# TARGET T0574 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0574.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.70131 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.083 0.186 0.032 0.025 0.053 0.062 0.013 0.547 2 K 0.045 0.172 0.020 0.025 0.044 0.146 0.008 0.541 3 N 0.040 0.210 0.015 0.014 0.024 0.117 0.006 0.574 4 A 0.050 0.496 0.021 0.009 0.021 0.050 0.007 0.346 5 M 0.020 0.755 0.016 0.009 0.015 0.041 0.003 0.142 6 A 0.009 0.825 0.009 0.005 0.011 0.030 0.002 0.110 7 L 0.006 0.939 0.006 0.003 0.007 0.007 0.001 0.031 8 T 0.002 0.975 0.004 0.001 0.002 0.003 0.001 0.012 9 L 0.002 0.985 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 10 A 0.002 0.989 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 11 G 0.003 0.989 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 12 L 0.014 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 13 L 0.035 0.928 0.009 0.001 0.002 0.001 0.014 0.011 14 A 0.080 0.784 0.022 0.004 0.005 0.005 0.045 0.055 15 A 0.098 0.545 0.066 0.012 0.011 0.025 0.049 0.194 16 P 0.010 0.032 0.011 0.001 0.001 0.014 0.005 0.926 17 S 0.064 0.183 0.103 0.020 0.019 0.111 0.019 0.481 18 L 0.166 0.263 0.217 0.018 0.016 0.042 0.014 0.264 19 G 0.107 0.384 0.150 0.025 0.024 0.061 0.014 0.235 20 F 0.162 0.377 0.094 0.021 0.034 0.039 0.021 0.251 21 A 0.190 0.315 0.155 0.040 0.052 0.036 0.022 0.191 22 A 0.097 0.127 0.075 0.034 0.056 0.058 0.041 0.513 23 A 0.172 0.061 0.122 0.054 0.080 0.068 0.030 0.413 24 P 0.005 0.002 0.009 0.003 0.005 0.008 0.001 0.967 25 D 0.041 0.013 0.075 0.099 0.112 0.104 0.018 0.539 26 A 0.333 0.009 0.130 0.034 0.039 0.080 0.021 0.354 27 V 0.055 0.015 0.266 0.261 0.195 0.057 0.005 0.146 28 M 0.008 0.007 0.225 0.303 0.355 0.037 0.002 0.064 29 V 0.007 0.004 0.249 0.345 0.317 0.015 0.001 0.062 30 F 0.001 0.004 0.164 0.260 0.507 0.010 0.001 0.052 31 A 0.004 0.004 0.103 0.249 0.479 0.019 0.001 0.141 32 R 0.006 0.005 0.055 0.235 0.452 0.052 0.003 0.191 33 Q 0.019 0.004 0.031 0.096 0.229 0.069 0.008 0.544 34 G 0.032 0.004 0.024 0.042 0.081 0.105 0.019 0.693 35 D 0.121 0.004 0.025 0.034 0.045 0.250 0.030 0.490 36 K 0.069 0.004 0.022 0.016 0.024 0.109 0.017 0.739 37 G 0.113 0.007 0.062 0.111 0.180 0.164 0.021 0.341 38 S 0.124 0.005 0.075 0.097 0.120 0.204 0.009 0.366 39 V 0.013 0.004 0.067 0.271 0.331 0.035 0.001 0.278 40 S 0.009 0.004 0.057 0.197 0.374 0.115 0.002 0.244 41 V 0.014 0.005 0.040 0.191 0.257 0.076 0.002 0.415 42 G 0.013 0.006 0.030 0.063 0.167 0.146 0.004 0.570 43 D 0.040 0.006 0.013 0.042 0.067 0.200 0.008 0.623 44 K 0.105 0.018 0.018 0.056 0.089 0.127 0.020 0.566 45 H 0.069 0.027 0.017 0.067 0.101 0.147 0.009 0.563 46 F 0.052 0.040 0.022 0.176 0.276 0.070 0.008 0.356 47 R 0.051 0.059 0.028 0.211 0.379 0.046 0.004 0.221 48 T 0.037 0.086 0.024 0.164 0.272 0.080 0.009 0.328 49 Q 0.067 0.053 0.024 0.200 0.287 0.030 0.009 0.330 50 A 0.053 0.038 0.028 0.072 0.112 0.205 0.012 0.479 51 F 0.078 0.026 0.047 0.370 0.322 0.023 0.012 0.122 52 K 0.036 0.021 0.160 0.203 0.355 0.052 0.007 0.166 53 V 0.007 0.004 0.110 0.348 0.341 0.013 0.001 0.176 54 R 0.003 0.005 0.338 0.202 0.388 0.023 0.001 0.041 55 L 0.004 0.003 0.144 0.233 0.363 0.008 0.001 0.245 56 V 0.004 0.007 0.480 0.136 0.282 0.047 0.001 0.044 57 N 0.013 0.008 0.117 0.193 0.210 0.062 0.003 0.394 58 A 0.022 0.018 0.204 0.077 0.207 0.108 0.007 0.357 59 A 0.030 0.016 0.023 0.017 0.040 0.618 0.010 0.245 60 K 0.235 0.043 0.020 0.019 0.040 0.203 0.050 0.390 61 S 0.180 0.140 0.045 0.027 0.036 0.134 0.036 0.401 62 