# TARGET T0574 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0574.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.70131 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.127 0.150 0.010 0.011 0.012 0.023 0.080 0.003 0.001 0.003 0.580 2 K 0.026 0.154 0.003 0.008 0.007 0.015 0.087 0.002 0.001 0.001 0.696 3 N 0.065 0.260 0.004 0.009 0.005 0.009 0.124 0.002 0.001 0.001 0.520 4 A 0.062 0.569 0.004 0.005 0.004 0.007 0.059 0.002 0.001 0.001 0.288 5 M 0.021 0.714 0.005 0.004 0.004 0.008 0.067 0.002 0.001 0.001 0.174 6 A 0.009 0.874 0.004 0.002 0.002 0.003 0.022 0.002 0.001 0.001 0.082 7 L 0.003 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.023 8 T 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 9 L 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 10 A 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 11 G 0.005 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.009 12 L 0.011 0.955 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.015 13 L 0.020 0.937 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.012 14 A 0.067 0.793 0.020 0.002 0.001 0.003 0.004 0.055 0.001 0.001 0.054 15 A 0.128 0.631 0.065 0.004 0.004 0.005 0.008 0.051 0.001 0.001 0.104 16 P 0.017 0.043 0.005 0.003 0.002 0.004 0.007 0.004 0.001 0.001 0.916 17 S 0.090 0.113 0.025 0.022 0.010 0.021 0.081 0.009 0.001 0.002 0.627 18 L 0.225 0.267 0.029 0.039 0.009 0.015 0.073 0.008 0.001 0.006 0.329 19 G 0.121 0.297 0.013 0.049 0.034 0.050 0.057 0.007 0.001 0.004 0.368 20 F 0.129 0.221 0.024 0.068 0.024 0.044 0.053 0.011 0.001 0.004 0.422 21 A 0.163 0.231 0.010 0.096 0.036 0.075 0.033 0.014 0.001 0.004 0.338 22 A 0.132 0.126 0.020 0.068 0.021 0.051 0.057 0.018 0.001 0.003 0.504 23 A 0.149 0.082 0.023 0.059 0.047 0.056 0.079 0.012 0.001 0.003 0.490 24 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.989 25 D 0.045 0.005 0.005 0.065 0.063 0.123 0.109 0.001 0.001 0.002 0.583 26 A 0.233 0.007 0.005 0.057 0.025 0.033 0.085 0.001 0.001 0.009 0.547 27 V 0.083 0.015 0.004 0.299 0.152 0.186 0.076 0.001 0.001 0.002 0.181 28 M 0.013 0.007 0.004 0.320 0.182 0.277 0.052 0.001 0.001 0.001 0.143 29 V 0.002 0.005 0.001 0.437 0.234 0.236 0.011 0.001 0.001 0.001 0.073 30 F 0.003 0.006 0.001 0.325 0.189 0.305 0.018 0.001 0.001 0.001 0.152 31 A 0.003 0.005 0.001 0.341 0.206 0.306 0.026 0.001 0.001 0.001 0.110 32 R 0.003 0.002 0.001 0.106 0.180 0.298 0.073 0.001 0.001 0.002 0.334 33 Q 0.007 0.002 0.002 0.064 0.119 0.268 0.055 0.001 0.001 0.004 0.476 34 G 0.028 0.002 0.002 0.037 0.052 0.097 0.132 0.001 0.001 0.009 0.641 35 D 0.083 0.002 0.003 0.034 0.024 0.025 0.153 0.001 0.001 0.011 0.664 36 K 0.074 0.004 0.003 0.030 0.025 0.030 0.121 0.001 0.001 0.012 0.702 37 G 0.063 0.004 0.003 0.041 0.154 0.181 0.201 0.001 0.001 0.028 0.324 38 S 0.129 0.006 0.006 0.053 0.139 0.205 0.086 0.001 0.001 0.013 0.363 39 V 0.012 0.006 0.002 0.092 0.325 0.374 0.037 0.001 0.001 0.002 0.149 40 S 0.003 0.002 0.001 0.047 0.270 0.397 0.044 0.001 0.001 0.001 0.234 41 V 0.006 0.003 0.002 0.061 0.220 0.500 0.028 0.001 0.001 