# TARGET T0574 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0574.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.70131 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.750 0.041 0.079 0.062 0.026 0.011 0.011 0.002 0.015 0.003 0.001 2 K 0.959 0.006 0.019 0.010 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 3 N 0.921 0.004 0.007 0.054 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 4 A 0.977 0.002 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 M 0.994 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 G 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.966 0.005 0.003 0.020 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.845 0.014 0.023 0.088 0.007 0.007 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 15 A 0.698 0.058 0.122 0.037 0.006 0.018 0.013 0.001 0.046 0.001 0.001 16 P 0.903 0.002 0.060 0.024 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 17 S 0.720 0.029 0.036 0.177 0.012 0.008 0.008 0.004 0.005 0.001 0.001 18 L 0.775 0.069 0.054 0.067 0.008 0.007 0.013 0.001 0.006 0.001 0.001 19 G 0.671 0.083 0.083 0.070 0.049 0.013 0.012 0.005 0.009 0.003 0.001 20 F 0.375 0.175 0.113 0.261 0.027 0.016 0.014 0.001 0.017 0.001 0.001 21 A 0.356 0.265 0.175 0.069 0.055 0.021 0.027 0.004 0.024 0.002 0.002 22 A 0.235 0.233 0.246 0.167 0.029 0.040 0.024 0.002 0.020 0.001 0.002 23 A 0.029 0.248 0.404 0.008 0.051 0.019 0.010 0.001 0.227 0.004 0.001 24 P 0.447 0.006 0.469 0.027 0.003 0.010 0.002 0.001 0.002 0.005 0.028 25 D 0.174 0.077 0.133 0.412 0.058 0.018 0.069 0.034 0.019 0.004 0.001 26 A 0.166 0.192 0.333 0.153 0.063 0.023 0.046 0.010 0.011 0.002 0.001 27 V 0.037 0.744 0.141 0.020 0.037 0.010 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 28 M 0.010 0.736 0.175 0.005 0.040 0.022 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 29 V 0.007 0.830 0.098 0.004 0.024 0.024 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 30 F 0.016 0.775 0.103 0.015 0.050 0.020 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 31 A 0.026 0.515 0.214 0.017 0.159 0.028 0.008 0.001 0.028 0.002 0.001 32 R 0.052 0.587 0.176 0.027 0.077 0.030 0.008 0.001 0.040 0.002 0.001 33 Q 0.093 0.320 0.344 0.081 0.039 0.029 0.044 0.002 0.040 0.004 0.004 34 G 0.064 0.028 0.086 0.044 0.127 0.011 0.064 0.304 0.006 0.264 0.003 35 D 0.102 0.192 0.270 0.224 0.065 0.039 0.041 0.018 0.030 0.015 0.003 36 K 0.139 0.214 0.268 0.253 0.033 0.011 0.054 0.003 0.018 0.003 0.004 37 G 0.034 0.050 0.084 0.032 0.360 0.009 0.060 0.234 0.006 0.131 0.002 38 S 0.038 0.449 0.296 0.042 0.131 0.018 0.005 0.002 0.016 0.001 0.002 39 V 0.021 0.702 0.171 0.018 0.058 0.012 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 40 S 0.026 0.609 0.202 0.009 0.065 0.042 0.004 0.001 0.041 0.001 0.001 41 V 0.089 0.461 0.267 0.075 0.024 0.030 0.018 0.001 0.032 0.001 0.002 42 G 0.075 0.038 0.104 0.034 0.165 0.016 0.074 0.204 0.009 0.277 0.003 43 D 0.138 0.117 0.199 0.257 0.089 0.040 0.089 0.035 0.018 0.015 0.003 44 K 0.209 0.350 0.224 0.095 0.055 0.021 0.022 0.004 0.016 0.003 0.001 45 H 0.192 0.317 0.280 0.098 0.034 0.039 0.020 0.002 0.014 0.002 0.001 46 F 0.143 0.422 0.170 0.122 0.082 0.022 0.014 0.002 