# TARGET T0569 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0569.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.005 0.012 0.019 0.036 0.125 0.019 0.769 2 D 0.374 0.025 0.006 0.013 0.011 0.073 0.152 0.345 3 E 0.051 0.027 0.019 0.034 0.050 0.144 0.066 0.609 4 D 0.019 0.009 0.027 0.022 0.072 0.106 0.095 0.649 5 A 0.011 0.014 0.087 0.202 0.207 0.084 0.081 0.314 6 T 0.011 0.020 0.125 0.162 0.279 0.061 0.065 0.278 7 I 0.019 0.008 0.062 0.278 0.252 0.058 0.065 0.257 8 T 0.007 0.005 0.084 0.217 0.478 0.036 0.028 0.145 9 Y 0.009 0.008 0.037 0.199 0.363 0.061 0.047 0.277 10 V 0.009 0.007 0.038 0.180 0.192 0.097 0.043 0.433 11 D 0.065 0.022 0.051 0.061 0.083 0.090 0.154 0.474 12 D 0.247 0.010 0.023 0.022 0.028 0.054 0.139 0.477 13 D 0.498 0.004 0.004 0.007 0.006 0.036 0.039 0.407 14 K 0.161 0.002 0.003 0.004 0.005 0.074 0.014 0.737 15 G 0.015 0.004 0.003 0.003 0.008 0.085 0.015 0.867 16 G 0.036 0.005 0.010 0.041 0.079 0.105 0.052 0.671 17 A 0.015 0.004 0.022 0.289 0.147 0.076 0.028 0.419 18 Q 0.029 0.006 0.080 0.168 0.224 0.069 0.054 0.370 19 V 0.028 0.003 0.044 0.101 0.167 0.088 0.098 0.471 20 G 0.024 0.003 0.078 0.149 0.241 0.082 0.043 0.380 21 D 0.006 0.002 0.055 0.201 0.381 0.050 0.028 0.276 22 I 0.014 0.002 0.081 0.168 0.182 0.085 0.053 0.415 23 V 0.004 0.001 0.159 0.312 0.284 0.044 0.028 0.168 24 T 0.017 0.002 0.081 0.108 0.210 0.067 0.050 0.463 25 V 0.065 0.002 0.061 0.186 0.153 0.092 0.043 0.396 26 T 0.012 0.001 0.087 0.078 0.170 0.076 0.022 0.554 27 G 0.020 0.001 0.039 0.078 0.152 0.103 0.026 0.581 28 K 0.007 0.002 0.053 0.149 0.133 0.097 0.027 0.533 29 T 0.094 0.009 0.026 0.034 0.045 0.103 0.109 0.579 30 D 0.155 0.010 0.016 0.033 0.043 0.105 0.119 0.519 31 D 0.028 0.006 0.022 0.055 0.083 0.103 0.043 0.660 32 S 0.036 0.004 0.023 0.054 0.089 0.094 0.060 0.641 33 T 0.014 0.005 0.045 0.220 0.226 0.086 0.041 0.364 34 T 0.017 0.004 0.037 0.109 0.180 0.088 0.074 0.490 35 Y 0.006 0.003 0.036 0.300 0.326 0.055 0.027 0.248 36 T 0.006 0.004 0.064 0.179 0.373 0.052 0.028 0.294 37 V 0.003 0.001 0.064 0.386 0.268 0.045 0.019 0.214 38 T 0.005 0.001 0.130 0.154 0.298 0.049 0.041 0.322 39 I 0.131 0.005 0.061 0.112 0.098 0.081 0.100 0.412 40 P 0.218 0.008 0.030 0.021 0.028 0.082 0.055 0.558 41 D 0.060 0.008 0.019 0.029 0.044 0.093 0.038 0.709 42 G 0.028 0.009 0.021 0.039 0.123 0.109 0.044 0.627 43 Y 0.031 0.006 0.022 0.203 0.178 0.099 0.053 0.409 44 E 0.014 0.005 0.041 0.258 0.301 0.060 0.044 0.277 45 Y 0.016 0.002 0.035 0.177 0.264 0.070 0.056 0.379 46 V 0.023 0.001 0.039 0.195 0.241 0.071 0.047 0.382 47 G 0.090 0.002 0.026 0.105 0.151 0.076 0.043 0.506 48 T 0.101 0.003 0.013 0.062 0.056 0.089 0.053 0.622 49 D 0.044 0.002 0.009 0.024 0.072 0.119 0.036 0.693 50 G 0.026 0.002 0.015 0.104 0.212 0.105 0.020 0.516 51 G 0.002 0.001 0.021 0.246 0.486 0.029 0.013 0.202 52 V 0.002 0.001 0.023 0.307 0.179 0.064 0.040 0.385 53 V 0.007 0.001 0.044 0.286 0.319 0.052 0.032 0.260 54 S 0.253 0.002 0.014 0.040 0.062 0.058 0.085 0.487 55 S 0.429 0.002 0.007 0.023 0.019 0.053 0.068 0.399 56 D 0.013 0.001 0.012 0.009 0.032 0.082 0.018 0.835 57 G 0.018 0.001 0.026 0.038 0.056 0.123 0.031 0.706 58 K 0.003 0.001 0.069 0.317 0.265 0.067 0.027 0.251 59 T 0.005 0.002 0.068 0.109 0.134 0.075 0.093 0.515 60 V 0.002 0.003 0.088 0.328 0.329 0.039 0.044 0.167 61 T 0.003 0.009 0.158 0.172 0.430 0.029 0.029 0.170 62 I 0.003 0.004 0.160 0.404 0.252 0.026 0.037 0.115 63 T 0.005 0.006 0.299 0.195 0.321 0.030 0.049 0.096 64 F 0.014 0.004 0.224 0.180 0.274 0.056 0.050 0.197 65 A 0.071 0.004 0.132 0.117 0.136 0.077 0.137 0.325 66 A 0.072 0.003 0.057 0.061 0.098 0.137 0.073 0.499 67 D 0.033 0.003 0.032 0.017 0.037 0.147 0.054 0.678 68 D 0.124 0.010 0.023 0.027 0.030 0.167 0.122 0.497 69 S 0.020 0.012 0.040 0.027 0.048 0.223 0.052 0.577 70 D 0.006 0.007 0.083 0.088 0.249 0.114 0.068 0.384 71 N 0.002 0.005 0.123 0.131 0.451 0.048 0.073 0.167 72 V 0.001 0.002 0.148 0.308 0.434 0.012 0.047 0.048 73 V 0.002 0.003 0.173 0.330 0.353 0.012 0.062 0.066 74 I 0.002 0.001 0.194 0.385 0.356 0.008 0.020 0.033 75 H 0.008 0.001 0.234 0.245 0.290 0.027 0.062 0.134 76 L 0.102 0.001 0.087 0.224 0.272 0.058 0.036 0.220 77 K 0.128 0.001 0.050 0.085 0.126 0.093 0.041 0.476 78 H 0.024 0.001 0.015 0.019 0.040 0.124 0.025 0.752 79 G 0.019 0.001 0.026 0.023 0.044 0.137 0.031 0.719