# TARGET T0569 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0569.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.006 0.002 0.026 0.017 0.034 0.027 0.001 0.001 0.002 0.868 2 D 0.019 0.007 0.002 0.025 0.044 0.082 0.057 0.001 0.001 0.005 0.757 3 E 0.052 0.007 0.005 0.031 0.028 0.056 0.066 0.001 0.001 0.008 0.747 4 D 0.072 0.007 0.002 0.032 0.052 0.064 0.214 0.002 0.001 0.014 0.542 5 A 0.344 0.007 0.018 0.063 0.102 0.129 0.099 0.001 0.001 0.024 0.212 6 T 0.034 0.009 0.003 0.132 0.218 0.321 0.094 0.001 0.001 0.005 0.183 7 I 0.009 0.003 0.003 0.069 0.376 0.439 0.015 0.001 0.001 0.002 0.083 8 T 0.003 0.003 0.001 0.100 0.382 0.426 0.016 0.001 0.001 0.001 0.068 9 Y 0.008 0.002 0.001 0.046 0.318 0.447 0.012 0.001 0.001 0.001 0.168 10 V 0.006 0.002 0.001 0.069 0.314 0.516 0.014 0.001 0.001 0.001 0.078 11 D 0.002 0.002 0.001 0.018 0.403 0.418 0.034 0.001 0.001 0.002 0.120 12 D 0.010 0.003 0.002 0.028 0.152 0.275 0.069 0.001 0.001 0.010 0.451 13 D 0.021 0.004 0.001 0.010 0.044 0.054 0.523 0.001 0.001 0.018 0.324 14 K 0.086 0.003 0.002 0.005 0.011 0.017 0.499 0.001 0.001 0.070 0.306 15 G 0.204 0.013 0.006 0.010 0.019 0.025 0.274 0.002 0.001 0.078 0.369 16 G 0.312 0.008 0.050 0.010 0.017 0.021 0.184 0.001 0.001 0.063 0.335 17 A 0.055 0.010 0.030 0.024 0.076 0.075 0.262 0.001 0.001 0.021 0.446 18 Q 0.011 0.004 0.002 0.022 0.159 0.291 0.124 0.001 0.001 0.010 0.375 19 V 0.021 0.007 0.003 0.032 0.167 0.411 0.057 0.001 0.001 0.003 0.297 20 G 0.010 0.007 0.001 0.045 0.327 0.440 0.043 0.001 0.001 0.003 0.123 21 D 0.033 0.007 0.002 0.060 0.216 0.261 0.070 0.002 0.001 0.004 0.346 22 I 0.049 0.007 0.001 0.082 0.144 0.251 0.030 0.001 0.001 0.002 0.434 23 V 0.015 0.005 0.002 0.118 0.340 0.383 0.033 0.001 0.001 0.005 0.098 24 T 0.006 0.003 0.001 0.070 0.170 0.200 0.032 0.001 0.001 0.002 0.514 25 V 0.012 0.003 0.001 0.115 0.173 0.456 0.030 0.001 0.001 0.001 0.207 26 T 0.006 0.004 0.001 0.075 0.114 0.208 0.108 0.001 0.001 0.006 0.478 27 G 0.041 0.003 0.002 0.048 0.101 0.132 0.099 0.001 0.001 0.016 0.557 28 K 0.080 0.005 0.005 0.061 0.046 0.057 0.238 0.001 0.001 0.011 0.495 29 T 0.024 0.005 0.002 0.033 0.045 0.072 0.199 0.001 0.001 0.014 0.606 30 D 0.038 0.008 0.003 0.038 0.070 0.091 0.125 0.001 0.001 0.020 0.607 31 D 0.052 0.008 0.003 0.021 0.033 0.037 0.258 0.001 0.001 0.015 0.573 32 S 0.127 0.010 0.003 0.021 0.030 0.045 0.350 0.002 0.001 0.024 0.388 33 T 0.176 0.022 0.006 0.048 0.104 0.152 0.171 0.002 0.001 0.021 0.297 34 T 0.040 0.019 0.006 0.038 0.128 0.177 0.114 0.003 0.001 0.012 0.462 35 Y 0.036 0.011 0.008 0.058 0.147 0.210 0.065 0.001 0.001 0.006 0.458 36 T 0.029 0.009 0.002 0.050 0.145 0.173 0.113 0.002 0.001 0.006 0.472 37 V 0.056 0.006 0.003 0.062 0.255 0.263 0.071 0.001 0.001 0.005 0.280 38 T 0.021 0.006 0.002 0.066 0.153 0.291 0.054 0.001 0.001 0.004 0.401 39 I 0.014 0.005 0.001 0.063 0.306 0.374 0.055 