0.020 0.001 0.001 47 R 0.098 0.437 0.244 0.059 0.084 0.035 0.013 0.002 0.025 0.002 0.001 48 T 0.117 0.438 0.207 0.101 0.054 0.036 0.022 0.002 0.021 0.001 0.001 49 Q 0.127 0.477 0.189 0.042 0.101 0.016 0.017 0.001 0.027 0.001 0.001 50 A 0.135 0.370 0.235 0.136 0.050 0.029 0.027 0.002 0.014 0.001 0.001 51 F 0.021 0.546 0.152 0.043 0.197 0.012 0.009 0.001 0.019 0.001 0.001 52 K 0.012 0.665 0.209 0.007 0.038 0.034 0.019 0.001 0.015 0.001 0.001 53 V 0.005 0.771 0.159 0.001 0.013 0.041 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 54 R 0.022 0.626 0.226 0.003 0.027 0.074 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 55 L 0.017 0.409 0.320 0.009 0.025 0.196 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 56 V 0.048 0.741 0.067 0.017 0.087 0.022 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 57 N 0.024 0.123 0.457 0.016 0.059 0.226 0.030 0.004 0.042 0.014 0.005 58 A 0.330 0.136 0.148 0.211 0.069 0.045 0.021 0.007 0.023 0.006 0.004 59 A 0.394 0.169 0.203 0.071 0.072 0.015 0.019 0.007 0.034 0.015 0.001 60 K 0.494 0.049 0.115 0.292 0.011 0.015 0.015 0.001 0.006 0.001 0.002 61 S 0.287 0.190 0.201 0.130 0.107 0.015 0.036 0.008 0.023 0.003 0.001 62 E 0.358 0.159 0.285 0.091 0.013 0.049 0.031 0.002 0.009 0.001 0.002 63 I 0.144 0.582 0.169 0.034 0.030 0.021 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 64 S 0.096 0.187 0.470 0.018 0.022 0.154 0.008 0.001 0.039 0.003 0.002 65 L 0.540 0.106 0.175 0.111 0.019 0.027 0.004 0.001 0.014 0.002 0.002 66 K 0.526 0.079 0.097 0.178 0.023 0.015 0.053 0.010 0.011 0.006 0.001 67 N 0.193 0.069 0.088 0.270 0.096 0.017 0.186 0.062 0.010 0.008 0.001 68 S 0.169 0.255 0.310 0.114 0.060 0.035 0.033 0.007 0.015 0.002 0.001 69 C 0.155 0.409 0.290 0.075 0.033 0.022 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 70 L 0.153 0.550 0.165 0.032 0.035 0.045 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 71 V 0.043 0.773 0.068 0.008 0.080 0.008 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 72 A 0.084 0.451 0.291 0.019 0.069 0.049 0.005 0.001 0.028 0.001 0.002 73 Q 0.085 0.472 0.179 0.127 0.042 0.044 0.006 0.001 0.042 0.001 0.001 74 S 0.067 0.194 0.448 0.027 0.086 0.037 0.035 0.005 0.072 0.028 0.002 75 A 0.548 0.070 0.254 0.057 0.012 0.013 0.009 0.002 0.016 0.010 0.009 76 A 0.148 0.059 0.170 0.428 0.013 0.007 0.151 0.006 0.011 0.003 0.003 77 G 0.002 0.001 0.004 0.003 0.028 0.001 0.053 0.806 0.001 0.102 0.001 78 Q 0.048 0.318 0.511 0.055 0.036 0.015 0.005 0.001 0.007 0.001 0.002 79 S 0.047 0.542 0.246 0.077 0.037 0.027 0.007 0.001 0.014 0.001 0.003 80 F 0.006 0.660 0.146 0.018 0.134 0.016 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 81 R 0.010 0.543 0.277 0.007 0.034 0.099 0.008 0.001 0.019 0.001 0.001 82 L 0.042 0.370 0.469 0.022 0.024 0.058 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 83 D 0.169 0.213 0.258 0.120 0.068 0.088 0.047 0.010 0.018 0.008 0.002 84 T 0.078 0.415 0.171 0.083 0.159 0.051 0.021 0.002 0.018 0.001 0.001 85 V 0.209 0.507 0.149 0.047 0.034 0.032 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 86 D 0.275 0.154 0.351 0.039 0.023 0.115 0.011 0.001 0.026 0.003 0.002 87 E 0.935 0.012 0.019 0.024 