# TARGET T0574 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0574.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.70131 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.846 0.003 0.003 0.003 0.003 0.009 0.003 0.001 0.040 0.072 2 K 0.006 0.882 0.002 0.002 0.002 0.003 0.006 0.002 0.001 0.039 0.056 3 N 0.002 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 0.014 4 A 0.003 0.140 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.827 0.018 5 M 0.001 0.910 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.071 0.005 6 A 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 7 L 0.002 0.913 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.062 0.011 8 T 0.002 0.953 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.026 0.006 9 L 0.008 0.916 0.012 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.040 0.011 10 A 0.034 0.708 0.060 0.005 0.004 0.003 0.013 0.012 0.024 0.092 0.042 11 G 0.087 0.498 0.052 0.010 0.006 0.014 0.030 0.020 0.033 0.099 0.152 12 L 0.109 0.168 0.033 0.027 0.014 0.016 0.062 0.019 0.023 0.159 0.369 13 L 0.035 0.063 0.031 0.047 0.019 0.022 0.129 0.014 0.022 0.135 0.483 14 A 0.061 0.081 0.024 0.034 0.012 0.014 0.112 0.017 0.016 0.075 0.553 15 A 0.225 0.083 0.015 0.027 0.013 0.014 0.097 0.041 0.010 0.064 0.411 16 P 0.137 0.118 0.008 0.022 0.008 0.009 0.133 0.017 0.004 0.043 0.501 17 S 0.137 0.165 0.008 0.040 0.011 0.021 0.098 0.017 0.004 0.056 0.444 18 L 0.109 0.096 0.016 0.053 0.027 0.030 0.110 0.023 0.005 0.073 0.459 19 G 0.110 0.039 0.011 0.067 0.047 0.080 0.086 0.024 0.004 0.065 0.467 20 F 0.070 0.011 0.005 0.071 0.054 0.057 0.099 0.009 0.002 0.058 0.564 21 A 0.017 0.006 0.008 0.085 0.084 0.081 0.126 0.005 0.003 0.034 0.551 22 A 0.042 0.008 0.010 0.034 0.037 0.034 0.130 0.008 0.005 0.032 0.661 23 A 0.344 0.012 0.005 0.018 0.023 0.027 0.091 0.017 0.003 0.052 0.407 24 P 0.049 0.006 0.001 0.016 0.011 0.010 0.167 0.002 0.001 0.037 0.700 25 D 0.010 0.010 0.001 0.090 0.041 0.086 0.177 0.001 0.001 0.064 0.520 26 A 0.002 0.003 0.001 0.134 0.104 0.278 0.098 0.001 0.001 0.066 0.313 27 V 0.001 0.001 0.001 0.224 0.254 0.385 0.031 0.001 0.001 0.045 0.058 28 M 0.001 0.001 0.001 0.253 0.250 0.414 0.013 0.001 0.001 0.035 0.033 29 V 0.001 0.001 0.001 0.339 0.346 0.218 0.012 0.001 0.001 0.035 0.049 30 F 0.002 0.001 0.001 0.328 0.270 0.280 0.026 0.001 0.001 0.030 0.061 31 A 0.014 0.002 0.001 0.143 0.182 0.315 0.053 0.001 0.001 0.072 0.218 32 R 0.085 0.003 0.002 0.079 0.099 0.113 0.123 0.003 0.001 0.095 0.396 33 Q 0.068 0.006 0.002 0.038 0.051 0.062 0.124 0.002 0.001 0.039 0.608 34 G 0.053 0.006 0.001 0.015 0.017 0.027 0.133 0.002 0.001 0.048 0.698 35 D 0.091 0.007 0.001 0.026 0.050 0.106 0.141 0.003 0.001 0.076 0.497 36 K 0.015 0.004 0.001 0.026 0.052 0.068 0.121 0.001 0.001 0.032 0.680 37 G 0.017 0.004 0.001 0.070 0.164 0.320 0.071 0.001 0.001 0.044 0.309 38 S 0.004 0.002 0.001 0.052 0.177 0.249 0.124 0.001 0.001 0.033 0.359 39 V 0.005 0.006 0.001 0.101 0.308 0.307 0.071 0.001 0.001 0.030 0.170 40 S 0.078 0.013 0.001 0.052 0.185 0.277 0.096 0.003 0.001 0.059 0.236 41 V 0.115 