# TARGET T0574 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0574.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.70131 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.150 0.079 0.062 0.088 0.086 0.079 0.133 0.104 0.094 0.076 0.050 2 K 0.061 0.090 0.091 0.181 0.163 0.121 0.122 0.070 0.050 0.033 0.019 3 N 0.064 0.097 0.126 0.177 0.149 0.122 0.116 0.065 0.043 0.028 0.014 4 A 0.015 0.022 0.040 0.087 0.113 0.144 0.209 0.144 0.109 0.074 0.042 5 M 0.008 0.018 0.040 0.071 0.086 0.122 0.208 0.145 0.143 0.103 0.056 6 A 0.003 0.008 0.032 0.050 0.069 0.103 0.198 0.137 0.174 0.134 0.091 7 L 0.001 0.002 0.013 0.014 0.024 0.045 0.114 0.115 0.224 0.227 0.220 8 T 0.001 0.002 0.010 0.013 0.025 0.042 0.119 0.131 0.232 0.227 0.199 9 L 0.001 0.001 0.008 0.011 0.022 0.035 0.097 0.132 0.228 0.241 0.224 10 A 0.001 0.001 0.006 0.008 0.015 0.028 0.085 0.141 0.235 0.251 0.230 11 G 0.001 0.002 0.010 0.017 0.029 0.042 0.114 0.167 0.224 0.214 0.181 12 L 0.001 0.001 0.006 0.008 0.014 0.021 0.064 0.135 0.219 0.250 0.281 13 L 0.001 0.003 0.012 0.020 0.033 0.049 0.113 0.164 0.208 0.203 0.194 14 A 0.002 0.004 0.019 0.022 0.033 0.043 0.108 0.156 0.213 0.200 0.199 15 A 0.004 0.008 0.025 0.037 0.059 0.069 0.153 0.174 0.182 0.149 0.140 16 P 0.008 0.014 0.033 0.054 0.070 0.080 0.154 0.162 0.169 0.138 0.118 17 S 0.025 0.033 0.054 0.084 0.093 0.103 0.183 0.140 0.128 0.090 0.067 18 L 0.017 0.023 0.038 0.077 0.099 0.095 0.161 0.154 0.134 0.103 0.098 19 G 0.016 0.019 0.029 0.038 0.047 0.050 0.107 0.145 0.189 0.184 0.176 20 F 0.021 0.033 0.037 0.095 0.120 0.107 0.163 0.128 0.124 0.091 0.081 21 A 0.020 0.013 0.025 0.037 0.050 0.051 0.109 0.155 0.183 0.172 0.185 22 A 0.066 0.095 0.080 0.173 0.158 0.115 0.119 0.068 0.057 0.039 0.030 23 A 0.023 0.027 0.026 0.051 0.075 0.064 0.148 0.166 0.155 0.126 0.139 24 P 0.155 0.121 0.059 0.154 0.136 0.101 0.100 0.060 0.050 0.039 0.025 25 D 0.149 0.127 0.075 0.168 0.122 0.098 0.124 0.058 0.043 0.024 0.013 26 A 0.096 0.113 0.056 0.212 0.177 0.121 0.098 0.055 0.037 0.021 0.013 27 V 0.004 0.005 0.007 0.010 0.016 0.029 0.084 0.108 0.245 0.250 0.243 28 M 0.009 0.030 0.042 0.160 0.205 0.169 0.156 0.090 0.066 0.040 0.033 29 V 0.002 0.002 0.009 0.006 0.009 0.017 0.044 0.079 0.202 0.271 0.360 30 F 0.007 0.013 0.021 0.084 0.139 0.139 0.207 0.150 0.116 0.070 0.053 31 A 0.002 0.002 0.006 0.008 0.014 0.017 0.069 0.132 0.231 0.251 0.268 32 R 0.041 0.105 0.151 0.256 0.186 0.109 0.075 0.031 0.023 0.014 0.008 33 Q 0.097 0.222 0.115 0.206 0.129 0.082 0.075 0.035 0.020 0.011 0.007 34 G 0.416 0.172 0.040 0.114 0.081 0.051 0.047 0.035 0.019 0.014 0.009 35 D 0.381 0.238 0.051 0.108 0.062 0.050 0.052 0.027 0.016 0.010 0.005 36 K 0.168 0.167 0.084 0.207 0.146 0.097 0.060 0.034 0.019 0.011 0.007 37 G 0.139 0.085 0.044 0.076 0.078 0.102 0.157 0.115 0.099 0.066 0.038 38 S 0.055 0.079 0.046 0.153 0.129 0.120 0.143 0.097 0.087 0.054 0.036 39 V 0.011 0.007 0.011 0.017 0.026 0.050 0.108 0.135 0.222 0.216 0.197 40 S 0.053 0.150 0.111 0.277 0.193 0.090 0.059 0.032 0.018 0.009 0.007 41 V 0.022 0.020 0.021 0.040 0.063 0.066 0.150 0.187 0.166 0.137 0.129 42 G 