# TARGET T0574 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0574.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.70131 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.305 0.181 0.166 0.165 0.117 0.057 0.010 2 K 0.391 0.248 0.174 0.112 0.046 0.024 0.005 3 N 0.353 0.232 0.176 0.120 0.069 0.039 0.011 4 A 0.177 0.173 0.166 0.184 0.152 0.109 0.039 5 M 0.089 0.110 0.112 0.174 0.207 0.205 0.103 6 A 0.069 0.083 0.092 0.139 0.178 0.242 0.198 7 L 0.030 0.037 0.042 0.083 0.148 0.293 0.367 8 T 0.021 0.029 0.034 0.071 0.131 0.258 0.456 9 L 0.012 0.013 0.019 0.039 0.090 0.245 0.581 10 A 0.008 0.009 0.012 0.028 0.073 0.237 0.632 11 G 0.009 0.011 0.016 0.033 0.074 0.225 0.631 12 L 0.007 0.008 0.010 0.022 0.059 0.226 0.668 13 L 0.014 0.017 0.020 0.044 0.088 0.235 0.582 14 A 0.019 0.024 0.026 0.054 0.107 0.241 0.528 15 A 0.029 0.037 0.041 0.078 0.127 0.249 0.440 16 P 0.038 0.044 0.050 0.086 0.141 0.254 0.388 17 S 0.045 0.055 0.056 0.099 0.153 0.249 0.343 18 L 0.057 0.054 0.072 0.107 0.161 0.247 0.303 19 G 0.048 0.050 0.053 0.089 0.150 0.290 0.320 20 F 0.072 0.074 0.102 0.152 0.191 0.223 0.185 21 A 0.058 0.058 0.064 0.111 0.191 0.309 0.209 22 A 0.077 0.122 0.179 0.201 0.183 0.167 0.071 23 A 0.046 0.060 0.083 0.148 0.239 0.277 0.148 24 P 0.074 0.143 0.172 0.199 0.168 0.155 0.089 25 D 0.073 0.164 0.163 0.209 0.186 0.142 0.063 26 A 0.029 0.091 0.189 0.241 0.209 0.164 0.077 27 V 0.003 0.005 0.010 0.032 0.146 0.514 0.291 28 M 0.008 0.025 0.074 0.146 0.233 0.278 0.237 29 V 0.004 0.008 0.017 0.030 0.087 0.441 0.413 30 F 0.007 0.021 0.067 0.172 0.284 0.339 0.110 31 A 0.005 0.013 0.035 0.097 0.316 0.432 0.101 32 R 0.037 0.139 0.265 0.272 0.191 0.084 0.011 33 Q 0.152 0.242 0.237 0.219 0.112 0.035 0.003 34 G 0.378 0.298 0.179 0.104 0.031 0.009 0.001 35 D 0.694 0.182 0.092 0.023 0.006 0.002 0.001 36 K 0.467 0.288 0.165 0.057 0.018 0.005 0.001 37 G 0.111 0.215 0.214 0.235 0.170 0.052 0.003 38 S 0.088 0.118 0.182 0.204 0.213 0.176 0.019 39 V 0.064 0.077 0.123 0.192 0.223 0.287 0.033 40 S 0.091 0.194 0.257 0.260 0.144 0.048 0.006 41 V 0.099 0.110 0.167 0.252 0.248 0.112 0.013 42 G 0.300 0.316 0.192 0.122 0.053 0.016 0.002 43 D 0.528 0.301 0.099 0.055 0.013 0.004 0.001 44 K 0.525 0.238 0.145 0.063 0.024 0.005 0.001 45 H 0.224 0.284 0.228 0.175 0.070 0.019 0.001 46 F 0.167 0.258 0.261 0.196 0.094 0.025 0.001 47 R 0.198 0.252 0.254 0.179 0.096 0.021 0.001 48 T 0.302 0.386 0.156 0.121 0.028 0.007 0.001 49 Q 0.285 0.305 0.222 0.119 0.058 0.012 0.001 50 A 0.154 0.334 0.269 0.174 0.049 0.019 0.001 51 F 0.008 0.033 0.080 0.270 0.458 0.143 0.008 52 K 0.035 0.211 0.369 0.282 0.072 0.025 0.004 53 V 0.004 0.014 0.025 0.089 0.306 0.500 0.062 54 R 0.012 0.072 0.194 0.398 0.220 0.083 0.020 55 L 0.003 0.007 0.012 0.035 0.152 0.579 0.211 56 V 0.020 0.078 0.189 0.295 0.233 0.152 0.034 57 N 0.021 0.074 0.114 0.213 0.256 0.279 0.042 58 A 0.046 0.128 0.271 0.284 0.179 0.085 0.008 59 A 0.066 0.151 0.198 0.263 0.221 0.094 0.007 60 K 0.327 0.388 0.182 0.078 0.019 0.005 0.001 61 S 0.420 0.358 0.124 0.068 0.024 0.005 0.001 62 E 0.206 0.384 0.233 