0.003 0.175 42 G 0.008 0.002 0.001 0.044 0.086 0.220 0.152 0.001 0.001 0.003 0.484 43 D 0.030 0.001 0.001 0.029 0.026 0.046 0.133 0.001 0.001 0.006 0.727 44 K 0.272 0.012 0.005 0.022 0.061 0.076 0.113 0.001 0.001 0.012 0.426 45 H 0.057 0.019 0.002 0.019 0.034 0.062 0.224 0.001 0.001 0.004 0.579 46 F 0.076 0.027 0.005 0.022 0.132 0.235 0.118 0.002 0.001 0.005 0.379 47 R 0.058 0.048 0.004 0.015 0.146 0.261 0.099 0.002 0.001 0.004 0.364 48 T 0.049 0.042 0.005 0.029 0.184 0.261 0.060 0.002 0.001 0.004 0.363 49 Q 0.073 0.054 0.009 0.022 0.224 0.287 0.053 0.003 0.001 0.005 0.271 50 A 0.062 0.034 0.008 0.041 0.160 0.288 0.119 0.002 0.001 0.006 0.281 51 F 0.071 0.013 0.011 0.087 0.331 0.338 0.042 0.001 0.001 0.004 0.101 52 K 0.012 0.008 0.003 0.099 0.367 0.365 0.042 0.001 0.001 0.002 0.102 53 V 0.006 0.005 0.003 0.207 0.284 0.342 0.024 0.001 0.001 0.001 0.127 54 R 0.003 0.003 0.001 0.302 0.306 0.315 0.019 0.001 0.001 0.001 0.050 55 L 0.002 0.003 0.001 0.134 0.242 0.446 0.019 0.001 0.001 0.001 0.154 56 V 0.002 0.005 0.001 0.292 0.231 0.339 0.035 0.001 0.001 0.001 0.095 57 N 0.006 0.006 0.001 0.132 0.148 0.303 0.074 0.001 0.001 0.005 0.325 58 A 0.020 0.022 0.003 0.104 0.111 0.176 0.146 0.001 0.001 0.007 0.410 59 A 0.014 0.015 0.002 0.047 0.035 0.085 0.345 0.001 0.001 0.008 0.448 60 K 0.184 0.033 0.008 0.042 0.023 0.046 0.207 0.003 0.001 0.032 0.421 61 S 0.162 0.134 0.010 0.038 0.045 0.046 0.182 0.006 0.001 0.023 0.354 62 E 0.185 0.047 0.009 0.013 0.018 0.033 0.063 0.006 0.001 0.007 0.619 63 I 0.304 0.092 0.027 0.110 0.062 0.090 0.048 0.009 0.001 0.004 0.254 64 S 0.030 0.036 0.004 0.081 0.103 0.106 0.172 0.005 0.001 0.002 0.460 65 L 0.047 0.088 0.025 0.119 0.089 0.106 0.107 0.006 0.001 0.009 0.405 66 K 0.032 0.056 0.016 0.091 0.047 0.121 0.309 0.002 0.001 0.039 0.286 67 N 0.223 0.018 0.009 0.039 0.026 0.041 0.301 0.002 0.001 0.033 0.309 68 S 0.161 0.065 0.018 0.087 0.056 0.063 0.163 0.002 0.001 0.011 0.375 69 C 0.047 0.058 0.007 0.130 0.130 0.184 0.123 0.002 0.001 0.004 0.316 70 L 0.021 0.071 0.005 0.080 0.295 0.380 0.035 0.002 0.001 0.002 0.110 71 V 0.009 0.038 0.003 0.066 0.305 0.443 0.022 0.001 0.001 0.001 0.112 72 A 0.008 0.022 0.002 0.052 0.340 0.456 0.011 0.001 0.001 0.001 0.106 73 Q 0.012 0.020 0.003 0.023 0.292 0.425 0.025 0.003 0.001 0.002 0.195 74 S 0.012 0.008 0.003 0.031 0.230 0.556 0.025 0.002 0.001 0.002 0.131 75 A 0.012 0.005 0.003 0.029 0.090 0.159 0.095 0.001 0.001 0.002 0.605 76 A 0.017 0.005 0.002 0.016 0.021 0.040 0.284 0.001 0.001 0.010 0.605 77 G 0.347 0.003 0.011 0.015 0.021 0.039 0.150 0.001 0.001 0.156 0.258 78 Q 0.729 0.007 0.013 0.008 0.025 0.019 0.098 0.001 0.001 0.010 0.089 79 S 0.010 0.003 0.002 0.047 0.027 0.039 0.113 0.001 0.001 0.001 0.758 80 F 0.028 0.002 0.004 0.062 0.255 0.461 0.023 0.001 0.001 0.002 0.164 81 R 0.010 0.003 0.001 0.246 0.119 0.117 0.111 0.001 0.001 0.001 0.392 82 L 0.008 0.002 0.001 0.131 0.147 0.259 0.030 0.001 0.001 0.001 0.420 83 D 0.023 0.005 0.002 0.364 0.125 0.236 0.078 0.001 0.001 0.003 0.163 84 T 0.022 0.008 0.001 0.244 0.102 