E 0.109 0.065 0.056 0.021 0.034 0.061 0.030 0.625 63 I 0.152 0.068 0.153 0.115 0.100 0.078 0.010 0.325 64 S 0.038 0.090 0.080 0.163 0.134 0.140 0.008 0.347 65 L 0.055 0.093 0.090 0.071 0.145 0.084 0.010 0.451 66 K 0.044 0.102 0.055 0.032 0.053 0.363 0.017 0.334 67 N 0.132 0.064 0.034 0.021 0.025 0.289 0.040 0.395 68 S 0.332 0.088 0.073 0.031 0.036 0.122 0.067 0.249 69 C 0.106 0.084 0.134 0.129 0.127 0.115 0.025 0.280 70 L 0.013 0.020 0.074 0.375 0.374 0.059 0.002 0.083 71 V 0.013 0.026 0.056 0.301 0.407 0.036 0.002 0.160 72 A 0.011 0.023 0.047 0.320 0.512 0.008 0.002 0.077 73 Q 0.013 0.036 0.045 0.205 0.423 0.052 0.005 0.221 74 S 0.015 0.029 0.020 0.351 0.411 0.039 0.007 0.129 75 A 0.020 0.019 0.022 0.056 0.118 0.081 0.011 0.673 76 A 0.022 0.008 0.009 0.018 0.019 0.604 0.024 0.296 77 G 0.539 0.006 0.007 0.006 0.007 0.045 0.243 0.147 78 Q 0.292 0.020 0.058 0.045 0.030 0.306 0.023 0.226 79 S 0.008 0.003 0.019 0.019 0.037 0.095 0.002 0.818 80 F 0.035 0.003 0.049 0.182 0.486 0.042 0.002 0.200 81 R 0.042 0.006 0.083 0.170 0.285 0.119 0.002 0.293 82 L 0.012 0.006 0.135 0.119 0.189 0.032 0.002 0.505 83 D 0.015 0.008 0.262 0.171 0.275 0.079 0.003 0.188 84 T 0.030 0.005 0.110 0.058 0.094 0.097 0.003 0.602 85 V 0.023 0.014 0.266 0.097 0.160 0.164 0.004 0.271 86 D 0.015 0.017 0.063 0.049 0.074 0.339 0.004 0.439 87 E 0.037 0.046 0.055 0.021 0.040 0.268 0.006 0.526 88 E 0.049 0.071 0.018 0.007 0.017 0.373 0.010 0.455 89 L 0.278 0.224 0.017 0.010 0.022 0.144 0.035 0.270 90 T 0.127 0.601 0.019 0.012 0.031 0.037 0.013 0.159 91 A 0.075 0.508 0.018 0.015 0.026 0.029 0.018 0.311 92 D 0.150 0.259 0.015 0.014 0.017 0.042 0.048 0.456 93 T 0.556 0.105 0.014 0.015 0.013 0.051 0.061 0.184 94 L 0.158 0.278 0.091 0.072 0.089 0.029 0.034 0.249 95 K 0.056 0.078 0.060 0.064 0.063 0.199 0.012 0.467 96 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 97 G 0.083 0.018 0.074 0.042 0.101 0.105 0.027 0.550 98 A 0.652 0.003 0.024 0.060 0.021 0.055 0.007 0.177 99 S 0.017 0.006 0.028 0.030 0.051 0.032 0.002 0.835 100 V 0.025 0.005 0.062 0.285 0.396 0.037 0.002 0.188 101 E 0.031 0.010 0.098 0.159 0.216 0.119 0.003 0.364 102 G 0.030 0.008 0.100 0.216 0.339 0.040 0.006 0.262 103 D 0.048 0.006 0.255 0.206 0.317 0.076 0.006 0.086 104 A 0.006 0.002 0.141 0.382 0.336 0.015 0.001 0.117 105 I 0.002 0.002 0.214 0.300 0.438 0.014 0.001 0.030 106 F 0.004 0.002 0.199 0.240 0.405 0.020 0.001 0.129 107 A 0.005 0.003 0.163 0.171 0.398 0.062 0.002 0.195 108 S 0.011 0.004 0.062 0.173 0.307 0.125 0.005 0.313 109 E 0.009 0.002 0.013 0.009 0.030 0.106 0.004 0.827 110 D 0.048 0.008 0.014 0.016 0.028 0.365 0.026 0.495 111 D 0.236 0.013 0.008 0.007 0.009 0.117 0.036 0.574 112 A 0.055 0.063 0.015 0.013 0.015 0.624 0.008 0.208 113 V 0.165 0.192 0.027 0.042 0.114 0.169 0.019 0.272 114 Y 0.080 0.315 0.065 0.112 0.233 0.038 0.006 0.152 115 G 0.038 0.257 0.046 0.084 0.156 0.058 0.013 0.348 116 A 0.121 0.209 0.063 0.133 0.191 0.026 0.019 0.238 117 S 0.039 0.189 0.087 0.188 0.251 0.041 0.017 0.188 118 L 0.046 0.081 0.097 0.208 0.284 0.034 0.017 0.232 119 V 0.034 0.055 0.209 0.337 0.256 0.030 0.004 0.075 120 R 0.011 0.028 0.073 0.286 0.308 0.022 0.003 0.270 121 L 0.017 0.033 0.092 0.168 0.411 0.043 0.004 0.233 122 S 0.030 0.043 0.048 0.129 0.213 0.120 0.011 0.406 123 D 0.026 0.010 0.011 0.020 0.039 0.043 0.007 0.845 124 R 0.054 0.015 0.012 0.012 0.022 0.491 0.015 0.380 125 C 0.354 0.044 0.020 0.034 0.045 0.138 0.033 0.332 126 K 0.070 0.086 0.032 0.039 0.052 0.157 0.009 0.555