# TARGET T0574 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0574.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.70131 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.174 0.096 0.094 0.133 0.152 0.133 0.091 0.063 0.032 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 2 K 0.230 0.154 0.159 0.154 0.118 0.079 0.050 0.026 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 3 N 0.245 0.145 0.137 0.155 0.125 0.084 0.049 0.030 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 4 A 0.103 0.092 0.095 0.144 0.171 0.140 0.112 0.072 0.036 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 5 M 0.072 0.053 0.070 0.098 0.141 0.151 0.152 0.121 0.067 0.038 0.020 0.010 0.005 0.002 6 A 0.074 0.057 0.062 0.094 0.125 0.138 0.152 0.129 0.076 0.047 0.022 0.014 0.007 0.003 7 L 0.066 0.049 0.054 0.079 0.110 0.129 0.153 0.128 0.089 0.058 0.040 0.025 0.013 0.007 8 T 0.047 0.042 0.051 0.076 0.107 0.138 0.152 0.129 0.102 0.067 0.040 0.027 0.014 0.007 9 L 0.039 0.036 0.045 0.071 0.109 0.134 0.173 0.155 0.095 0.062 0.041 0.020 0.013 0.007 10 A 0.043 0.040 0.043 0.072 0.105 0.144 0.157 0.132 0.107 0.071 0.037 0.026 0.016 0.007 11 G 0.037 0.041 0.052 0.091 0.125 0.153 0.172 0.147 0.079 0.050 0.024 0.015 0.009 0.005 12 L 0.044 0.039 0.047 0.075 0.112 0.140 0.163 0.135 0.094 0.064 0.041 0.026 0.014 0.006 13 L 0.049 0.049 0.061 0.089 0.121 0.153 0.150 0.130 0.084 0.052 0.028 0.017 0.011 0.005 14 A 0.057 0.046 0.056 0.079 0.118 0.135 0.163 0.131 0.084 0.058 0.037 0.020 0.011 0.005 15 A 0.060 0.054 0.066 0.101 0.137 0.151 0.141 0.114 0.078 0.050 0.023 0.014 0.008 0.004 16 P 0.058 0.045 0.063 0.086 0.124 0.139 0.147 0.116 0.087 0.062 0.037 0.020 0.011 0.005 17 S 0.079 0.060 0.070 0.104 0.142 0.137 0.136 0.107 0.068 0.047 0.023 0.015 0.007 0.004 18 L 0.075 0.055 0.069 0.078 0.109 0.123 0.139 0.117 0.092 0.063 0.040 0.022 0.012 0.006 19 G 0.064 0.041 0.050 0.065 0.103 0.127 0.159 0.132 0.100 0.072 0.048 0.021 0.012 0.005 20 F 0.057 0.060 0.079 0.120 0.149 0.148 0.133 0.107 0.065 0.039 0.022 0.011 0.006 0.004 21 A 0.096 0.070 0.074 0.099 0.129 0.127 0.121 0.096 0.073 0.053 0.031 0.018 0.010 0.004 22 A 0.068 0.095 0.111 0.154 0.176 0.138 0.108 0.075 0.038 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 23 A 0.042 0.039 0.048 0.081 0.131 0.152 0.154 0.135 0.091 0.059 0.040 0.015 0.009 0.004 24 P 0.032 0.062 0.075 0.134 0.175 0.164 0.139 0.111 0.057 0.026 0.017 0.005 0.003 0.002 25 D 0.057 0.085 0.096 0.152 0.148 0.140 0.099 0.084 0.060 0.037 0.022 0.011 0.005 0.003 26 A 0.014 0.030 0.038 0.086 0.139 0.164 0.158 0.151 0.099 0.062 0.028 0.017 0.008 0.007 27 V 0.002 0.002 0.004 0.006 0.017 0.041 0.082 0.101 0.174 0.186 0.191 0.104 0.065 0.025 28 M 0.004 0.006 0.010 0.018 0.038 0.064 0.100 0.140 0.181 0.161 0.128 0.067 0.044 0.038 29 V 0.002 0.002 0.004 0.005 0.009 0.016 0.037 0.063 0.115 0.189 0.267 0.156 0.091 0.043 30 F 0.004 0.008 0.011 0.028 0.041 0.070 0.088 0.131 0.161 0.146 0.103 0.103 0.058 0.047 31 A 0.003 0.005 0.008 0.017 0.031 0.059 0.100 0.130 0.184 0.180 0.130 0.088 0.046 0.019 32 R 0.018 0.052 0.059 