0.022 0.001 0.039 0.104 0.103 0.075 0.003 0.001 0.057 0.480 42 G 0.051 0.027 0.001 0.028 0.036 0.062 0.097 0.002 0.001 0.032 0.662 43 D 0.069 0.052 0.001 0.026 0.064 0.113 0.063 0.004 0.001 0.053 0.554 44 K 0.042 0.007 0.001 0.017 0.078 0.117 0.122 0.004 0.001 0.177 0.435 45 H 0.018 0.018 0.002 0.043 0.160 0.196 0.088 0.002 0.001 0.096 0.376 46 F 0.025 0.018 0.002 0.040 0.166 0.160 0.099 0.001 0.001 0.050 0.437 47 R 0.025 0.017 0.002 0.025 0.182 0.347 0.051 0.002 0.001 0.039 0.310 48 T 0.029 0.008 0.001 0.018 0.114 0.216 0.100 0.001 0.001 0.063 0.451 49 Q 0.014 0.012 0.001 0.036 0.219 0.345 0.085 0.001 0.001 0.055 0.232 50 A 0.003 0.003 0.001 0.032 0.144 0.244 0.103 0.001 0.001 0.068 0.403 51 F 0.002 0.006 0.001 0.103 0.272 0.405 0.043 0.001 0.001 0.044 0.125 52 K 0.001 0.003 0.001 0.095 0.264 0.488 0.028 0.001 0.001 0.035 0.085 53 V 0.001 0.005 0.001 0.122 0.355 0.410 0.018 0.001 0.001 0.035 0.054 54 R 0.004 0.011 0.001 0.243 0.244 0.386 0.017 0.001 0.001 0.037 0.057 55 L 0.010 0.049 0.002 0.155 0.239 0.264 0.036 0.002 0.001 0.064 0.178 56 V 0.041 0.075 0.004 0.095 0.136 0.172 0.072 0.005 0.002 0.095 0.304 57 N 0.108 0.125 0.005 0.049 0.055 0.096 0.066 0.006 0.003 0.219 0.268 58 A 0.069 0.076 0.013 0.030 0.051 0.047 0.098 0.008 0.004 0.144 0.460 59 A 0.141 0.160 0.012 0.027 0.035 0.061 0.098 0.011 0.004 0.071 0.379 60 K 0.132 0.057 0.004 0.022 0.029 0.052 0.082 0.009 0.001 0.080 0.532 61 S 0.026 0.045 0.003 0.042 0.074 0.092 0.132 0.004 0.001 0.064 0.516 62 E 0.012 0.063 0.003 0.054 0.069 0.116 0.113 0.002 0.001 0.056 0.509 63 I 0.018 0.044 0.010 0.051 0.157 0.110 0.114 0.005 0.002 0.099 0.390 64 S 0.119 0.043 0.009 0.035 0.063 0.090 0.100 0.010 0.004 0.231 0.297 65 L 0.161 0.046 0.009 0.040 0.041 0.035 0.081 0.005 0.003 0.141 0.437 66 K 0.044 0.051 0.003 0.054 0.043 0.054 0.140 0.003 0.001 0.058 0.549 67 N 0.013 0.063 0.001 0.036 0.048 0.130 0.075 0.002 0.001 0.053 0.577 68 S 0.012 0.059 0.002 0.052 0.204 0.286 0.065 0.003 0.001 0.048 0.268 69 C 0.011 0.028 0.001 0.051 0.215 0.500 0.034 0.003 0.001 0.042 0.116 70 L 0.008 0.010 0.001 0.062 0.341 0.352 0.032 0.002 0.001 0.052 0.140 71 V 0.007 0.018 0.001 0.119 0.362 0.296 0.034 0.001 0.001 0.032 0.130 72 A 0.005 0.008 0.001 0.079 0.270 0.412 0.036 0.001 0.001 0.039 0.149 73 Q 0.031 0.007 0.007 0.034 0.159 0.339 0.099 0.004 0.002 0.057 0.261 74 S 0.600 0.012 0.003 0.010 0.042 0.076 0.025 0.006 0.001 0.025 0.200 75 A 0.339 0.002 0.001 0.010 0.015 0.020 0.075 0.002 0.001 0.028 0.509 76 A 0.007 0.002 0.001 0.007 0.006 0.013 0.139 0.001 0.001 0.011 0.815 77 G 0.012 0.002 0.001 0.009 0.023 0.049 0.123 0.001 0.001 0.033 0.747 78 Q 0.030 0.004 0.001 0.034 0.138 0.178 0.125 0.002 0.001 0.052 0.436 79 S 0.003 0.004 0.001 0.048 0.127 0.168 0.086 0.001 0.001 0.022 0.541 80 F 0.005 0.008 0.001 0.088 0.232 0.275 0.077 0.001 0.001 0.044 0.270 81 R 0.022 0.038 0.001 0.160 0.171 0.311 0.060 0.002 0.001 0.058 0.179 82 L 0.027 0.141 0.001 0.085 0.157 0.176 0.078 0.002 0.001 0.043 0.289 83 D 0.021 0.152 0.001 0.094 0.127 0.203 0.041 0.004 0.001 0.065 0.291 84 T 0.035 0.272 