# TARGET T0569 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0569.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.016 0.110 0.093 0.136 0.004 0.046 0.009 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.055 0.021 0.065 0.103 0.107 0.206 0.002 2 D 0.012 0.010 0.039 0.055 0.133 0.002 0.025 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 0.031 0.059 0.035 0.216 0.351 0.001 3 E 0.006 0.010 0.077 0.109 0.110 0.002 0.052 0.009 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.003 0.056 0.021 0.401 0.022 0.029 0.079 0.003 4 D 0.025 0.051 0.068 0.057 0.149 0.005 0.410 0.020 0.001 0.001 0.005 0.005 0.008 0.006 0.028 0.026 0.021 0.041 0.032 0.034 0.005 5 A 0.085 0.083 0.130 0.113 0.218 0.003 0.037 0.015 0.001 0.001 0.012 0.013 0.020 0.021 0.095 0.026 0.022 0.027 0.031 0.037 0.011 6 T 0.107 0.163 0.094 0.151 0.206 0.001 0.014 0.008 0.001 0.001 0.010 0.011 0.025 0.027 0.047 0.059 0.007 0.011 0.016 0.018 0.023 7 I 0.179 0.281 0.062 0.071 0.159 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.013 0.012 0.033 0.023 0.074 0.037 0.004 0.005 0.007 0.004 0.025 8 T 0.217 0.355 0.072 0.113 0.079 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.012 0.012 0.043 0.018 0.030 0.008 0.001 0.001 0.002 0.002 0.028 9 Y 0.226 0.289 0.029 0.068 0.257 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 0.026 0.020 0.011 0.021 0.001 0.003 0.004 0.002 0.017 10 V 0.199 0.203 0.066 0.141 0.222 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.019 0.013 0.056 0.014 0.003 0.005 0.008 0.013 0.019 11 D 0.139 0.115 0.078 0.140 0.344 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.004 0.030 0.020 0.007 0.017 0.025 0.052 0.005 12 D 0.043 0.054 0.096 0.129 0.308 0.001 0.021 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.068 0.015 0.123 0.028 0.037 0.057 0.002 13 D 0.015 0.020 0.223 0.149 0.073 0.001 0.186 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.044 0.005 0.124 0.047 0.028 0.072 0.001 14 K 0.008 0.007 0.123 0.062 0.108 0.001 0.261 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.186 0.041 0.036 0.151 0.001 15 G 0.009 0.009 0.071 0.044 0.137 0.001 0.282 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.003 0.169 0.129 0.023 0.114 0.001 16 G 0.032 0.031 0.142 0.034 0.417 0.001 0.092 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.010 0.004 0.049 0.104 0.024 0.047 0.001 17 A 0.061 0.049 0.214 0.113 0.338 0.001 0.011 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.026 0.004 0.023 0.018 0.042 0.083 0.002 18 Q 0.061 0.057 0.070 0.088 0.554 0.001 0.015 0.005 0.001 0.001 0.005 0.006 0.013 0.002 0.026 0.005 0.029 0.010 0.019 0.031 0.002 19 V 0.067 0.089 0.128 0.324 0.129 0.001 0.042 0.006 0.001 0.001 0.008 0.008 0.020 0.004 0.043 0.008 0.036 0.015 0.035 0.031 0.005 20 G 0.150 0.138 0.100 0.079 0.285 0.001 0.051 0.004 0.001 0.001 0.010 0.010 0.020 0.004 0.030 0.009 0.029 0.015 0.016 0.039 0.004 21 D 0.127 0.137 0.162 0.195 0.150 0.001 0.043 0.004 0.001 0.001 0.005 0.006 0.012 0.004 0.033 0.012 0.019 0.021 0.024 0.036 0.009 22 I 0.069 0.125 0.039 0.038 0.464 0.001 0.026 0.004 0.001 0.001 0.013 0.013 0.029 0.011 0.024 0.055 0.021 0.029 0.016 0.013 0.011 23 V 0.080 0.107 0.340 0.126 0.079 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.010 0.009 0.029 0.010 0.127 0.011 0.005 0.007 0.018 0.018 0.013 24 T 0.077 0.089 0.024 0.060 0.517 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.008 0.010 0.023 0.015 0.016 0.063 0.008 0.011 0.029 0.026 0.015 25 V 0.076 0.054 0.139 0.166 0.139 0.001 0.006 0.003 0.002 0.002 0.007 0.006 0.015 0.019 0.261 0.016 0.023 0.012 0.022 0.028 0.004 26 T 0.028 0.043 0.069 0.166 0.156 0.003 0.091 0.003 0.001 0.001 0.007 0.008 0.017 0.009 0.057 0.038 0.092 0.020 0.048 0.141 0.004 27 G 0.027 0.025 0.060 0.042 0.180 