0.125 0.177 0.152 0.157 0.137 0.059 0.029 0.025 0.006 0.003 0.004 33 Q 0.051 0.112 0.136 0.172 0.158 0.143 0.082 0.057 0.048 0.019 0.013 0.004 0.002 0.001 34 G 0.128 0.177 0.189 0.184 0.119 0.089 0.057 0.024 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 35 D 0.274 0.217 0.192 0.115 0.067 0.062 0.040 0.012 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 36 K 0.110 0.143 0.159 0.154 0.151 0.119 0.081 0.039 0.027 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 37 G 0.035 0.041 0.052 0.103 0.161 0.161 0.157 0.134 0.073 0.047 0.018 0.011 0.005 0.002 38 S 0.030 0.026 0.037 0.070 0.125 0.126 0.154 0.153 0.114 0.080 0.044 0.025 0.011 0.006 39 V 0.032 0.015 0.021 0.034 0.056 0.074 0.107 0.135 0.143 0.138 0.118 0.082 0.034 0.010 40 S 0.056 0.053 0.057 0.092 0.129 0.121 0.123 0.125 0.085 0.059 0.052 0.026 0.011 0.011 41 V 0.033 0.026 0.027 0.051 0.083 0.107 0.128 0.142 0.140 0.108 0.076 0.044 0.026 0.009 42 G 0.093 0.101 0.103 0.147 0.148 0.128 0.116 0.081 0.042 0.022 0.012 0.003 0.001 0.001 43 D 0.265 0.156 0.135 0.123 0.093 0.088 0.062 0.030 0.024 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 44 K 0.287 0.159 0.148 0.131 0.100 0.076 0.050 0.022 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 45 H 0.226 0.156 0.140 0.155 0.131 0.090 0.049 0.025 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 46 F 0.145 0.120 0.108 0.155 0.169 0.123 0.081 0.054 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 47 R 0.232 0.147 0.147 0.140 0.124 0.085 0.051 0.031 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 48 T 0.179 0.140 0.142 0.145 0.134 0.095 0.069 0.036 0.031 0.015 0.009 0.002 0.001 0.001 49 Q 0.116 0.106 0.122 0.150 0.146 0.120 0.084 0.066 0.040 0.023 0.017 0.006 0.003 0.001 50 A 0.068 0.087 0.089 0.138 0.173 0.140 0.105 0.083 0.057 0.032 0.016 0.006 0.003 0.003 51 F 0.009 0.009 0.012 0.027 0.051 0.093 0.127 0.147 0.164 0.150 0.105 0.063 0.034 0.010 52 K 0.015 0.027 0.038 0.081 0.133 0.145 0.149 0.159 0.103 0.067 0.041 0.021 0.008 0.011 53 V 0.005 0.003 0.005 0.008 0.013 0.026 0.050 0.063 0.150 0.209 0.198 0.159 0.085 0.025 54 R 0.008 0.013 0.019 0.036 0.063 0.098 0.139 0.177 0.146 0.113 0.089 0.048 0.026 0.025 55 L 0.002 0.002 0.003 0.006 0.013 0.028 0.064 0.088 0.157 0.191 0.215 0.125 0.070 0.037 56 V 0.007 0.017 0.019 0.050 0.077 0.119 0.136 0.164 0.151 0.117 0.059 0.041 0.025 0.018 57 N 0.021 0.033 0.038 0.066 0.111 0.108 0.150 0.117 0.112 0.100 0.070 0.042 0.018 0.012 58 A 0.015 0.035 0.046 0.083 0.131 0.153 0.150 0.163 0.099 0.054 0.042 0.015 0.008 0.005 59 A 0.016 0.025 0.034 0.073 0.138 0.166 0.178 0.147 0.106 0.058 0.034 0.013 0.009 0.004 60 K 0.061 0.140 0.166 0.203 0.173 0.114 0.066 0.038 0.028 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 61 S 0.260 0.186 0.162 0.136 0.098 0.088 0.034 0.016 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 62 E 0.125 0.192 0.145 0.182 0.135 0.138 0.049 0.016 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 63 I 0.090 0.060 0.061 0.120 0.194 0.192 0.132 0.095 0.031 0.012 0.008 0.004 0.002 0.001 64 S 0.219 0.250 0.216 