0.137 0.032 0.008 0.001 63 I 0.027 0.059 0.132 0.369 0.330 0.082 0.002 64 S 0.128 0.370 0.315 0.138 0.040 0.008 0.001 65 L 0.019 0.051 0.112 0.337 0.361 0.115 0.005 66 K 0.242 0.348 0.270 0.102 0.028 0.009 0.001 67 N 0.210 0.342 0.255 0.125 0.046 0.019 0.002 68 S 0.050 0.152 0.209 0.269 0.225 0.086 0.010 69 C 0.017 0.050 0.119 0.217 0.305 0.239 0.053 70 L 0.016 0.042 0.071 0.116 0.231 0.426 0.098 71 V 0.024 0.102 0.237 0.337 0.207 0.083 0.010 72 A 0.020 0.040 0.075 0.150 0.364 0.314 0.037 73 Q 0.052 0.139 0.275 0.276 0.187 0.067 0.004 74 S 0.244 0.383 0.219 0.112 0.035 0.007 0.001 75 A 0.493 0.337 0.111 0.048 0.009 0.001 0.001 76 A 0.677 0.241 0.066 0.013 0.003 0.001 0.001 77 G 0.507 0.353 0.096 0.038 0.005 0.001 0.001 78 Q 0.517 0.311 0.115 0.045 0.011 0.001 0.001 79 S 0.252 0.464 0.166 0.095 0.021 0.003 0.001 80 F 0.027 0.052 0.165 0.347 0.344 0.063 0.001 81 R 0.155 0.378 0.285 0.145 0.030 0.007 0.001 82 L 0.061 0.144 0.215 0.293 0.229 0.054 0.002 83 D 0.088 0.224 0.282 0.244 0.117 0.043 0.001 84 T 0.106 0.228 0.305 0.192 0.122 0.044 0.003 85 V 0.031 0.068 0.146 0.336 0.297 0.115 0.006 86 D 0.191 0.379 0.245 0.141 0.034 0.010 0.001 87 E 0.395 0.307 0.188 0.083 0.023 0.005 0.001 88 E 0.437 0.392 0.134 0.029 0.006 0.001 0.001 89 L 0.028 0.062 0.168 0.422 0.260 0.060 0.001 90 T 0.150 0.271 0.295 0.186 0.084 0.014 0.001 91 A 0.475 0.358 0.119 0.042 0.006 0.001 0.001 92 D 0.565 0.318 0.092 0.020 0.004 0.001 0.001 93 T 0.155 0.277 0.361 0.148 0.051 0.008 0.001 94 L 0.031 0.050 0.118 0.339 0.398 0.064 0.001 95 K 0.211 0.386 0.262 0.116 0.022 0.003 0.001 96 P 0.574 0.300 0.100 0.019 0.006 0.001 0.001 97 G 0.428 0.348 0.131 0.078 0.013 0.002 0.001 98 A 0.483 0.288 0.148 0.059 0.018 0.003 0.001 99 S 0.174 0.375 0.248 0.137 0.055 0.010 0.001 100 V 0.025 0.067 0.165 0.340 0.328 0.071 0.004 101 E 0.120 0.387 0.290 0.149 0.039 0.014 0.002 102 G 0.017 0.085 0.157 0.235 0.353 0.142 0.012 103 D 0.003 0.023 0.080 0.225 0.350 0.259 0.061 104 A 0.001 0.001 0.004 0.013 0.086 0.536 0.359 105 I 0.001 0.004 0.012 0.030 0.072 0.358 0.523 106 F 0.001 0.001 0.002 0.009 0.040 0.342 0.605 107 A 0.001 0.003 0.010 0.040 0.136 0.368 0.441 108 S 0.006 0.022 0.051 0.131 0.245 0.342 0.203 109 E 0.034 0.107 0.182 0.216 0.196 0.185 0.081 110 D 0.053 0.131 0.158 0.265 0.208 0.155 0.031 111 D 0.163 0.229 0.233 0.181 0.112 0.070 0.012 112 A 0.064 0.135 0.191 0.243 0.236 0.115 0.015 113 V 0.048 0.063 0.113 0.169 0.249 0.298 0.061 114 Y 0.047 0.124 0.163 0.255 0.237 0.147 0.028 115 G 0.079 0.198 0.245 0.227 0.125 0.089 0.037 116 A 0.025 0.039 0.083 0.175 0.301 0.292 0.085 117 S 0.050 0.167 0.229 0.275 0.153 0.097 0.030 118 L 0.034 0.079 0.132 0.206 0.295 0.217 0.037 119 V 0.024 0.040 0.064 0.136 0.262 0.404 0.069 120 R 0.048 0.179 0.256 0.278 0.157 0.073 0.008 121 L 0.053 0.103 0.191 0.305 0.244 0.099 0.006 122 S 0.224 0.325 0.233 0.152 0.053 0.012 0.001 123 D 0.652 0.237 0.075 0.029 0.005 0.001 0.001 124 R 0.768 0.178 0.043 0.008 0.002 0.001 0.001 125 C 0.389 0.262 0.222 0.101 0.023 0.002 0.001 126 K 0.778 0.179 0.035 0.007 0.001 0.001 0.001