# TARGET T0569 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0569.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.026 0.006 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.007 0.005 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.095 0.004 0.058 0.753 2 D 0.028 0.026 0.003 0.001 0.006 0.007 0.004 0.001 0.196 0.132 0.060 0.004 0.010 0.002 0.001 0.001 0.113 0.008 0.057 0.341 3 E 0.061 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.155 0.008 0.113 0.605 4 D 0.045 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.015 0.236 0.561 5 A 0.528 0.004 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.097 0.049 0.214 6 T 0.049 0.006 0.003 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.465 0.006 0.248 0.210 7 I 0.004 0.001 0.019 0.001 0.067 0.004 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.490 0.002 0.078 0.320 8 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.052 0.016 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.006 0.810 0.001 0.019 0.063 9 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.071 0.244 0.113 0.189 0.001 0.051 0.301 10 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.062 0.307 0.105 0.019 0.426 0.001 0.014 0.054 11 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.041 0.287 0.013 0.207 0.037 0.005 0.005 0.151 0.001 0.069 0.179 12 D 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.242 0.058 0.007 0.010 0.003 0.001 0.001 0.223 0.001 0.071 0.328 13 D 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.152 0.076 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.002 0.321 0.321 14 K 0.183 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.063 0.241 0.443 15 G 0.215 0.031 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.120 0.233 0.381 16 G 0.166 0.017 0.083 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.100 0.229 0.364 17 A 0.053 0.009 0.039 0.019 0.126 0.066 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.115 0.012 0.163 0.358 18 Q 0.007 0.002 0.002 0.001 0.138 0.493 0.088 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.001 0.061 0.147 19 V 0.034 0.009 0.004 0.001 0.041 0.200 0.138 0.047 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.199 0.004 0.060 0.250 20 G 0.037 0.013 0.003 0.002 0.001 0.005 0.018 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.620 0.007 0.076 0.200 21 D 0.054 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.489 0.012 0.099 0.308 22 I 0.044 0.009 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.002 0.003 0.262 0.009 0.077 0.565 23 V 0.012 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.017 0.008 0.006 0.002 0.771 0.003 0.055 0.105 24 T 0.009 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.167 0.002 0.076 0.720 25 V 0.012 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.039 0.004 0.003 0.002 0.002 0.003 0.005 0.006 0.644 0.003 0.050 0.212 26 T 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 0.047 0.004 0.239 0.004 0.248 0.417 27 G 0.032 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.023 0.043 0.016 0.005 0.112 0.015 0.115 0.619 28 K 0.086 0.005 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.014 0.004 0.054 0.025 0.018 0.004 0.140 0.020 0.200 0.408 29 T 0.015 0.007 0.003 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.015 0.049 0.020 0.003 0.010 0.003 0.001 0.002 0.076 0.004 0.161 0.624 30 D 0.034 0.008 0.003 0.001 0.031 0.006 0.007 0.002 0.108 0.027 0.020 0.005 0.006 0.004 0.002 0.001 0.115 0.009 0.123 0.487 31 D 0.033 0.009 0.002 0.002 0.001 0.003 0.007 0.005 0.008 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.008 0.302 0.528 32 S 0.231 0.009 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.061 0.237 0.401 33 T 0.295 0.030 0.015 0.010 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.032 0.182 0.356 34 T 0.020 0.011 0.009 0.002 0.021 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.167 0.010 0.162 0.580 35 Y 0.026 0.004 0.010 0.001 0.071 0.046 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.187 0.009 0.103 0.519 36 T 0.017 0.002 0.003 0.001 0.007 0.037 0.014 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.005 0.119 0.003 0.101 0.669 37 V 0.020 0.002 0.003 0.001 0.010 0.008 0.024 0.009 0.001 0.001 0.003 0.004 0.047 0.116 0.079 0.017 0.287 0.004 0.089 0.274 38 T 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.012 0.002 0.053 0.012 0.002 0.002 0.150 0.002 0.077 0.666 39 I 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.148 0.028 0.003 0.010 0.002 0.001 0.001 0.513 0.002 0.040 0.189 40 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.022 0.917 41 D 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.002 0.109 0.737 42 G 0.180 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.056 0.142 0.526 43 Y 0.162 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.015 0.288 0.380 44 E 0.032 0.003 0.006 0.003 0.052 0.010 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.005 0.003 0.534 0.004 0.095 0.233 45 Y 0.006 0.003 0.001 0.001 0.054 0.158 0.015 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.053 0.089 0.091 0.030 0.108 0.001 0.030 0.351 46 V 0.005 0.003 0.001 0.001 0.009 0.018 0.041 0.012 0.001 0.003 0.012 0.007 0.073 0.052 0.007 0.005 0.581 0.002 0.027 0.139 47 G 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.336 0.117 0.007 0.020 0.003 0.002 0.004 0.156 0.002 0.054 0.203 48 T 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.344 0.001 0.067 0.423 49 D 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.139 0.003 0.414 0.421 50 G 0.332 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.115 0.138 0.345 51 G 0.213 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.003 0.123 0.022 0.353 0.254 52 V 0.016 0.002 0.021 0.001 0.039 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.045 0.025 0.011 0.055 0.006 0.063 0.696 53 V 0.003 0.002 0.001 0.002 0.090 0.172 0.021 0.005 0.001 0.001 0.018 0.005 0.305 0.089 0.011 0.003 0.124 0.001 0.021 0.124 54 S 0.003 0.002 0.001 0.001 0.012 0.033 0.021 0.003 0.020 0.422 0.069 0.006 0.024 0.004 0.002 0.004 0.051 0.001 0.062 0.262 55 S 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.610 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.001 0.022 0.242 56 D 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.002 0.401 0.445 57 G 0.221 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.109 0.159 0.435 58 K 0.413 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.038 0.280 0.140 59 T 0.006 0.001 0.012 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.002 0.046 0.863 60 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.447 0.277 0.054 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.177 0.001 0.009 0.027 61 T 0.005 0.001 0.001 0.001 0.016 0.073 0.065 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.189 0.001 0.066 0.566 62 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.903 0.001 0.016 0.061 63 T 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.008 0.542 0.001 0.145 0.287 64 F 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.019 0.009 0.812 0.001 0.037 0.110 65 A 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.007 0.027 0.139 0.085 0.035 0.482 0.001 0.056 0.152 66 A 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.030 0.005 0.106 0.068 0.010 0.004 0.363 0.002 0.066 0.334 67 D 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.149 0.061 0.004 0.022 0.003 0.001 0.001 0.137 0.003 0.207 0.389 68 D 0.096 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.268 0.068 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.010 0.140 0.346 69 S 0.059 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.004 0.357 0.459 70 D 0.068 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.041 0.277 0.522 71 N 0.248 0.007 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.051 0.280 0.326 72 V 0.031 0.004 0.012 0.004 0.016 0.005 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.534 0.005 0.207 0.174 73 V 0.003 0.001 0.001 0.002 0.232 0.069 0.061 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.503 0.001 0.030 0.081 74 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.025 0.069 0.088 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.010 0.009 0.638 0.001 0.017 0.093 75 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.014 0.006 0.006 0.887 0.001 0.011 0.054 76 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.007 0.003 0.016 0.009 0.006 0.007 0.745 0.001 0.034 0.156 77 K 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.009 0.008 0.004 0.005 0.005 0.004 0.003 0.575 0.002 0.091 0.268 78 H 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 0.005 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.292 0.007 0.116 0.532 79 G 0.061 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.129 0.020 0.152 0.611