E 0.065 0.004 0.093 0.122 0.002 0.002 0.036 0.008 0.104 0.025 0.016 0.036 0.487 102 G 0.179 0.002 0.095 0.063 0.003 0.002 0.045 0.031 0.060 0.036 0.009 0.356 0.120 103 D 0.261 0.002 0.050 0.027 0.001 0.003 0.136 0.090 0.125 0.010 0.003 0.142 0.149 104 A 0.454 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.183 0.086 0.083 0.002 0.001 0.070 0.106 105 I 0.430 0.003 0.025 0.048 0.002 0.004 0.181 0.097 0.075 0.005 0.003 0.068 0.060 106 F 0.311 0.010 0.113 0.011 0.003 0.004 0.053 0.026 0.104 0.032 0.014 0.172 0.147 107 A 0.106 0.024 0.295 0.010 0.005 0.006 0.023 0.007 0.055 0.119 0.044 0.046 0.258 108 S 0.018 0.022 0.549 0.004 0.011 0.008 0.003 0.002 0.026 0.155 0.055 0.071 0.077 109 E 0.003 0.013 0.237 0.003 0.045 0.046 0.001 0.001 0.006 0.247 0.366 0.007 0.026 110 D 0.001 0.008 0.164 0.003 0.094 0.084 0.001 0.001 0.001 0.190 0.444 0.005 0.005 111 D 0.001 0.007 0.119 0.003 0.170 0.129 0.001 0.001 0.001 0.243 0.315 0.004 0.007 112 A 0.011 0.020 0.210 0.003 0.202 0.177 0.001 0.001 0.002 0.135 0.192 0.016 0.029 113 V 0.040 0.018 0.080 0.011 0.244 0.294 0.006 0.002 0.004 0.063 0.154 0.015 0.069 114 Y 0.039 0.014 0.103 0.062 0.115 0.226 0.004 0.001 0.004 0.104 0.261 0.039 0.027 115 G 0.074 0.010 0.157 0.036 0.072 0.133 0.006 0.001 0.006 0.084 0.230 0.048 0.143 116 A 0.214 0.006 0.188 0.047 0.029 0.071 0.019 0.007 0.022 0.058 0.042 0.097 0.200 117 S 0.276 0.004 0.063 0.072 0.008 0.040 0.037 0.014 0.027 0.042 0.019 0.323 0.074 118 L 0.426 0.003 0.023 0.012 0.005 0.027 0.079 0.036 0.066 0.007 0.010 0.051 0.258 119 V 0.461 0.003 0.029 0.065 0.006 0.035 0.108 0.056 0.066 0.008 0.008 0.088 0.068 120 R 0.334 0.009 0.041 0.017 0.008 0.036 0.071 0.035 0.093 0.017 0.015 0.193 0.130 121 L 0.122 0.019 0.162 0.011 0.012 0.025 0.020 0.017 0.080 0.037 0.027 0.081 0.387 122 S 0.027 0.010 0.439 0.054 0.028 0.026 0.006 0.004 0.040 0.125 0.075 0.100 0.065 123 D 0.005 0.009 0.183 0.007 0.076 0.051 0.001 0.001 0.012 0.222 0.379 0.020 0.034 124 R 0.005 0.028 0.220 0.005 0.101 0.063 0.001 0.001 0.006 0.162 0.358 0.016 0.035 125 C 0.004 0.029 0.500 0.004 0.044 0.035 0.001 0.001 0.007 0.231 0.087 0.031 0.029 126 K 0.002 0.023 0.587 0.003 0.025 0.030 0.001 0.001 0.005 0.206 0.074 0.015 0.029