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 88 E 0.908 0.019 0.027 0.033 0.003 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 89 L 0.864 0.017 0.021 0.083 0.002 0.008 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 90 T 0.833 0.030 0.039 0.073 0.007 0.005 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 91 A 0.844 0.018 0.050 0.063 0.004 0.005 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 92 D 0.506 0.027 0.025 0.304 0.024 0.010 0.070 0.023 0.008 0.002 0.001 93 T 0.390 0.116 0.225 0.177 0.011 0.033 0.028 0.002 0.018 0.001 0.001 94 L 0.166 0.248 0.352 0.137 0.006 0.038 0.034 0.001 0.016 0.001 0.001 95 K 0.021 0.356 0.325 0.005 0.079 0.026 0.005 0.001 0.169 0.013 0.001 96 P 0.033 0.004 0.867 0.014 0.002 0.020 0.003 0.001 0.002 0.002 0.053 97 G 0.003 0.002 0.010 0.003 0.021 0.004 0.034 0.861 0.001 0.060 0.001 98 A 0.062 0.362 0.458 0.041 0.043 0.011 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 99 S 0.041 0.395 0.338 0.063 0.063 0.058 0.016 0.004 0.013 0.003 0.005 100 V 0.012 0.702 0.173 0.017 0.053 0.021 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 101 E 0.032 0.508 0.273 0.091 0.034 0.021 0.016 0.001 0.023 0.001 0.002 102 G 0.009 0.097 0.103 0.015 0.589 0.013 0.017 0.077 0.007 0.072 0.001 103 D 0.026 0.609 0.167 0.022 0.136 0.012 0.008 0.001 0.017 0.001 0.001 104 A 0.003 0.721 0.124 0.004 0.131 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 105 I 0.006 0.868 0.061 0.002 0.039 0.010 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 106 F 0.006 0.601 0.256 0.010 0.055 0.042 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 107 A 0.038 0.486 0.199 0.046 0.111 0.065 0.017 0.005 0.024 0.006 0.002 108 S 0.065 0.326 0.291 0.043 0.156 0.035 0.026 0.005 0.037 0.016 0.002 109 E 0.261 0.154 0.287 0.119 0.065 0.047 0.028 0.004 0.021 0.010 0.004 110 D 0.429 0.093 0.168 0.159 0.042 0.039 0.027 0.008 0.027 0.007 0.001 111 D 0.768 0.025 0.048 0.126 0.005 0.007 0.016 0.001 0.003 0.001 0.001 112 A 0.689 0.117 0.089 0.056 0.017 0.010 0.014 0.002 0.005 0.001 0.001 113 V 0.594 0.138 0.074 0.158 0.003 0.022 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 114 Y 0.369 0.209 0.130 0.198 0.031 0.010 0.030 0.001 0.021 0.001 0.001 115 G 0.084 0.055 0.069 0.064 0.214 0.019 0.263 0.162 0.015 0.053 0.001 116 A 0.074 0.292 0.477 0.045 0.061 0.028 0.008 0.002 0.010 0.001 0.001 117 S 0.180 0.437 0.237 0.067 0.036 0.020 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 118 L 0.024 0.747 0.124 0.017 0.041 0.021 0.008 0.001 0.017 0.001 0.001 119 V 0.014 0.802 0.085 0.003 0.067 0.019 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 120 R 0.010 0.393 0.422 0.005 0.054 0.088 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 121 L 0.054 0.405 0.287 0.023 0.022 0.160 0.004 0.001 0.043 0.001 0.002 122 S 0.198 0.298 0.209 0.092 0.079 0.050 0.015 0.003 0.043 0.012 0.002 123 D 0.476 0.065 0.111 0.223 0.042 0.017 0.032 0.008 0.011 0.011 0.003 124 R 0.185 0.069 0.058 0.491 0.044 0.021 0.097 0.016 0.014 0.003 0.001 125 C 0.146 0.230 0.288 0.134 0.069 0.021 0.058 0.009 0.037 0.007 0.001 126 K 0.301 0.129 0.332 0.089 0.024 0.030 0.057 0.009 0.015 0.008 0.006