# TARGET T0569 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0569.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.043 0.010 0.026 0.031 0.041 0.057 0.006 0.787 2 D 0.034 0.012 0.041 0.097 0.138 0.164 0.006 0.508 3 E 0.017 0.004 0.009 0.017 0.022 0.038 0.004 0.889 4 D 0.050 0.009 0.030 0.022 0.035 0.419 0.013 0.423 5 A 0.405 0.008 0.082 0.064 0.056 0.089 0.039 0.257 6 T 0.104 0.014 0.172 0.151 0.183 0.154 0.012 0.210 7 I 0.008 0.003 0.113 0.240 0.305 0.045 0.003 0.283 8 T 0.002 0.001 0.114 0.355 0.470 0.017 0.001 0.040 9 Y 0.008 0.003 0.027 0.204 0.216 0.047 0.003 0.492 10 V 0.004 0.001 0.090 0.202 0.577 0.022 0.001 0.102 11 D 0.003 0.004 0.031 0.305 0.270 0.174 0.002 0.210 12 D 0.011 0.006 0.032 0.056 0.161 0.075 0.006 0.653 13 D 0.007 0.004 0.007 0.010 0.017 0.727 0.011 0.216 14 K 0.432 0.002 0.006 0.005 0.006 0.253 0.184 0.111 15 G 0.385 0.028 0.014 0.010 0.012 0.306 0.058 0.188 16 G 0.095 0.013 0.030 0.040 0.045 0.366 0.020 0.392 17 A 0.043 0.007 0.045 0.084 0.130 0.239 0.006 0.445 18 Q 0.023 0.003 0.031 0.149 0.221 0.117 0.004 0.451 19 V 0.017 0.004 0.043 0.159 0.447 0.042 0.002 0.286 20 G 0.010 0.008 0.109 0.264 0.360 0.049 0.003 0.198 21 D 0.042 0.010 0.070 0.165 0.174 0.094 0.011 0.433 22 I 0.047 0.011 0.073 0.148 0.256 0.035 0.010 0.421 23 V 0.016 0.005 0.103 0.322 0.390 0.046 0.004 0.115 24 T 0.008 0.004 0.040 0.118 0.128 0.099 0.004 0.598 25 V 0.010 0.004 0.088 0.176 0.496 0.033 0.003 0.190 26 T 0.009 0.008 0.043 0.076 0.134 0.158 0.006 0.566 27 G 0.102 0.005 0.041 0.076 0.137 0.065 0.036 0.537 28 K 0.103 0.009 0.076 0.105 0.104 0.164 0.012 0.426 29 T 0.012 0.004 0.026 0.105 0.094 0.234 0.004 0.521 30 D 0.015 0.005 0.028 0.058 0.242 0.078 0.004 0.569 31 D 0.013 0.004 0.008 0.017 0.030 0.331 0.008 0.588 32 S 0.346 0.003 0.014 0.023 0.025 0.259 0.080 0.249 33 T 0.393 0.023 0.049 0.065 0.053 0.134 0.025 0.257 34 T 0.040 0.012 0.056 0.126 0.142 0.190 0.008 0.427 35 Y 0.027 0.005 0.042 0.107 0.227 0.095 0.006 0.490 36 T 0.031 0.004 0.044 0.149 0.229 0.061 0.006 0.475 37 V 0.023 0.003 0.045 0.302 0.306 0.043 0.004 0.275 38 T 0.013 0.004 0.119 0.156 0.290 0.047 0.004 0.366 39 I 0.014 0.003 0.078 0.244 0.330 0.070 0.002 0.258 40 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 41 D 0.004 0.001 0.033 0.060 0.159 0.230 0.004 0.508 42 G 0.489 0.003 0.024 0.023 0.053 0.061 0.038 0.309 43 Y 0.222 0.011 0.049 0.117 0.119 0.114 0.016 0.352 44 E 0.026 0.003 0.075 0.297 0.261 0.100 0.005 0.233 45 Y 0.020 0.004 0.036 0.241 0.296 0.050 0.003 0.350 46 V 0.006 0.001 0.050 0.199 0.627 0.013 0.001 0.102 47 G 0.006 0.004 0.047 0.303 0.294 0.051 0.002 0.293 48 T 0.012 0.004 0.048 0.245 0.252 0.065 0.006 0.368 49 D 0.017 0.004 0.030 0.075 0.121 0.258 0.012 0.483 50 G 0.185 0.003 0.031 0.026 0.068 0.121 0.074 0.491 51 G 0.279 0.004 0.087 0.080 0.068 0.336 0.019 0.128 52 V 0.013 0.002 0.049 0.123 0.128 0.165 0.003 0.519 53 V 0.002 0.001 0.038 0.275 0.584 0.015 0.001 0.085 54 S 0.002 0.001 0.048 0.232 0.260 0.163 0.001 0.293 55 S 0.004 0.002 0.027 0.061 0.105 0.158 0.004 0.639 56 D 0.014 0.001 0.011 0.008 0.014 0.707 0.025 0.220 57 G 0.635 0.001 0.012 0.005 0.005 0.038 0.218 0.086 58 K 0.224 0.002 0.080 0.037 0.016 0.526 0.014 0.102 59 T 0.002 0.001 0.035 0.040 0.038 0.182 0.001 0.702 60 V 0.001 0.001 0.053 0.214 0.642 0.029 0.001 0.060 61 T 0.003 0.001 0.069 0.128 0.288 0.062 0.001 0.448 62 I 0.003 0.001 0.146 0.270 0.484 0.022 0.001 0.075 63 T 0.003 0.001 0.206 0.233 0.337 0.035 0.001 0.183 64 F 0.004 0.001 0.289 0.271 0.303 0.021 0.002 0.110 65 A 0.005 0.004 0.132 0.189 0.368 0.054 0.003 0.247 66 A 0.013 0.005 0.109 0.153 0.421 0.056 0.005 0.238 67 D 0.023 0.007 0.026 0.091 0.118 0.283 0.013 0.439 68 D 0.144 0.008 0.030 0.063 0.111 0.131 0.025 0.488 69 S 0.057 0.011 0.016 0.026 0.039 0.319 0.015 0.518 70 D 0.195 0.004 0.014 0.031 0.029 0.350 0.037 0.340 71 N 0.281 0.011 0.049 0.049 0.070 0.213 0.023 0.303 72 V 0.052 0.009 0.186 0.254 0.196 0.157 0.005 0.141 73 V 0.004 0.002 0.282 0.205 0.386 0.042 0.001 0.078 74 I 0.002 0.001 0.265 0.321 0.362 0.011 0.001 0.038 75 H 0.001 0.001 0.306 0.207 0.415 0.010 0.001 0.058 76 L 0.002 0.003 0.253 0.264 0.363 0.024 0.002 0.089 77 K 0.004 0.005 0.201 0.164 0.239 0.109 0.005 0.273 78 H 0.021 0.006 0.103 0.089 0.192 0.135 0.014 0.441 79 G 0.067 0.007 0.055 0.036 0.092 0.132 0.019 0.591