# TARGET T0569 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0569.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.045 0.546 0.005 0.017 0.018 0.002 0.001 0.016 0.143 0.049 0.063 0.090 2 D 0.003 0.011 0.695 0.012 0.024 0.012 0.001 0.001 0.008 0.108 0.055 0.019 0.053 3 E 0.003 0.005 0.113 0.032 0.083 0.025 0.001 0.001 0.004 0.213 0.479 0.026 0.016 4 D 0.014 0.008 0.214 0.034 0.056 0.006 0.002 0.001 0.007 0.154 0.371 0.021 0.112 5 A 0.129 0.007 0.254 0.027 0.009 0.002 0.011 0.005 0.033 0.091 0.012 0.273 0.147 6 T 0.300 0.007 0.059 0.018 0.001 0.001 0.056 0.012 0.060 0.012 0.004 0.129 0.340 7 I 0.506 0.002 0.019 0.014 0.001 0.001 0.061 0.017 0.040 0.002 0.001 0.144 0.190 8 T 0.523 0.001 0.012 0.060 0.001 0.001 0.059 0.010 0.027 0.002 0.001 0.218 0.086 9 Y 0.526 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.032 0.005 0.022 0.001 0.001 0.175 0.224 10 V 0.489 0.005 0.035 0.013 0.001 0.001 0.038 0.004 0.023 0.003 0.001 0.151 0.236 11 D 0.216 0.009 0.151 0.007 0.001 0.001 0.012 0.002 0.022 0.015 0.004 0.388 0.173 12 D 0.037 0.019 0.221 0.008 0.012 0.002 0.004 0.001 0.008 0.076 0.127 0.041 0.443 13 D 0.004 0.006 0.114 0.006 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.664 0.037 0.030 14 K 0.001 0.003 0.068 0.005 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.262 0.623 0.011 0.010 15 G 0.001 0.010 0.085 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.310 0.552 0.012 0.010 16 G 0.005 0.032 0.303 0.005 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.316 0.259 0.020 0.043 17 A 0.032 0.052 0.439 0.025 0.010 0.004 0.005 0.001 0.008 0.107 0.024 0.182 0.112 18 Q 0.106 0.035 0.066 0.014 0.004 0.004 0.018 0.003 0.015 0.021 0.008 0.353 0.353 19 V 0.163 0.018 0.059 0.064 0.006 0.002 0.038 0.006 0.020 0.007 0.007 0.088 0.523 20 G 0.119 0.004 0.060 0.404 0.005 0.001 0.021 0.003 0.011 0.017 0.010 0.269 0.076 21 D 0.155 0.005 0.057 0.041 0.006 0.003 0.024 0.003 0.031 0.030 0.023 0.364 0.259 22 I 0.189 0.006 0.070 0.027 0.007 0.002 0.025 0.008 0.016 0.013 0.010 0.043 0.585 23 V 0.079 0.003 0.039 0.012 0.001 0.001 0.020 0.008 0.060 0.008 0.002 0.738 0.028 24 T 0.057 0.023 0.077 0.004 0.003 0.002 0.029 0.021 0.089 0.011 0.006 0.015 0.663 25 V 0.028 0.016 0.242 0.033 0.003 0.002 0.011 0.018 0.086 0.045 0.014 0.470 0.031 26 T 0.010 0.014 0.345 0.018 0.005 0.002 0.005 0.004 0.050 0.182 0.106 0.030 0.229 27 G 0.004 0.017 0.311 0.006 0.005 0.002 0.002 0.002 0.007 0.398 0.176 0.036 0.033 28 K 0.007 0.054 0.543 0.006 0.009 0.004 0.002 0.002 0.017 0.175 0.067 0.061 0.054 29 T 0.009 0.070 0.445 0.004 0.024 0.012 0.002 0.002 0.011 0.172 0.082 0.020 0.146 30 D 0.005 0.023 0.385 0.019 0.056 0.028 0.001 0.001 0.006 0.206 0.200 0.037 0.035 31 D 0.009 0.012 0.135 0.020 0.076 0.027 0.001 0.001 0.002 0.214 0.447 0.022 0.037 32 S 0.040 0.024 0.259 0.015 0.092 0.018 0.003 0.001 0.003 0.150 0.200 0.072 0.122 33 T 0.085 0.019 0.317 0.027 0.039 0.010 0.009 0.003 0.010 0.128 0.076 0.131 0.147 34 T 0.109 0.029 0.284 0.044 0.014 0.007 0.015 0.002 0.016 0.093 0.063 0.158 0.166 35 Y 0.130 0.020 0.272 0.038 0.012 0.007 0.009 0.002 0.016 0.053 0.038 0.174 0.230 36 T 0.148 0.008 0.208 0.070 0.007 0.005 0.015 0.003 0.018 0.040 0.014 0.229 0.234 37 V 0.204 0.008 0.067 0.005 0.003 0.004 0.038 0.008 0.042 0.011 0.005 0.397 0.209 38 T 0.204 0.028 0.087 0.011 0.004 0.003 0.052 0.019 0.040 0.014 0.009 0.069 0.462 39 I 0.030 0.013 0.195 0.010 0.002 0.001 0.006 0.005 0.036 0.047 0.014 0.553 