# TARGET T0569 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0569.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.354 0.146 0.048 0.113 0.093 0.060 0.080 0.052 0.028 0.017 0.009 2 D 0.133 0.186 0.054 0.119 0.097 0.087 0.108 0.075 0.064 0.050 0.028 3 E 0.211 0.185 0.063 0.152 0.125 0.088 0.091 0.045 0.023 0.011 0.005 4 D 0.518 0.172 0.073 0.120 0.053 0.026 0.019 0.010 0.005 0.003 0.002 5 A 0.031 0.026 0.021 0.050 0.063 0.133 0.202 0.139 0.163 0.118 0.056 6 T 0.053 0.148 0.063 0.238 0.160 0.092 0.095 0.065 0.047 0.027 0.012 7 I 0.003 0.003 0.006 0.010 0.018 0.049 0.098 0.121 0.235 0.265 0.192 8 T 0.043 0.151 0.209 0.298 0.160 0.067 0.035 0.019 0.010 0.005 0.003 9 Y 0.006 0.006 0.014 0.034 0.060 0.085 0.168 0.214 0.164 0.152 0.095 10 V 0.011 0.009 0.011 0.024 0.037 0.074 0.119 0.133 0.207 0.223 0.152 11 D 0.069 0.086 0.062 0.144 0.129 0.111 0.166 0.092 0.075 0.045 0.020 12 D 0.068 0.076 0.076 0.147 0.129 0.129 0.149 0.088 0.068 0.045 0.024 13 D 0.258 0.179 0.063 0.123 0.084 0.078 0.105 0.048 0.032 0.019 0.010 14 K 0.430 0.240 0.050 0.120 0.060 0.034 0.029 0.018 0.009 0.006 0.003 15 G 0.351 0.193 0.033 0.103 0.079 0.063 0.065 0.047 0.031 0.022 0.014 16 G 0.234 0.130 0.033 0.115 0.100 0.084 0.103 0.077 0.058 0.044 0.024 17 A 0.154 0.102 0.074 0.154 0.125 0.118 0.108 0.072 0.046 0.031 0.014 18 Q 0.070 0.131 0.084 0.206 0.150 0.147 0.107 0.052 0.030 0.015 0.008 19 V 0.012 0.017 0.012 0.031 0.043 0.053 0.107 0.143 0.199 0.181 0.201 20 G 0.073 0.049 0.031 0.100 0.139 0.120 0.163 0.126 0.091 0.070 0.038 21 D 0.153 0.212 0.151 0.255 0.109 0.048 0.035 0.018 0.010 0.006 0.003 22 I 0.058 0.041 0.028 0.094 0.116 0.140 0.166 0.123 0.101 0.082 0.050 23 V 0.070 0.057 0.025 0.075 0.081 0.107 0.172 0.144 0.128 0.090 0.051 24 T 0.096 0.192 0.101 0.271 0.155 0.074 0.052 0.029 0.016 0.009 0.005 25 V 0.011 0.008 0.008 0.011 0.019 0.042 0.093 0.102 0.204 0.245 0.256 26 T 0.206 0.310 0.071 0.226 0.111 0.034 0.021 0.010 0.006 0.003 0.002 27 G 0.199 0.067 0.035 0.079 0.073 0.084 0.125 0.105 0.101 0.080 0.051 28 K 0.219 0.266 0.051 0.196 0.113 0.061 0.043 0.024 0.014 0.008 0.005 29 T 0.087 0.086 0.022 0.076 0.077 0.084 0.137 0.131 0.128 0.097 0.075 30 D 0.307 0.177 0.061 0.166 0.123 0.062 0.044 0.030 0.015 0.009 0.006 31 D 0.244 0.142 0.051 0.150 0.097 0.098 0.104 0.053 0.034 0.019 0.008 32 S 0.151 0.149 0.041 0.134 0.103 0.088 0.101 0.075 0.068 0.052 0.036 33 T 0.077 0.061 0.021 0.074 0.088 0.107 0.162 0.124 0.129 0.096 0.062 34 T 0.232 0.279 0.097 0.203 0.090 0.039 0.024 0.016 0.010 0.007 0.003 35 Y 0.046 0.041 0.025 0.082 0.089 0.136 0.181 0.141 0.125 0.089 0.045 36 T 0.209 0.226 0.058 0.192 0.109 0.070 0.056 0.037 0.022 0.014 0.007 37 V 0.042 0.026 0.020 0.059 0.072 0.109 0.150 0.149 0.156 0.131 0.086 38 T 0.082 0.118 0.054 0.142 0.127 0.125 0.122 0.085 0.068 0.051 0.026 39 I 0.011 0.013 0.011 0.032 0.047 0.070 0.140 