0.123 0.078 0.064 0.024 0.011 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 L 0.048 0.041 0.053 0.144 0.198 0.177 0.136 0.097 0.059 0.022 0.014 0.007 0.003 0.001 66 K 0.150 0.169 0.223 0.148 0.103 0.092 0.056 0.021 0.026 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 67 N 0.172 0.155 0.184 0.149 0.127 0.097 0.051 0.024 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 68 S 0.023 0.033 0.030 0.076 0.140 0.179 0.195 0.136 0.091 0.049 0.028 0.011 0.005 0.002 69 C 0.011 0.014 0.026 0.055 0.110 0.133 0.179 0.209 0.101 0.075 0.049 0.019 0.013 0.007 70 L 0.031 0.025 0.024 0.052 0.066 0.092 0.118 0.138 0.142 0.139 0.068 0.065 0.031 0.009 71 V 0.042 0.059 0.072 0.119 0.134 0.146 0.124 0.120 0.080 0.049 0.030 0.016 0.006 0.005 72 A 0.020 0.021 0.027 0.052 0.093 0.118 0.176 0.173 0.116 0.073 0.086 0.024 0.013 0.007 73 Q 0.040 0.086 0.105 0.190 0.209 0.168 0.084 0.066 0.030 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 74 S 0.265 0.195 0.184 0.137 0.089 0.066 0.032 0.013 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 75 A 0.250 0.175 0.227 0.146 0.100 0.055 0.025 0.009 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 76 A 0.420 0.208 0.219 0.064 0.035 0.031 0.013 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 G 0.359 0.198 0.170 0.113 0.074 0.040 0.031 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.344 0.204 0.147 0.108 0.072 0.056 0.042 0.012 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 79 S 0.196 0.173 0.137 0.150 0.135 0.105 0.049 0.026 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 80 F 0.052 0.037 0.040 0.087 0.128 0.164 0.143 0.144 0.086 0.058 0.026 0.023 0.010 0.002 81 R 0.092 0.081 0.104 0.145 0.166 0.148 0.097 0.070 0.052 0.023 0.014 0.005 0.001 0.001 82 L 0.047 0.034 0.048 0.087 0.123 0.124 0.139 0.127 0.103 0.075 0.052 0.025 0.011 0.004 83 D 0.128 0.102 0.105 0.137 0.149 0.116 0.092 0.068 0.047 0.025 0.021 0.005 0.002 0.002 84 T 0.100 0.097 0.108 0.145 0.158 0.124 0.086 0.082 0.048 0.027 0.012 0.007 0.004 0.002 85 V 0.037 0.041 0.040 0.099 0.169 0.169 0.164 0.153 0.074 0.029 0.017 0.005 0.002 0.001 86 D 0.068 0.140 0.187 0.208 0.149 0.129 0.058 0.026 0.027 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 87 E 0.510 0.195 0.135 0.064 0.036 0.034 0.015 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 E 0.332 0.218 0.321 0.068 0.028 0.022 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.063 0.070 0.075 0.186 0.232 0.177 0.096 0.073 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 90 T 0.115 0.153 0.210 0.227 0.143 0.082 0.037 0.016 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 A 0.484 0.171 0.173 0.076 0.044 0.028 0.014 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 D 0.493 0.159 0.229 0.055 0.026 0.019 0.010 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 T 0.118 0.144 0.208 0.201 0.161 0.101 0.038 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 94 L 0.111 0.095 0.063 0.154 0.175 0.153 0.114 0.089 0.029 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 95 K 0.210 0.191 0.172 0.196 0.112 0.066 