0.088 40 P 0.008 0.013 0.238 0.014 0.006 0.001 0.002 0.003 0.014 0.204 0.227 0.029 0.240 41 D 0.006 0.017 0.207 0.059 0.017 0.002 0.001 0.001 0.005 0.313 0.281 0.059 0.032 42 G 0.011 0.020 0.208 0.015 0.040 0.010 0.002 0.001 0.007 0.189 0.366 0.020 0.109 43 Y 0.082 0.035 0.316 0.022 0.096 0.025 0.007 0.003 0.013 0.069 0.083 0.114 0.136 44 E 0.136 0.022 0.096 0.022 0.058 0.030 0.023 0.007 0.032 0.031 0.021 0.320 0.202 45 Y 0.218 0.039 0.101 0.013 0.021 0.013 0.016 0.007 0.023 0.019 0.019 0.188 0.323 46 V 0.232 0.048 0.135 0.046 0.012 0.012 0.032 0.005 0.025 0.037 0.029 0.197 0.189 47 G 0.037 0.026 0.300 0.017 0.007 0.004 0.006 0.002 0.021 0.065 0.031 0.164 0.322 48 T 0.018 0.019 0.162 0.018 0.021 0.006 0.002 0.001 0.004 0.127 0.381 0.064 0.176 49 D 0.009 0.017 0.159 0.024 0.037 0.004 0.001 0.001 0.003 0.149 0.492 0.048 0.055 50 G 0.005 0.006 0.126 0.015 0.025 0.004 0.001 0.001 0.002 0.377 0.386 0.022 0.032 51 G 0.030 0.028 0.306 0.009 0.026 0.009 0.002 0.001 0.007 0.226 0.182 0.107 0.067 52 V 0.109 0.111 0.284 0.004 0.017 0.007 0.009 0.003 0.012 0.058 0.026 0.076 0.283 53 V 0.081 0.066 0.222 0.005 0.005 0.004 0.009 0.003 0.017 0.029 0.007 0.417 0.137 54 S 0.028 0.043 0.382 0.009 0.007 0.003 0.004 0.001 0.008 0.045 0.024 0.056 0.390 55 S 0.006 0.008 0.220 0.048 0.016 0.005 0.001 0.001 0.002 0.160 0.443 0.064 0.026 56 D 0.002 0.003 0.054 0.008 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.138 0.746 0.013 0.020 57 G 0.005 0.005 0.144 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.392 0.378 0.022 0.036 58 K 0.035 0.022 0.268 0.015 0.009 0.003 0.002 0.001 0.005 0.200 0.043 0.343 0.054 59 T 0.073 0.022 0.100 0.008 0.006 0.004 0.016 0.003 0.011 0.024 0.024 0.012 0.697 60 V 0.087 0.006 0.056 0.129 0.002 0.002 0.015 0.004 0.013 0.025 0.006 0.630 0.024 61 T 0.223 0.003 0.033 0.022 0.001 0.001 0.054 0.008 0.025 0.007 0.003 0.043 0.578 62 I 0.398 0.002 0.022 0.033 0.001 0.001 0.062 0.019 0.026 0.005 0.002 0.353 0.077 63 T 0.515 0.001 0.018 0.033 0.002 0.002 0.110 0.023 0.026 0.004 0.002 0.058 0.205 64 F 0.492 0.002 0.022 0.006 0.002 0.002 0.073 0.020 0.043 0.005 0.003 0.231 0.098 65 A 0.320 0.013 0.102 0.016 0.006 0.004 0.058 0.018 0.045 0.018 0.010 0.059 0.331 66 A 0.048 0.019 0.383 0.010 0.010 0.004 0.010 0.006 0.034 0.121 0.038 0.225 0.093 67 D 0.005 0.010 0.472 0.006 0.013 0.004 0.001 0.001 0.010 0.213 0.143 0.023 0.099 68 D 0.002 0.006 0.215 0.010 0.052 0.005 0.001 0.001 0.002 0.215 0.460 0.014 0.018 69 S 0.001 0.003 0.099 0.014 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.323 0.515 0.008 0.006 70 D 0.016 0.010 0.233 0.032 0.021 0.003 0.002 0.001 0.004 0.450 0.157 0.038 0.035 71 N 0.207 0.013 0.201 0.028 0.007 0.004 0.035 0.016 0.035 0.077 0.028 0.058 0.290 72 V 0.491 0.003 0.012 0.018 0.001 0.002 0.166 0.049 0.039 0.006 0.001 0.137 0.075 73 V 0.589 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 0.166 0.073 0.019 0.001 0.001 0.046 0.082 74 I 0.642 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.158 0.054 0.024 0.001 0.001 0.078 0.033 75 H 0.543 0.002 0.013 0.017 0.001 0.001 0.148 0.058 0.057 0.002 0.001 0.046 0.110 76 L 0.278 0.006 0.134 0.018 0.005 0.003 0.061 0.021 0.105 0.018 0.009 0.147 0.196 77 K 0.068 0.007 0.275 0.039 0.012 0.006 0.013 0.007 0.073 0.115 0.106 0.159 0.120 78 H 0.011 0.012 0.219 0.009 0.031 0.010 0.002 0.002 0.010 0.273 0.323 0.023 0.075 79 G 0.003 0.010 0.283 0.006 0.017 0.006 0.001 0.001 0.005 0.380 0.237 0.037 0.015