0.002 0.096 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.004 0.038 0.047 0.061 0.248 0.073 0.078 0.002 28 K 0.015 0.015 0.175 0.090 0.138 0.002 0.021 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.048 0.019 0.066 0.069 0.096 0.231 0.001 29 T 0.010 0.010 0.049 0.050 0.243 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.018 0.052 0.029 0.134 0.367 0.001 30 D 0.011 0.012 0.059 0.104 0.149 0.002 0.032 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.040 0.013 0.247 0.034 0.076 0.207 0.001 31 D 0.018 0.021 0.109 0.116 0.148 0.004 0.174 0.013 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.001 0.027 0.007 0.181 0.041 0.035 0.090 0.002 32 S 0.027 0.039 0.118 0.075 0.218 0.004 0.196 0.017 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.001 0.015 0.009 0.054 0.054 0.070 0.090 0.002 33 T 0.028 0.033 0.121 0.115 0.247 0.002 0.064 0.014 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.002 0.032 0.012 0.072 0.082 0.060 0.094 0.004 34 T 0.036 0.041 0.173 0.147 0.243 0.002 0.048 0.007 0.001 0.001 0.005 0.005 0.011 0.002 0.029 0.014 0.049 0.017 0.044 0.122 0.003 35 Y 0.035 0.058 0.085 0.234 0.221 0.001 0.051 0.006 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.002 0.029 0.028 0.070 0.030 0.055 0.073 0.007 36 T 0.103 0.093 0.107 0.077 0.338 0.002 0.060 0.005 0.001 0.001 0.009 0.008 0.019 0.005 0.040 0.017 0.030 0.043 0.015 0.022 0.006 37 V 0.067 0.061 0.345 0.206 0.117 0.002 0.022 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.010 0.004 0.032 0.011 0.009 0.023 0.035 0.039 0.004 38 T 0.036 0.045 0.025 0.027 0.658 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.012 0.004 0.013 0.031 0.014 0.042 0.036 0.029 0.006 39 I 0.039 0.029 0.359 0.193 0.055 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.077 0.006 0.009 0.010 0.048 0.158 0.003 40 P 0.012 0.013 0.014 0.073 0.409 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.026 0.128 0.008 0.060 0.231 0.001 41 D 0.016 0.021 0.086 0.117 0.080 0.001 0.204 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.085 0.009 0.233 0.038 0.023 0.072 0.001 42 G 0.013 0.025 0.127 0.097 0.124 0.002 0.383 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.014 0.015 0.031 0.054 0.032 0.065 0.002 43 Y 0.098 0.123 0.086 0.049 0.505 0.001 0.029 0.005 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.001 0.010 0.010 0.017 0.023 0.010 0.014 0.004 44 E 0.164 0.138 0.203 0.230 0.185 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.012 0.001 0.022 0.002 0.004 0.004 0.005 0.006 0.007 45 Y 0.165 0.207 0.045 0.124 0.390 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.011 0.002 0.009 0.008 0.002 0.004 0.007 0.006 0.006 46 V 0.130 0.172 0.138 0.190 0.219 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.006 0.018 0.002 0.060 0.006 0.007 0.008 0.011 0.012 0.010 47 G 0.137 0.152 0.125 0.157 0.216 0.001 0.011 0.005 0.001 0.001 0.008 0.005 0.018 0.005 0.020 0.017 0.011 0.032 0.032 0.043 0.005 48 T 0.046 0.029 0.139 0.132 0.331 0.001 0.021 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.002 0.063 0.010 0.120 0.014 0.023 0.053 0.001 49 D 0.010 0.026 0.126 0.139 0.073 0.001 0.366 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.037 0.007 0.067 0.035 0.018 0.084 0.001 50 G 0.067 0.044 0.061 0.023 0.390 0.001 0.148 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.012 0.012 0.042 0.115 0.022 0.050 0.001 51 G 0.064 0.063 0.353 0.170 0.203 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.027 0.005 0.008 0.027 0.019 0.044 0.003 52 V 0.036 0.043 0.037 0.026 0.778 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.009 0.010 0.007 0.008 0.013 0.016 0.003 53 V 0.049 0.072 0.248 0.248 0.155 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.006 0.005 0.020 0.002 0.097 0.003 