# TARGET T0569 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0569.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.016 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.049 0.128 0.714 2 D 0.242 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.177 0.068 0.460 3 E 0.019 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.107 0.147 0.651 4 D 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.191 0.062 0.100 0.621 5 A 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.004 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.440 0.071 0.085 0.367 6 T 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.005 0.001 0.004 0.003 0.004 0.004 0.613 0.067 0.049 0.227 7 I 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.007 0.005 0.003 0.724 0.050 0.029 0.156 8 T 0.005 0.005 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.010 0.005 0.737 0.051 0.027 0.128 9 Y 0.011 0.008 0.004 0.003 0.026 0.060 0.108 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.440 0.064 0.052 0.199 10 V 0.022 0.009 0.005 0.005 0.047 0.086 0.102 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.302 0.048 0.079 0.277 11 D 0.095 0.007 0.015 0.002 0.261 0.188 0.033 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.082 0.049 0.185 12 D 0.214 0.005 0.007 0.001 0.030 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.063 0.097 0.538 13 D 0.306 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.019 0.050 0.604 14 K 0.068 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.019 0.068 0.814 15 G 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.030 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.039 0.039 0.125 0.702 16 G 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.152 0.162 0.067 0.006 0.008 0.002 0.001 0.002 0.046 0.045 0.089 0.404 17 A 0.009 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.041 0.099 0.087 0.008 0.058 0.026 0.012 0.007 0.151 0.054 0.106 0.331 18 Q 0.031 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.022 0.007 0.169 0.154 0.059 0.014 0.133 0.052 0.090 0.242 19 V 0.037 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.077 0.084 0.016 0.233 0.056 0.126 0.326 20 G 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 0.036 0.014 0.224 0.051 0.107 0.514 21 D 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.766 0.032 0.035 0.123 22 I 0.004 0.002 0.002 0.001 0.008 0.014 0.007 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.360 0.051 0.098 0.437 23 V 0.003 0.001 0.002 0.001 0.026 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.822 0.028 0.021 0.082 24 T 0.057 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.334 0.026 0.068 0.490 25 V 0.067 0.001 0.001 0.001 0.065 0.090 0.014 0.016 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.304 0.080 0.058 0.287 26 T 0.012 0.002 0.001 0.001 0.011 0.006 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.161 0.083 0.112 0.595 27 G 0.047 0.003 0.001 0.001 0.007 0.009 0.005 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.036 0.121 0.701 28 K 0.046 0.003 0.002 0.001 0.008 0.005 0.003 0.004 0.063 0.019 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.056 0.128 0.624 29 T 0.027 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.057 0.177 0.700 30 D 0.146 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.014 0.004 0.006 0.003 0.014 0.007 0.003 0.002 0.025 0.114 0.138 0.511 31 D 0.030 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.004 0.003 0.005 0.003 0.004 0.003 0.086 0.078 0.133 0.633 32 S 0.018 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.007 0.008 0.004 0.007 0.004 0.003 0.002 0.121 0.047 0.131 0.634 33 T 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.004 0.002 0.004 0.004 0.003 0.002 0.221 0.045 0.158 0.532 34 T 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.005 0.002 0.008 0.006 0.005 0.004 0.139 0.072 0.147 0.584 35 Y 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.005 0.005 0.002 0.316 0.064 0.138 0.451 36 T 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.003 0.148 0.037 0.123 0.655 37 V 0.005 0.002 0.001 0.001 0.024 0.042 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.516 0.039 0.100 0.240 38 T 0.004 0.005 0.002 0.001 0.007 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.186 0.047 0.162 0.578 39 I 0.273 0.010 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.156 0.089 0.119 0.340 40 P 0.173 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.062 0.152 0.546 41 D 0.036 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.033 0.180 0.620 42 G 0.019 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.181 0.061 0.186 0.476 43 Y 0.028 0.012 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.027 0.041 0.017 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.353 0.109 0.099 0.293 44 E 0.027 0.006 0.002 0.002 0.003 0.012 0.019 0.004 0.008 0.007 0.012 0.002 0.017 0.005 0.003 0.002 0.328 0.057 0.125 0.358 45 Y 0.016 0.006 0.005 0.002 0.053 0.210 0.077 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.017 0.007 0.003 0.189 0.059 0.078 0.244 46 V 0.016 0.004 0.016 0.002 0.167 0.024 0.011 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.004 0.163 0.058 0.127 0.387 47 G 0.303 0.002 0.005 0.001 0.026 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.045 0.084 0.429 48 T 0.315 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.020 0.095 0.526 49 D 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.016 0.116 0.783 50 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.017 0.151 0.691 51 G 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.009 0.003 0.133 0.182 0.048 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.339 0.032 0.048 0.183 52 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.025 0.103 0.044 0.012 0.025 0.032 0.034 0.003 0.058 0.011 0.007 0.007 0.128 0.028 0.089 0.388 53 V 0.005 0.001 0.008 0.001 0.349 0.043 0.015 0.011 0.001 0.001 0.004 0.003 0.107 0.090 0.023 0.005 0.148 0.025 0.042 0.120 54 S 0.250 0.002 0.003 0.001 0.018 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.016 0.007 0.072 0.059 0.096 0.445 55 S 0.627 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.026 0.056 0.270 56 D 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.024 0.171 0.772 57 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.047 0.138 0.649 58 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.290 0.169 0.046 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.265 0.060 0.053 0.109 59 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.019 0.027 0.002 0.025 0.004 0.001 0.002 0.224 0.078 0.106 0.488 60 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.108 0.103 0.019 0.003 0.630 0.049 0.019 0.058 61 T 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.079 0.116 0.021 0.364 0.097 0.037 0.242 62 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.003 0.903 0.027 0.010 0.040 63 T 0.004 0.003 0.001 0.001 0.006 0.011 0.019 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.688 0.086 0.027 0.141 64 F 0.005 0.002 0.001 0.001 0.016 0.018 0.029 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.773 0.041 0.027 0.081 65 A 0.066 0.005 0.003 0.003 0.031 0.043 0.034 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.273 0.106 0.081 0.343 66 A 0.060 0.003 0.005 0.001 0.045 0.013 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.160 0.104 0.118 0.484 67 D 0.046 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.068 0.122 0.706 68 D 0.117 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.087 0.116 0.627 69 S 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.056 0.151 0.695 70 D 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.021 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.347 0.047 0.105 0.424 71 N 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.040 0.055 0.006 0.022 0.011 0.005 0.004 0.278 0.097 0.073 0.324 72 V 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.013 0.003 0.040 0.033 0.023 0.009 0.646 0.084 0.028 0.108 73 V 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.058 0.074 0.079 0.015 0.538 0.081 0.017 0.113 74 I 0.002 0.003 0.001 0.001 0.008 0.011 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.022 0.006 0.741 0.078 0.013 0.079 75 H 0.007 0.003 0.005 0.001 0.016 0.006 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.661 0.120 0.024 0.133 76 L 0.090 0.002 0.002 0.001 0.006 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.535 0.057 0.052 0.246 77 K 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.030 0.097 0.709 78 H 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.017 0.118 0.763 79 G 0.020 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.022 0.154 0.744