0.005 0.073 0.074 0.148 0.058 0.005 0.002 0.124 0.206 85 V 0.031 0.304 0.007 0.047 0.052 0.052 0.064 0.010 0.002 0.115 0.316 86 D 0.147 0.096 0.005 0.032 0.026 0.027 0.043 0.016 0.003 0.486 0.120 87 E 0.089 0.187 0.010 0.041 0.032 0.027 0.075 0.007 0.005 0.157 0.371 88 E 0.049 0.162 0.015 0.047 0.025 0.029 0.089 0.005 0.005 0.069 0.505 89 L 0.127 0.043 0.012 0.023 0.024 0.065 0.077 0.019 0.005 0.128 0.478 90 T 0.296 0.045 0.007 0.018 0.028 0.035 0.125 0.017 0.003 0.068 0.358 91 A 0.145 0.026 0.001 0.027 0.030 0.040 0.092 0.005 0.001 0.030 0.603 92 D 0.021 0.006 0.001 0.064 0.057 0.064 0.106 0.001 0.001 0.047 0.633 93 T 0.010 0.002 0.004 0.041 0.046 0.127 0.226 0.002 0.001 0.038 0.504 94 L 0.083 0.003 0.003 0.014 0.034 0.044 0.068 0.003 0.001 0.024 0.725 95 K 0.710 0.001 0.001 0.014 0.014 0.017 0.038 0.003 0.001 0.020 0.183 96 P 0.006 0.001 0.001 0.012 0.008 0.016 0.081 0.001 0.001 0.005 0.872 97 G 0.002 0.001 0.001 0.039 0.026 0.063 0.185 0.001 0.001 0.017 0.667 98 A 0.008 0.002 0.001 0.088 0.114 0.263 0.148 0.001 0.001 0.032 0.343 99 S 0.030 0.001 0.001 0.051 0.102 0.202 0.078 0.001 0.001 0.039 0.495 100 V 0.039 0.002 0.001 0.082 0.127 0.125 0.086 0.001 0.001 0.030 0.508 101 E 0.003 0.002 0.001 0.130 0.094 0.154 0.106 0.001 0.001 0.033 0.478 102 G 0.001 0.001 0.001 0.136 0.138 0.424 0.069 0.001 0.001 0.051 0.179 103 D 0.001 0.001 0.001 0.136 0.222 0.511 0.021 0.001 0.001 0.043 0.066 104 A 0.001 0.001 0.001 0.148 0.342 0.404 0.012 0.001 0.001 0.045 0.047 105 I 0.001 0.001 0.001 0.378 0.237 0.286 0.012 0.001 0.001 0.045 0.040 106 F 0.002 0.002 0.001 0.288 0.221 0.316 0.029 0.001 0.001 0.053 0.088 107 A 0.030 0.015 0.001 0.140 0.175 0.191 0.058 0.002 0.001 0.055 0.331 108 S 0.182 0.043 0.003 0.068 0.079 0.108 0.091 0.006 0.002 0.084 0.336 109 E 0.023 0.054 0.001 0.013 0.017 0.022 0.135 0.002 0.001 0.026 0.706 110 D 0.101 0.183 0.004 0.018 0.017 0.030 0.131 0.006 0.002 0.124 0.382 111 D 0.071 0.100 0.020 0.024 0.042 0.038 0.094 0.008 0.003 0.116 0.485 112 A 0.115 0.099 0.010 0.019 0.038 0.065 0.135 0.009 0.002 0.127 0.380 113 V 0.131 0.030 0.007 0.030 0.048 0.103 0.086 0.006 0.002 0.139 0.417 114 Y 0.021 0.030 0.005 0.063 0.133 0.069 0.124 0.002 0.001 0.044 0.508 115 G 0.019 0.021 0.001 0.040 0.082 0.415 0.070 0.003 0.001 0.042 0.305 116 A 0.010 0.009 0.001 0.027 0.255 0.189 0.095 0.001 0.001 0.053 0.359 117 S 0.003 0.006 0.001 0.127 0.294 0.420 0.028 0.001 0.001 0.035 0.085 118 L 0.003 0.003 0.001 0.093 0.209 0.413 0.047 0.001 0.001 0.056 0.175 119 V 0.003 0.003 0.001 0.175 0.338 0.292 0.031 0.001 0.001 0.032 0.125 120 R 0.013 0.006 0.001 0.174 0.230 0.287 0.053 0.001 0.001 0.050 0.185 121 L 0.054 0.021 0.002 0.054 0.120 0.168 0.078 0.005 0.001 0.046 0.451 122 S 0.394 0.014 0.001 0.025 0.032 0.059 0.053 0.006 0.001 0.043 0.372 123 D 0.109 0.010 0.001 0.021 0.025 0.040 0.084 0.002 0.001 0.027 0.681 124 R 0.017 0.007 0.001 0.007 0.012 0.029 0.087 0.001 0.001 0.013 0.826 125 C 0.047 0.015 0.001 0.007 0.034 0.042 0.111 0.003 0.001 0.036 0.704 126 K 0.068 0.020 0.001 0.014 0.072 0.073 0.114 0.003 0.001 0.048 0.587