0.007 0.005 0.028 0.039 0.007 54 S 0.072 0.053 0.043 0.151 0.410 0.001 0.009 0.008 0.001 0.001 0.004 0.005 0.012 0.002 0.010 0.014 0.031 0.024 0.058 0.085 0.007 55 S 0.027 0.019 0.218 0.235 0.171 0.001 0.028 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.001 0.060 0.005 0.137 0.012 0.024 0.050 0.001 56 D 0.004 0.009 0.054 0.092 0.047 0.001 0.531 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 0.091 0.028 0.025 0.096 0.001 57 G 0.020 0.016 0.058 0.016 0.178 0.001 0.302 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.009 0.011 0.051 0.246 0.026 0.055 0.001 58 K 0.044 0.037 0.357 0.148 0.163 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.024 0.012 0.020 0.047 0.040 0.079 0.004 59 T 0.051 0.064 0.030 0.021 0.715 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.009 0.003 0.020 0.020 0.010 0.006 0.015 0.014 0.006 60 V 0.121 0.131 0.148 0.229 0.053 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.015 0.015 0.040 0.022 0.172 0.008 0.003 0.002 0.009 0.009 0.017 61 T 0.175 0.196 0.017 0.040 0.271 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.029 0.035 0.073 0.048 0.021 0.043 0.004 0.003 0.005 0.004 0.028 62 I 0.236 0.247 0.081 0.064 0.044 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.023 0.024 0.053 0.073 0.096 0.015 0.002 0.002 0.003 0.002 0.029 63 T 0.176 0.242 0.025 0.030 0.186 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.030 0.037 0.079 0.073 0.031 0.045 0.003 0.003 0.004 0.003 0.025 64 F 0.250 0.243 0.059 0.052 0.078 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.020 0.027 0.055 0.069 0.080 0.021 0.003 0.005 0.006 0.005 0.021 65 A 0.157 0.134 0.055 0.064 0.272 0.002 0.006 0.002 0.002 0.001 0.018 0.025 0.048 0.041 0.056 0.040 0.011 0.009 0.020 0.024 0.014 66 A 0.079 0.060 0.089 0.137 0.148 0.002 0.018 0.002 0.001 0.001 0.005 0.008 0.010 0.010 0.097 0.031 0.063 0.024 0.079 0.129 0.008 67 D 0.022 0.026 0.061 0.050 0.199 0.003 0.105 0.003 0.001 0.001 0.004 0.005 0.009 0.005 0.053 0.024 0.181 0.058 0.052 0.135 0.002 68 D 0.012 0.012 0.087 0.080 0.065 0.001 0.148 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.033 0.014 0.130 0.055 0.130 0.223 0.001 69 S 0.007 0.008 0.058 0.061 0.130 0.001 0.105 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.018 0.021 0.339 0.040 0.052 0.148 0.002 70 D 0.036 0.049 0.116 0.066 0.138 0.002 0.324 0.005 0.001 0.001 0.003 0.005 0.007 0.004 0.038 0.015 0.067 0.042 0.020 0.057 0.005 71 N 0.143 0.188 0.065 0.050 0.257 0.002 0.064 0.006 0.001 0.001 0.016 0.022 0.036 0.016 0.032 0.021 0.015 0.024 0.013 0.012 0.017 72 V 0.242 0.373 0.067 0.059 0.078 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.017 0.014 0.045 0.024 0.025 0.012 0.001 0.002 0.003 0.002 0.031 73 V 0.279 0.370 0.014 0.026 0.085 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 0.026 0.064 0.042 0.020 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 74 I 0.308 0.312 0.019 0.043 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.031 0.085 0.093 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 75 H 0.258 0.358 0.009 0.023 0.104 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 0.024 0.064 0.069 0.020 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 76 L 0.288 0.289 0.033 0.056 0.059 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.016 0.017 0.037 0.058 0.081 0.022 0.003 0.007 0.009 0.004 0.013 77 K 0.137 0.107 0.098 0.100 0.171 0.002 0.012 0.002 0.005 0.003 0.015 0.015 0.034 0.046 0.111 0.039 0.032 0.012 0.019 0.034 0.004 78 H 0.042 0.054 0.050 0.057 0.154 0.003 0.139 0.002 0.001 0.002 0.004 0.005 0.007 0.010 0.085 0.032 0.080 0.040 0.062 0.167 0.003 79 G 0.012 0.013 0.051 0.051 0.106 0.003 0.093 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.056 0.030 0.180 0.130 0.083 0.176 0.002