0.001 0.001 0.002 0.180 40 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 41 D 0.004 0.001 0.001 0.021 0.080 0.166 0.085 0.001 0.001 0.009 0.635 42 G 0.429 0.001 0.003 0.020 0.016 0.036 0.082 0.001 0.001 0.031 0.381 43 Y 0.202 0.004 0.012 0.029 0.054 0.061 0.179 0.001 0.001 0.011 0.447 44 E 0.021 0.004 0.003 0.060 0.321 0.249 0.090 0.001 0.001 0.009 0.242 45 Y 0.014 0.004 0.001 0.033 0.200 0.276 0.044 0.001 0.001 0.002 0.426 46 V 0.019 0.003 0.001 0.037 0.285 0.471 0.022 0.001 0.001 0.001 0.163 47 G 0.005 0.004 0.001 0.034 0.355 0.399 0.034 0.001 0.001 0.004 0.165 48 T 0.014 0.008 0.002 0.033 0.214 0.221 0.069 0.001 0.001 0.006 0.431 49 D 0.013 0.005 0.001 0.037 0.068 0.118 0.259 0.001 0.001 0.012 0.486 50 G 0.127 0.002 0.007 0.021 0.052 0.061 0.176 0.001 0.001 0.164 0.389 51 G 0.268 0.003 0.016 0.018 0.033 0.022 0.362 0.001 0.001 0.041 0.237 52 V 0.041 0.004 0.007 0.032 0.077 0.097 0.224 0.001 0.001 0.011 0.507 53 V 0.006 0.003 0.001 0.034 0.255 0.477 0.047 0.001 0.001 0.005 0.173 54 S 0.006 0.003 0.001 0.019 0.255 0.306 0.055 0.001 0.001 0.002 0.353 55 S 0.009 0.007 0.001 0.024 0.168 0.204 0.097 0.001 0.001 0.007 0.483 56 D 0.023 0.004 0.002 0.016 0.044 0.055 0.312 0.001 0.001 0.019 0.525 57 G 0.163 0.002 0.005 0.015 0.026 0.020 0.254 0.001 0.001 0.156 0.358 58 K 0.498 0.002 0.026 0.014 0.014 0.014 0.230 0.001 0.001 0.042 0.160 59 T 0.010 0.003 0.002 0.028 0.044 0.068 0.139 0.001 0.001 0.009 0.697 60 V 0.007 0.002 0.002 0.039 0.317 0.509 0.034 0.001 0.001 0.007 0.085 61 T 0.008 0.003 0.001 0.050 0.189 0.353 0.068 0.001 0.001 0.003 0.323 62 I 0.014 0.002 0.001 0.061 0.308 0.446 0.031 0.001 0.001 0.001 0.135 63 T 0.007 0.004 0.001 0.094 0.278 0.421 0.054 0.001 0.001 0.004 0.136 64 F 0.010 0.004 0.001 0.094 0.349 0.384 0.025 0.001 0.001 0.001 0.132 65 A 0.011 0.006 0.001 0.086 0.229 0.491 0.041 0.001 0.001 0.002 0.135 66 A 0.013 0.006 0.001 0.071 0.207 0.453 0.054 0.001 0.001 0.003 0.191 67 D 0.016 0.008 0.001 0.041 0.209 0.239 0.153 0.003 0.001 0.012 0.319 68 D 0.087 0.007 0.008 0.029 0.048 0.084 0.133 0.001 0.001 0.040 0.562 69 S 0.042 0.005 0.003 0.016 0.031 0.027 0.383 0.001 0.001 0.028 0.463 70 D 0.169 0.001 0.010 0.016 0.044 0.038 0.353 0.001 0.001 0.119 0.250 71 N 0.098 0.004 0.011 0.047 0.058 0.065 0.461 0.001 0.001 0.028 0.228 72 V 0.007 0.002 0.003 0.151 0.334 0.361 0.072 0.001 0.001 0.004 0.066 73 V 0.002 0.002 0.001 0.182 0.282 0.399 0.042 0.001 0.001 0.003 0.087 74 I 0.002 0.002 0.001 0.297 0.256 0.364 0.016 0.001 0.001 0.001 0.062 75 H 0.002 0.003 0.001 0.275 0.161 0.412 0.029 0.001 0.001 0.001 0.117 76 L 0.003 0.004 0.001 0.320 0.185 0.351 0.030 0.001 0.001 0.002 0.104 77 K 0.006 0.006 0.001 0.197 0.087 0.208 0.137 0.001 0.001 0.006 0.351 78 H 0.032 0.006 0.004 0.121 0.058 0.158 0.182 0.002 0.001 0.018 0.419 79 G 0.075 0.005 0.002 0.043 0.029 0.056 0.106 0.002 0.001 0.016 0.666