0.170 0.177 0.001 0.001 0.004 0.273 85 V 0.012 0.018 0.001 0.169 0.079 0.140 0.126 0.001 0.001 0.003 0.452 86 D 0.023 0.035 0.004 0.136 0.076 0.273 0.162 0.001 0.001 0.012 0.278 87 E 0.112 0.057 0.002 0.066 0.019 0.053 0.171 0.002 0.001 0.020 0.499 88 E 0.148 0.074 0.004 0.034 0.007 0.016 0.292 0.003 0.001 0.008 0.413 89 L 0.430 0.285 0.019 0.025 0.010 0.015 0.069 0.009 0.001 0.007 0.131 90 T 0.101 0.523 0.009 0.020 0.014 0.027 0.072 0.013 0.001 0.002 0.218 91 A 0.098 0.285 0.010 0.027 0.021 0.037 0.034 0.013 0.001 0.003 0.473 92 D 0.153 0.163 0.011 0.020 0.040 0.079 0.044 0.023 0.001 0.012 0.455 93 T 0.410 0.069 0.034 0.013 0.024 0.028 0.125 0.022 0.001 0.010 0.266 94 L 0.145 0.084 0.171 0.072 0.030 0.084 0.051 0.016 0.001 0.005 0.342 95 K 0.026 0.033 0.024 0.060 0.243 0.116 0.191 0.005 0.001 0.005 0.297 96 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 97 G 0.020 0.001 0.003 0.077 0.039 0.238 0.143 0.001 0.001 0.010 0.469 98 A 0.911 0.001 0.003 0.003 0.004 0.003 0.024 0.001 0.001 0.008 0.043 99 S 0.025 0.003 0.001 0.077 0.022 0.026 0.073 0.001 0.001 0.001 0.772 100 V 0.027 0.001 0.005 0.078 0.240 0.382 0.032 0.001 0.001 0.002 0.232 101 E 0.008 0.004 0.001 0.230 0.085 0.142 0.162 0.001 0.001 0.004 0.365 102 G 0.027 0.001 0.001 0.105 0.216 0.383 0.061 0.001 0.001 0.014 0.192 103 D 0.090 0.003 0.004 0.295 0.159 0.194 0.108 0.001 0.001 0.005 0.141 104 A 0.006 0.002 0.001 0.178 0.221 0.404 0.050 0.001 0.001 0.001 0.137 105 I 0.003 0.002 0.001 0.154 0.292 0.434 0.023 0.001 0.001 0.001 0.090 106 F 0.003 0.003 0.001 0.162 0.292 0.385 0.024 0.001 0.001 0.001 0.130 107 A 0.007 0.004 0.002 0.134 0.227 0.271 0.059 0.001 0.001 0.003 0.293 108 S 0.005 0.003 0.003 0.144 0.238 0.258 0.130 0.001 0.001 0.004 0.213 109 E 0.004 0.002 0.001 0.027 0.043 0.069 0.117 0.001 0.001 0.004 0.734 110 D 0.010 0.003 0.002 0.032 0.026 0.074 0.450 0.001 0.001 0.030 0.373 111 D 0.199 0.011 0.002 0.011 0.010 0.016 0.251 0.001 0.001 0.063 0.436 112 A 0.044 0.038 0.003 0.006 0.006 0.010 0.518 0.001 0.001 0.015 0.359 113 V 0.276 0.125 0.009 0.017 0.028 0.049 0.184 0.003 0.001 0.012 0.298 114 Y 0.085 0.347 0.012 0.026 0.077 0.100 0.087 0.006 0.001 0.004 0.257 115 G 0.075 0.244 0.008 0.042 0.127 0.110 0.055 0.008 0.001 0.003 0.328 116 A 0.083 0.184 0.024 0.058 0.138 0.192 0.028 0.005 0.001 0.003 0.285 117 S 0.016 0.045 0.002 0.061 0.378 0.361 0.040 0.002 0.001 0.001 0.095 118 L 0.018 0.040 0.007 0.053 0.192 0.339 0.049 0.002 0.001 0.002 0.298 119 V 0.018 0.045 0.008 0.262 0.233 0.312 0.020 0.002 0.001 0.001 0.100 120 R 0.007 0.027 0.005 0.131 0.191 0.233 0.039 0.002 0.001 0.001 0.364 121 L 0.010 0.030 0.005 0.149 0.210 0.340 0.037 0.002 0.001 0.002 0.216 122 S 0.013 0.021 0.003 0.120 0.135 0.260 0.105 0.002 0.001 0.005 0.336 123 D 0.030 0.012 0.002 0.025 0.034 0.064 0.069 0.001 0.001 0.007 0.754 124 R 0.052 0.016 0.005 0.024 0.015 0.031 0.294 0.001 0.001 0.016 0.546 125 C 0.344 0.028 0.009 0.018 0.022 0.032 0.152 0.003 0.001 0.019 0.372 126 K 0.092 0.075 0.007 0.016 0.028 0.040 0.134 0.003 0.001 0.007 0.597