0.147 0.207 0.174 0.150 40 P 0.214 0.138 0.071 0.153 0.120 0.082 0.086 0.056 0.038 0.027 0.016 41 D 0.160 0.157 0.068 0.205 0.131 0.088 0.084 0.048 0.034 0.018 0.009 42 G 0.163 0.100 0.032 0.112 0.092 0.070 0.103 0.102 0.097 0.075 0.055 43 Y 0.018 0.017 0.010 0.045 0.061 0.102 0.162 0.151 0.177 0.154 0.103 44 E 0.083 0.124 0.120 0.215 0.154 0.116 0.085 0.048 0.029 0.019 0.009 45 Y 0.012 0.012 0.017 0.035 0.052 0.108 0.167 0.152 0.184 0.170 0.091 46 V 0.012 0.013 0.010 0.031 0.037 0.063 0.131 0.134 0.217 0.211 0.140 47 G 0.099 0.102 0.067 0.163 0.129 0.104 0.133 0.077 0.064 0.042 0.020 48 T 0.160 0.161 0.093 0.202 0.125 0.088 0.068 0.045 0.029 0.018 0.011 49 D 0.192 0.142 0.037 0.126 0.099 0.088 0.109 0.087 0.056 0.040 0.024 50 G 0.193 0.084 0.023 0.091 0.092 0.092 0.119 0.112 0.086 0.063 0.044 51 G 0.163 0.114 0.049 0.141 0.116 0.113 0.113 0.077 0.055 0.038 0.021 52 V 0.022 0.020 0.015 0.043 0.052 0.095 0.131 0.111 0.196 0.175 0.140 53 V 0.020 0.018 0.011 0.036 0.053 0.065 0.124 0.136 0.193 0.161 0.183 54 S 0.087 0.102 0.062 0.175 0.166 0.099 0.109 0.077 0.059 0.037 0.026 55 S 0.150 0.109 0.040 0.118 0.113 0.096 0.123 0.089 0.070 0.052 0.041 56 D 0.358 0.219 0.032 0.142 0.085 0.046 0.044 0.031 0.020 0.014 0.009 57 G 0.443 0.143 0.021 0.085 0.062 0.052 0.065 0.048 0.037 0.028 0.016 58 K 0.263 0.191 0.042 0.170 0.111 0.075 0.061 0.037 0.025 0.016 0.010 59 T 0.067 0.067 0.032 0.084 0.089 0.110 0.135 0.110 0.122 0.107 0.076 60 V 0.019 0.035 0.022 0.083 0.112 0.162 0.186 0.131 0.124 0.082 0.045 61 T 0.038 0.055 0.047 0.120 0.113 0.107 0.142 0.120 0.117 0.091 0.049 62 I 0.006 0.009 0.010 0.032 0.042 0.088 0.140 0.135 0.210 0.201 0.126 63 T 0.019 0.034 0.028 0.094 0.112 0.117 0.143 0.127 0.134 0.113 0.080 64 F 0.007 0.006 0.009 0.020 0.037 0.053 0.099 0.153 0.210 0.216 0.191 65 A 0.017 0.034 0.028 0.082 0.104 0.108 0.158 0.136 0.137 0.118 0.077 66 A 0.025 0.019 0.019 0.051 0.072 0.091 0.169 0.145 0.180 0.133 0.097 67 D 0.399 0.201 0.065 0.151 0.080 0.037 0.031 0.016 0.010 0.006 0.004 68 D 0.037 0.075 0.026 0.080 0.084 0.109 0.171 0.121 0.119 0.100 0.075 69 S 0.205 0.194 0.037 0.136 0.123 0.092 0.086 0.053 0.035 0.024 0.015 70 D 0.498 0.174 0.054 0.112 0.055 0.037 0.034 0.018 0.010 0.005 0.003 71 N 0.105 0.088 0.057 0.159 0.126 0.128 0.135 0.074 0.063 0.041 0.023 72 V 0.003 0.007 0.006 0.015 0.020 0.043 0.085 0.102 0.237 0.254 0.228 73 V 0.012 0.032 0.035 0.120 0.165 0.177 0.156 0.115 0.091 0.059 0.038 74 I 0.011 0.011 0.030 0.033 0.046 0.058 0.114 0.163 0.190 0.187 0.157 75 H 0.011 0.017 0.026 0.099 0.139 0.104 0.159 0.168 0.124 0.088 0.065 76 L 0.007 0.005 0.009 0.016 0.026 0.034 0.092 0.146 0.228 0.228 0.209 77 K 0.057 0.134 0.117 0.221 0.173 0.099 0.088 0.047 0.033 0.018 0.012 78 H 0.093 0.093 0.068 0.126 0.129 0.100 0.155 0.103 0.067 0.039 0.027 79 G 0.578 0.165 0.042 0.079 0.044 0.026 0.029 0.016 0.011 0.006 0.004