0.309 0.148 0.051 0.162 0.112 0.064 0.065 0.039 0.025 0.016 0.008 43 D 0.232 0.210 0.087 0.185 0.094 0.067 0.062 0.028 0.019 0.010 0.005 44 K 0.160 0.132 0.083 0.184 0.150 0.106 0.090 0.047 0.026 0.015 0.009 45 H 0.227 0.149 0.080 0.152 0.112 0.084 0.098 0.050 0.026 0.014 0.007 46 F 0.072 0.075 0.101 0.134 0.122 0.120 0.138 0.093 0.066 0.054 0.025 47 R 0.036 0.058 0.071 0.143 0.132 0.157 0.193 0.097 0.061 0.040 0.011 48 T 0.071 0.138 0.166 0.221 0.136 0.103 0.073 0.039 0.025 0.021 0.007 49 Q 0.036 0.057 0.099 0.131 0.153 0.172 0.173 0.095 0.047 0.026 0.012 50 A 0.125 0.229 0.127 0.243 0.130 0.065 0.043 0.022 0.009 0.006 0.003 51 F 0.002 0.002 0.004 0.005 0.011 0.036 0.133 0.156 0.242 0.231 0.177 52 K 0.168 0.304 0.152 0.268 0.081 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 53 V 0.003 0.001 0.007 0.006 0.012 0.021 0.078 0.121 0.223 0.236 0.291 54 R 0.014 0.089 0.072 0.284 0.265 0.132 0.074 0.036 0.018 0.009 0.006 55 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.009 0.035 0.093 0.201 0.250 0.400 56 V 0.013 0.023 0.060 0.149 0.205 0.185 0.146 0.095 0.056 0.038 0.030 57 N 0.009 0.008 0.025 0.037 0.049 0.062 0.179 0.181 0.200 0.144 0.106 58 A 0.023 0.032 0.042 0.101 0.121 0.120 0.159 0.119 0.115 0.091 0.077 59 A 0.016 0.035 0.027 0.053 0.067 0.081 0.205 0.136 0.167 0.117 0.094 60 K 0.185 0.149 0.098 0.210 0.159 0.090 0.053 0.026 0.015 0.010 0.005 61 S 0.210 0.193 0.112 0.159 0.095 0.088 0.083 0.033 0.017 0.008 0.003 62 E 0.168 0.210 0.057 0.251 0.145 0.076 0.053 0.024 0.010 0.005 0.003 63 I 0.016 0.004 0.005 0.006 0.010 0.024 0.077 0.113 0.221 0.256 0.267 64 S 0.035 0.308 0.160 0.337 0.118 0.030 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 65 L 0.002 0.002 0.006 0.005 0.014 0.017 0.060 0.123 0.166 0.197 0.409 66 K 0.192 0.226 0.110 0.216 0.144 0.056 0.031 0.014 0.006 0.003 0.002 67 N 0.230 0.127 0.107 0.241 0.122 0.070 0.055 0.025 0.014 0.006 0.003 68 S 0.047 0.036 0.038 0.084 0.102 0.129 0.187 0.142 0.110 0.082 0.043 69 C 0.009 0.027 0.022 0.088 0.101 0.122 0.204 0.144 0.146 0.089 0.048 70 L 0.003 0.003 0.016 0.014 0.021 0.051 0.102 0.137 0.217 0.257 0.178 71 V 0.008 0.033 0.096 0.198 0.201 0.177 0.150 0.064 0.040 0.021 0.011 72 A 0.003 0.002 0.009 0.010 0.019 0.023 0.078 0.162 0.209 0.238 0.246 73 Q 0.012 0.019 0.027 0.066 0.090 0.147 0.218 0.134 0.136 0.102 0.050 74 S 0.058 0.109 0.096 0.160 0.126 0.116 0.161 0.070 0.057 0.030 0.016 75 A 0.323 0.249 0.095 0.142 0.082 0.045 0.033 0.016 0.008 0.005 0.003 76 A 0.438 0.269 0.040 0.099 0.053 0.034 0.035 0.017 0.009 0.005 0.003 77 G 0.513 0.164 0.031 0.088 0.062 0.042 0.037 0.028 0.017 0.012 0.007 78 Q 0.115 0.118 0.072 0.146 0.135 0.149 0.134 0.066 0.036 0.021 0.010 79 S 0.076 0.154 0.142 0.277 0.156 0.094 0.056 0.025 0.012 0.006 0.003 80 F 0.003 0.003 0.006 0.007 0.014 0.049 0.125 0.131 0.237 0.244 0.180 81 R 0.032 0.152 0.127 0.341 0.197 0.066 0.042 0.023 0.012 0.006 0.003 82 L 0.008 0.007 0.022 0.028 0.044 0.092 0.175 0.173 0.183 0.175 0.093 83 D 0.079 0.115 0.144 0.248 0.169 0.112 0.074 0.030 0.016 0.007 0.005 84 T 0.043 0.034 0.048 0.075 0.094 0.083 0.172 0.179 