0.025 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 96 P 0.410 0.170 0.150 0.110 0.064 0.049 0.024 0.010 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 97 G 0.217 0.138 0.261 0.161 0.101 0.055 0.035 0.014 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 98 A 0.297 0.190 0.189 0.127 0.079 0.054 0.033 0.013 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 99 S 0.077 0.124 0.098 0.186 0.179 0.142 0.087 0.058 0.029 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 100 V 0.013 0.018 0.022 0.055 0.098 0.126 0.177 0.198 0.103 0.079 0.063 0.028 0.015 0.005 101 E 0.019 0.041 0.061 0.103 0.141 0.136 0.116 0.134 0.109 0.060 0.043 0.020 0.007 0.010 102 G 0.004 0.004 0.007 0.012 0.022 0.038 0.065 0.098 0.166 0.192 0.184 0.114 0.068 0.025 103 D 0.002 0.003 0.006 0.014 0.032 0.055 0.096 0.145 0.147 0.153 0.153 0.088 0.050 0.056 104 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.027 0.049 0.137 0.203 0.162 0.219 0.123 0.058 105 I 0.001 0.002 0.002 0.004 0.010 0.022 0.049 0.080 0.164 0.199 0.194 0.131 0.087 0.054 106 F 0.001 0.002 0.004 0.006 0.013 0.025 0.060 0.088 0.131 0.171 0.249 0.133 0.069 0.048 107 A 0.002 0.005 0.008 0.016 0.033 0.058 0.087 0.133 0.164 0.142 0.150 0.091 0.066 0.044 108 S 0.009 0.024 0.029 0.067 0.084 0.121 0.117 0.140 0.152 0.122 0.050 0.048 0.026 0.010 109 E 0.035 0.076 0.096 0.156 0.144 0.150 0.137 0.098 0.059 0.025 0.018 0.004 0.001 0.002 110 D 0.054 0.090 0.139 0.164 0.169 0.149 0.095 0.058 0.048 0.019 0.010 0.004 0.001 0.001 111 D 0.141 0.174 0.166 0.135 0.121 0.111 0.070 0.036 0.029 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 112 A 0.060 0.072 0.070 0.137 0.173 0.170 0.124 0.095 0.050 0.030 0.008 0.006 0.003 0.001 113 V 0.029 0.033 0.035 0.070 0.118 0.144 0.171 0.181 0.099 0.056 0.035 0.016 0.010 0.004 114 Y 0.049 0.059 0.071 0.111 0.132 0.131 0.115 0.116 0.086 0.053 0.039 0.023 0.008 0.005 115 G 0.069 0.091 0.086 0.137 0.153 0.133 0.103 0.090 0.063 0.036 0.023 0.009 0.004 0.004 116 A 0.014 0.014 0.019 0.035 0.067 0.109 0.140 0.129 0.149 0.110 0.110 0.053 0.037 0.014 117 S 0.034 0.042 0.069 0.082 0.129 0.152 0.145 0.118 0.106 0.062 0.039 0.012 0.006 0.005 118 L 0.013 0.014 0.022 0.047 0.088 0.099 0.145 0.171 0.136 0.115 0.070 0.041 0.025 0.013 119 V 0.016 0.014 0.013 0.030 0.048 0.087 0.108 0.125 0.153 0.154 0.107 0.083 0.050 0.013 120 R 0.054 0.078 0.100 0.142 0.146 0.139 0.120 0.106 0.053 0.030 0.016 0.009 0.003 0.003 121 L 0.021 0.021 0.027 0.051 0.110 0.129 0.178 0.165 0.127 0.075 0.065 0.019 0.008 0.005 122 S 0.051 0.084 0.106 0.175 0.177 0.167 0.096 0.067 0.046 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 123 D 0.383 0.171 0.134 0.107 0.072 0.062 0.036 0.015 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 124 R 0.235 0.189 0.252 0.126 0.088 0.055 0.028 0.011 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 125 C 0.107 0.086 0.085 0.153 0.199 0.153 0.101 0.063 0.032 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 126 K 0.392 0.219 0.183 0.090 0.048 0.032 0.018 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001