0.113 0.087 0.073 85 V 0.013 0.015 0.022 0.032 0.052 0.070 0.131 0.149 0.189 0.193 0.134 86 D 0.048 0.122 0.086 0.183 0.148 0.130 0.149 0.061 0.042 0.024 0.007 87 E 0.121 0.083 0.184 0.226 0.145 0.105 0.078 0.031 0.016 0.007 0.003 88 E 0.321 0.193 0.136 0.184 0.086 0.037 0.028 0.010 0.003 0.001 0.001 89 L 0.005 0.005 0.007 0.011 0.019 0.032 0.087 0.142 0.213 0.238 0.242 90 T 0.027 0.115 0.091 0.146 0.157 0.132 0.146 0.081 0.050 0.039 0.015 91 A 0.093 0.138 0.300 0.259 0.117 0.055 0.023 0.008 0.004 0.002 0.001 92 D 0.496 0.122 0.133 0.118 0.059 0.031 0.024 0.011 0.003 0.002 0.001 93 T 0.107 0.074 0.037 0.154 0.129 0.124 0.169 0.103 0.062 0.028 0.014 94 L 0.007 0.009 0.010 0.010 0.017 0.034 0.095 0.123 0.203 0.243 0.249 95 K 0.029 0.183 0.260 0.252 0.165 0.062 0.027 0.011 0.005 0.003 0.002 96 P 0.395 0.231 0.120 0.135 0.057 0.026 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 97 G 0.487 0.100 0.024 0.087 0.067 0.062 0.067 0.045 0.029 0.021 0.011 98 A 0.221 0.146 0.040 0.139 0.102 0.099 0.107 0.072 0.041 0.023 0.010 99 S 0.074 0.156 0.086 0.239 0.166 0.117 0.077 0.040 0.022 0.013 0.008 100 V 0.008 0.009 0.011 0.013 0.024 0.047 0.132 0.139 0.195 0.192 0.230 101 E 0.106 0.189 0.097 0.290 0.177 0.069 0.038 0.017 0.009 0.005 0.003 102 G 0.036 0.020 0.031 0.061 0.070 0.079 0.157 0.162 0.173 0.132 0.080 103 D 0.015 0.040 0.024 0.133 0.153 0.150 0.182 0.113 0.094 0.054 0.041 104 A 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.007 0.021 0.062 0.182 0.265 0.453 105 I 0.003 0.005 0.010 0.032 0.074 0.108 0.156 0.175 0.166 0.142 0.130 106 F 0.003 0.003 0.013 0.020 0.031 0.026 0.078 0.162 0.206 0.224 0.234 107 A 0.001 0.002 0.006 0.013 0.021 0.042 0.089 0.117 0.228 0.252 0.229 108 S 0.010 0.019 0.019 0.055 0.072 0.094 0.181 0.138 0.190 0.129 0.093 109 E 0.088 0.129 0.079 0.203 0.152 0.110 0.105 0.058 0.040 0.022 0.014 110 D 0.104 0.097 0.053 0.133 0.124 0.131 0.153 0.080 0.059 0.040 0.026 111 D 0.235 0.129 0.049 0.139 0.110 0.095 0.103 0.064 0.038 0.025 0.015 112 A 0.104 0.111 0.053 0.137 0.121 0.123 0.143 0.081 0.059 0.039 0.028 113 V 0.014 0.017 0.021 0.036 0.051 0.076 0.114 0.110 0.173 0.188 0.202 114 Y 0.023 0.029 0.034 0.076 0.099 0.126 0.190 0.146 0.129 0.096 0.050 115 G 0.045 0.121 0.116 0.261 0.170 0.111 0.087 0.039 0.026 0.013 0.009 116 A 0.007 0.004 0.011 0.016 0.032 0.040 0.088 0.132 0.177 0.187 0.307 117 S 0.040 0.090 0.076 0.181 0.174 0.127 0.137 0.080 0.055 0.029 0.012 118 L 0.013 0.019 0.036 0.084 0.101 0.087 0.157 0.147 0.150 0.108 0.099 119 V 0.006 0.005 0.012 0.013 0.018 0.032 0.065 0.095 0.192 0.262 0.300 120 R 0.018 0.054 0.063 0.175 0.196 0.158 0.151 0.080 0.059 0.030 0.018 121 L 0.005 0.007 0.019 0.019 0.033 0.029 0.088 0.193 0.179 0.193 0.235 122 S 0.025 0.047 0.054 0.139 0.150 0.139 0.160 0.101 0.088 0.062 0.036 123 D 0.502 0.133 0.087 0.112 0.058 0.035 0.039 0.016 0.011 0.004 0.002 124 R 0.205 0.253 0.091 0.207 0.105 0.060 0.045 0.018 0.009 0.005 0.003 125 C 0.055 0.072 0.034 0.061 0.071 0.084 0.162 0.125 0.135 0.111 0.090 126 K 0.557 0.226 0.064 0.089 0.038 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001